Added value for tandem mass spectrometry shotgun proteomics data validation through isoelectric focusing of peptides

Journal of Proteome Research

Volumn 4, Issue 6, 2005, Pages 2273-2282

  Heller, Manfred ^a,b   Ye, Mingliang ^c   Michel, Philippe E ^a   Morier, Patrick ^a   Stalder, Daniel ^b   Jünger, Martin A ^d   Aebersold, Ruedi ^c,d   Reymond, Frédéric ^a   Rossier, Joël S ^a,e  

^a DiagnoSwiss SA   (Switzerland)

^b PSI   (Switzerland)

^c INSTITUTE FOR SYSTEMS BIOLOGY   (United States)

^d ETH ZURICH   (Switzerland)

^e c/o CIMO SA ^*  (Switzerland)

Author keywords

Data validation; Database searching; Isoelectric focusing; LC MS MS; Peptide identification; Proteomics; Retention time

Indexed keywords

PEPTIDE; PROTEIN;

ANALYTIC METHOD; ARTICLE; DROSOPHILA; ISOELECTRIC FOCUSING; MASS SPECTROMETRY; NONHUMAN; PEPTIDE ANALYSIS; PRIORITY JOURNAL; PROTEOMICS; REVERSED PHASE LIQUID CHROMATOGRAPHY; SHOTGUN PROTEOMICS; TANDEM MASS SPECTROMETRY;

ALGORITHMS; ANIMALS; CALIBRATION; CELL LINE; CHROMATOGRAPHY, ION EXCHANGE; DATABASES, PROTEIN; DROSOPHILA; ISOELECTRIC FOCUSING; MASS SPECTROMETRY; PEPTIDES; PROTEINS; PROTEOME; PROTEOMICS; SOFTWARE; TIME FACTORS;

EID: 29144480261     PISSN: 15353893     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/pr050193v     Document Type: Article

References (31)

1. Wilkins, M. R.; Sanchez, J. C.; Gooley, A. A.; Appel, R. D.; Humphery-Smith, I.; Hochstrasser, D. F.; Williams, K. L. Biotechnol. Gene Eng. Rev. 1995, 13, 19-50.
2. Gygi, S. P.; Corthals, G. L.; Zhang, Y.; Rochon, Y.; Aebersold, R. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2000, 97, 9390-9395.
3. Link, A. J.; Eng, J.; Schieltz, D. M.; Carmack, E.; Mize, G. J.; Morris, D. R.; Garvik, B. M.; Yates, J. R. III. Nat. Biotechnol. 1999, 17, 676-682.
4. Gygi, S. P.; Rist, B.; Gerber, S. A.; Turecek, F.; Gelb, M. H.; Aebersold, R. Nat. Biotechnol. 1999, 17, 994-999.
5. Gygi, S. P.; Rist, B.; Griffin, T. J.; Eng, J.; Aebersold, R. J. Proteome Res. 2002, 1, 47-54.
6. Rose, K.; Bougueleret, L.; Baussant, T.; Böhm, G.; Botti, P.; Colinge, J.; Cusin, I.; Gaertner, H.; Gleizes, A.; Heller, M.; Jimenez, S.; Johnson, A.; Kussmann, M.; Menin, L.; Menzel, C.; Ranno, F.; Rodriguez-Tomé, P.; Rogers, J.; Saudrais, C.; Villain, M.; Wetmore, D.; Bairoch, A.; Hochstrasser, D. Proteomics 2004, 4, 2125-2150.
7. Pieper, R.; Gatlin, C. L.; Makusky, A. J.; Russo, P. S.; Schatz, C. R.; Miller, S. S.; Su, Q.; Mcgrath, A. M.; Estock, M. A.; Parmar, P. P.; Zhao, M.; Huang, S. T.; Zhou, J.; Wang, F.; Esquer-Blasco, R.; Anderson, N. L.; Taylor, J.; Steiner, S., Proteomics 2003, 3, 1345-1364.
8. Wall, D. B.; Kachman, M. T.; Gong, S.; Hinderer, R.; Parus, S.; Misek, D. E.; Hanash, S. M.; Lubman, D. M. Anal. Chem. 2000, 72, 1099-1111.
9. Fung, K. Y. C.; Askovic, S.; Basile, F.; Duncan, M. W. Proteomics 2004, 4, 3121-3127.
10. Strader, M. B.; Verberkmoes, N. C.; Tabb, D. L.; Connelly, H. M.; Barton, J. W.; Bruce, B. D.; Pelletier, D. A.; Davison, B. H.; Hettich, R. L.; Larimer, F. W.; Hurst, G. B. J. Proteome Res. 2004, 3, 965-978.
11. Heller, M.; Stalder, D.; Schlappritzi, E.; Hayn, G.; Matter, U.; Haeberli A. Proteomics 2005, 5, 2619-2630.
12. Michel, P. E.; Reymond, F.; Arnaud, I. L.; Josserand, J.; Girault, H. H.; Rossier J. S. Electrophoresis 2003, 24, 3-11.
13. Heller, M.; Michel, P. E.; Crettaz, D.; Wenz, C.; Tissot, J. D.; Reymond, F.; Rossier, J. S. Electrophoresis 2005, 26, 1174-1188.
14. Cargile, B. J.; Bundy, J. L.; Stephenson, J. L. Jr. J. Proteome Res. 2004, 3, 1082-1085.
15. Keller, A.; Nesvizhskii, A. I.; Kolker, E.; Aebersold, R. Anal. Chem. 2002, 74, 5383-5392.
16. Anderson, D. C.; Li, W.; Payan, D. G.; Noble, W. S. J. Proteome Res. 2003, 2, 137-146.
17. Qian, W. J.; Liu, T.; Monroe, M. E.; Strittmatter, E. F.; Jacobs, J. M.; Kangas, L. J.; Petritis, K.; Camp, D. G.; Smith, R. D. The Human Proteome. J. Proteome Res. 2005, 4, 53-62.
18. Colinge, J.; Masselot, A.; Giron, M.; Dessingy, T.; Magnin, J. Proteomics 2003, 3, 1454-1463.
19. Eng, J. K.; McCormack, A. L.; Yates, J. R. III. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 1994, 5, 976-989.
20. Perkins, D. N.; Pappin, D. J. C.; Creasy, D. M.; Cottrell, J. S. Electrophoresis 1999, 20, 3551-3567.
21. Cargile, B. J.; Bundy, J. L.; Freeman, T. W.; Stephenson, J. L. Jr. J. Proteome Res. 2004, 3, 112-119.
22. Martin, A. J. P. Ann. NY Acad. Sci., 1948, 49, 249-264.
23. Sakamoto, Y.; Kawakami, N.; Sasagawa, T. J. Chromatogr. 1988, 442, 69-79.
24. Petritis, K.; Kangas, L. J.; Ferguson, P. L.7; Anderson, G. A.; Pasa-Tolic, L.; Lipton, M. S.; Auberry, K. J.; Strittmatter, E. F.; Shen, Y.; Zhao, R.; Smith, R. D. Anal. Chem. 2003, 75, 1039-1048.
25. Strittmatter, E. F.; Kangas, L. J.; Petritis, K.; Mottaz, H. M.; Anderson, G. A.; Shen, Y.; Jacobs, J. M.; Camp, D. G. 2nd; Smith, R. D. J. Proteome Res. 2004, 3, 760-769.
26. Echalier, G. Drosophila Cells in Culture; Academic Press: Toronto 1997.
27. Yi, E. C.; Lee, H.; Aebersold, R.; Goodlett, D. R. Rapid Commun. Mass Spectrom. 2003, 17, 2093-2098.
28. Bjellqvist, B.; Hughes, G. J.; Pasquali, C.; Paquet, N.; Ravier, F.; Sanchez, J. C.; Frutiger, S.; Hochstrasser, D. Electrophoresis 1993, 14, 1023-1031.
29. Guo, D.; Mant, C. T.; Taneja, A. K.; Parker, J. M. R.; Hodges, R. S. J. Chromatogr. 1986, 359, 499-517.
30. Lehninger, A. Biochemistry, 3rd ed.; Worth Publishers: New York, 1985.
31. Keller, A.; Eng, J.; Zhang, N.; Aebersold, R. Mol. Systems Biol., in press.