Peptide hydrolysis catalyzed by matrix metalloproteinase 2: A computational study

Journal of Physical Chemistry B

Volumn 112, Issue 28, 2008, Pages 8412-8424

  Díaz, Natalia ^a   Suárez, Dimas ^a  

^a UNIVERSITY OF OVIEDO   (Spain)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

AMINES; CHLORINE COMPOUNDS;

ACTIVE SITES; BOUND WATERS; C-N BOND; CARBONYL GROUPS; CLUSTER MODELLING; COMPUTATIONAL METHODOLOGIES; COMPUTATIONAL STUDIES; MATRIX METALLOPROTEINASE 2; PEPTIDE HYDROLYSIS; QUANTUM-MECHANICAL; REACTION MECHANISMS; REACTION PATHS; TETRAHEDRAL INTERMEDIATE;

ZINC;

EID: 50249107450     PISSN: 15206106     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/jp803509h     Document Type: Article

References (53)

1. Shapiro, S. D. Curr. Opin. Cell Biol. 1998, 10, 602.
2. Whittaker, M.; Floyd, C. D.; Brown, P.; Gearing, A. J. H. Chem. Rev. 1999, 99, 2735.
3. Sternlicht, M. D.; Werb, Z. Annu. Rev. Cell Dev. Biol. 2001, 17, 463.
4. Overall, C. M.; Kleifeld, O. Nat. Rev. Cancer 2006, 6, 227.
5. Fingleton, B. Curr. Pharm. Design 2007, 13, 333.
6. Cuniasse, P.; Devel, L.; Makaritis, A.; Beau, F.; Georgiadis, D.; Matziari, M.; Yiotakis, A.; Dive, V. Biochimie 2005, 87, 393.
7. Rao, B. G. Curr. Pharm. Design 2005, 11, 295.
8. Overall, C. M.; Kleifeld, O. Br. J. Cancer 2006, 94, 941.
9. Nuti, E.; Tuccinardi, T.; Rossello, A. Curr. Pharm. Design 2007, 13, 2087.
10. Maskos, K. Biochimie 2005, 87, 249.
11. Díaz, N.; Suárez, D. Proteins: Struct., Funct., Bioinf. 2008, 72, 50-61.
12. Bertini, I.; Calderone, V.; Fragai, M.; Luchinat, C.; Malena, M.; Yeo, K. J. Angew. Chem., Int. Ed. 2006, 45, 7952.
13. Díaz, N.; Suárez, D.; Sordo, T. L. J. Phys. Chem. B 2006, 110, 24222.
14. Netzel-Arnett, S.; Fields, G.; Birkedal-Hansen, H.; Van Wart, H. E. J. Biol. Chem. 1991, 266, 6747.
15. Netzel-Arnett, S.; Sang, Q.-X.; Moore, W. G. I.; Navre, M.; Birkedal-Hansen, H.; Van Wart, H. E. Biochemistry 1993, 32, 6427.
16. Chen, E. I.; Li, W.; Godzik, A.; Howard, E. W.; Smith, J. W. J. Biol. Chem. 2003, 278, 17158.
17. Stack, M. S.; Gray, R. D. Arch. Biochem. Biophys. 1990, 281, 257.
18. Cha, J.; Auld, D. S. Biochemistry 1997, 36, 16019.
19. Johnson, L. L.; Pavlovsky, A. G.; Johnson, A. R.; Janowicz, J. A.; Man, G-F.; Ortwine, D. F.; Purchase, C. F.; White, A. D. J. Biol. Chem. 2000, 275, 11026.
20. Crabbe, T.; Zucker, S.; Cockett, M. I.; Willenbrock, F.; Tickle, S.; O'Connell, J. P.; Scothem, J. M.; Murphy, G.; Docherty, A. J. P. Biochemistry 1994, 33, 6684.
21. Windsor, L. J.; Bodden, M. K.; Birkedal-Hansen, B.; Engler, J. A.; Birkedal-Hansen, H. J. Biol. Chem. 1994, 269, 26201.
22. Arza, B.; De Maeyer, M.; Félez, J.; Collen, D.; Lijnen, H. R. Eur. J. Biochem. 2001, 268, 826.
23. Matthews, B. W. Acc. Chem. Res. 1988, 21, 333.
24. Blumberger, J.; Lamoureux, G.; Klein, M. L. J. Chem. Theory Comput. 2007, 3, 1837.
25. Browner, M. F.; Smith, W. W.; Castelhano, A. L. Biochemistry 1995, 34, 6602.
26. Pelmenschikov, V.; Siegbahn, P. E. M. Inorg. Chem. 2002, 41, 5659.
27. Nguyen, M.; Arkell, J.; Jackson, C. J. Int. J. Biochem. Cell Biol. 2001, 33, 960.
28. Turpeenniemi-Hujanen, T. Biochimie 2005, 87, 287.
29. Díaz, N.; Suárez, D. Biochemistry 2007, 46, 8943.
30. Gioia, M.; Fasciglione, G. F.; Marini, S.; D'Alessio, S.; De Sanctis, G.; Diekmann, O.; Pieper, M.; Politi, V.; Tschesche, H.; Coletta, M. J. Biol. Chem. 2002, 277, 23123.
31. Aimes, R. T.; Quigley, J. P. J. Biol. Chem. 1995, 270, 5872.
32. Morgunova, E.; Tuuttila, A.; Bergmann, U.; Isupov, M.; Lindqvist, Y.; Schneider, G.; Tryggvason, K. Science 1999, 284, 1667.
33. Hehre, W. J.; Ditchfield, R.; Pople, J. A. J. Chem. Phys. 1972, 62, 2257.
34. Hay, P. J.; Wadt, W. R. J. Chem. Phys. 1985, 82, 299.
35. JAGUAR, 5.5 ed.; Schrödinger, L.LC.: Portland, OR, 1991-2003.
36. Frisch, M. J.; Trucks, G. W.; Schlegel, H. B.; Scuseria, G. E.; Robb, M. A.; Cheeseman, J. R.; Montgomery, J. A., Jr.; Vreven, T.; Kudin, K. N.; Burant, J. C.; Millam, J. M.; Iyengar, S. S.; Tomasi, J.; Barone, V.; Mennucci, B.; Cossi, M.; Scalmani, G.; Rega, N.; Petersson, G. A.; Nakatsuji, H.; Hada, M.; Ehara, M.; Toyota, K.; Fukuda, R.; Hasegawa, J.; Ishida, M.; Nakajima, T.; Honda, Y.; Kitao, O.; Nakai, H.; Klene, M.; Li, X.; Knox, J. E.; Hratchian, H. P.; Cross, J. B.; Bakken, V.; Adamo, C.; Jaramillo, J.; Gomperts, R.; Stratmann, R. E.; Yazyev, O.; Austin, A. J.; Cammi, R.; Pomelli, C.; Ochterski, J. W.; Ayala, P. Y.; Morokuma, K.; Voth, G. A.; Salvador, P.; Dannenberg, J. J.; Zakrzewski, V. G.; Dapprich, S.; Daniels, A. D.; Strain, M. C.; Farkas, O.; Malick, D. K.; Rabuck, A. D.; Raghavachari, K.; Foresman, J. B.; Ortiz, J. V.; Cui, Q.; Baboul, A. G.; Clifford, S.; Cioslowski, J.; Stefanov, B. B.; Liu, G.; Liashenko, A.; Piskorz, P.; Komaromi, I.; Martin, R. L.; Fox, D. J.; Keith, T.; Al-Laham, M. A.; Peng, G Y.; Nanayakkara, A.; Challacombe, M.; Gill, P. M. W.; Johnson, B.; Chen, W.; Wong, M. W.; Gonzalez, C.; Pople, J. A. Gaussian 03, revision C.02; Gaussian, Inc.: Wallingford, CT, 2004.
37. Tannor, D. J.; Marten, B.; Murphy, R.; Friesner, R. A.; Sitkoff, D.; Nicholls, A.; Ringnalda, M.; Goddard, I., W. A.; Honig, B. J. Am. Chem. Soc. 1994, 116, 11875.
38. Qsite; Schrodinger, Inc.: Portland, OR, 2000.
39. Kaminski, G. A.; Friesner, R. A.; Tirado-Rives, J.; Jorgensen, W. L. J. Phys. Chem. B 2001, 105, 6474.
40. Murphy, R. B.; Philipp, D. M.; Friesner, R. A. J. Comput. Chem. 2000, 21, 1442.
41. Rocchia, W.; Alexov, E.; Honig, B. J. Phys. Chem. B 2001, 105, 6507.
42. Case, D. A.; Darden, T. A.; Cheatham, I., T. E.; Simmerling, C. L.; Wang, J.; Duke, R. E.; Luo, R.; Merz, K. M.; Pearlman, D. A.; Crowley, M.; Walker, R. C.; Zhang, W.; Wang, B.; Hayik, S.; Roitberg, A.; Seabra, G.; Wong, K. F.; Paesani, F.; Wu, X.; Brozell, S.; Tsui, V.; Gohlke, H.; Yang, L.; Tan, C.; Mongan, J.; Hornak, V.; Cui, G.; Beroza, P.; Mathews, D. H.; Schafmeister, C.; Ross, W. S.; Kollman, P. A. AMBER 9; University of California: San Francisco, 2006.
43. Gao, J.; Ma, S.; Major, D. T.; Nam, K.; Pu, J.; Truhlar, D. G. Chem. Rev. 2006, 106, 3188.
44. Kollman, P. A.; Kuhn, B.; Donini, O.; Perakyla, M.; Stanton, R.; Bakowies, D. Ace. Chem. Res. 2001, 34, 72.
45. Elber, R.; Karplus, M. J. Am. Chem. Soc. 1990, 9161.
46. Kollman, P. A.; Massova, I.; Reyes, C.; Kuhn, B.; Huo, S.; Chong, L.; Lee, M.; Lee, T.; Duan, Y.; Wang, W.; Donini, O.; Cieplak, P.; Srinivasan, J.; Case, D. A.; Cheatham, T. E. Ace. Chem. Res. 2000, 33, 889.
47. Suarez, D.; Diaz, N.; Fontecilla-Camps, J.; Field, M. J. Biochemistry 2006, 45, 7529.
48. Rosta, E.; Klähn, M.; Warshel, A. J. Phys. Chem. B 2006, 110, 2934.
49. Bayly, C. A.; Cieplak, P.; Cornell, W. D.; Kollman, P. A. J. Phys. Chem. 1993, 97, 10269.
50. Rappé, A. K.; Casewit, C. J.; Colwell, K. S.; Goddard, W. A., III; Skiff, W. M. J. Am. Chem. Soc. 1992, 114, 10024.
51. Fasciglione, G. F.; Marini, S.; D'Alessio, S.; Politi, V.; Coletta, M. Biophys. J. 2000, 79, 2138.
52. Chen, E. I.; Kridel, S. J.; Howard, E. W.; Li, W.; Godzik, A.; Smith, J. W. J. Biol. Chem. 2002, 277, 4485.
53. Cross, J. B.; Duca, J. S.; Kaminski, J. J.; Madison, V. S. J. Am. Chem. Soc. 2002, 124, 11004.