Probing the complete folding trajectory of a DNA hairpin using dual beam fluorescence fluctuation spectroscopy

Journal of Physical Chemistry B

Volumn 112, Issue 1, 2008, Pages 127-133

  Jung, Jaemyeong ^a,b   Ihiy, Rachelle ^a   Scott, Eric ^a   Yu, Ming ^a   Van Orden, Alan ^a  

^a Department of Ecosystem Science and Sustainability   (United States)

^b UNIVERSITY OF CALIFORNIA   (United States)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

CONCENTRATION (PROCESS); DIFFUSION; FLUORESCENCE SPECTROSCOPY; REACTION KINETICS;

FOLDING TRAJECTORY; MISFOLDED CONFORMATIONS; RELAXATION KINETICS;

DNA;

EID: 38649126172     PISSN: 15206106     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/jp076248t     Document Type: Article

References (55)

1. Bonnet, G.; Krichevsky, O.; Libchaber, A. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1998, 95, 8602-8606.
2. Goddard, N. L.; Bonnet, G.; Krichevsky, O.; Libchaber, A. Phys. Rev. Lett. 2000, 85, 2400-2403.
3. Wallace, M. I.; Ying, L.; Balasubramanian, S.; Klenerman, D. J. Phys. Chem. B 2000, 104, 11551-11555.
4. Wallace, M. I.; Ying, L. M.; Balasubramanian, S.; Klenerman, D. Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 2001, 98, 5584-5589.
5. Chattopadhyay, K.; Saffarian, S.; Elson, E. L.; Frieden, C. Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 2002, 99, 14171-14176.
6. Margittai, M.; Widerngren, J.; Schweinberger, E.; Shroder, G. F.; Felekyan, S.; Haustein, E.; Konig, M.; Fasshauer, D.; Grubmuller, H.; Jahn, R.; Seidel, C. A. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2003, 100, 15516-15521.
7. Neuweiler, H.; Schulz, A.; Bohmer, M.; Enderlein, J.; Sauer, M. J. Am. Chem. Soc. 2003, 125, 5324-5330.
8. Li, H.; Ren, H.; Ying, L.; Balasubramanian, S.; Klenerman, D. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2004, 101, 14425-14430.
9. Neuweiler, H.; Doose, S.; Sauer, M. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2005, 102, 16650-16655.
10. Slaughter, B. D.; Unruh, J. R.; Price, E. S.; Huynh, J. L.; Urbauer, R. J. B.; Johnson, G. K. J. Am. Chem. Soc. 2005, 127, 12107-12114.
11. Chattopadhyay, K.; Elson, E. L.; Frieden, G. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2005, 102, 2385-2389.
12. Jung, J.; Van Orden, A. J. Phys. Chem. B 2005, 109, 3648-3657.
13. Jung, J.; Van Orden, A. J. Am. Chem. Soc. 2006, 128, 1240-1249.
14. Werner, J. H.; Joggerst, R.; Dyer, R. B.; Goodwin, P. M. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2006, 103, 11130-11135.
15. Kim, J.; Doose, S.; Sauer, M. Nucl. Acids. Res. 2006, 34, 2516-2527.
16. Mukhopadhyay, S.; Krishnan, R.; Lemke, E. A.; Lindquist, S.; Deniz, A. A. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2007, 104, 2649-2654.
17. Chen, H.; Rhoades, E.; Butler, J. S.; Loh, S. N.; Webb, W. W. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2007, 104, 10459-10464.
18. Brinkmeier, M.; Dorre, K.; Stephan, J.; Eigen, M. Anal. Chem. 1999, 71, 609-616.
19. LeCaptain, D. J.; Van Orden, A. Anal. Chem. 2002, 74, 1171-1176.
20. Dittrich, P. S.; Schwille, P. Anal. Chem. 2002, 74, 4472-4479.
21. Fogarty, K.; Van Orden, A. Anal. Chem. 2003, 75, 6634-6641.
22. Bayer, J.; Rädler, J. O. Electrophoresis 2006, 27, 3952-3963.
23. Brister, P. C.; Weston, K. D. Analyst 2006, 131, 303-310.
24. Dertinger, T.; Pacheco, V.; von der Hocht, I.; Hartmann, R.; Gregor, I.; Enderlein, J. ChemPhysChem 2007, 5, 433-443.
25. Chen, Y.; Muller, J. D.; Berland, K. M.; Gratton, E. Methods 1999, 19, 234-252.
26. Chen, Y.; Muller, J. D.; So, P.; Gratton, E. Biophys. J. 1999, 77, 553-567.
27. Chen, Y.; Muller, J. D.; Tetin, S. Y.; Tyner, J. D.; Gratton, E. Biophys. J. 2000, 79, 1074-1084.
28. Chen, Y.; Mueller, J. D.; Ruan, Q.; Gratton, E. Biophys. J. 2002, 82, 133-144.
29. Chen, Y.; Wei, L.; Mueller, J. D. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2003, 100, 15492-15497.
30. Perroud, T. D.; Huang, B.; Wallace, M. I.; Zare, R. N. ChemPhysChem 2003, 4, 1121-1123.
31. Perroud, T. D.; Bokoch, M. P.; Zare, R. N. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2005, 102, 17570-17575.
32. Perroud, T. D.; Huang, B.; Zare, R. N. ChemPhysChem 2005, 6, 905-912.
33. Chen, Y.; Muller, J. D. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2007, 104, 3147-3152.
34. Grunwell, J. R.; Glass, J. L.; Lacoste, T. D.; Deniz, A. A.; Chemla, D. S.; Schultz, P. G. J. Am. Chem. Soc. 2001, 123, 4295-4303.
35. Liphardt, J.; Onoa, B.; Smith, S. B.; Tinoco, I.; Bustamante, C. Science 2001, 292, 733-737.
36. Li, P. T. X.; Collin, D.; Smith, S. B.; Bustamante, C.; Tinoco, I. Biophys. J. 2006, 90, 250-260.
37. Woodside, M. T.; Anthony, P. C.; Behnke-Parks, W. M.; Larizadeh, K.; Herschlag, D.; Block, S. M. Science 2006, 314, 1001-1004.
38. Woodside, M. T.; Behnke-Parks, W. M.; Larizadeh, K.; Travers, K.; Herschlag, D.; Block, S. M. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2006, 103, 6190-6195.
39. Nir, E.; Michalet, X.; Hamadani, K. M.; Laurence, T. A.; Neuhauser, D.; Kovchegov, Y.; Weiss, S. J. Phys. Chem. B 2006, 110, 22103-22124.
40. Pörschke, D. Biophys. Chem. 1974, 7, 381-386.
41. Menger, M.; Eckstein, F.; Pörschke, D. Biochemistry 2000, 39, 4500-4507.
42. Zhang, W.; Chen, S.-J. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2002, 99, 1931-1936.
43. Sheng, Y.-J.; Lin, H.-J.; Chen, J. Z. Y.; Tsau, H.-K. J. Chem. Phys. 2003, 118, 8513-8520.
44. Sorin, E. J.; Rhee, Y. M.; Nakatani, B. J.; Pande, V. S. Biophys. J. 2003, 85, 790-803.
45. Sorin, E. J.; Rhee, Y. M.; Pande, V. S. Biophys. J. 2005, 88, 2516-2524.
46. Kopeikin, Z.; Chen, S. J. J. Chem. Phys. 2006, 124, 154903.
47. Zhang, W. B.; Chen, S. J. Biophys. J. 2006, 90, 765-777.
48. Ma, H.; Proctor, D. J.; Kierzek, E.; Bevilacqua, P. C.; Gruebele, M. J. Am. Chem. Soc. 2006, 125, 1523-1530.
49. Zhang, W. B.; Chen, S. J. Biophys. J. 2006, 90, 778-787.
50. Ma, H.; Wan, C.; Wu, A.; Zewail, A. H. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2007, 104, 712-716.
51. Magde, D.; Webb, W. W.; Elson, E. L. Biopolymers 1978, 17, 361-376.
52. Widerngren, J.; Mets, U.; Rigler, R. J. Phys. Chem. 1995, 99, 13368-13379.
53. Ansari, A.; Kuznetosov, S. V.; Shen, Y. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2001, 98, 7771-7776.
54. Shen, Y.; Kuznetsov, S. V.; Ansari, A. J. Phys. Chem. B 2001, 105, 12202-12211.
55. Ansari, A.; Kuznetosov, S. V. J. Phys. Chem. B 2005, 109, 12982-12989.