From conversion to aggregation: Protofibril formation of the prion protein

Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America

Volumn 101, Issue 8, 2004, Pages 2293-2298

  DeMarco, Mari L ^a   Daggett, Valerie ^a  

^a UNIVERSITY OF WASHINGTON   (United States)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

ISOPROTEIN; MONOMER; PRION PROTEIN;

AMYLOIDOSIS; ARTICLE; BETA SHEET; CRYSTAL STRUCTURE; CRYSTALLOGRAPHY; FIBER; HYDROGEN BOND; HYDROPHOBICITY; INFECTION; MOLECULAR DYNAMICS; NERVE DEGENERATION; NEUROTOXICITY; NUCLEAR MAGNETIC RESONANCE SPECTROSCOPY; PRION DISEASE; PRIORITY JOURNAL; PROTEIN AGGREGATION; PROTEIN CONFORMATION; PROTEIN FOLDING; SCRAPIE; SENILE PLAQUE; SIMULATION;

AMINO ACID SEQUENCE; HYDROGEN-ION CONCENTRATION; IMAGE PROCESSING, COMPUTER-ASSISTED; MICROSCOPY, ELECTRON; MODELS, MOLECULAR; MUTAGENESIS, SITE-DIRECTED; PEPTIDE FRAGMENTS; PRIONS; PROTEIN CONFORMATION; PROTEIN SUBUNITS;

SCRAPIE PRION;

EID: 1442330474     PISSN: 00278424     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1073/pnas.0307178101     Document Type: Article

References (66)

1. Harris, D. A. (1999) Clin. Microbiol. Rev. 12, 429-444.
2. Prusiner, S. B. (1991) Science 252, 1515-1522.
3. Prusiner, S. B. (1998) Proc. Natl. Acad. Sci. USA 95, 13363-13383.
4. DeArmond, S. J. & Prusiner, S. B. (1996) Am. J. Pathol. 146, 785-811.
5. James, T. L., Liu, H., Ulyanov, N. B., Farr-Jones, S., Zhang, H., Donne, D. G., Kaneko, K., Groth, D., Mehlhorn, I., Prusiner, S. B., et al. (1997) Proc. Natl. Acad. Sci. USA 94, 10086-10091.
6. Rick, R., Hornemann, S., Wider, G., Billeter, M., Glockshuber, R. & Wuthrich, K. (1996) Nature 382, 180-182.
7. Lopez Garcia, F., Zahn, R., Rick, R. & Wuthrich, K. (2000) Proc. Natl. Acad. Sci. USA 97, 8334-8339.
8. Zahn, R., Liu, A., Luhrs, T., Rick, R., von Schroetter, C., Lopez Garcia, F., Billeter, M., Calzolai, L., Wider, G. & Wuthrich, K. (2000) Proc. Natl. Acad. Sci. USA 97, 145-150.
9. Calzolai, L. & Zahn, R. (2003) J. Biol. Chem. 278, 35592-35596.
10. Pan, K. M., Baldwin, M., Nguyen, J., Gasset, M., Serban, A., Groth, D., Huang, Z., Fletterick, R. J., Cohen, F. E. & Prusiner, S. B. (1993) Proc. Natl. Acad. Sci. USA 90, 10962-10966.
11. Caughey, B. W., Dong, A., Bhat, K. S., Ernst, D., Hayes, S. F. & Caughey, W. S. (1991) Biochemistry 30, 7672-7680.
12. Jackson, G. S., Hill, A. F., Joseph, C., Hosszu, L., Power, A., Waltho, J. P., Clarke, A. R. & Collinge, J. (1999) Biochim. Biophys. Acta 1431, 1-13.
13. Oesch, B., Westaway, D., Walchli, M., McKinley, M. P., Kent, S. B., Aebersold, R., Barry, R. A., Tempst, P., Teplow, D. B., Hood, L. E., et al. (1985) Cell 40, 735-746.
14. Sunde, M., Serpell, L. C., Bartlam, M., Fraser, P. E., Pepys, M. B. & Blake, C. C. (1997) J. Mol. Biol. 273, 729-739.
15. Conway, K. A., Harper, J. D. & Lansbury, P. T., Jr. (2000) Biochemistry 39, 2552-2563.
16. Bucciantini, M., Giannoni, E., Chiti, F., Baroni, F., Formigli, L., Zurdo, J., Taddei, N., Ramponi, G., Dobson, C. M. & Stefani, M. (2002) Nature 416, 507-511.
17. Kayed, R., Head, E., Thompson, J. L., McIntire, T. M., Milton, S. C., Cotman, C. W. & Glabe, C. G. (2003) Science 300, 486-489.
18. Hartley, D. M., Walsh, D. M., Ye, C. P., Diehl, T., Vasquez, S., Vassilev, P. M., Teplow, D. B. & Selkoe, D. J. (1999) J. Neurosci. 19, 8876-8884.
19. Salmona, M., Malesani, P., DeGioia, L., Gorla, S., Bruschi, M., Molinari, A., Della Vedova, F., Pedrotti, B., Marrari, M. A., Awan, T., et al. (1999) Biochem. J. 342, 207-214.
20. Caughey, B. & Lansbury, P. T. (2003) Annu. Rev. Neurosci. 26, 267-298.
21. Speare, J. O., Rush, T. S., III, Bloom, M. E. & Caughey, B. (2003) J. Biol. Chem. 278, 12522-12529.
22. Vanik, D.L. & Surewicz, W. K. (2002) J. Biol. Chem. 277, 49065-49070.
23. Swietnicki, W., Petersen, R., Gambetti, P. & Surewicz, W. K. (1997) J. Biol. Chem. 272, 27517-27520.
24. Wille, H., Michelitch, M. D., Guénebaut, V., Supattapone, S., Serban, A., Cohen, F. E., Agard, D. A. & Prusiner, S. B. (2001) Proc. Natl. Acad. Sci. USA 99, 3563-3568.
25. Peretz, D., Williamson, R. A., Matsunaga, Y., Serban, H., Pinilla, C., Bastidas, R. B., Rozenshteyn, R., James, T. L., Houghten, R. A., Cohen, F. E., et al. (1997) J. Mol. Biol. 273, 614-622.
26. Williamson, R. A., Peretz, D., Pinilla, C., Ball, H., Bastidas, R. B., Rozenshteyn, R., Houghten, R. A., Prusiner, S. B. & Burton, D. R. (1998) J. Virol. 72, 9413-9418.
27. Korth, C., Stierli, B., Streit, P., Moser, M., Schaller, O., Fisher, R., Schulz-Schaeffer, W., McKinley, M. P., Bolton, D. C. & Prusiner, S. B. (1983) Cell 35, 57-62.
28. Rogers, M., Yehiely, F., Scott, M. & Prusiner, S. B. (1993) Proc. Natl. Acad. Sci. USA 90, 3182-3186.
29. Inouye, H. & Kirschner, D. (1998) J. Struct. Biol. 122, 247-255.
30. Heller, J., Kolbert, A. C., Larsen, R., Ernst, M., Bekker, T., Baldwin, M., Prusiner, S. B., Pines, A. & Wemmer, D. E. (1996) Protein Sci. 5, 1655-1661.
31. Satheeshkumar, K. S. & Jayakumar, R. (2003) Biophys. J. 85, 473-483.
32. Law, D. D., Bitter, H. M., Liu, K., Ball, H. L., Kaneko, K., Wille, H., Cohen, F. E., Prusiner, S. B., Pines, A. & Wemmer, D. E. (2001) Proc. Natl. Acad. Sci. USA 98, 11686-11690.
33. Chabry, J., Caughey, B. & Chesebro, B. (1998) J. Biol. Chem. 273, 13203-13207.
34. Chabry, J., Priola, S. A., Wehrly, K., Nishio, J., Hope, J. & Chesebro, B. (1999) J. Virol. 73, 6245-6250.
35. Horiuchi, M., Baron, G. S., Xiong, L. & Caughey, B. (2001) J. Biol. Chem. 276, 15489-15497.
36. Levitt, M. (1990) ENCAD-Energy Calculations and Dynamics (Stanford Univ. Press, Palo Alto, CA).
37. Levitt, M., Hirshberg, M., Sharon, R. & Daggett, V. (1995) Comput. Phys. Commun. 91, 215-231.
38. Levitt, M., Hirshberg, M., Sharon, R., Laidig, K. E. & Daggett, V. (1997) J. Phys. Chem. 101, 5051-5061.
39. Li, A. & Daggett, V. (1994) Proc. Natl. Acad. Sci. USA 91, 10430-10434.
40. Li, A. & Daggett, V. (1996) J. Mol. Biol. 257, 412-429.
41. Ferrin, T. E., Huang, C. C., Jarvis, L. E. & Langridge, R. (1988) J. Mol. Graphics 6, 13-27.
42. Humphrey, W., Dalke, A. & Schulten, K. (1996) J. Mol. Graphics 14, 33-38.
43. Alonso, D. O. V., DeArmond, S. J., Cohen, F. E. & Daggett, V. (2001) Proc. Natl. Acad. Sci. USA 98, 2985-2989.
44. Morrissey, M. P. & Shakhnovich, E. I. (1999) Proc. Natl. Acad. Sci. USA 96, 11293-11298.
45. Alonso, D. O. V., An, C. & Daggett, V. (2002) Philos. Trans. R. Soc. London 360, 1165-1178.
46. Ziegler, J., Sticht, H., Marx, U. C., Muller, W., Rosch, P. & Schwarzinger, S. (2003) J. Biol. Chem. 278, 50175-50181.
47. Donne, D. G., Viles, J. H., Groth, D., Mehlhorn, I., James, T. L., Cohen, F. E., Prusiner, S. B., Wright, P. E. & Dyson, H. J. (1997) Proc. Natl. Acad. Sci. USA 94, 13452-13457.
48. Viles, J. H., Donne, D., Kroon, G., Prusiner, S. B., Cohen, F. E., Dyson, H. J. & Wright, P. E. (2001) Biochemistry 40, 2743-2753.
49. Forloni, G., Angeretti, N., Chiesa, R., Monzani, E., Salmona, M., Bugiani, O. & Tagliavini, F. (1993) Nature 362, 543-546.
50. Bessen, R. A., Kocisko, D. A., Raymond, G. J., Nandan, S., Lansbury, P. T. & Caughey, B. (1995) Nature 375, 698-700.
51. Caughey, B., Raymond, G. J. & Bessen, R. A. (1998) J. Biol. Chem. 273, 32230-32235.
52. Telling, G. C., Parchi, P., DeArmond, S. J., Cortelli, P., Montagna, P., Gabizon, R., Mastrianni, J., Lugaresi, E., Gambetti, P. & Prusiner, S. B. (1996) Science 274, 2079-2082.
53. Prusiner, S. B., McKinley, M. P., Bowman, K. A., Bolton, D. C., Bendheim, P. E., Groth, D. F. & Glenner, G. G. (1983) Cell 35, 349-358.
54. McKinley, M. P., Meyer, R. K., Kenaga, L., Rahbar, F., Cotter, R., Serban, A. & Prusiner, S. B. (1991) J. Virol. 65, 1340-1351.
55. Kocisko, D. A., Lansbury, P. T. & Caughey, B. (1996) Biochemistry 35, 13434-13442.
56. Peretz, D., Williamson, R. A., Kaneko, K., Vergara, J., Leclerc, E., Schmitt-Ulms, G., Mehlhorn, I. R., Legname, G., Wormald, M. R., Rudd, P. M., et al. (2001) Nature 412, 739-743.
57. White, A. R., Enever, P., Tayebi, M., Mushens, R., Linehan, J., Brandner, S., Anstee, D., Collinge, J. & Hawke, S. (2003) Nature 422, 80-83.
58. Schwarz, A., Kratke, O., Burwinkel, M., Riemer, C., Schultz, J., Henklein, P., Bamme, T. & Baier, M. (2003) Neurosci. Lett. 350, 187-189.
59. Caughey, B. (2001) Trends Biochem. Sci. 26, 235-242.
60. Nguyen, J. T., Inouye, H., Baldwin, M. A., Fletterick, R. J., Cohen, F. E., Prusiner, S. B. & Kirschner, D. A. (1995) J. Mol. Biol. 252, 412-422.
61. Diaz-Avalos, R., Long, C., Fontano, E., Balbirnie, M., Grothe, R., Eisenberg, D. & Caspar, D. L. (2003) J. Mol. Biol. 330, 1165-1175.
62. Volles, M. J. & Lansbury, P. T. (2003) Biochemistry 42, 7871-7878.
63. Wetzel, R. (2002) Structure 10, 1031-1036.
64. Blake, C. & Serpell, L. (1996) Structure 4, 989-998.
65. Perutz, M. F., Finch, J. T., Berriman, J. & Lesk, A. (2002) Proc. Natl. Acad. Sci. USA 99, 5591-5595.
66. McColl, I. H., Blanch, E. W., Gill, A. C., Rhie, A. G. O., Ritchie, M. A., Hecht, L., Nielson, K. & Barron, L. D. (2003) J. Am. Chem. Soc. 125, 10019-10026.