Prediction of salt and mutational effects on the association rate of U1A protein and U1 small nuclear RNA stem/loop II

Journal of Physical Chemistry B

Volumn 112, Issue 19, 2008, Pages 5955-5960

  Qin, Sanbo ^a   Zhou, Huan Xiang ^a  

^a Florida State University   (United States)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

BINDING ENERGY; CONCENTRATION (PROCESS); FORECASTING; NUCLEIC ACIDS; RNA;

ASSOCIATION RATES; ATOMISTIC MODELLING; BINDING RATES; COMPUTATIONAL APPROACH; MARGINAL CONTRIBUTION; MUTATIONAL EFFECTS; NUCLEAR RNA; QUANTITATIVE AGREEMENT; RNA-BINDING; SALT CONCENTRATIONS;

BINDING SITES;

INORGANIC SALT; RNA; RNA BINDING PROTEIN; SMALL NUCLEAR RIBONUCLEOPROTEIN; SMALL NUCLEAR RNA; U1 SMALL NUCLEAR RNA; U1A PROTEIN;

ARTICLE; CHEMICAL STRUCTURE; CHEMISTRY; COMPUTER SIMULATION; DIFFUSION; GENETICS; HUMAN; METABOLISM; MUTATION; PROTEIN BINDING; PROTEIN QUATERNARY STRUCTURE; X RAY CRYSTALLOGRAPHY;

COMPUTER SIMULATION; CRYSTALLOGRAPHY, X-RAY; DIFFUSION; HUMANS; MODELS, MOLECULAR; MUTATION; PROTEIN BINDING; PROTEIN STRUCTURE, QUATERNARY; RIBONUCLEOPROTEIN, U1 SMALL NUCLEAR; RNA; RNA, SMALL NUCLEAR; RNA-BINDING PROTEINS; SALTS;

EID: 44949233135     PISSN: 15206106     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/jp075919k     Document Type: Article

References (76)

1. Hall, K. B.; Stump, W. T. Nucleic Acids Res. 1992, 20, 4283.
2. Oubridge, C.; Ito, N.; Evans, P. R.; Teo, C. H.; Nagai, K. Nature 1994, 372, 432.
3. Hermann, T.; Westhof, E. Nat. Struct. Biol. 1999, 6, 540.
4. Reyes, C. M.; Kollman, P. A. J. Mol. Biol. 2000, 295, 1.
5. Olson, M. A. Biophys. J. 2001, 81, 1841.
6. Blakaj, D. M.; McConnell, K. J.; Beveridge, D. L.; Baranger, A. M. J. Am. Chem. Soc. 2001, 123, 2548.
7. Katsamba, P. S.; Myszka, D. G.; Laird-Offringa, I. A. J. Biol. Chem. 2001, 276, 21476.
8. Showalter, S. A.; Hall, K. B. J. Mol. Biol. 2002, 322, 533.
9. Katsamba, P. S.; Bayramyan, M.; Haworth, I. S.; Myszka, D. G.; Laird-Offringa, I. A. J. Biol. Chem. 2002, 277, 33267.
10. Shiels, J. C.; Tuite, J. B.; Nolan, S. J.; Baranger, A. M. Nucleic Acids Res. 2002, 30, 550.
11. McConnell, T. S.; Lokken, R. P.; Steitz, J. A. RNA 2003, 9, 193.
12. Rupert, P. B.; Xiao, H.; Ferre-D'Amare, A. R. Acta Crystallogr., Sect. D: Biol. Crystallogr. 2003, 59, 1521.
13. Law, M. J.; Chambers, E. J.; Katsamba, P. S.; Haworth, I. S.; Laird-Offringa, I. A. Nucleic Acids Res. 2005, 33, 2917.
14. Law, M. J.; Linde, M. E.; Chambers, E. J.; Oubridge, C.; Katsamba, P. S.; Nilsson, L.; Haworth, I. S.; Laird-Offringa, I. A. Nucleic Acids Res. 2006, 34, 275.
15. Law, M. J.; Rice, A. J.; Lin, P.; Laird-Offringa, I. A. RNA 2006, 12, 1168.
16. Dobson, N.; Dantas, G.; Baker, D.; Varani, G. Structure 2006, 14, 847.
17. Qin, S. B.; Zhou, H.-X. Biopolymers 2007, 86, 112.
18. Kormos, B. L.; Benitex, Y.; Baranger, A. M.; Beveridge, D. L. J. Mol. Biol. 2007, in press.
19. Vijayakumar, M.; Wong, K. Y.; Schreiber, G.; Fersht, A. R.; Szabo, A.; Zhou, H.-X. J. Mol. Biol. 1998, 278, 1015.
20. Zhou, H.-X. Biopolymers 2001, 59, 427.
21. Alsallaq, R.; Zhou, H.-X. Biophys. J. 2007, 92, 1486.
22. Alsallaq, R.; Zhou, H.-X. Structure 2007, 15, 215.
23. Alsallaq, R.; Zhou, H.-X. Proteins 2008, 77, 320.
24. Zhou, H.-X.; Wong, K. Y.; Vijayakumar, M. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1997, 94, 12372.
25. Huang, X.; Dong, F.; Zhou, H.-X. J. Am. Chem. Soc. 2005, 127, 6836.
26. c.
27. Zhou, H.-X. Biophys. J. 1993, 64, 1711.
28. Zhou, H.-X. J. Chem. Phys. 1996, 105, 7235.
29. Zhou, H.-X.; Briggs, J. M.; McCammon, J. A. J. Am. Chem. Soc. 1996, 118, 13069.
30. Zhou, H.-X. Biophys. J. 1997, 73, 2441.
31. Zhou, H.-X.; Briggs, J. M.; Tara, S.; McCammon, J. A. Biopolymers 1998, 45, 355.
32. Zhou, H.-X. Protein Sci. 2003, 12, 2379.
33. Miller, C. Biochemistry 1990, 29, 5320.
34. Candia, S.; Garcia, M. L.; Latorre, R. Biophys. J. 1992, 63, 583.
35. Goldstein, S. A. N.; Miller, C. Biophys. J. 1993, 65, 1613.
36. Schreiber, G.; Fersht, A. R. Biochemistry 1993, 32, 5145.
37. Escobar, L.; Root, M. J.; MacKinnon, R. Biochemistry 1993, 32, 6982.
38. Murrell-Lagnado, R. D.; Aldrich, R. W. J. Gen. Physiol. 1993, 102, 977.
39. Wallis, R.; Moore, G. K.; James, R.; Kleanthous, C. Biochemistry 1995, 34, 13743.
40. Shen, B. J.; Hage, T.; Sebald, W. Eur. J. Biochem. 1996, 240, 252.
41. Wendt, H.; Leder, L.; Harma, H.; Jelesarov, I.; Baici, A.; Bosshard, H. R. Biochemistry 1997, 36, 204.
42. Radic, Z.; Kirchhoff, P. D.; Quinn, D. M.; McCammon, J. A.; Taylor, P. J. Biol. Chem. 1997, 272, 23265.
43. Baerga-Ortiz, A.; Rezaie, A. R.; Komives, E. A. J. Mol. Biol. 2000, 296, 651.
44. Darling, R. J.; Kuchibhotla, U.; Glaesner, W.; Micanovic, R.; Witcher, D. R.; Beals, J. M. Biochemistry 2002, 41, 14524.
45. Walker, D.; Moore, G. R.; James, R.; Kleanthous, C. Biochemistry 2003, 42, 4161.
46. Stewart, R. C.; Van Bruggen, R. J. Mol. Biol. 2004, 336, 287.
47. Gianni, S.; Engstrom, A.; Larsson, M.; Calosci, N.; Malatesta, F.; Eklund, L.; Ngang, C. C.; Travaglini-Allocatelli, C.; Jemth, P. J. Biol. Chem. 2005, 280, 34805.
48. Hemsath, L.; Dvorsky, R.; Fiegen, D.; Carlier, M. F.; Ahmadian, M. R. Mol. Cell 2005, 20, 313.
49. Northrup, S. H.; Reynolds, J. C. L.; Miller, C. M.; Forrest, K. J.; Boles, J. O. J. Am. Chem. Soc. 1986, 108, 8162.
50. Northrup, S. H.; Erickson, H. P. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1992, 89, 3338.
51. Gabdoulline, R. R.; Wade, R. C. Biophys. J. 1997, 72, 1917.
52. Elcock, A. H.; Gabdoulline, R. R.; Wade. R. C.; McCammon, J. A. J. Mol. Biol. 1999, 291, 149.
53. Altobelli, G.; Subramaniam, S. Biophys. J. 2000, 79, 2954.
54. Fogolari, F.; Ugolini, R.; Molinari, H.; Viglino, P.; Esposito, G. Eur. J. Biochem. 2000, 267, 4861.
55. Gabdoulline, R. R.; Wade, R. C. J. Mol. Biol. 2001, 306, 1139.
56. Zou, G.; Skeel, R. D. Biophys. J. 2003, 85, 2147.
57. Lin, J.; Beratan, D. N. J. Phys. Chem. B 2005, 109, 7529.
58. Spaar, A.; Dammer, C.; Gabdoulline, R. R.; Wade, R. C.; Helms, V. Biophys. J. 2006, 90, 1913.
59. Haddadian, E. J.; Gross, E. L. Biophys. J. 2006, 91, 2589.
60. Gabdoulline, R. R.; Wade, R. C. J. Phys. Chem. 1996, 100, 3868.
61. Case, D. A.; Darden, T. A.; Cheatham, T. E., III; Simmerling, C. L.; Wang, J.; Duke, R. E.; Luo, R.; Merz, K. M.; Peariman, D. A.; Crowley, M.; Walker, R. C.; Zhang, W.; Wang, B.; Hayik, S.; Roitberg, A.; Seabra, G.; Wong, K. F.; Paesani, F.; Wu, X.; Brozell, S.; Tsui, V.; Gohlke, H.; Yang, L.; Tan, C.; Mongan, J.; Hornak, V.; Cui, G.; Beroza, P.; Mathews, D. H.; Schafmeister, C.; Ross, W. S.; Kollman, P. A. Amber 9; University of California: San Francisco, CA, 2006.
62. Madura, J. D.; Briggs, J. M.; Wade, R. C.; Davis, M. E.; Luty, B. A.; IIin, A.; Antosiewicz, J.; Gilson, M. K.; Bagheri, B.; Scott, L. R.; McCammon, J. A. Comput. Phys. Commun. 1995, 91, 57.
63. Cornell, W. D.; Cieplak, P.; Bayly, C. I.; Gould, I. R.; Merz, K. M.; Ferguson, D. M.; Spellmeyer, D. C.; Fox, T.; Caldwell, J. W.; Kollman, P. A. J. Am. Chem. Soc. 1995, 117, 5179.
64. Bondi, A. J. Phys. Chem. 1964, 68, 441.
65. Schlosshauer, M.; Baker, D. Protein Sci. 2004, 13, 1660.
66. -c are not significantly affected by salt. That possibility seems justified when the transient complex is close to the native complex.
67. Avis, J. M.; Allain, F. H.; Howe, P. W.; Varani, G.; Nagai, K.; Neuhaus, D. J. Mol. Biol. 1996, 257, 398.
68. Zhou, H.-X.; Wlodek, S. T.; McCammon, J. A. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1998, 95, 9280.
69. Zhou, H.-X. J. Chem. Phys. 2003, 118, 2010.
70. Dong, F.; Vijayakumar, M.; Zhou, H.-X. Biophys. J. 2003, 85, 49.
71. Dong, F.; Zhou, H.-X. Proteins 2006, 65, 87.
72. Milev, S.; Bosshard, H. R.; Jelesarov, I. Biochemistry 2005, 44, 285.
73. Auweter, S. D.; Fasan, R.; Reymond, L.; Underwood, J. G.; Black, D. L.; Pitsch, S.; Allain, F. H. EMBO. J. 2006, 25, 163.
74. Debye, P. Trans. Electrochem Soc. 1942, 82, 265.
75. Kozlov, A. G.; Lohman, T. M. Biochemistry 2002, 41, 6032.
76. Zhou, H. X.; Szabo, A. Phys. Rev. Lett. 2004, 93, 178101.