Atomic radii for continuum electrostatics calculations on nucleic acids

Journal of Physical Chemistry B

Volumn 106, Issue 42, 2002, Pages 11026-11035

  Banavali, Nilesh K ^a   Roux, Benoit ^a  

^a WEILL CORNELL MEDICAL COLLEGE   (United States)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

CONTINUUM ELECTROSTATICS; SOLVATION;

COMPUTER SIMULATION; CONTINUUM MECHANICS; ELECTROSTATICS; FREE ENERGY; MOLECULAR DYNAMICS; NUMERICAL METHODS; PERTURBATION TECHNIQUES;

NUCLEIC ACIDS;

EID: 0037168282     PISSN: 10895647     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/jp025852v     Document Type: Article

References (65)

1. McConnell, K. J.; Beveridge, D. L. J. Mol. Biol. 2000, 304, 803.
2. Hard, T. Q. Rev. Biophys. 1999, 32, 57.
3. Tobias, D. J.; Mertz, J. E.; Brooks, C. L., III. Biochemistry 1991, 30, 6054.
4. Cornell, W. D.; Cieplak, P.; Bayly, C. I.; Gould, I. R.; Merz, K. M.; Ferguson, D. M.; Spellmeyer, D. C.; Fox, T.; Caldwell, J. W.; Kollman, P. A. J. Am. Chem. Soc. 1995, 117, 5179.
5. Langley, D. R. J. Biomol. Struct. Dyn. 1998, 16, 487.
6. Cheatam, T. E.; Cieplak, P.; Kollman, P. A. J. Biomol. Struct. Dyn. 1999, 16, 845.
7. Foloppe, N.; MacKerell, A. D., Jr., J. Comput. Chem. 2000, 21, 86.
8. MacKerell, A. D., Jr.; Banavali, N. K. J. Comput. Chem. 2000, 21, 105.
9. Sagui, C.; Darden, T. A. Annu. Rev. Biophys. Biomol. Struct. 1999, 28, 155.
10. Cheatam, T. E., III; Kollman, P. A. Annu. Rev. Phys. Chem. 2000, 15, 435.
11. York, D. M.; Yang, W. T.; Lee, H.; Darden, T.; Pedersen, L. G. J. Am. Chem. Soc. 1995, 117, 5001.
12. MacKerell, A. D., Jr.; Lee, G. U. Eur. Biophys. J. Biophys. 1999, 28, 415.
13. Kollman, P. Chem. Rev. 1993, 93, 2395.
14. Jean-Charles, A.; Nicholls, A.; Sharp, K.; Honig, B.; Tempczyk, A.; Hendrickson, T. F.; Still, W. C. J. Am. Chem. Soc. 1991, 113, 1454.
15. Straatsma, T. P.; Berendsen, H. J. C. J. Chem. Phys. 1988, 89, 5876.
16. Bader, J. S.; Chandler, D. J. Phys. Chem. 1992, 96, 6423.
17. Hunenberger, P. H.; McCammon, J. A. J. Chem. Phys. 1999, 110, 1856.
18. Hunenberger, P. H.; McCammon, J. A. Biophys. Chem. 1999, 78, 69.
19. Sharp, K. A.; Friedman, R. A.; Misra, V.; Hecht, J.; Honig, B. Biopolymers 1995, 36, 245.
20. Honig, B.; Sharp, K.; Yang, A.-S. J. Phys. Chem. 1993, 97, 1101.
21. Warshel, A.; Papazyan, A. Curr. Opin. Struct. Biol. 1998, 8, 211.
22. Roux, B.; Simonson T. Biophys. Chem. 1999, 78, 1.
23. Born, M. Z. Phys. 1920, 1, 45.
24. Warwicker, J.; Watson, H. C. J. Mol. Biol. 1982, 157, 671.
25. Honig, B.; Nicholls, A. Science. 1995, 268, 1144.
26. Vorobjev, Y. N.; Hermans, J. Biophys. Chem. 1999, 78, 195.
27. Kollman, P. A.; Massova, I.; Reyes, C.; Kuhn, B.; Huo, S. H.; Chong, L.; Lee, M.; Lee, T.; Duan, Y.; Wang, W.; Donini, O.; Cieplak, P.; Srinivasan, J.; Case, D. A.; Cheatham, T. E. Acc. Chem. Res. 2000, 33, 889.
28. Zhang, L. Y.; Gallicchio, E.; Friesner, R. A.; Levy, R. M. J. Comput. Chem. 2001, 22, 591.
29. Hirata, F.; Redfern, P.; Levy, R. M. Int. J. Quantum Chem.: Quantum Biol. Symp. 1988, 15, 179.
30. Jayaram, B.; Fine, R.; Honig, B. J. Phys. Chem. 1989, 93, 4320.
31. Roux, B.; Yu, H.-A.; Karplus, M. J. Phys. Chem. 1990, 94, 4683.
32. Nina, M.; Beglov, D.; Roux, B. J. Phys. Chem. 1997, 101, 5239.
33. Rashin, A. A.; Honig, B. J. Phys. Chem. 1985, 89, 5588.
34. Marrone, T. J.; Gilson, M. K.; McCammon, J. A. J. Phys. Chem. 1996, 100, 1439.
35. Kirkwood, J. G. J. Chem. Phys. 1935, 3, 300.
36. Schlick, T.; Overton, M. J. Comput. Chem. 1987, 8, 1025.
37. Brooks, B. R.; Bruccoleri, R. E.; Olafson, B. D.; States, D. J.; Swaminathan, S.; Karplus, M. J. Comput. Chem. 1983, 4, 187.
38. Florian, J.; Strajbl, M.; Warshel, A. J. Am. Chem. Soc. 1998, 120, 7959.
39. Banavali, N. K.; MacKerell, A. D., Jr. J. Am. Chem. Soc. 2001, 123, 6747.
40. Jorgensen, W. L.; Chandrasekhar, J.; Madura, J. D.; Impey, R. W.; Klein, M. L. J. Chem. Phys. 1983, 79, 926.
41. Beglov, D.; Roux, B. J. Chem. Phys. 1994, 100, 9050.
42. Kirkwood, J. G. J. Chem. Phys. 1934, 2, 351.
43. Ryckaert, P. J.; Ciccotti, G.; Berendsen, J. C. J. Comput. Phys. 1977, 23, 327.
44. Kumar, S.; Bouzida, D.; Swendsen, R. H.; Kollman, P. A.; Rosenberg, J. M. J. Comput. Chem. 1992, 13, 1011.
45. Souaille, M.; Roux, B. Comput. Phys. Comm. 2001, 135, 40.
46. Klapper, I.; Hagstrom, R.; Fine, R.; Sharp, K.; Honig, B. Proteins: Struct., Funct. Genet. 1986, 1, 47.
47. Davis, M. E.; Madura, J. D.; Luty, B.; McCammon, J. A. Comput. Phys. Comm. 1991, 62, 187.
48. Gilson, M. K.; Honig, B. Proteins: Struct., Funct. Genet. 1988, 3, 32.
49. Richards, F. M. Annu. Rev. Biophys. Bioeng. 1977, 6, 151.
50. Im, W.; Beglov, D.; Roux, B. Comput. Phys. Commun. 1998, 111, 59.
51. Barton, M. C.; Crowe, A. J. Oncogene 2001, 20, 3094.
52. Olson, W. K.; Gorin, A. A.; Lu, X. J.; Hock, L. M.; Zhurkin, V. B. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1998, 95, 11163.
53. Dickerson, R. E.; Ng, H. L. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2001, 98, 6986.
54. Miller, J. L.; Kollman, P. A. J. Phys. Chem. B 1996, 100, 8587.
55. Saenger, W. TITLE; Springer-Verlag: New York, 1984.
56. Florian, J.; Warshel, A. J. Phys. Chem. B 1997, 101, 5583.
57. Jayaram, B.; Sprous, D.; Young, M. A.; Beveridge, D. L. J. Am. Chem. Soc. 1998, 120, 10629.
58. Srinivasan, J.; Cheatham, T. E., III; Cieplak, P.; Kollman, P. A.; Case, D. A. J. Am. Chem. Soc. 1998, 120, 9401.
59. Banavali, N. K.; MacKerell, A. D., Jr. J. Mol. Biol. 2002, in press.
60. Stofer, E.; Chipot, C.; Lavery, R. J. Am. Chem. Soc. 1999, 121, 9503.
61. Arora, N.; Jayaram, B. J. Phys. Chem. B 1998, 102, 6139.
62. Manning, G. S.; Ray, J. J. Biomol. Struct. Dyn. 1998, 16, 461.
63. Volker, J.; Klump, H. H.; Manning, G. S.; Breslauer, K. J. J. Mol. Biol. 2001, 310, 1011.
64. Soler-Lopez, M.; Malinina, L.; Liu, J.; Huynth-Dinh, T.; Subirana, J. A. J. Biol. Chem. 1999, 274, 23683.
65. Feig, M.; Pettitt, B. M. Biophys. J. 1999, 77, 1769.