The allosteric mechanism of the chaperonin GroEL: A dynamic analysis

Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America

Volumn 95, Issue 15, 1998, Pages 8502-8507

  Ma, Jianpeng ^a   Karplus, Martin ^a,b  

^a HARVARD UNIVERSITY   (United States)

^b UNIVERSITÉ DE STRASBOURG   (France)

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ADENOSINE TRIPHOSPHATE; CHAPERONIN; PROTEIN SUBUNIT;

ALLOSTERISM; CONFERENCE PAPER; CONFORMATIONAL TRANSITION; MOLECULAR DYNAMICS; NONHUMAN; PRIORITY JOURNAL; PROTEIN DOMAIN; PROTEIN FOLDING; PROTEIN STRUCTURE; STRUCTURE ANALYSIS; X RAY CRYSTALLOGRAPHY;

EID: 0032555216     PISSN: 00278424     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1073/pnas.95.15.8502     Document Type: Article

References (46)

1. Ellis, R. J. & van der Vies, S. M. (1991) Annu. Rev. Biochem. 60, 321-347
2. Gething, M. J. & Sambrook, J. (1992) Nature (London) 355, 33-45
3. Corrales, F. J. & Fersht, A. R. (1996) Froc. Natl. Acad. Sci. USA 93, 4509-4512.
4. Hartl, F. U. (1996) Nature (London) 381, 571-580.
5. Clarke, A. R. (1996) Curr. Opin. Struct. Biol. 6, 43-50.
6. Martin, J. & Hartl, F. U. (1997) Curr. Opin. Struct. Biol. 7, 41-52.
7. Fenton, W. A. & Horwich, A. L. (1997) Protein Sci. 6, 743-760.
8. Gray, T. E. & Fersht, A. R. (1991) FEBS Lett. 292, 254-258.
9. Bochkareva, E. S., Lissin, N. M., Flynn, G. C., Rothman, J. E. & Girshovich, A. S. (1992) J. Biol. Chem. 267, 6796-6800.
10. Jackson, G. S., Staniforth, R. A., Halsall, D. J., Atkinson, T., Holbrook, J. J., Clarke, A. R. & Burston, S. G. (1993) Biochemistry 32, 2554-2563.
11. Chen, S., Roseman, A. M., Hunter, A. S., Wood, S. P., Burston, S. G., Ranson, N. A., Clarke, A. R. & Saibil, H. R. (1994) Nature (London) 371, 261-264.
12. Roseman, A. M., Chen, S., White, H., Braig, K. & Saibil, H. (1996) Cell 87, 241-251.
13. Llorca, O., Marco, S., Carrascoua, J. L. & Valpuesta, J. M. (1997) J. Struct. Biol. 118, 31-42.
14. Xu, Z., Horwich, A. L. & Sigler, P. B. (1997) Nature (London) 388, 741-750.
15. Braig, K., Otwinowski, Z., Hegde, R., Boisvert, D. C., Joachimiak, A., Horwich, A. L. & Sigler, P. B. (1994) Nature (London) 371, 578-586.
16. Braig, K., Adams, P. D. & Brünger, A. T. (1995) Nat. Struct. Biol. 2, 1083-1094.
17. Boisvert, D. C., Wang, J., Otwinowski, Z., Horwich, A. L. & Sigler, P. B. (1996) Nat. Struct. Biol. 3, 170-177.
18. Brooks, B. R. & Karplus, M. (1985) Proc. Natl. Acad. Sci. USA 82, 4995-4999.
19. Harrison, R. W. (1984) Biopolymers 23, 2943-2949.
20. Marques, O. & Sanejouand, Y. H. (1995) Proteins 23, 557-560.
21. Monawad, L. & Perahia, D. (1996) J. Mol. Biol. 258, 393-410.
22. Thomas, A., Field, M. J. & Perahia, D. (1996) J. Mol. Biol. 261, 490-506.
23. Brooks, C. L., Karplus, M. & Pettitt, B. M. (1988) Adv. Chem. Phys. 71, 1-249.
24. Brooks, B. R., Janežic, D. & Karplus, M. (1995) J. Comp. Chem. 16, 1522-1542.
25. Brooks, B. R., Bruccoleri, R. E., Olafson, B. D., States, D. J., Swaminathan, S. & Karplus, M. (1983) J. Comp. Chem. 4, 187-217.
26. Brooks, B. R. & Karplus, M. (1983) Proc. Natl. Acad. Sci. USA 80, 6571-6575.
27. White, H. E., Chen, S., Roseman, A. M., Yifrach, O., Horovitz, A. & Saibil, H. R. (1997) Nat. Struct. Biol. 4, 690-694.
28. Zeilstra-Ryalls, J., Fayet, O. & Georgopoulos, C. (1994) J. Bacteriol. 176, 6558-6565.
29. Lorimer, G. H. & Todd, M. J. (1995) Nat. Struct. Biol. 2, 1083-1094.
30. Rye, H. S., Burston, S. G., Fenton, W. A., Beechem, J. M., Xu, Z., Sigler, P. B. & Horwich, A. L. (1997) Nature (London) 388, 792-798.
31. Hayer-Hartl, M. K., Weber, F. & Hartl, F. U. (1996) EMBO J. 15, 6111-6121.
32. Yifrach, O. & Horovitz, A. (1994) J. Mol. Biol. 243, 397-401.
33. Yifrach, O. & Horovitz, A. (1995) Biochemistry 34, 5303-5308.
34. Monod, J., Wyman, J. & Changeux, J. P. (1965) J. Mol. Biol. 12, 88-118.
35. Perutz, M. F. (1970) Nature (London) 228, 726-734.
36. Gelin, B. R., Lee, A. W.-M. & Karplus, M. (1983) J. Mol. Biol. 171, 489-559.
37. Lee, A. W.-M. & Karplus, M. (1983) Proc. Natl. Acad. Sci. USA 80, 7055-7059.
38. Yifrach, O. & Horovitz, A. (1996) J. Mol. Biol. 255, 356-361.
39. Murai, N., Makino, Y. & Yoshida, M. (1996) J. Biol. Chem. 271, 28229-28234.
40. Zahn, R., Buckle, A. M., Perrett, S., Johnson, C. M., Corrales, F. J., Golbik, R. & Fersht, A. R. (1996) Proc. Natl. Acad. Sci. USA 93, 15024-15029.
41. Altamirano, M. M., Golbik, R., Zahn, R., Buckle, A. M. & Fersht, A. R. (1997) Proc. Natl. Acad. Sci. USA 94, 3576-3578.
42. Buckle, A. M., Zahn, R. & Fersht, A. R. (1997) Proc. Natl. Acad. Sci. USA 94, 3571-3575.
43. Ma, J. & Karplus, M. (1997) Proc. Natl. Acad. Sci. USA 94, 11905-11910.
44. Lorimer, G. (1997) Nature (London) 388, 720-723.
45. Kraulis, P. J. (1991) J. Appl. Crystallogr. 24, 946-950.
46. Merritt, E. A. & Murphy, M. E. P. (1994) Acta Crystallogr. D 50, 869-873.