FRET fluctuation spectroscopy: Exploring the conformational dynamics of a DNA hairpin loop

Journal of Physical Chemistry B

Volumn 104, Issue 48, 2000, Pages 11551-11555

  Wallace, Mark Lan ^a   Ying, Liming ^a   Balasubramanian, Shankar ^a   Klenerman, David ^a  

^a UNIVERSITY OF CAMBRIDGE   (United Kingdom)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

CONFORMATIONS; CORRELATION METHODS; FLUORESCENCE; MOLECULAR DYNAMICS; REACTION KINETICS; SPECTROSCOPIC ANALYSIS;

DNA HAIRPIN LOOP; FLUCTUATION SPECTROSCOPY; FLUORESCENCE RESONANCE ENERGY TRANSFER; PROXIMITY RATIO AUTOCORRELATION;

DNA SEQUENCES;

EID: 0034505003     PISSN: 15206106     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/jp001560n     Document Type: Article

References (41)

1. Xie, X. S.; Trautman, J. K. Amu. Rev. Phys. Chem. 1998,49,441.
2. Nie, S. M.; Zare, R. N. Anmi. Rev. Biophys. Biomol. Struct. 1997, 26, 567.
3. Ha, T.; Ting, A. Y.; Liang, J.; Caldwell, W. B.; Deniz, A. A.; Chemla, D. S.; Schultz, P. G.; Weiss, S. Proc. Nail. Acad. Sci. U.S.A. 1999, 96, 893.
4. Weiss, S. Science 1999, 283, 1676.
5. Lu, H. P.; Xun, L.; Xie, X. S. Science 1998, 282, 1877.
6. Dickson, R. M.; Cubitt, A. B.; Tien, R. Y.; Moerner, W. E. Nature 1997, 388, 355.
7. Vale, R. D.; Funatsu, T.; Pierce, D. W.; Romberg, L.; Harada, Y.; Yanagida, T. Nature 1996, 380, 451.
8. Ying, L.; Xie, X. S. J. Phys. Chem. B 1998, 102, 10399.
9. Ha, T.; Zhuang, X.; Kim, H. D.; Orr, J. W.; Williamson, J. R.; Chu, S. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1999, 96, 9077.
10. Jia, Y.; Talaga, D. S.; Lau, W. L.; Lu, H. S. M.; DeGrado, W. F.; Hochstrasser, R. M. Chem. Phys. 1999, 247, 69.
11. Ha, T.; Enderle, T.; Ogletree, D. F.; Chemla, D. S.; Selvin, P. R.; Weiss, S. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1996, 93, 6264.
12. Ying, L.; Wallace, M. L; Balasubramanian, S.; Klenerman, D. J. Phys. Chem. B. 2000, 104,5171.
13. Tamarat P.; Maali A.; Lounis B.; Orrit, M. D. J. Phys. Chem. A. 2000, 104, 1.
14. Maiti, S.; Haupts, U.; Webb, W. W. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1997, 94, 11753.
15. Chen, Y.; Muller, J. D.; Berland, K. M.; Gratton, E. Methods Enzymol. 1999, 19, 234.
16. Eigen, M.; Rigler, R. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1994, 91,5740.
17. Edman, L.; Mets, U.; Rigler, R. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1996, 93, 6710.
18. Eggeling, C; Fries, J. R.; Brand, L.; Günther, R.; Scidel, C. A. M. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1998, 95, 1556.
19. Magde, D.; Elson, E.; Webb. W. W. Phys. Rev. Lett. 1972, 29, 705.
20. Chen, Y.; Müller, J. D.; So, P. T. C.; Gratton, E. Biophys. J. 1999, 77, 553.
21. Kask, P.; Kaupo, P.; Fay, N.; Mets, Ü.; Ullmann, D.; Jungmann, J.; Pschorr, J.; Gall, K. Biophys. J. 2000, 78, 1703.
22. Hass, E.; Katchalski-Katzir, E.; Steinberg, I. Z. Biopolymers 1978, 17, 11.
23. Palmer, A. G.; Thompson, N. L. Biophys. J. 1987, 52, 257.
24. Schwille, P.; Meyer-Almes, F. J.; Rigler, R. Biophys. J. 1997, 72, 1878.
25. Kettlins, U.; Koltermann, A.; Schwille, P.; Eigen, M. Proc. Natl Acad. Sci. U.S.A. 1998, 95. 1416.
26. Deniz, A. A.; Dahan, M.; Grunwell, J. R.; Ha, T.; Faulhaber, A. E.; Chemla, D. S.; Weiss, S.; Schultz, P. G. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1999, 96, 3670.
27. Bonnet, G.; Krichevsky, O.; Libchaber, A. Proc. Nail. Acad. Sci. U.S.A. 1998, 95, 8602.
28. Osborne, M. A.; Balasubramanian, S.; Furey, W. S.; Klenerman, D. J. Phys. Chem. B. 1998, 702, 3160.
29. Liebovitch, L. S.; Tóth, T. I. Bull. Math. Biol. 1991, 53, 443.
30. Rabani, E.; Gezelter, J. D.; Berne, B. J. Phys. Rev. Lett. 1999, 82, 3649.
31. Vlad, M. O.; ROSS, J.; Huber, D. L. J. Phys. Chem. B 1999, 103, 1563.
32. Elson, E. L.; Magde, D. Biopolymers 1974, 13, 1.
33. Ha, T.; Ting, A. Y.; Liang, J.; Deniz, A. A.; Chemla, D. S.; Schultz, P. G.; Weiss, S. Chem. Phys. 1999, 247, 107.
34. Manning, G. S. Q. Rev. Biophys. 1978, 11, 179.
35. Domberger, U.; Leijon, M.; Fritzsche, H. J. Biol. Chem. 1999,274, 6957.
36. Warmlander, S.; Sen, A.; Leijon, M. Biochemistry 2000, 39, 607.
37. Grubele, M. Anmi. Rev. Phys. Chem. 1999, 50, 485.
38. Wennmalm, S.; Edman, L.; Rigler, R. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1997, 94, 10641.
39. Bonnet, G.; Krichevsky, O.; Libchaber, A. Biophys. J. 2000, 78, A132.
40. Zhou, G. C.; Cummings, R.; Li, Y.; Mitra, S.; Wilkinson, H. A.; Elbrecht, A.; Hermes, J. D.; Schaeffer, J. M.; Smith, R. G.; Moller, D. E. Mol. Endocrinol. 1998, 12, 1594.
41. Lillo, M. P.; Beechem, J. M.; Szpikowska, B. K.; Sherman, M. A.; Mas, M. T. Biochemistry 1997, 36, 11261.