NMR studies of modular protein structures and their interactions

Chemical Reviews

Volumn 104, Issue 8, 2004, Pages 3557-3565

  Pickford, Andrew R ^a   Campbell, Iain D ^a  

^a UNIVERSITY OF OXFORD   (United Kingdom)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

BINDING ENERGY; BIOLOGY; MOLECULAR DYNAMICS; MOLECULAR ORIENTATION; MOLECULAR STRUCTURE; PROTEINS;

FIBRONECTIN; MICROFIBRILS; MOLECULAR INTERACTION; PROTEIN STRUCTURE;

NUCLEAR MAGNETIC RESONANCE;

ACTIN BINDING PROTEIN; COMPLEMENT; FIBRILLIN; FIBRONECTIN;

CHEMISTRY; HUMAN; METABOLISM; METHODOLOGY; NUCLEAR MAGNETIC RESONANCE; PROTEIN CONFORMATION; PROTEIN TERTIARY STRUCTURE; REVIEW; UPREGULATION;

COMPLEMENT SYSTEM PROTEINS; FIBRONECTINS; HUMANS; MICROFILAMENT PROTEINS; NUCLEAR MAGNETIC RESONANCE, BIOMOLECULAR; PROTEIN CONFORMATION; PROTEIN STRUCTURE, TERTIARY; UP-REGULATION;

EID: 4344624612     PISSN: 00092665     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/cr0304018     Document Type: Article

References (68)

1. Koonin, E. V.; Wolf, Y. I.; Karev, G. P. Nature 2002, 420, 218.
2. Bork, P.; Downing, A. K.; Kieffer, B.; Campbell, I. D. Q. Rev. Biophys. 1996, 29, 119.
3. Copley, R. R.; Doerks, T.; Letunic, I.; Bork, P. FEBS Lett. 2002, 513, 129.
4. Staunton, D.; Owen, J.; Campbell, I. D. Acc. Chem. Res. 2003, 36, 207.
5. Campbell, I. D. Immunol. Rev. 1998, 163, 11.
6. Zuiderweg, E. R. P. Biochemistry 2002, 41, 1.
7. Fiaux, J.; Bertelsen, E. B.; Horwich, A. L.; Wuthrich, K. Nature 2002, 418, 207.
8. Nishida, N.; Sumikawa, H.; Sakakura, M.; Shimba, N.; Takahashi, H.; Terasawa, H.; Suzuki, E.; Shimada, I. Nat. Struct. Biol. 2003, 10, 53.
9. Hoellerer, M. K.; Noble, M. E. M.; Labesse, G.; Campbell, I. D.; Werner, J. M.; Arold, S. T. Structure 2003, 11, 1207.
10. Ikura, M.; Clore, G. M.; Gronenborn, A. M.; Zhu, G.; Klee, C. B.; Bax, A. Science 1992, 256, 632.
11. Breeze, A. L. Prog. Nucl. Magn. Reson. Spectrosc. 2000, 36, 323.
12. Schwarz-Linek, U.; Werner, J. M.; Pickford, A. R.; Gurusiddappa, S.; Kim, J. H.; Pilka, E. S.; Briggs, J. A. G.; Gough, T. S.; Hook, M.; Campbell, I. D.; Potts, J. R. Nature 2003, 423, 177.
13. Dominguez, C.; Boelens, R.; Bonvin, A. J. Am. Chem. Soc. 2003, 125, 1731.
14. Pickford, A. R.; Smith, S. P.; Staunton, D.; Boyd, J.; Campbell, I. D. EMBO J. 2001, 20, 1519.
15. Bax, A.; Kontaxis, G.; Tjandra, N. Nuclear Magnetic Resonance of Biological Macromolecules, Pt B; Academic Press: San Diego, CA, 2001; Vol. 339.
16. Fischer, M. W. F.; Losonczi, J. A.; Weaver, J. L.; Prestegard, J. H. Biochemistry 1999, 38, 9013.
17. Dosset, P.; Hus, J. C.; Marion, D.; Blackledge, M. J. Biomol. NMR 2001, 20, 223.
18. Ulmer, T. S.; Werner, J. M.; Campbell, I. D. Structure 2002, 10, 901.
19. Braddock, D. T.; Cai, M. L.; Baber, J. L.; Huang, Y.; Clore, G. M. J. Am. Chem. Soc. 2001, 123, 8634.
20. Mattinen, M. L.; Paakkonen, K.; Ikonen, T.; Craven, J.; Drakenberg, T.; Serimaa, R.; Waltho, J.; Annila, A. Biophys. J. 2002, 83, 1177.
21. Bruschweiler, R.; Liao, X. B.; Wright, P. E. Science 1995, 268, 886.
22. Clore, G. M.; Gronenborn, A. M.; Szabo, A.; Tjandra, N. J. Am. Chem. Soc. 1998, 120, 4889.
23. Ghose, R.; Fushman, D.; Cowburn, D. J. Magn. Reson. 2001, 149, 204.
24. Fushman, D.; Xu, R.; Cowburn, D. Biochemistry 1999, 38, 10225.
25. Smith, S. P.; Hashimoto, Y.; Pickford, A. R.; Campbell, I. D.; Werner, J. M. Biochemistry 2000, 39, 8374.
26. Hashimoto, Y.; Smith, S. P.; Pickford, A. R.; Bocquier, A. A.; Campbell, I. D.; Werner, J. M. J. Biomol. NMR 2000, 17, 203.
27. Baber, J. L.; Szabo, A.; Tjandra, N. J. Am. Chem. Soc. 2001, 123, 3953.
28. Braddock, D. T.; Louis, J. M.; Baber, J. L.; Levens, D.; Clore, G. M. Nature 2002, 415, 1051.
29. Handford, P. A.; Downing, A. K.; Reinhardt, D. P.; Sakai, L. Y. Matrix Biol. 2000, 19, 457.
30. Dietz, H. C.; Pyeritz, R. E. Hum. Mol. Genet. 1995, 4, 1799.
31. Downing, A. K.; Knott, V.; Werner, J. M.; Cardy, C. M.; Campbell, I. D.; Handford, P. A. Cell 1996, 85, 597.
32. Yuan, X. M.; Downing, A. K.; Knott, V.; Handford, P. A. EMBO J. 1997, 16, 6659.
33. Handford, P.; Downing, A. K.; Rao, Z. H.; Hewett, D. R.; Sykes, B. C.; Kielty, C. M. J. Biol. Chem. 1995, 270, 6751.
34. Whiteman, P.; Downing, A. K.; Handford, P. A. Protein Eng. 1998, 11, 957.
35. Kettle, S.; Cardy, C. M.; Yuan, X. M.; Downing, A. K.; Handford, P. Matrix Biol. 1997, 16, 81.
36. Smallridge, R. S.; Whiteman, P.; Doering, K.; Handford, P. A.; Downing, A. K. J. Mol. Biol. 1999, 286, 661.
37. Knott, V.; Downing, A. K.; Cardy, C. M.; Handford, P. J. Mol. Biol. 1996, 255, 22.
38. Smallridge, R. S.; Whiteman, P.; Werner, J. M.; Campbell, I. D.; Handford, P. A.; Downing, A. K. J. Biol. Chem. 2003, 278, 12199.
39. Werner, J. M.; Knott, V.; Handford, P. A.; Campbell, I. D.; Downing, A. K. J. Mol. Biol. 2000, 296, 1065.
40. Potts, J. R.; Campbell, I. D. Curr. Opin. Cell Biol. 1994, 6, 648.
41. Williams, M. J.; Phan, I.; Harvey, T. S.; Rostagno, A.; Gold, L. I.; Campbell, I. D. J. Mol. Biol. 1994, 235, 1302.
42. Phan, I. Q. H.; Boyd J.; Williams, M. J.; Kieffer, B. M.; Campbell, I. D. J. Cell. Biochem. 1995, 34.
43. Phan, I. Q. H.; Boyd, J.; Campbell, I. D. J. Biomol. NMR 1996, 8, 369.
44. Potts, J. R.; Bright, J. R.; Bolton, D.; Pickford, A. R.; Campbell, I. D. Biochemistry 1999, 38, 8304.
45. Bocquier, A. A.; Potts, J. R.; Pickford, A. R.; Campbell, I. D. Struct. Folding Des. 1999, 7, 1451.
46. Sachchidanand; Lequin, O.; Staunton, D.; Mulloy, B.; Forster, M. J.; Yoshida, K.; Campbell, I. D. J. Biol. Chem. 2002, 277, 50629.
47. Hynes, R. O. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1999, 96, 2588.
48. Main, A. L.; Harvey, T. S.; Baron, M.; Boyd, J.; Campbell, I. D. Cell 1992, 71, 671.
49. Leahy, D. J.; Aukhil, I.; Erickson, H. P. Cell 1996, 84, 155.
50. Spitzfaden, C.; Grant, R. P.; Mardon, H. J.; Campbell, I. D. J. Mol. Biol. 1997, 265, 565.
51. Copie, V.; Tomita, Y.; Akiyama, S. K.; Aota, S.; Yamada, K. M.; Venable, R. M.; Pastor, R. W.; Krueger, S.; Torchia, D. A. J. Mol. Biol. 1998, 277, 663.
52. Altroff, H.; van der Walle, C. F.; Asselin, J.; Fairless, R.; Campbell, I. D.; Mardon, H. J. J. Biol. Chem. 2001, 276, 38885.
53. Geiger, B.; Bershadsky, A.; Pankov, R.; Yamada, K. M. Nat. Rev. Mol. Cell Biol. 2001, 2, 793.
54. Yi, M.; Ruoslahti, E. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2001, 98, 620.
55. Briknarova, K.; Akerman, M. E.; Hoyt, D. W.; Ruoslahti, E.; Ely, K. R. J. Mol. Biol. 2003, 332, 205.
56. Gao, M.; Craig, D.; Lequin, O.; Campbell, I. D.; Vogel, V.; Schulten, K. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2003, 100, 14784.
57. Kirkitadze, M. D.; Barlow, P. N. Immunol. Rev. 2001, 180, 146.
58. Uhrinova, S.; Lin, F.; Ball, G.; Bromek, K.; Uhrin, D.; Medof, M. E.; Barlow, P. N. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2003, 100, 4718.
59. Uhrinova, S.; Lin, F.; Uhrin, D.; Medof, M. E.; Barlow, P. N. J. Biomol. NMR 2002, 23, 167.
60. Lukacik, P.; Roversi, P.; White, J.; Esser, D.; Smith, G. P.; Billington, J.; Williams, P. A.; Rudd, P. M.; Wormald, M. R.; Harvey, D. J.; Crispin, M. D. M.; Radcliffe, C. M.; Dwek, R. A.; Evans, D. J.; Morgan, B. P.; Smith, R. A. G.; Lea, S. M. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2004, 101, 1279.
61. Smith, B. O.; Mallin, R. L.; Krych-Goldberg, M.; Wang, X. F.; Hauhart, R. E.; Bromek, K.; Uhrin, D.; Atkinson, J. P.; Barlow, P. N. Cell 2002, 108, 769.
62. Wiles, A. P.; Shaw, G.; Bright, J.; Perczel, A.; Campbell, I. D.; Barlow, P. N. J. Mol. Biol. 1997, 272, 253.
63. Henderson, C. E.; Bromek, K.; Mullin, N. P.; Smith, B. O.; Uhrin, D.; Barlow, P. N. J. Mol. Biol. 2001, 307, 323.
64. Murthy, K. H. M.; Smith, S. A.; Ganesh, V. K.; Judge, K. W.; Mullin, N.; Barlow, P. N.; Ogata, C. M.; Kotwal, G. J. Cell 2001, 104, 301.
65. Kirkitadze, M. D.; Henderson, C.; Price, N. C.; Kelly, S. M.; Mullin, N. P.; Parkinson, J.; Dryden, D. T. F.; Barlow, P. N. Biochem. J. 1999, 344, 167.
66. Sharma, A.; Askari, J. A.; Humphries, M. J.; Jones, E. Y.; Stuart, D. I. EMBO J. 1999, 18, 1468.
67. Whiteman, P.; Downing, A. K.; Smallridge, R.; Winship, P. R.; Handford, P. A. J. Biol. Chem. 1998, 273, 7807.
68. Kettle, S.; Yuan, X. M.; Grundy, G.; Knott, V.; Downing, A. K.; Handford, P. A. J. Mol. Biol. 1999, 285, 1277.