Coupling between global dynamics and signal transduction pathways: A mechanism of allostery for chaperonin GroEL

Molecular BioSystems

Volumn 4, Issue 4, 2008, Pages 287-292

  Chennubhotla, Chakra ^a   Yang, Zheng ^a   Bahar, Ivet ^a,b  

^a UNIVERSITY OF PITTSBURGH SCHOOL OF MEDICINE   (United States)

^b Turkish Academy of Sciences

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

CHAPERONIN;

ALLOSTERISM; ARTICLE; CHEMICAL MODEL; CHEMICAL STRUCTURE; COMPUTER SIMULATION; METABOLISM; PHYSIOLOGY; PROBABILITY; PROTEIN CONFORMATION; SIGNAL TRANSDUCTION;

ALLOSTERIC REGULATION; COMPUTER SIMULATION; GROEL PROTEIN; MARKOV CHAINS; MODELS, CHEMICAL; MODELS, MOLECULAR; PROTEIN CONFORMATION; SIGNAL TRANSDUCTION;

BACTERIA (MICROORGANISMS);

EID: 41049092674     PISSN: 1742206X     EISSN: 17422051     Source Type: Journal    
DOI: 10.1039/b717819k     Document Type: Article

References (52)

1. A. Horovitz K. R. Willison Curr. Opin. Struct. Biol. 2005 15 646 651
2. H. R. Saibil N. A. Ranson Trends Biochem. Sci. 2002 27 627 632
3. D. Thirumalai G. H. Lorimer Annu. Rev. Biophys. Biomol. Struct. 2001 30 245 269
4. B. L. de Groot D. M. van Aalten R. M. Scheek A. Amadei G. Vriend H. J. Berendsen Proteins 1997 29 240 251
5. I. Kass A. Horovitz Proteins 2002 48 611 617
6. O. Keskin I. Bahar D. Flatow D. G. Covell R. L. Jernigan Biochemistry 2002 41 491 501
7. J. Ma M. Karplus Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 1998 95 8502 8507
8. P. B. Sigler Z. Xu H. S. Rye S. G. Burston W. A. Fenton A. L. Horwich Annu. Rev. Biochem. 1998 67 581 608
9. J. Monod J. Wyman J.-P. Changeux J. Mol. Biol. 1965 12 88 118
10. D. E. Koshland, Jr G. Némethy D. Filmer Biochemistry 1966 5 365 385
11. I. Bahar C. Chennubhotla D. Tobi Curr. Opin. Struct. Biol. 2007 17 633 640
12. Normal Mode Analysis. Theory and Applications to Biological and Chemical Systems. CRC Mathematical and Computational Biology Series, ed., Q. Cui, and, I. E. Bahar, Chapman & Hall, CRC Press, Taylor & Francis Group, Boca Raton, 2006
13. C. Chennubhotla A. J. Rader L. W. Yang I. Bahar Phys. Biol. 2005 2 S173 S180
14. P. Doruker R. L. Jernigan I. Bahar J. Comput. Chem. 2002 23 119 127
15. M. Lu J. Ma Biophys. J. 2005 89 2395 2401
16. S. Nicolay Y. H. Sanejouand Phys. Rev. Lett. 2006 96 078104
17. F. Tama C. L. Brooks III Annu. Rev. Biophys. Biomol. Struct. 2006 35 115 133
18. I. Bahar A. R. Atilgan B. Erman Folding Des. 1997 2 173 181
19. A. R. Atilgan S. R. Durell R. L. Jernigan M. C. Demirel O. Keskin I. Bahar Biophys. J. 2001 80 505 515
20. F. Tama F. X. Gadea O. Marques Y. H. Sanejouand Proteins 2000 41 1 7
21. E. Eyal L. W. Yang I. Bahar Bioinformatics 2006 22 2619 2627
22. L. W. Yang A. J. Rader X. Liu C. J. Jursa S. C. Chen H. A. Karimi I. Bahar Nucleic Acids Res. 2006 34 W24 W31
23. V. Carnevale S. Raugei C. Micheletti P. Carloni J. Am. Chem. Soc. 2006 128 9766 9772
24. S. Maguid S. Fernandez-Alberti L. Ferrelli J. Echave Biophys. J. 2005 89 3 13
25. M. C. Demirel O. Keskin J. Biomol. Struct. Dyn. 2005 22 381 386
26. C. Chennubhotla I. Bahar Mol. Syst. Biol. 2006 2 36
27. C. Chennubhotla I. Bahar J. Comput. Biol. 2007 14 765 776
28. C. Chennubhotla I. Bahar PLoS Comput. Biol. 2007 3 1716 1726
29. K. V. Brinda S. Vishveshwara Biophys. J. 2005 89 4159 4170
30. Z. Xu A. L. Horwich P. B. Sigler Nature 1997 388 741 750
31. J. Höhfeld F. U. Hartl J. Cell Biol. 1994 126 305 315
32. S. J. Landry J. Zeilstra-Ryalls O. Fayet C. Georgopoulos L. M. Gierasch Nature 1993 364 255 258
33. A. Richardson C. Georgopoulos Genetics 1999 152 1449 1457
34. F. Shewmaker M. J. Kerner M. Hayer-Hartl G. Klein C. Georgopoulos S. J. Landry Protein Sci. 2004 13 2139 2148
35. A. Richardson F. Schwager S. J. Landry C. Georgopoulos J. Biol. Chem. 2001 276 4981 4987
36. H. E. White S. Chen A. M. Roseman O. Yifrach A. Horovitz H. R. Saibil Nat. Struct. Biol. 1997 4 690 694
37. T. H. Cormen, C. E. Leiserson, R. L. Rivest and C. Stein, Introduction to Algorithms, MIT Press, Cambridge, MA, USA, 2001
38. B. T. Sewell R. B. Best S. Chen A. M. Roseman G. W. Farr A. L. Horwich H. R. Saibil Nat. Struct. Mol. Biol. 2004 11 1128 1133
39. O. Danziger D. Rivenzon-Segal S. G. Wolf A. Horovitz Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2003 100 13797 13802
40. A. Aharoni A. Horovitz J. Mol. Biol. 1996 258 732 735
41. G. Stan D. Thirumalai G. H. Lorimer B. R. Brooks Biophys. Chem. 2003 100 453 467
42. W. A. Fenton Y. Kashi K. Furtak A. L. Horwich Nature 1994 371 614 619
43. N. A. Ranson D. K. Clare G. W. Farr D. Houldershaw A. L. Horwich H. R. Saibil Nat. Struct. Mol. Biol. 2006 13 147 152
44. W. Zheng B. R. Brooks D. Thirumalai Biophys. J. 2007 93 2289 2299
45. J. Ma P. B. Sigler Z. Xu M. Karplus J. Mol. Biol. 2000 302 303 313
46. P. C. Whitford O. Miyashita Y. Levy J. N. Onuchic J. Mol. Biol. 2007 366 1661 1671
47. O. Miyashita J. N. Onuchic P. G. Wolynes Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2003 100 12570 12575
48. P. Maragakis M. Karplus J. Mol. Biol. 2005 352 807 822
49. D. Ming M. E. Wall Proteins 2005 59 697 707
50. D. Ming M. E. Wall Phys. Rev. Lett. 2005 95 198103
51. W. Zheng B. R. Brooks Biophys. J. 2005 89 167 178
52. A. Taly P. J. Corringer T. Grutter C. L. de Prado M. Karplus J. P. Changeux Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2006 103 16965 16970