Effective charges for macromolecules in solvent

Journal of Physical Chemistry

Volumn 100, Issue 9, 1996, Pages 3868-3878

  Gabdoulline, R R ^a   Wade, R C ^a  

^a EUROPEAN MOLECULAR BIOLOGY LABORATORY   (Germany)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

EID: 33748501925     PISSN: 00223654     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/jp953109f     Document Type: Article

References (30)

1. Warwicker, J.; Watson, H. C. J. Mol. Biol. 1982, 157, 671.
2. Klapper, I.; Hagstrom, R.; Fine, R.; Sharp, K.; van Keulen, A. M.; van der Ploeg, A.; Berendsen, H. J. C. Proteins: Struct. Funct. Genet. 1986, 1, 47.
3. Davis, M. E.; McCammon, J. A. J. Comput. Chem. 1990, 11, 401.
4. Madura, J. D.; Briggs, J. M.; Wade, R. C.; Davis, M. E.; Luty, B. A.; Ilin, A.; Antosiewicz, J.; Gilson, M. K.; Bagheri, B.; Scott, L. R.; McCammon, J. A. Comput. Phys. Commun. 91, 57-95.
5. Zauhar, R. J.; Morgan, R. S. J. Comput. Chem. 1990, 11, 603.
6. Juffer, A. H.; Botta, E. F. F.; van Keulen, B. A. M.; van der Ploeg, A. J. Comput. Phys. 1991, 97, 144.
7. Yoon, B. J.; Lenhoff, A. M. J. Phys. Chem. 1992, 96, 3130.
8. Zhou, H.-X. Biophys. J. 1993, 65, 955.
9. Northrup, S. H.; Boles, J. O.; Reynolds, J. C. L. Science 1988, 241, 67.
10. Luty, B. A.; Wade, R. C.; Madura, J. D.; Davis, M. E.; Briggs, J. M.; McCammon, J. A. J. Phys. Chem. 1993, 97, 233.
11. Kozack, R. E.; d'Mello, M. J.; Subramaniam, S. Biophys. J. 1995, 68, 807.
12. Stouch, T. R.; Williams, D. E. J. Comput. Chem. 1993, 14, 858.
13. Cornell, W. D.; Cieplak, P.; Bayly, C. I.; Kollman, P. A. J. Phys. Chem. 1993, 97, 10269.
14. Buckingham, A. D.; Flower, P. W. J. Chem. Phys. 1983, 79, 6426.
15. Kollman, P. A.; Dill, K. A. J. Biomol. Struct. Dyn. 1991, 8, 1103.
16. Davis, M. E. J. Chem. Phys. 1994, 100, 5149.
17. Davis, M. E. J. Chem. Phys. 1994, 101, 3414.
18. Cornell, W. D.; Cieplak, P.; Bayly, C. I.; Kollman, P. A. J. Am. Chem. Soc. 1993, 115, 9620.
19. Press, W. H.; Flannery, B. P.; Teukolsky, S. A.; Vetterling, W. T. Numerical recipes; Cambridge University Press: Cambridge, U.K., 1992; Chapter 11.
20. Reynolds, C. A.; Essex, J. W.; Richards, W. G. J. Am. Chem. Soc. 1992, 114, 9075.
21. Landau, L. D.; Lifshitz, E. M. Electrodynamics of continuous media; Pergamon: New York, 1963; Chapter 1.
22. Davis, M. E.; Madura, J. D.; Luty, B. A.; McCammon, J. A. Comput. Phys. Commun. 1990, 62, 187.
23. Jorgensen, W.; Tirado-Rives, J. J. Am. Chem. Soc. 1988, 110, 1657.
24. Mohan, V.; Davis, M. E.; McCammon, J. A.; Pettitt, B. M. J. Phys. Chem. 1992, 96, 6428.
25. van Gunsteren, W. F.; Berendsen, H. J. C.; Hermans, J.; Hol, W. G. J.; Postma, J. P. M. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1983, 80, 4315.
26. Wlodawer, A.; Pavlovsky, A.; Gustchina, A. FEBS Lett. 1992, 309, 59.
27. Müller, T.; Sebald, W.; Oschkinat, H. J. Mol. Biol. 1994, 237, 423.
28. Brandhuber, B. J.; Boone, T.; Kenney, W. C.; McKay, D. B. Science 1987, 238, 1707.
29. Jackson, J. D. Classical electrostatics, 2nd ed.; Wiley: New York, 1975; Chapter 4.
30. McCammon, J. A.; Northrup, S. H.; Karplus, M.; Levy, R. M. Biopolymers 1980, 19, 2033.