Atomic radii for continuum electrostatics calculations based on molecular dynamics free energy simulations

Journal of Physical Chemistry B

Volumn 101, Issue 26, 1997, Pages 5239-5248

  Nina, Mafalda ^a   Beglov, Dmitri ^b   Roux, Benoît ^a,b  

^a UNIVERSITÉ DE MONTRÉAL   (Canada)

^b Centre de Recherche en Calcul Applique   (Canada)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

COMPUTATIONAL METHODS; COMPUTER SIMULATION; ELECTROSTATICS; FREE ENERGY; MATHEMATICAL MODELS; MOLECULAR DYNAMICS; PERTURBATION TECHNIQUES; SOLVENTS;

ACETYL METHYLAMIDE; ATOMIC BORN RADII;

AMINO ACIDS;

EID: 0031167555     PISSN: 15206106     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/jp970736r     Document Type: Article

References (65)

1. Privalov, P. L.; Makhatadze, G. I. J. Mol. Biol. 1993, 232, 660.
2. Nicholls, A.; Sharp, K.; Honig, B. Proteins 1991, 11, 281.
3. Cabani, S.; Gianni, P.; Mollica, V.; Lepori, L. J. Solution Chem. 1981, 10, 563.
4. Mohan, V.; Davis, M. E.; McCammon, J. A.; Pettitt, B. M. J. Phys. Chem. 1992, 96, 6428.
5. McCammon, J. A.; Straatsma, T. P. Annu. Rev. Phys. Chem. 1992, 43, 407.
6. Boresch, S.; Archontis, G.; Karplus, M. Proteins 1994, 20, 25.
7. Brooks, C. L., III; Karplus, M.; Pettitt, B. M. Proteins. A theoretical perspective of dynamics, structure and thermodynamics; John Wiley & Sons: New York, 1988.
8. Tobias, D. J.; Mertz, J. E.; Brooks, C. L., III. Biochemistry 1991, 30, 6054.
9. Tobias, D. J.; Brooks, C. L., III. Biochemistry 1991, 30, 6059.
10. Gao, J.; Kuczera, K.; Tidor, B.; Karplus, M. Science 1989, 244, 1069.
11. Kollman, P. Chem. Rev. 1993, 93, 2395.
12. Jorgensen, W. L.; Gao, J. J. Am. Chem. Soc. 1988, 110, 4212.
13. Postma, J. P.; Berendsen, H. C.; Haak, J. R. Faraday Symp. Chem. Soc. 1982, 17, 55.
14. Mazor, M.; Pettitt, B. M. Mol. Simul. 1991, 6, 1.
15. Mitchell, M. J.; McCammon, J. A. J. Comput. Chem. 1991, 12, 271.
16. Pearlman, D. A.; Kollman, P. A. J. Chem. Phys. 1991, 94, 4532.
17. Chotia, C. Nature 1974, 248, 338.
18. Fauchère, J.-L.; Plǐska, V. Eur. J. Med. Chem. 1983, 18, 369.
19. Eisenberg, D.; McLachlan, A. D. Nature 1986, 319, 199.
20. Ooi, T.; Oobatake, M.; Némethy, G.; Scheraga, H. A. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1987, 84, 3086.
21. Wesson, L.; Eisenberg, D. Protein Sci. 1992, 1, 227.
22. Wimley, C. W.; Creamer, T. P.; White, S. H. Biochemistry 1996, 35, 5109.
23. Simonson, T.; Brunger, A. J. Phys. Chem. 1994, 98, 4683.
24. Sitkoff, D.; Sharp, K. A.; Honig, B. J. Phys. Chem. 1994, 98, 1978.
25. Sitkoff, D.; Ben-Tal, N.; Honig, B. J. Phys. Chem. 1996, 100, 2744.
26. Ben-Tal, N.; Nicholls, A.; Honig, B. Biophys. J. 1996, 70, 1803.
27. Honig, B.; Sharp, K.; Yang, A.-S. J. Phys. Chem. 1993, 97, 1101.
28. Born, M. Z. Phys. 1920, 1, 45.
29. Kirkwood, J. G. J. Chem. Phys. 1934, 2, 351.
30. Warwicker, J.; Watson, H. C. J. Mol. Biol. 1982, 157, 671.
31. Honig, B.; Nicholls, A. Science 1995, 268, 1144.
32. Zauhar, R. J.; Morgan, R. S. J. Mol Biol. 1985, 186, 815.
33. Jayaram, B.; Fine, R.; Sharp, K.; Honig, B. J. Phys. Chem. 1989, 93, 4320.
34. Hirata, F.; Redfern, P.; Levy, R. M. Int. J. Quantum Chem., Quantum Biol. Symp. 1988, 15, 179.
35. Roux, B.; Yu, H.-A.; Karplus, M. J. Phys. Chem. 1990, 94, 4683.
36. Rashin, A. A.; Honig, B. J. Phys. Chem. 1985, 89, 5588.
37. Lim, C.; Bashford, D.; Karplus, M. J. Phys. Chem. 1991, 95, 5610.
38. Jorgensen, W. L.; Tirado-Rives, J. J. Am. Chem. Soc. 1988, 110, 1657.
39. Weiner, S. J.; Kollman, P. A.; Case, U. C.; Ghio, C.; Alagona, G.; Profeta, S.; Weiner, P. J. Am. Chem. Soc. 1973, 106, 765.
40. Jean-Charles, A.; Nicholls, A.; Sharp, K.; Honig, B.; Tempczyk, A.; Hendrickson, T. F.; Still, C. J. Am. Chem. Soc. 1991, 113, 1454.
41. Ewing, T. J. A.; Lybrand, T. P. J. Phys. Chem. 1994, 98, 1748.
42. Marrone, T. J.; Gilson, M. K.; McCammon, J. A. J. Phys. Chem. 1996. 100, 1439.
43. Jackson, J. D. Classical electrodynamics; John Wiley & Sons: New York, 1962.
44. Roux, B. Biophys. J. 1996, 71, 3177.
45. Beglov, D.; Roux, B. J. Chem. Phys. 1996, 104, 8678.
46. Mackerell, A. D., Jr.; Bashford, D.; Bellot, M.; Dunbrack, R. L.; Field, M. J.; Fischer, S.; Gao, J.; Guo, H.; Joseph, D.; Ha, S.; Kuchnir, L.; Kuczera, K.; Lau, F. T. K.; Mattos, C.; Michnick, S.; Nguyen, D. T.; Ngo, T.; Prodhom, B.; Roux, B.; Schlenkrich, B.; Smith, J.; Stole, R.; Straub, J.; Wiorkiewicz-Kuczera, J.; Karplus, M. Biophys. J. 1992, 61, A143.
47. Dunbrack, R. L.; Karplus, M. J. Mol. Biol. 1993, 230, 543.
48. Jorgensen, W. L.; Chandrasekhar, J.; Madura, J. D.; Impey, R. W.; Klein, M. L. J. Chem. Phys. 1983, 79, 926.
49. Beglov, D.; Roux, B. J. Chem. Phys. 1994, 100, 9050.
50. Ryckaert, J. P.; Ciccotti, G.; Berendsen, H. J. C. J. Comput. Phys. 1977, 23, 327.
51. Brooks, B. R.; Bruccoleri, R. E.; Olafson, B. D.; States, D. J.; Swaminathan, S.; Karplus, M. J. Comput. Chem. 1983, 4, 187.
52. Straatsma, T. P.; Berendsen, H. J. C.; Postma, J. P. M. J. Chem. Phys. 1986, 85, 6720.
53. Straatsma, T. P.; Berendsen, H. J. C.; Postma, J. P. M. J. Chem. Phys. 1988, 89, 5876.
54. Kumar, S.; Bouzida, D.; Swendsen, R. H.; Kollman, P. A.; Rosenberg, J. M. J. Comput. Chem. 1992, 13, 1011.
55. Klapper, I.; Hagstrom, R.; Fine, R.; Sharp, K.; Honig, B. Proteins 1986, 1, 47.
56. Davis, M. E.; Madura, J. D.; Luty, B. A. Comput. Phys. Commun. 1991, 62, 187.
57. Gilson, M. K.; Honig, B. Proteins 1988, 3, 32.
58. Richards, F. M. Annu. Rev. Biophys. Bioeng. 1977, 6, 151.
59. Jiang, J.-S.; Brunger, A. J. Mol. Biol. 1994, 243, 100.
60. Berendsen, H. J. C. Postma, J. P. M., van Gunsteren, W. F., Hermans, J. B. Pullman Eds.; XXX; Reidel: Dordrecht, 1981.
61. Mezei, M.; Mehrotra, P. K.; Beveridge, D. L. J. Am. Chem. Soc. 1985, 107, 2239.
62. Roux, B. Comput. Phys. Commun. 1995, 91, 275.
63. Åqvist, J.; Hansson, T. J. Phys. Chem. 1996, 100, 9512.
64. Wolfenden, R.; Andersson, L.; Cullis, P. M.; Southgate, C. C. B. Biochemistry 1981, 20, 849.
65. Radzicka, A.; Wolfenden, R. Biochemistry 1988, 27, 1664.