Optimized parameters for continuum solvation calculations with carbohydrates

Journal of Physical Chemistry B

Volumn 112, Issue 16, 2008, Pages 5238-5249

  Green, David F ^a  

^a Stony Brook University   (United States)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

ATOMIC PHYSICS; ATOMS; BIOMOLECULES; CALCULATIONS; CARBOHYDRATES; DISSOCIATION; ELECTROSTATICS; FLUIDS; MOLECULAR BIOLOGY; NUCLEIC ACIDS; OPTIMIZATION; ORGANIC COMPOUNDS; SOLVATION; SOLVENTS; STATISTICAL TESTS; SUGAR (SUCROSE); SUGARS;

AMERICAN CHEMICAL SOCIETY (ACS); ATOMIC RADIUS; ATOMIC VOLUMES; BORN MODEL; EFFICIENT METHODS; FORCE FIELD (FF); IMPLICIT SOLVENT MODELS; OPTIMIZED PARAMETERS; POISSON BOLTZMANN (PB); ROOT MEAN-SQUARE ERROR (RMSE); SOLVATION FREE ENERGIES; SOLVENT MODELS; TEST SETS;

MODAL ANALYSIS;

CARBOHYDRATE; SOLVENT; WATER;

ARTICLE; CHEMICAL MODEL; CHEMISTRY; ELECTRICITY; SOLUBILITY;

CARBOHYDRATES; ELECTROSTATICS; MODELS, CHEMICAL; SOLUBILITY; SOLVENTS; WATER;

EID: 45549096845     PISSN: 15206106     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/jp709725b     Document Type: Article

References (85)

1. Hölemann, A.; Seeberger, P. H. Curr. Opin. Biotechnol. 2004, 15, 615-622.
2. Wu, B.; Tan, Z.-P.; Chen, G.; Chen, J.-H.; Hua, Z.-H.; Wan, Q.; Ranganathan, K.; Danishefsky, S. J. Tetrahedron Lett. 2006, 47, 8009-8011.
3. Chen, J.-H.; Chen, G.; Wu, B.; Wan, Q.; Tan, Z.-P.; Hua, Z.-H.; Danishefsky, S. J. Tetrahedron Lett. 2006, 47, 8013-8016.
4. Prescher, J. A.; Bertozzi, C. R. Cell 2006, 126, 851-854.
5. van Eijck, B. P.; Hooft, R. W. W.; Kroon, J. J. Phys. Chem. 1993, 97, 12093-12099.
6. French, A. D.; Kelterer, A.-M.; Cramer, C. J.; Johnson, G. P.; Dowd, M. K. Carbohydr. Res. 2000, 326, 305-322.
7. Kirschner, K. N.; Woods, R. J. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2001, 98, 10541-10545.
8. Höög, C.; Rotondo, A.; Johnston, B. D,; Pinto, B. M. Carbohydr. Res. 2002, 227, 2023-2036.
9. Muslim, A. M.; Bryce, R. A. Chem. Phys. Lett. 2004, 388, 473-478.
10. Kessler, H.; Matter, H.; Gemmecker, G.; Kling, A.; Kottenhahn, M. J. Am. Chem. Soc. 1991, 113, 7550-7563.
11. Miller, K. E.; Mukhopadhyay, C.; Cagas, P.; Bush, C. A. Biochemistry 1992, 31, 6703-6709.
12. Woods, R. J. Curr. Opin. Struct. Biol. 1995, 5, 591-598.
13. Wormald, M. R.; Petrescu, A. J.; Pao, Y. L.; Glithero, A. T. E.: Dwek, R. A. Chem. Rev. 2002, 102, 371-386.
14. Johnson, M. A.; Pinto, B. M. Carbohydr. Res. 2004, 339, 907-928.
15. Mukhopadhyay, G Biopolymers 1998, 45, 177-190.
16. Zuegg, J.; Gready, J. E. Glycobiology 2000, 10, 959-974.
17. Veluraja, K.; Margulis, C. J. J. Biomol Struct. Dyn. 2005, 23, 101-111.
18. Sorin, E. J.; Engelhardt, M. A.; Herschlag, D.; Pande, V. S. J. Mol. Biol. 2002, 317, 493-506.
19. Hornak, V.; Okur, A.; Rizzo, R. C.; Simmerling, C. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2006, 103, 915-920.
20. Gilson, M. K.; Honig, B. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1989, 86, 1524-1528.
21. Hendsch, Z. S.; Tidor, B. Protein Sci. 1994, 3, 211-226.
22. Hendsch, Z. S.; Jonsson, T.; Sauer, R. T.; Tidor, B. Biochemistry 1996, 35, 7621-7625.
23. Lee, M. R.; Duan, Y.; Kollman, P. A. Proteins: Struct., Funct., Genet. 2000, 39, 309-316.
24. Zacharias, M.; Luty, B. A.; Davis, M. E.; McCammon, J. A. Biophys. J. 1992, 63, 1280-1285.
25. Hendsch, Z. S.; Tidor, B. Protein Sci. 1999, 8, 1381-1392.
26. Sheinerman, F. B.; Norel, R.; Honig, B. Curr. Opin. Struct. Biol. 2000, 10, 153-159.
27. Green, D. F.; Tidor, B. J. Mol. Biol. 2004, 342, 435-452.
28. Joughin, B. A.; Green, D. F.; Tidor, B. Protein Sci. 2005, 14, 1363-1369.
29. Strockbine, B.; Rizzo, R. G Proteins: Struct., Funct., Bioinf. 2007, 67, 630-642.
30. Liu, H.-Y.; Kuntz, I. D.; Zou, X. J. Phys. Chem. B 2004, 108, 5453-5462.
31. Lee, M. R.; Sun, Y. J. Chem. Theory Comput. 2007, 3, 1106-1119.
32. Kangas. E.; Tidor, B. J. Phys. Chem. B 2001, 105, 880-888.
33. Mandai, A.; Hilvert, D. J. Am. Chem. Soc. 2003, 125, 5598-5599.
34. Sims, P. A.; Wong. C. F.; McCammon, J. A. J. Comput. Chem. 2004, 25, 1416-1429.
35. Green, D. F.; Tidor, B. Proteins: Struct., Funct., Bioinf. 2005, 60, 644-657.
36. Chellappan, S.; Reddy, G. S. K. K.; Ali, A.; Nalam, M. N. L.; Anjum, S. G.; Cao, H.; Kairys, V.; Fernandes, M. X.; Altman, M. D.; Tidor, B.; Rana, T. M.; Schiffer, C. A.; Gilson, M. K. Chem. Biol. Drug Des. 2007, 69, 298-313.
37. Kuttel, M.; Brady, J. W.; Naidoo, K. J. J. Comput. Chem. 2002, 23, 1236-1243.
38. Gilson, M. K.; Honig, B. H. Nature 1987, 330, 84-86.
39. Still, W. C.; Tempczyk, A.; Hawley, R. C.; Hendrickson, T. J. Am. Chem. Soc. 1990, 112, 6127-6129.
40. Schaefer, M.; Karplus, M. J. Phys. Chem. 1996, 100, 1578-1599.
41. Im, W.; Lee, M. S.; Brooks, C. L., III. J. Comput. Chem. 2003, 24, 1691-1702.
42. Brooks, B. R.; Bruccoleri, R. E.; Olafson, B. D.; States, D. J.; Swaminathan, S.; Karplus, M. J. Comput. Chem. 1983, 4, 187-217.
43. Beglov, D.; Roux, B. J. Chem. Phys. 1994, 100, 9050-9063.
44. Nina, M.; Beglov, D.; Roux, B. J. Phys. Chem. B 1997, 101, 5239-5248.
45. Banavali, N. K.; Roux, B. J. Phys. Chem B 2002, 106, 11026-11035.
46. Straatsma, T. P.; McCammon, J. A. Annu. Rev. Phys. Chem. 1992, 43, 407-435.
47. Kumar, S.; Bouzida, D.; Swendsen, R. H.; Kollman, P. A.; Rosenberg, J. M. J. Comput. Chem. 1992, 13, 1011-1021.
48. Gilson, M. K.; Sharp, K. A.; Honig, B. H. J. Comput. Chem. 1988, 9, 327-335.
49. Gilson, M. K.; Honig, B. Proteins: Struct., Funct., Genet. 1988, 4, 7-18.
50. Green, D. F.; Tidor, B. In Current Protocols in Bioinformatics; Petsko, G. E., Ed.; John Wiley & Sons, Inc.: New York, 2003; Chapter 8.3.
51. Altman, M. D.; Tidor, B. MultigridPBE-Software for Computation and Display of Electrostatic Potentials; MIT: Cambridge, MA, unpublished.
52. Schaefer, M.; Bartels, C.; LeClerc, F.; Karplus, M. J. Comput. Chem. 2001, 22, 1857-1879.
53. Weiner, S. J.; Kollman, P. A.; Case, D. A.; Singh, U. C.; Ghio, C.; Alagona, G.; Profeta, S., Jr.; Weiner, P. J. Am. Chem. Soc. 1984, 106, 765-784.
54. Jorgensen, W. L.; Tirado-Rives, J. J. Am. Chem. Soc. 1988, 110, 1657-1666.
55. MacKerell, A. D.; Wiorkiewicz-Kuczera, J.; M. Karplus, M. J. Am. Chem. Soc. 1995, 117, 11946-11975.
56. Cornell, W. D.; Cieplek, P.; Bayly, C. I.; Gould, I. R.; Merz, K. M.; Ferguson, D. M.; Spellmeyer, D. C.; Fox, T.; Caldwell, J. W.; Kollman, P. A. J. Am. Chem. Soc. 1995, 117, 5179-5197.
57. Jorgensen, W. L.; Maxwell, D. S.; Tirado-Rives, J. J. Am. Chem. Soc. 1996, 118, 11225-11236.
58. Sitkoff, D.; Sharp, K. A.; Honig, B. J. Phys. Chem. 1994, 98, 1978-1988.
59. Green, D. F.; Tidor, B. J. Phys. Chem. B 2003, 107, 10261-10273.
60. Rizzo, R. C.; Aynechi, T.; Case, D. A.; Kuntz, I. D. J. Chem. Theory Comput. 2006, 2, 128-139.
61. Cabani, S.; Gianni, P.; Mollica, V.; Lepori, L. J. Solution Chem. 1981, 10, 563-595.
62. Swanson, J. M. J.; Adcock, S. A.; McCammon, J. A. J. Chem. Theory Comput. 2005, 7, 484-493.
63. Angyal, S. J. Angew. Chem., Int. Ed. 1969, 8, 157-166.
64. Carlson, H. A.; Nguyen, T. B.; Orozco, M.; Jorgensen, W. L. J. Comput. Chem. 1993, 14, 1240-1249.
65. Mohan, V.; Davis, M. E.; McCammon, J. A.; Pettitt, B. M. J. Phys. Chem. 1992, 96, 6428-6431.
66. Gilson, M. K.; Honig, B. H. Biopolymers 1986, 25, 2097-2199.
67. Sharp, K. A.; Honig, B. Annu. Rev. Biophys. Biophys. Chem. 1990, 19, 301-332.
68. Sharp, K. A.; Honig, B. J. Phys. Chem. 1990, 94, 7684-7692.
69. Davis, M. E.; McCammon, J. A. Chem. Rev. 1990, 90, 509-521.
70. Honig, B.; Sharp, K.; Yang, A.-S. J. Phys. Chem. 1993, 97, 1101-1109.
71. Dixit, S. B.; Bhasin, R.; Rajasekaran, E.; Jayaram, B. J. Chem. Soc., Faraday Trans. 1997, 93, 1105-1113.
72. Huyghues-Despointes, B. M. P.; Thurlkill, R. L.; Daily, M. D.; Schell, D.; Briggs, J. M.; Antosiewicz, J. M.; Pace, C. N.; Scholtz, J. M. J. Mol. Biol. 2003, 325, 1093-1105.
73. Thomas, A. S.; Elcock, A. H. J. Am. Chem. Soc. 2006, 128, 7796-7806.
74. Qui, D.; Shenkin, P. S.; Hollinger, F. P.; Still, W. C. J. Phys. Chem. A 1997, 101, 3005-3014.
75. Reddy, M. R.; Erion, M. D.; Agarwal, A.; Viswanadhan, V. N.; McDonald, D. Q.; Still, W. C. J. Comput. Chem. 1998, 19, 769-780.
76. Onufriev, A.; Case, D. A.; Bashford, D. J. Comput. Chem. 2002, 23, 1297-1304.
77. Lee, M. S.; Salsbury, F. R., Jr.; Brooks, Charles L. I. J. Chem. Phys. 2002, 116, 10606-10614.
78. Chen, J.-H.; Im, W.; Brooks, C. L., III. J. Am. Chem. Soc. 2006, 128, 3728-3736.
79. Zhu, J.; Shi, Y.; Liu, H. J. Phys. Chem. B 2002, 106, 4844-4853.
80. Xia, J.; Daly, R. P.; Chuang, F.-C.; Parker, L.; Jensen, J. H.; Margulis, C. J. J. Chem. Theory Comput. 2007, 3, 1620-1628.
81. Xia, J.; Daly, R. P.; Chuang, F.-C.; Parker, L.; Jensen, J. H.; Margulis, C. J. J. Chem. Theory Comput. 2007, 3, 1629-1643.
82. Peters, T.; Meyer, B.; Stuike-Prill, R.; Somorjai, R.; Brisson, J.-R. Carbohydr. Res. 1993, 238, 49-73.
83. Rosen, J.; Robobi, A.; Nyholm, P.-G. Carbohydr. Res. 2004, 339, 961-966.
84. Nahmany, A.; Strino, F.; Rosen, J.; Kemp, G. J. L.; Nyholm, P.-G. Carbohydr. Res. 2005, 340, 1059-1064.
85. Srinivasan, J.; Cheatham, T. E.; Cieplak, P.; Kollman, P. A.; Case, D. A. J. Am. Chem. Soc. 1998, 120, 9401-9409.