Modeling the isoelectric focusing of peptides in an OFFGEL multicompartment cell

Journal of Proteome Research

Volumn 6, Issue 5, 2007, Pages 1666-1676

  Lam, Hoang Trang ^a   Josserand, Jacques ^a   Lion, Niels ^a   Girault, H H ^a  

^a EPFL   (Switzerland)

Author keywords

Finite element model; IPG; Isoelectric focusing; Isoelectric point; Numerical simulation; OFFGEL electrophoresis; Peptide fractionation; Shotgun proteomics

Indexed keywords

ARTICLE; COMPARTMENT MODEL; COMPUTER MODEL; DEINOCOCCUS RADIODURANS; ELECTRIC FIELD; ISOELECTRIC FOCUSING; PEPTIDE ANALYSIS; PRIORITY JOURNAL; PROTEIN ANALYSIS; PROTEOMICS; SACCHAROMYCES CEREVISIAE; SEPARATION TECHNIQUE;

DEINOCOCCUS; HUMANS; ISOELECTRIC FOCUSING; MODELS, THEORETICAL; PEPTIDES; PROTEOME; REPRODUCIBILITY OF RESULTS; SACCHAROMYCES CEREVISIAE;

DEINOCOCCUS RADIODURANS; HOMO SAPIENS; SACCHAROMYCES CEREVISIAE;

EID: 34249329535     PISSN: 15353893     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/pr0606023     Document Type: Article

References (51)

1. Rabilloud, T.; Luche, S.; Chevallet, M. Biofutur 2002, 11-19.
2. Gorg, A.; Weiss, W.; Dunn, M. J. Proteomics 2004, 4, 3665-3685.
3. Rabilloud, T. Proteomics 2002, 2, 3-10.
4. Domon, B.; Aebersold, R. Science 2006, 312, 212-217.
5. Righetti, P. G.; Castagna, A.; Antonioli, P.; Boschetti, E. Electrophoresis 2005, 26, 297-319.
6. Righetti, P. G.; Castagna, A.; Herbert, B.; Reymond, F.; Rossier, J. S. Proteomics 2003, 3, 1397-1407.
7. Hoffmann, P.; Ji, H.; Moritz, R. L.; Connolly, L. M.; Frecklington, D. F.; Layton, M. J.; Eddes, J. S.; Simpson, R. J. Proteomics 2001, 1, 807-818.
8. Zischka, H.; Weber, G.; Weber, P. J. A.; Posch, A.; Braun, R. J.; Buhringer, D.; Schneider, U.; Nissum, M.; Meitinger, T.; Ueffing, M.; Eckerskorn, C. Proteomics 2003, 3, 906-916.
9. Moritz, R. L.; Ji, H.; Schutz, F.; Connolly, L. M.; Kapp, E. A.; Speed, T. P.; Simpson, R. J. Anal. Chem. 2004, 76, 4811-4824.
10. Weber, G.; Islinger, M.; Weber, P.; Eckerskorn, C.; Volkl, A. Electrophoresis 2004, 25, 1735-1747.
11. Moritz, R. L.; Simpson, R. J. Nat. Methods 2005, 2, 863-873.
12. Moritz, R. L.; Skandarajah, A. R.; Ji, H.; Simpson, R. J. Comp. Funct. Genomics 2005, 6, 236-243.
13. Righetti, P. G.; Wenisch, E.; Faupel, M. J. Chromatogr. 1989, 475, 293-309.
14. Herbert, B.; Righetti, P. G. Electrophoresis 2000, 21, 3639-3648.
15. Pedersen, S. K.; Harry, J. L.; Sebastian, L.; Baker, J.; Traini, M. D.; McCarthy, J. T.; Manoharan, A.; Wilkins, M. R.; Gooley, A. A.; Righetti, P. G.; Packer, N. H.; Williams, K. L.; Herbert, B. R. J. Proteome Res. 2003, 2, 303-311.
16. Wall, D. B.; Kachman, M. T.; Gong, S. Y.; Hinderer, R.; Parus, S.; Misek, D. E.; Hanash, S. M.; Lubman, D. M. Anal. Chem. 2000, 72, 1099-1111.
17. Ros, A.; Faupel, M.; Mees, H.; van Oostrum, J.; Ferrigno, R.; Reymond, F.; Michel, P.; Rossier, J. S.; Girault, H. H. Proteomics 2002, 2, 151-156.
18. Michel, P. E.; Reymond, F.; Arnaud, I. L.; Josserand, J.; Girault, H. H.; Rossier, J. S. Electrophoresis 2003, 24, 3-11.
19. Essader, A. S.; Cargile, B. J.; Bundy, J. L.; Stephenson, J. L. Proteomics 2005, 5, 24-34.
20. Cargile, B. J.; Talley, D. L.; Stephenson, J. L. Electrophoresis 2004, 25, 936-945.
21. Cargile, B. J.; Bundy, J. L.; Freeman, T. W.; Stephenson, J. L. J. Proteome Res. 2004, 3, 112-119.
22. Cargile, B. J.; Stephenson, J. L. Anal. Chem. 2004, 76, 267-275.
23. Krijgsveld, J.; Gauci, S.; Dormeyer, W.; Heck, A. J. R. J. Proteome Res. 2006, 5, 1721-1730.
24. Xie, H.; Rhodus, N. L.; Griffin, R. J.; Carlis, J. V.; Griffin, T. J. Mol. Cell. Proteomics 2005, 4, 1826-1830.
25. Xie, H.; Bandhakavi, S.; Griffin, T. J. Anal. Chem. 2005, 77, 3198-3207.
26. Xie, H. W.; Bandhakavi, S.; Griffin, T. J. Anal. Chem. 2005, 77, 3198-3207.
27. Tan, A. M.; Pashkova, A.; Zang, L.; Foret, F.; Karger, B. L. Electrophoresis 2002, 23, 3599-3607.
28. Baczek, T. J. Pharm. Biomed. Anal. 2004, 35, 895-904.
29. Baczek, T. J. Pharm. Biomed. Anal. 2004, 34, 851-860.
30. Heller, M.; Michel, P. E.; Morier, P.; Crettaz, D.; Wenz, C.; Tissot, J. D.; Reymond, F.; Rossier, J. S. Electrophoresis 2005, 26, 1174-1188.
31. Heller, M.; Ye, M. L.; Michel, P. E.; Morier, P.; Stalder, D.; Junger, M. A.; Aebersold, R.; Reymond, F. R.; Rossier, J. S. J. Proteome Res. 2005, 4, 2273-2282.
32. Hörth, P.; Miller, C. A.; Preckel, T.; Wenz, C. Mol. Cell. Proteomics 2006, 5, 1968-1974.
33. Michel, P. E.; Crettaz, D.; Morier, P.; Heller, M.; Gallot, D.; Tissot, J. D.; Reymond, F.; Rossier, J. S. Electrophoresis 2006, 27, 1169-1181.
34. Burgess, J. A.; Lescuyer, P.; Hainard, A.; Burkhard, P. R.; Turck, N.; Michel, P.; Rossier, J. S.; Reymond, F.; Hochstrasser, D. F.; Sanchez, J. C. J. Proteome Res. 2006, 5, 1674-1681.
35. Arnaud, I. L.; Josserand, J.; Rossier, J. S.; Girault, H. H. Electrophoresis 2002, 23, 3253-3261.
36. Thormann, W.; Mosher, R. A.; Bier, M. J. Chromatogr. 1986, 351, 17-29.
37. Mosher, R. A.; Thormann, W.; Bier, M. J. Chromatogr. 1988, 436, 191-204.
38. Mosher, R. A.; Dewey, D.; Thormann, W.; Saville, D. A.; Bier, M. Anal. Chem. 1989, 61, 362-366.
39. Mosher, R. A.; Thormann, W. Electrophoresis 1990, 11, 717-723.
40. Mosher, R. A.; Thormann, W. Electrophoresis 2002, 23, 1803-1814.
41. Thormann, W.; Huang, T. M.; Pawliszyn, J.; Mosher, R. A. Electrophoresis 2004, 25, 324-337.
42. Thormann, W.; Mosher, R. A. Electrophoresis 2006, 27, 968-983.
43. Mosher, R. A.; Bier, M.; Righetti, P. G. Electrophoresis 1986, 7, 59-66.
44. Tonani, C.; Faupel, M.; Righetti, P. G. Electrophoresis 1991, 12, 631-636.
45. Tonani, C.; Righetti, P. G. Electrophoresis 1991, 12, 1011-1021.
46. Di Maio, I. Ph.D. Thesis (Thesis No 3064), Ecole Polytechnique Federate de Lausanne, Switzerland, 2004.
47. Weiller, G. F.; Caraux, G.; Sylvester, N. Proteomics 2004, 4, 943-949.
48. CRC Handbook of Chemistry and Physics, 87th ed.; CRC Press: Boca Raton, FL, 2006-2007.
49. Bjellqvist, B.; Hughes, G. J.; Pasquali, C.; Paquet, N.; Ravier, F.; Sanchez, J. C.; Frutiger, S.; Hochstrasser, D. Electrophoresis 1993, 14, 1023-1031.
50. Halligan, B. D.; Ruotti, V.; Jin, W.; Laffoon, S.; Twigger, S. N.; Dratz, E. A. Nucleic Acids Res. 2004, 32.
51. Arnaud, I. L.; Josserand, J.; Jensen, H.; Lion, N.; Roussel, C.; Girault, H. H. Electrophoresis 2005, 26, 1650-1658.