Split β-lactamase sensor for the sequence-specific detection of DNA methylation

Analytical Chemistry

Volumn 79, Issue 17, 2007, Pages 6702-6708

  Porter, Jason R ^a   Stains, Cliff I ^a   Segal, David J ^b   Ghosh, Indraneel ^a  

^a University of Arizona   (United States)

^b UNIVERSITY OF CALIFORNIA   (United States)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

DNA; ENZYMES; GENES; METHYLATION; ONCOLOGY; SIGNAL TRANSDUCTION; TUMORS;

BINDING ELEMENTS; DINUCLEOTIDE SITES; EPIGENETICS; GENETIC INFORMATION;

BIOSENSORS;

BETA LACTAMASE TEM 1; GREEN FLUORESCENT PROTEIN;

ARTICLE; CATALYSIS; CONTROLLED STUDY; DNA BINDING; DNA METHYLATION; ENZYME ACTIVITY; HUMAN; PROTEIN PROTEIN INTERACTION; SENSOR;

BASE SEQUENCE; BETA-LACTAMASES; BINDING SITES; BIOSENSING TECHNIQUES; CEPHALOSPORINS; DNA; DNA METHYLATION; HUMANS; HYDROLYSIS; MODELS, MOLECULAR; PROTEIN STRUCTURE, TERTIARY; SENSITIVITY AND SPECIFICITY;

EID: 34548580356     PISSN: 00032700     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/ac071163+     Document Type: Article

References (44)

1. Bird, A. Genes Dev. 2002, 16, 6-21.
2. Berger, J.; Bird, A. Biochem. Soc. Trans. 2005, 33, 1537-1540.
3. Barreto, G.; Schafer, A.; Marhold, J.; Stach, D.; Swaminathan, S. K.; Handa, V.; Doderlein, G.; Maltry, N.; Wu, W.; Lyko, F.; Niehrs, C. Nature 2007, 445, 671-675.
4. Ehrlich, M.; Gama-Sosa, M. A.; Huang, L. H.; Midgett, R. M.; Kuo, K. C.; McCune, R. A.; Gehrke, C. Nucleic Acids Res. 1982, 10, 2709-2721.
5. Meehan, R. R.; Stancheva, I. Essays Biochem. 2001, 37, 59-70.
6. Jaenisch, R.; Bird, A. Nat. Genet. 2003, 33 Suppl, 245-254.
7. Costello, J. F.; Fruhwald, M. C.; Smiraglia, D. J.; Rush, L. J.; Robertson, G. P.; Gao, X.; Wright, F. A.; Feramisco, J. D.; Peltomaki, P.; Lang, J. C.; Schuller, D. E.; Yu, L.; Bloomfield, C. D.; Caligiuri, M. A.; Yates, A.; Nishikawa, R.; Su Huang, H.; Petrelli, N. J.; Zhang, X.; O'Dorisio, M. S.; Held, W. A.; Cavenee, W. K.; Plass, C. Nat. Genet. 2000, 24, 132-138.
8. Esteller, M.; Corn, P. G.; Baylin, S. B.; Herman, J. G. Cancer Res. 2001, 61, 3225-3229.
9. Furuichi, Y.; Wataya, Y.; Hayatsu, H.; Ukita, T. Biochem. Biophys. Res. Commun. 1970, 41, 1185-1191.
10. Clark, S. J.; Harrison, J.; Paul, C. L.; Frommer, M. Nucleic Acids Res. 1994, 22, 2990-2997.
11. Herman, J. G.; Graff, J. R.; Myohanen, S.; Nelkin, B. D.; Baylin, S. B. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 1996, 93, 9821-9826.
12. Fraga, M. F.; Esteller, M. Biotechniques 2002, 33, 632, 634, 636-649.
13. Ozawa, T.; Kaihara, A.; Sato, M.; Tachihara, K.; Umezawa, Y. Anal. Chem. 2001, 73, 2516-2521.
14. Paulmurugan, R.; Gambhir, S. S. Anal. Chem. 2003, 75, 1584-1589.
15. Remy, I.; Michnick, S. W. Nat. Methods 2006, 3, 977-979.
16. Ghosh, I.; Hamilton, A. D.; Regan, L. J. Am. Chem. Soc. 2000, 122, 5658-5659.
17. Ozawa, T.; Nogami, S.; Sato, M.; Ohya, Y.; Umezawa, Y. Anal. Chem. 2000, 72, 5151-5157.
18. Hu, C. D.; Kerppola, T. K. Nat. Biotechnol. 2003, 21, 539-545.
19. Galarneau, A.; Primeau, M.; Trudeau, L. E.; Michnick, S. W. Nat. Biotechnol. 2002, 20, 619-622.
20. Paulmurugan, R.; Umezawa, Y.; Gambhir, S. S. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2002, 99, 15608-15613.
21. Paulmurugan, R.; Gambhir, S. S. Anal. Chem. 2007, 79, 2346-2353.
22. Luker, K. E.; Smith, M. C.; Luker, G. D.; Gammon, S. T.; Piwnica-Worms, H.; Piwnica-Worms, D. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2004, 101, 12288-12293.
23. Kim, S. B.; Awais, M.; Sato, M.; Umezawa, Y.; Tao, H. Anal. Chem. 2007, 79, 1874-1880.
24. Stains, C. I.; Porter, J. R.; Ooi, A. T.; Segal, D. J.; Ghosh, I. J. Am. Chem. Soc. 2005, 127, 10782-10783.
25. Ooi, A. T.; Stains, C. I.; Ghosh, I.; Segal, D. J. Biochemistry 2006, 45, 3620-3625.
26. Kaihara, A.; Kawai, Y.; Sato, M.; Ozawa, T.; Umezawa, Y. Anal. Chem. 2003, 75, 4176-4181.
27. Paulmurugan, R.; Gambhir, S. S. Anal. Chem. 2005, 77, 1295-1302.
28. Hendrich, B.; Bird, A. Mol. Cell. Biol. 1998, 18, 6538-6547.
29. Hendrich, B.; Abbott, C.; McQueen, H.; Chambers, D.; Cross, S.; Bird, A. Mamm. Genome 1999, 10, 906-912.
30. Wakefield, R. I.; Smith, B. O.; Nan, X.; Free, A.; Soteriou, A.; Uhrin, D.; Bird, A. P.; Barlow, P. N. J. Mol. Biol. 1999, 291, 1055-1065.
31. Ohki, I.; Shimotake, N.; Fujita, N.; Nakao, M.; Shirakawa, M. EMBO J. 1999, 18, 6653-6661.
32. Ohki, I.; Shimotake, N.; Fujita, N.; Jee, J.; Ikegami, T.; Nakao, M.; Shirakawa, M. Cell 2001, 105, 487-497.
33. Stains, C. I.; Furman, J. L.; Segal, D. J.; Ghosh, I. J. Am. Chem. Soc. 2006, 128, 9761-9765.
34. Pabo, C. O.; Peisach, E.; Grant, R. A. Annu. Rev. Biochem. 2001, 70, 313-340.
35. Beerli, R. R.; Barbas, C. F., 3rd. Nat. Biotechnol. 2002, 20, 135-141.
36. Ghosh, I.; Stains, C. I.; Ooi, A. T.; Segal, D. J. Mol. Biosyst. 2006, 2, 551-560.
37. Fraga, M. F.; Ballestar, E.; Montoya, G.; Taysavang, P.; Wade, P. A.; Esteller, M. Nucleic Acids Res. 2003, 31, 1765-1774.
38. Nalefski, E. A.; Nebelitsky, E.; Lloyd, J. A.; Gullans, S. R. Biochemistry 2006, 45, 13794-13806.
39. Zlokarnik, G.; Negulescu, P. A.; Knapp, T. E.; Mere, L.; Burres, N.; Feng, L.; Whitney, M.; Roemer, K.; Tsien, R. Y. Science 1998, 279, 84-88.
40. Raquet, X.; Lamotte-Brasseur, J.; Fonze, E.; Goussard, S.; Courvalin, P.; Frere, J. M. J. Mol. Biol. 1994, 244, 625-639.
41. MacDonald, M. L.; Lamerdin, J.; Owens, S.; Keon, B. H.; Bilter, G. K.; Shang, Z.; Huang, Z.; Yu, H.; Dias, J.; Minami, T.; Michnick, S. W.; Westwick, J. K. Nat. Chem. Biol. 2006, 2, 329-337.
42. Schmidt, U.; Richter, K.; Berger, A. B.; Lichter, P. J. Cell Biol. 2006, 172, 373-381.
43. Warren, C. L.; Kratochvil, N. C.; Hauschild, K. E.; Foister, S.; Brezinski, M. L.; Dervan, P. B.; Phillips, G. N., Jr.; Ansari, A. Z. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2006, 103, 867-872.
44. Berger, M. F.; Philippakis, A. A.; Qureshi, A. M.; He, F. S.; Estep, P. W., 3rd; Bulyk, M. L. Nat. Biotechnol. 2006, 24, 1429-1435.