Multiscale coarse-graining of monosaccharides

Journal of Physical Chemistry B

Volumn 111, Issue 39, 2007, Pages 11566-11575

  Pu, Liu ^a   Izvekov, Sergei ^a   Voth, Gregory A ^a  

^a UNIVERSITY OF UTAH   (United States)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

MOLECULAR DYNAMICS; MOLECULAR INTERACTIONS; MOLECULAR MODELING; SOLUTIONS; STATISTICAL METHODS;

ATOMISTIC TRAJECTORY; BOLTZMANN STATISTICAL ANALYSES; MONOSACCHARIDES;

CARBOHYDRATES;

EID: 35348950936     PISSN: 15206106     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/jp0721494     Document Type: Article

References (49)

1. Dwek, R. A. Chem. Rev. 1996, 96, 683.
2. Slade, L.; Levine, H. Crit. Rev. Food Sci. Nutr. 1991, 30, 115.
3. Bond, P. J.; Sansom, M. S. P. J. Am. Chem. Soc. 2006, 128, 2697.
4. Brown, S.; Fawzi, N. J.; Head-Gordon, T. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2003, 100, 10712.
5. Buchete, R-V.; Straub, J. E.; Thirumalai, D. J. Chem. Phys. 2003, 118, 7658.
6. Chu, J. W.; Izvekov, S.; Voth, G. A. Mol. Simul. 2006, 32, 211.
7. Ding, F.; Dokholyan, N. V.; Buldyrev, S. V.; Stanley, H. E.; Shakhnovich, E. I. Biophys. J. 2002, 83, 3525.
8. Friedel, M.; Sheeler, D. J.; Shea, J. E. 2003, 118, 8106.
9. Fujitsuka, Y.; Takada, S.; Luthey-Schulten, Z. A.; Wolynes, P. G. Proteins 2004, 54, 88.
10. Go, N.; Abe, H. Biopolymers 1981, 20, 991.
11. Goetz, R.; Lipowsky, R. J. Chem. Phys. 1998, 108, 7397.
12. Head-Gordon, T.; Brown, S. Curr. Opin. Struct. Biol. 2003, 13, 160.
13. Hoang, T. X.; Cieplak, M. J. Chem. Phys. 2000, 113, 8319.
14. Izvekov, S.; Voth, G. A. J. Phys. Chem. B 2005, 109, 2469.
15. Izvekov, S.; Voth, G. A. J. Chem. Phys. 2005, 123, 134105.
16. Izvekov, S.; Voth, G. A. J. Chem. Theory Comput. 2006, 2, 637.
17. Lazaridis, T.; Karplus, M. Curr. Opin. Struct. Biol. 2000, 10, 139.
18. Liwo, A.; Odziej, S.; Pincus, M. R.; Wawak, R. J.; Rackovsky, S.; Scheraga, H. A. J. Comput. Chem. 1997, 18, 849.
19. Lopez, C. F.; Nielsen, S. O.; Moore, P. B.; Klein, M. L. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2004, 101, 4431.
20. Marrink, S. J.; de Vries, A. H.; Mark, A. E. J. Phys. Chem. B 2004, 108, 750.
21. Molinero, V.; Cagin, T.; Goddard, W. A., III J. Phys. Chem. A 2004, 108, 3699.
22. Molinero, V.; Goddard, W. A., III J. Phys. Chem. B 2004, 108, 1414.
23. Molinero, V.; Goddard, W. A., III Phys. Rev. Lett. 2005, 95, 045701.
24. Murtola, T.; Falck, E.; Patra, M.; Kaittunen, M.; Vattulainen, I. J. Chem. Phys. 2004, 121, 9156.
25. Neri, M.; Anselmi, C.; Cascella, M.; Maritan, A.; Carloni, P. Phys. Rev. Lett. 2005, 95, 218102.
26. Nguyen, H. D.; Hall, C. K. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2004, 101, 16180.
27. Onuchic, J. N.; Wolynes, P. G. Curr. Opin. Struct. Biol. 2004, 14, 70.
28. Shi, Q.; Izvekov, S.; Voth, G. A. J. Phys. Chem. B 2006, 110, 15045.
29. Shih, A. Y.; Arkhipov, A.; Freddolino, P. L.; Schulten, K. J. Phys. Chem. B 2006, 110, 3674.
30. Smith, A. V.; Hall, C. K. Proteins 2001, 44, 344.
31. Stevens, M. J. J. Chem. Phys. 2004, 121, 11942.
32. Tozzini, V. Curr. Opin. Struct. Biol. 2005, 15, 144.
33. Wang, Y.; Izvekov, S.; Yan, T.; Voth, G. A. J. Phys. Chem. B 2006, 110, 3564.
34. Zacharias, M. Protein Sci. 2003, 12, 1271.
35. Zhou, J.; Thorpe, I. F.; Izvekov, S.; Voth, G. A. Biophys. J. 2007, 92, 4289.
36. Zhou, Y.; Karplus, M. Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 1997, 94, 14429.
37. Izvekov, S.; Parrinello, M.; Bumham, C. J.; Voth, G. A. J. Chem. Phys. 2004, 120, 10896.
38. Ercolessi, F.; Adams, J. B. Europhys. Lett. 1994, 26, 583.
39. Jorgensen, W.; Maxwell, D.; Tirado-Rives, J. J. Am. Chem. Soc. 1996, 118, 11225.
40. Berendsen, H. J. C.; Grigera, J. R.; Straatsma, T. P. J. Phys. Chem. 1987, 91, 6269.
41. Lindahl, E.; Hess, B.; van der Spoel, D. J. Mol. Mod. 2001, 7, 306.
42. Miyamoto, S.; Kollman, P. A. J. Comput. Chem. 1992, 13, 952.
43. Hess, B.; Bekker, H.; Berendsen, H. J. C.; Fraaije, J. G. E. M. J. Comput. Chem. 1997, 18, 1463.
44. Berendsen, H. J. C.; Postma, J. P. M.; van Gunsteren, W. F.; Hermans, J. Intermolecular Forces; D. Reidel Publishing Company: Dordrecht, The Netherlands, 1981.
45. Forester, T. R.; Smith, W. DL_POLY user manual; CCLRC, Daresbury Laboratory: Daresbury, Warrington, UK, 1995.
46. Motakabbir, K. A.; Berkowitz, M. J. Phys. Chem. 1990, 94, 8359.
47. Tironi, I. G.; van Gunsteren, W. F. Mol. Phys. 1994, 83, 381.
48. Izvekov, S.; Voth, G. A. J. Chem. Phys. 2006, 125, 151101.
49. Kuttel, M.; Brady, J. W.; Naidoo, K. J. J. Comput. Chem. 2002, 23, 1236.