On the species-specificity of DNA: Fifty years later

Biochemistry (Moscow)

Volumn 72, Issue 12, 2007, Pages 1377-1384

  Shneyer, V S ^a  

^a KOMAROV BOTANICAL INSTITUTE   (Russian Federation)

Author keywords

DNA barcoding; DNA species specificity; Eukaryotes; Prokaryotes; Species identification

Indexed keywords

CELLS; DNA SEQUENCES; GENES; NUCLEOTIDES; RNA;

DNA BARCODING; DNA SPECIES SPECIFICITY; EUKARYOTES; PROKARYOTES; SPECIES IDENTIFICATION;

GENETIC ENGINEERING;

EUKARYOTA; PROKARYOTA;

DNA;

BACTERIUM; DNA BASE COMPOSITION; DNA SEQUENCE; EUKARYOTIC CELL; GENETICS; METABOLISM; REVIEW; SPECIES DIFFERENCE;

BACTERIA; BASE COMPOSITION; DNA; EUKARYOTIC CELLS; SEQUENCE ANALYSIS, DNA; SPECIES SPECIFICITY;

EID: 37649020734     PISSN: 00062979     EISSN: 16083040     Source Type: Journal    
DOI: 10.1134/S0006297907120127     Document Type: Article

References (99)

1. Chargaff, E. (1950) Experientia, 6, 201-209.
2. Spirin, A. S., Belozersky, A. N., Shugaeva, N. V., and Vanyushin, B. F. (1957) Biokhimiya, 22, 744-754.
3. Blokhina, I. N., and Levanova, G. F. (1972) DNA Structure and Position of Organisms in the System (Belozersky, A. N., and Antonov, A. S., eds.) [in Russian], Moscow University Press, Moscow, pp. 91-134.
4. Muto, A., and Osawa, S. (1987) Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 84, 166-169.
5. De Ley, J., Cattoir, H., and Reynaerts, A. (1970) Eur. J. Biochem., 12, 133-142.
6. Johnson, J. (1973) Int. J. Syst. Bacteriol., 23, 308-315.
7. Tourova, T. P., and Antonov, A. S. (1987) Meth. Microbiol., 19, 333-355.
8. Wayne, L. G., Brenner, D. J., Colwell, R. R., Grimont, P. A. D., Kandler, O., Krichevsky, M. I., Moore, W. E. C., Murray, R. G. E., Stackebrandt, E., Starr, M. P., and Truper, H. G. (1987) Int. J. Syst. Bacteriol., 37, 463-464.
9. Konstantinidis, K. T., Ramette, A., and Tiedje, J. M. (2006) Appl. Environ. Microbiol., 72, 7286-7293.
10. Stackebrandt, E., and Ebers, J. (2006) Microbiol. Today, 33, 152-155.
11. Fox, G. E., Wisotzkey, J. D., and Jurtshuk, P. (1992) Int. J. Syst. Bacteriol., 42, 166-170.
12. Stackebrandt, E., and Goebel, B. M. (1994) Int. J. Syst. Bacteriol., 44, 846-849.
13. Gevers, D., Cohan, F. M., Lawrence, J. G., Spratt, B. G., Coenye, T., Feil, E. J., Stackerbrandt, E., van de Peer, Y., Vandamme, P., Thompson, F. L., and Swing, J. (2005) Nat. Rev. Microbiol., 3, 733-739.
14. Konstantinidis, K. T., and Tiedje, J. M. (2005) Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 102, 2567-2572.
15. Goris, J., Konstantinidis, K. T., Klappenbach, J. A., Coenye, T., Vandamme, P., and Tiedje, J. M. (2007) Int. J. Syst. Evol. Microbiol., 57, 81-91.
16. Ward, D. M., Weller, R., and Bateson, M. M. (1990) Nature, 345, 63-65.
17. Torsvik, V., Daae, F. L., Sandaa, R. A., and Ovreas, L. (1998) J. Biotechnol., 64, 53-62.
18. Curtis, T. P., and Sloan, W. T. (2004) Curr. Opin. Microbiol., 7, 221-226.
19. Giovannoni, S. J., and Stingl, U. (2005) Nature, 437, 343-348.
20. Petti, C. A., Polage, C. R., and Schreckenberger, P. (2005) J. Clin. Microbiol., 43, 6123-6125.
21. Cohan, F. M. (2001) Syst. Biol., 50, 513-524.
22. Vulic, M., Dionisio, F., Taddei, F., and Radman, M. (1997) Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 94, 9763-9767.
23. Majewski, J., Zawadzki, P., Pickerill, P., Cohan, F. M., and Dowson, C. G. (2000) J. Bacteriol., 182, 1016-1023.
24. Ochman, H., and Jones, I. B. (2000) EMBO J., 19, 6637-6643.
25. Welch, R. A., Burland, V., Plunkett, G., Redford, P., Roesch, P., Rasko, D., Buckles, E. L., Liou, S.-R., Boutin, A., Hackett, J., Stroud, D., Mayhew, G. F., Rose, D. J., Zhou, S., Schwartz, D. C., Perna, N. T., Mobley, H. L. T., Donnenberg, M. S., and Blattner F. R. (2002) Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 99, 17020-17024.
26. Ochman, H., and Santos, S. R. (2005) Infect. Genet. Evol., 5, 103-108.
27. Hanage, W. P., Kaijalainen, T., Herva, E., Saukkorupi, A., Syrjanen, R., and Spratt, B. G. (2005) J. Bacteriol., 187, 6223-6230.
28. Maiden, M. C., Bygraves, J. A., Feil, E., Morelli, G., Russell, J. E., Urwin, R., Zhang, Q., Zhou, J., Zurth, K., Caugant, D. A., Feavers, I. M., Achtman, M., and Spratt, B. G. (1998) Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 95, 3140-3145.
29. Platonov, A. E., Shipulin, G. A., and Platonova, O. V. (2000) Russ. J. Genet., 36, 481-487.
30. Cohan, F. M., and Perry, E. B. (2007) Curr. Biol., 17, R373-R386.
31. Hanage, W. P., Fraser, C., and Spratt, B. G. (2006) Philos. Trans. R. Soc. London B, 361, 1917-1927.
32. Dykhuizen, D. E., and Green, L. (1991) J. Bacteriol., 173, 7257-7268.
33. Staley, J. T. (2006) Philos. Trans. R. Soc. London B, 361, 1899-1909.
34. Ochman, H., and Davalos, L. M. (2006) Science, 311, 1730-1733.
35. Ochman, H., Lerat, E., and Daubin, V. (2005) Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 102, 6595-6599.
36. Belozersky, A. N., and Spirin, A. S. (1960) Izv. Akad Nauk SSSR, Biol. Ser., No. 1, 64-81.
37. Shneer, V. S. (1991) Bot. Zh., 76, 17-32.
38. Bannikova, A. A. (2004) Zh. Obshch. Biol., 65, 278-305.
39. Sulimova, G. E. (2004) Usp. Sovrem. Biol., 124, 260-271.
40. Nickrent, D. L., Garcia, M. A., Martin, M. P., and Mathiasen, R. L. (2004) Amer. J. Bot., 91, 125-138.
41. Hajibabaei, M., Singer, G. A. C., Hebert, P. D. H., and Hickey, D. A. (2007) Trends Genet., 23, 167-172.
42. Teletchea, F., Maudet, C., and Hanni, C. (2005) Trends Biotechnol., 23, 359-366.
43. Ross, H. A., Lento, G. M., Dalebout, M. L., Goode, M., Ewing, G., McLaren, P., Rodrigo, A. G., Lavery, S., and Baker, C. S. (2003) J. Hered., 94, 111-114.
44. Simmons, R. B., and Weller, S. J. (2001) Mol. Phyl. Evol., 20, 196-210.
45. Caterino, M. S., Cho, S., and Sperling, F. A. H. (2000) Annu. Rev. Entomol., 45, 1-54.
46. Hebert, P. D. N., Cywinska, A., Ball, S. L., and de Waard, J. R. (2003) Proc. R. Soc. London B, 270, 313-321.
47. Folmer, O., Black, M., Hoeh, W., Lutz, R., and Vrigenhoek, R. (1994) Mol. Marine Biol. Biotechnol., 3, 294-299.
48. Hebert, P. D. N., Penton, E. H., Burns, J. M., Janzen, D. H., and Hallwachs, W. (2004) Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 101, 14812-14817.
49. Hebert, P. D. N., Stoeckle, M. Y., Zemlak, T. S., and Francis, C. M. (2004) PLoS Biol., 2, 1657-1663.
50. Barrett, R. D. H., and Hebert, P. D. N. (2004) Can. J. Zool., 83, 481-491.
51. Dalebout, M. L., Baker, C. S., Mead, J. G., Cockcroft, V. G., and Yamada, T. K. (2004) J. Hered., 95, 459-473.
52. Armstrong, K. F., and Ball, S. L. (2005) Philos. Trans. R. Soc. London B, 360, 1813-1823.
53. Vences, M., Thomas, M., Bonett, R. M., and Vieites, D. R. (2005) Philos. Trans. R. Soc. London B, 360, 1859-1868.
54. Erpenbeck, D., Hooper, J. N. A., and Worheide, G. (2006) Mol. Ecol. Notes, 6, 550-553.
55. Hellberg, M. E. (2006) BMC Evolut. Biol., 6, e24.
56. Van Oppen, M. J. H., Willis, B. L., and Miller, D. J. (1999) Proc. R. Soc. London B, 266, 179-183.
57. Goetze, E. (2003) Proc. R. Soc. London B, 270, 2321-2331.
58. Camargo, A., De Sa, R. O., and Heyer, W. R. (2006) Biol. J. Linn. Soc., 87, 325-341.
59. Vences, M., Thomas, M., van der Meijden, A., Chiari, Y., and Vieites, D. R. (2005) Front. Zool., 2, e5.
60. Blaxter, M., Mann, J., Chapman, T., Thomas, F., Whitton, C., Floyd, R., and Abebe, E. (2005) Philos. Trans. R. Soc. London B, 360, 1935-1943.
61. Floyd, R., Eyualem, A., Papert, A., and Blaxter, M. (2002) Molec. Ecol., 11, 839-850.
62. Markmann, M., and Tautz, D. (2005) Philos. Trans. R. Soc. London B, 360, 1917-1924.
63. Roe, A. D., and Sperling, F. A. H. (2007) Mol. Phyl. Evol., 44, 325-345.
64. Kauserud, H., Svegarden, I. B., Decock, C., and Hallenberg, N. (2007) Mol. Ecol., 16, 389-399.
65. Seifert, K. A., Samson, R. A., deWaard, J. R., Houbraken, J., Levesque, C. A., Moncalvo, J.-M., Louis-Seize, G., and Hebert, P. D. N. (2007) Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 104, 3901-3906.
66. Wolfe, K. H., Li, W.-H., and Sharp, P. M. (1987) Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 84, 9054-9058.
67. Cho, Y., Mower, J. P., Qui, Y.-L., and Palmer, J. D. (2004) Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 101, 17741-17746.
68. Saunders, G. W. (2005) Philos. Trans. R. Soc. London B, 360, 1879-1888.
69. Lane, C. E., Lindstrom, S. C., and Saunders, G. W. (2007) Mol. Phylogen. Evol., 44, 634-648.
70. Small, R. L., Ryburn, J. A., Cronn, R. C., Seelanan, T., and Wendel, J. F. (1998) Amer. J. Bot., 85, 1301-1315.
71. Show, J., Lickey, E. B., Beck, J. T., Farmer, S. B., Liu, W., Miller, J., Chow, S. K., Winder, C. T., Schilling, E. E., and Small, R. L. (2005) Amer. J. Bot., 92, 142-166.
72. Shaw, J., Lickey, E. B., Schilling, E. E., and Small, R. L. (2007) Amer. J. Bot., 94, 275-288.
73. Mort, M. E., Archibald, J. K., Randle, C. P., Levsen, N. D., O'Leary, T. R., Topalov, K., Wiegand, C. M., and Crawford, D. J. (2007) Amer. J. Bot., 94, 173-183.
74. Hughes, C. E., Eastwood, R. J., and Bailey, C. D. (2006) Philos. Trans. R. Soc. London B, 361, 211-225.
75. Kress, W. J., Wurdack, K. J., Zimmer, E. A., Weigt, L. A., and Janzen, D. H. (2005) Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 102, 8369-8374.
76. Kress, W. J., and Erickson, D. L. (2007) PLoS Biol., 6, e508.
77. Kim, S. C., Crawford, D. J., Jansen, R. K., and Santos-Guerra, A. (1999) Plant Syst. Evol., 215, 85-99.
78. Peterson, A., John, H., Koch, E., and Peterson, J. (2004) Plant. Syst. Evol., 245, 145-162.
79. Alvarez, I., and Wendel, J. F. (2003) Mol. Phylogen. Evol., 29, 417-434.
80. Bailey, C. D., Carr, T. G., Harris, S. A., and Hughes, C. E. (2003) Mol. Phylogen. Evol., 29, 435-455.
81. Ochieng, J. W., Henry, R. J., Baverstock, P. R., Steane, D. A., and Shepherd, M. (2007) Mol. Phylogenet. Evol., 44, 752-764.
82. Bensasson, D., Zhang, D.-X., Hartl, D. L., and Hewitt, G. M. (2001) Trends Ecol. Evol., 16, 314-321.
83. Gemeinholzer, B., Oberprieler, C., and Bachmann, K. (2006) Taxon, 55, 173-187.
84. Feliner, G. N., and Rossello, J. A. (2007) Mol. Phylogenet. Evol., 44, 911-919.
85. Chase, M. W., Salamin, N., Wilkinson, M., Dunwell, J. M., Kesanakurthi, R. P., Haidar, N., and Savolainen, V. (2005) Philos. Trans. R. Soc. London B, 360, 1889-1895.
86. Newmaster, S. G., Fazecas, A. J., and Ragupathy, S. (2006) Can. J. Bot., 84, 335-341.
87. Meyer, C. P., and Paulay, G. (2005) PloS Biol., 3, e422.
88. Meier, R., Shiyang, K., Vaidya, G., and Ng, P. K. L. (2006) Syst. Biol., 55, 715-728.
89. Cognato, A. I. (2006) J. Econom. Entomol., 99, 1037-1045.
90. Shaw, J., and Small, R. L. (2004) Amer. J. Bot., 91, 985-996.
91. Shaw, J., and Small, R. L. (2005) Amer. J. Bot., 92, 2011-2030.
92. Matos, J. A., and Schaal, B. A. (2000) Evolution, 54, 1218-1233.
93. Funk, D. J., and Omland, K. E. (2003) Annu. Rev. Ecol. Evol. Syst., 34, 397-423.
94. Monaghan, M. T., Balke, M., Pons, J., and Vogler, A. P. (2006) Proc. Roy. Soc. Lond. B, 273, 887-893.
95. Hebert, P. D. N., Penton, E. H., Burns, J. M., Janzen, D. H., and Hallwachs, W. (2004) Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 101, 14812-14817.
96. Kon, T., Yoshino, T., Mukai, T., and Nishida, M. (2007) Mol. Phylogen. Evol., 44, 53-62.
97. Wheeler, Q. D. (2004) Philos. Trans. R. Soc. London B, 359, 571-583.
98. Rubinoff, D., Cameron, S., and Will, K. (2006) J. Hered., 97, 581-594.
99. Chargaff, E. (1979) Ann. New York Acad. Sci., 325, 345-360.