Polyamide- and RNA-based activators in living cells: A major step towards controlling gene expression

ChemBioChem

Volumn 8, Issue 10, 2007, Pages 1095-1098

  Arndt, Hans Dieter ^a,b   Schoof, Sebastian ^a,b  

^a TU DORTMUND UNIVERSITY   (Germany)

^b MAX PLANCK INSTITUTE OF MOLECULAR PHYSIOLOGY   (Germany)

Author keywords

Gene expression; Peptoids; Polyamides; RNA; Transcription factors

Indexed keywords

POLYAMIDE;

CELL DIFFERENTIATION; DNA BINDING; DNA SEQUENCE; EPIGENETICS; GENE CONTROL; GENE EXPRESSION; GENETIC CODE; PRIORITY JOURNAL; REVIEW; UPREGULATION;

DIMERIZATION; DNA; GENE EXPRESSION REGULATION; LIGANDS; MODELS, BIOLOGICAL; MODELS, CHEMICAL; NUCLEIC ACID CONFORMATION; NYLONS; PROTEIN STRUCTURE, TERTIARY; RNA; TRANSCRIPTION, GENETIC;

EID: 34547569812     PISSN: 14394227     EISSN: 14397633     Source Type: Journal    
DOI: 10.1002/cbic.200700156     Document Type: Review

References (48)

1. M. Ptashne, A. Gann, Genes & Signals, Cold Spring Harbor Laboratory, New York, 2002.
2. M. Levine, R. Tjian, Nature 2003, 424, 147-151.
3. a) A. M. Näär, B. D. Lemon, R. Tjian, Annu. Rev. Biochem. 2001, 70, 475-501;
4. b) R. L. Smith, A. D. Johnson, Trends Biochem. Sci. 2000, 25, 325-330.
5. R. D. Kornberg, Trends Biochem. Sci. 2005, 30, 235-239.
6. R. Magueron, P. Trojer, D. Reinberg, Curr. Opin. Genet. Dev. 2005, 15, 163-176.
7. C. D. Novina, P. A. Sharp, Nature 2004, 430, 161-164.
8. a) F. Eckstein, Trends Biochem. Sci. 2005, 30, 445-452;
9. b) D. M. Dykxhoorn, D. Palliser, J. Liebermann, Gene Ther. 2006, 13, 541-552.
10. Reviewed in: a) A. Z. Ansari, A. K. Mapp, Curr. Opin. Chem. Biol. 2002, 6, 765-772;
11. b) H.-D. Arndt, Angew. Chem. 2006, 118, 4664-4673;
12. Angew. Chem. Int. Ed. 2006, 45, 4552-4560;
13. c) A. K. Mapp, A. Z. Ansari, ACS Chem. Biol. 2007, 2, 62-75.
14. Recent reviews: a) R. R. Beerli, C. F. Barbas, Nat. Biotechnol. 2002, 20, 135-141;
15. b) W. M. Gommans, H. J. Haisma, M. G. Rots, J. Mol. Biol. 2005, 354, 507-519.
16. B. Liu, P. G. Alluri, P. Yu, T. Kodadek, J. Am. Chem. Soc. 2005, 127, 8254-8255.
17. R. J. Simon, R. S. Kania, R. N. Zuckermann, V. D. Huebner, D. A. Jewell, S. Banville, S. Ng, L. Wang, S. Rosenberg, C. K. Marlowe, D. C. Spellmeyer, R. Tan, A. D. Frankel, D. V. Santi, F. E. Cohen, P. A. Bartlett, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 1992, 89, 9367-9371.
18. Reviews: a) P. B. Dervan, Bioorg. Med. Chem. 2001, 9, 2215-2235;
19. b) P. B. Dervan, B. S. Edelson, Curr. Opin. Struct. Biol. 2003, 13, 284-299.
20. X. Xiao, P. Yu, H.-S. Lim, D. Sikder, T. Kodadek, Angew. Chem. 2007, 119, 2923-2926;
21. Angew. Chem. Int. Ed. 2007, 46, 2865-2868.
22. a) A. K. Mapp, A. Z. Ansari, M. Ptashne, P. B. Dervan, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 2000, 97, 3930-3935;
23. b) P. S. Arora, A. Z. Ansari, T. P. Best, M. Ptashne, P. B. Dervan, J. Am. Chem. Soc. 2002, 124, 13067-13071;
24. c) H.-D. Arndt, K. E. Hauschild, D. P. Sullivan, K. Lake, P. B. Dervan, A. Z. Ansari, J. Am. Chem. Soc. 2003, 125, 13322-13323;
25. d) Y. Kwon, H.-D. Arndt, Q. Mao, Y. Choi, Y. Kawazoe, P. B. Dervan, M. Uesugi, J. Am. Chem. Soc. 2004, 126, 15940-15941.
26. a) M. M. Reddy, T. Kodadek, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 2005, 102, 12672-12677;
27. b) T. Kodadek, K. Bachhawat-Sikder, Mol. BioSyst. 2006, 2, 25-35.
28. B. Z. Olenyuk, G. J. Zhang, J. M. Klco, N. G. Nickols, W. G. Kaelin, Jr., P. B. Dervan, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 2004, 101, 16768-16773.
29. a) T. P. Best, B. S. Edelson, N. G. Nickols, P. B. Dervan, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 2003, 100, 12063-12068;
30. b) B. S. Edelson, T. P. Best, B. Z. Olenyuk, N. G. Nickols, R. M. Doss, S. Foister, A. Heckel, P. B. Dervan, Nucleic Acids Res. 2004, 32, 2802-2818.
31. P. B. Dervan, personal communication.
32. Y.-U. Kwon, T. Kodadek, J. Am. Chem. Soc. 2007, 129, 1508-1509.
33. L.-C. Li, S. T. Okino, H. Zhao, D. Pookot, R. F. Place, S. Urakami, H. Enokida, R. Dahiya, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 2006, 103, 17337-17342.
34. B. A. Janowski, S. T. Younger, D. B. Hardy, R. Ram, K. E. Huffman, D. R. Corey, Nat. Chem. Biol. 2007, 3, 166-173.
35. R. J. Britten, E. H. Davidson, Science 1969, 165, 349-357.
36. D. J. Sengupta, M. Wickens, S. Fields, RNA 1999, 5, 596-601.
37. S. Sana, A. Z. Ansari, K. A. Jarell, M. Ptashne, Nucleic Acids Res. 2003, 31, 1565-1570.
38. a) A. R. Buskirk, P. D. Kehayova, A. Landrigan, D. R. Liu, Chem. Biol. 2003, 10, 533-540;
39. b) A. R. Buskirk, A. Landrigan, D. R. Liu, Chem. Biol. 2004, 11, 1157-1163.
40. Applications of aptamers have been reviewed: M. Rimmele, ChemBioChem 2003, 4, 963-971.
41. a) R. B. Lanz, N. J. McKenna, S. A. Onate, U. Albrecht, J. M. Wong, S. Y. Tsai, M. J. Tsai, B. W. O'Malley, Cell 1999, 97, 17-27;
42. b) R. B. Lanz, B. Razani, A. D. Goldberg, B. W. O'Malley, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 2002, 99, 16081-16086.
43. a) K. V. Morris, S. W.-L. Chan, S. E. Jacobsen, D. J. Looney, Science 2004, 305, 1289-1292;
44. b) B. A. Janowski, K. E. Huffman, J. C. Schwartz, R. Ram, D. Hardy, D. S. Shames, J. D. Minna, D. R. Corey, Nat. Chem. Biol. 2005, 1, 216-222;
45. c) A. H. Ting, K. E. Schuebel, J. G. Herman, S. B. Baylin, Nat. Genet. 2005, 37, 906-910.
46. D. R. Corey, Trends Biochem. Sci. 2005, 30, 655-658.
47. a) T. Kuwabara, J. Hsieh, K. Nakashima, K. Taira, F. H. Gage, Cell 2004, 116, 779-793;
48. b) C. L. Jopling, M. Yi, A. M. Lancaster, S. M. Lemon, P. Sarnow, Science 2005, 309, 1577-1581.