Bivalent peptides as models for multimeric targets of PDZ domains

ChemBioChem

Volumn 8, Issue 4, 2007, Pages 443-452

  Paduch, Marcin ^a   Biernat, Monika ^a   Stefanowicz, Piotr ^a   Derewenda, Zygmunt S ^b   Szewczuk, Zbigniew ^a   Otlewski, Jacek ^a  

^a UNIVERSITY OF WROC AW   (Poland)

^b UNIVERSITY OF VIRGINIA   (United States)

Author keywords

Bivalent ligands; Dimerizatton; PDZ domain; Protein design; Solid phase synthesis

Indexed keywords

AMINO ACID; GUANINE NUCLEOTIDE EXCHANGE FACTOR; LEUKEMIA ANTIGEN; OLIGOMER; PDZ PROTEIN; PEPTIDE; PLEXIN B RECEPTOR; RECEPTOR PROTEIN; RHOA GUANINE NUCLEOTIDE BINDING PROTEIN; UNCLASSIFIED DRUG; PEPTIDE FRAGMENT; RHO GUANINE NUCLEOTIDE EXCHANGE FACTOR P115;

ARTICLE; CONTROLLED STUDY; DENATURATION; DIMERIZATION; GEL FILTRATION CHROMATOGRAPHY; GEL PERMEATION CHROMATOGRAPHY; MOLECULAR DYNAMICS; MUTAGENESIS; NONHUMAN; OLIGOMERIZATION; PRIORITY JOURNAL; PROTEIN BINDING; PROTEIN CROSS LINKING; PROTEIN DOMAIN; PROTEIN EXPRESSION; PROTEIN PROTEIN INTERACTION; PROTEIN PURIFICATION; STOICHIOMETRY; BIOLOGICAL MODEL; CHEMISTRY; GENETICS; HUMAN; METABOLISM; PROTEIN TERTIARY STRUCTURE;

EUKARYOTA;

DIMERIZATION; GUANINE NUCLEOTIDE EXCHANGE FACTORS; HUMANS; MODELS, BIOLOGICAL; PEPTIDE FRAGMENTS; PROTEIN STRUCTURE, TERTIARY;

EID: 34247857739     PISSN: 14394227     EISSN: 14397633     Source Type: Journal    
DOI: 10.1002/cbic.200600389     Document Type: Article

References (67)

1. C. Nourry, S. G. N. Grant, J. Borg, Sci. STKE 2003, 2003(179), re7.
2. A. Y. Hung, M. Sheng, J. Biol. Chem. 2002, 277, 5699-5702.
3. D. A. Doyle, A. Lee, J. Lewis, E. Kim, M. Sheng, R. MacKinnon, Cell 1996, 85, 1067-1076.
4. B. Z. Harris, W. A. Lim, J. Cell Sci. 2001, 114, 3219-3231.
5. B. S. Kang, D. R. Cooper, Y. Devedjiev, U. Derewenda, Z. S. Derewenda, Structure 2003, 11, 845-853.
6. J. Grembecka, T. Cierpicki, Y. Devedjiev, U. Derewenda, B. S. Kang, J. H. Bushweller, Z. S. Derewenda, Biochemistry 2006, 45, 3674-3683.
7. K. K. Dev, Nat. Rev. Drug Discovery 2004, 3, 1047-1056.
8. Z. Songyang, A. S. Fanning, C. Fu, J. Xu, S. M. Marfatia, A. H. Chishti, A. Crompton, A. C. Chan, J. M. Anderson, L. C. Cantley, Science 1997, 275, 73-77.
9. M. A. Stiffler, V. P. Grantcharova, M. Sevecka, G. MacBeath, J. Am. Chem. Soc. 2006, 128, 5913-5922.
10. B. M. Muller, U. Kistner, S. Kindler, W. J. Chung, S. Kuhlendahl, S. D. Fenster, L. F. Lau, R. W. Veh, R. L. Huganir, E. D. Gundelfinger, C. C. Garner, Neuron 1996, 17, 255-265.
11. M. Niethammer, J. G. Valtschanoff, T. M. Kapoor, D. W. Allison, T. M. Weinberg, A. M. Craig, M. Sheng, Neuron 1998, 20, 693-707.
12. B. Z. Harris, B. J. Hillier, W. A. Lim, Biochemistry 2001, 40, 5921-5930.
13. Y. J. Im, S. H. Park, S. Rho, J. H. Lee, G. B. Kang, M. Sheng, E. Kim, S. H. Eom, J. Biol. Chem. 2003, 278, 8501-8507.
14. Y. J. Im, J. H. Lee, S. H. Park, S. J. Park, S. Rho, G. B. Kang, E. Kim, S. H. Eom, J. Biol. Chem. 2003, 278, 48099-48104.
15. A. G. Lau, R. A. Hall, Biochemistry 2001, 40, 8572-8580.
16. X.-Z. S. Xu, A. Choudhury, X. Li, C. Montell, J. Cell. Biol. 1998, 142, 545-555.
17. C. L. Neudauer, G. Joberty, I. G. Macara, Biochem. Biophys. Res. Commun. 2001, 280, 541-547.
18. Y. P. Hsueh, M. Sheng, J. Biol. Chem. 1999, 274, 532-536.
19. H. Chikumi, A. Barac, B. Behbahani, Y. Gao, H. Teramoto, Y. Zheng, J. S. Gutkind, Oncogene 2004, 23, 233-240.
20. S. Fukuhara, C. Murga, M. Zohar, T. Igishi, J. S. Gutkind, J. Biol. Chem. 1999, 274, 5868-5879.
21. P. J. Kourlas, M. P. Strout, B. Becknell, M. L. Veronese, C. M. Croce, K. S. Theil, R. Krahe, T. Ruutu, S. Knuutila, C. D. Bloomfield, M. A. Caligiuri, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 2000, 97, 2145-2150.
22. J. W. Erickson, R. A. Cerione, Biochemistry 2004, 43, 837-842.
23. T. Yamada, Y. Ohoka, M. Kogo, S. Inagaki, J. Biol. Chem. 2005, 280, 19358-19363.
24. V. Perrot, J. Vazquez-Prado, J. S. Gutkind, J. Biol. Chem. 2002, 277, 43115-43120.
25. D. M. Longhurst, M. Watanabe, J. D. Rothstein, M. Jackson, J. Biol. Chem. 2006, 281, 12030-12040.
26. M. H. E. Driessens, C. Olivo, K. Nagata, M. Inagaki, J. G. Collard, FEBS Lett. 2002, 529, 168-172.
27. J. R. Basile, R. M. Castilho, V. P. Williams, J. S. Gutkind, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 2006, 103, 9017-9022.
28. J. Aurandt, H. G. Vikis, J. S. Gutkind, N. Ahn, K. Guan, Proc. Natl. Acad. Sci. USA 2002, 99, 12085-12090.
29. K. H.J. Pearce, M. H. Ultsch, R. F. Kelley, A.M. de Vos, J. A. Wells, Biochemistry 1996, 35, 10300-10307.
30. I. Luque, J. Gomez, N. Semo, E. Freire, Proteins 1998, 30, 74-85.
31. W. Wen, W. Wang, M. Zhang, Curr. Top. Med. Chem. 2006, 6, 711-721.
32. J. Shan, D. Shi, J. Wang, J. Zheng, Biochemistry 2005, 44, 15495-15503.
33. N. Fujii, J. J. Haresco, K. A. P. Novak, D. Stokoe, I. D. Kuntz, R. K. Guy, J. Am. Chem. Soc. 2003, 125, 12074-12075.
34. A. Nishimune, J. T. Isaac, E. Molnar, J. Noel, S. R. Nash, M. Tagaya, G. L. Collingridge, S. Nakanishi, J. M. Henley, Neuron 1998, 21, 87-97.
35. H. Hirbec, J. C. Francis, S. E. Lauri, S. P. Braithwaite, F. Coussen, C. Mulle, K. K. Dev, V. Coutinho, G. Meyer, J. T. R. Isaac, G. L. Collingridge, J. M. Henley, Neuron 2003, 37, 625-638.
36. N. Fujii, J. Haresco, K. Novak, R. Gage, N. Pedemonte, D. Stokoe, I. Kuntz, G. R. Kiplin, Bioorg. Med. Chem. Lett. 2007, 17, 549-552.
37. M. Joshi, C. Vargas, P. Boisguerin, A. Diehl, G. Krause, P. Schmieder, K. Moelling, V. Hagen, M. Schade, H. Oschkinat, Angew. Chem. 2006, 118, 3874-3879;
38. Angew. Chem. Int. Ed. 2006, 45, 3790-3795.
39. P. A. Clemons, Curr. Opin. Chem. Biol. 1999, 3, 112-115.
40. K. P. Hopfner, Y. Ayala, Z. Szewczuk, Y. Konishi, E. Di Cera, Biochemistry 1993, 32, 2947-2953.
41. Z. Szewczuk, B. F. Gibbs, S. Y. Yue, E. Purisima, A. Zdanov, M. Cygler, Y. Konishi, Biochemistry 1993, 32, 3396-3404.
42. M. Mammen, S. K. Choi, G. M. Whitesides, Angew. Chem. 1998, 110, 2908-2953;
43. Angew. Chem. Int. Ed. 1998, 37, 2754-2794.
44. E. Van Obberghen, Diabetologia 1994, 37 Suppl 2, S125-34.
45. S. Taya, N. Inagaki, H. Sengiku, H. Makino, A. Iwamatsu, I. Urakawa, K. Nagao, S. Kataoka, K. Kaibuchi, J. Cell. Biol. 2001, 155, 809-820.
46. A. Perschl, J. Lesley, N. English, I. Trowbridge, R. Hyman, Eur. J. Immunol. 1995, 25, 495-501.
47. L. Y. W. Bourguignon, E. Gilad, A. Brightman, F. Diedrich, P. Singleton, J. Biol. Chem. 2006, 281, 14026-14040.
48. R. Zheng, A. Iwase, R. Shen, O. Goodman, N. Sugimoto, Y. Takuwa, D. Lerner, D. Nanus, Oncogene 2006, 25, 5942-5952.
49. S. R. George, B. F. O'Dowd, S. P. Lee, Nat. Rev. Drug Discovery 2002, 1, 808-820.
50. J. E. Brenman, D. S. Chao, S. H. Gee, A. W. McGee, S. E. Craven, D. R. Santillano, Z. Wu, F. Huang, H. Xia, M. F. Peters, S. C. Froehner, D. S. Bredt, Cell 1996, 84, 757-767.
51. D. Utepbergenov, A. Fanning, J. Anderson, J. Biol. Chem. 2006, 281, 24971-24977.
52. E. S. Wittchen, J. Haskins, B. R. Stevenson, J. Cell. Biol. 2000, 151, 825-836.
53. G. D. Glick, J. R. Knowles, J. Am. Chem. Soc. 1991, 113, 4701-4703.
54. G. D. Glick, P. L. Toogood, D. C. Wiley, J. J. Skehel, J. R. Knowles, J. Biol. Chem. 1991, 266, 23660-23669.
55. M. Biernat, P. Stefanowicz, M. Zimecki, Z. Szewczuk, Bioconjugate Chem. 2006, 17, 1116-1124.
56. J. M. Harris, N. E. Martin, M. Modi, Clin. Pharmacokinet. 2001, 40, 539-551.
57. J. M. Harris, Poly(ethylene glycol) Chemistry: Biotechnical and Biomedical Applications, Plenum, New York, 1992.
58. P. Sheffield, S. Garrard, Z. Derewenda, Protein Expression Purif. 1999, 15, 34-39.
59. W. Wang, B. A. Malcolm, Methods Mol. Biol. 2002, 182, 37-43.
60. M. C. Peitsch, Biochem. Soc. Trans. 1996, 24, 274-279.
61. R. W. Hooft, G. Vriend, C. Sander, E. E. Abola, Nature 1996, 381, 272.
62. D. S. Goodsell, A. J. Olson, Proteins 1990, 8, 195-202.
63. E. F. Pettersen, T. D. Goddard, C. C. Huang, G. S. Couch, D. M. Greenblatt, E. C. Meng, T. E. Ferrin, J. Comput. Chem. 2004, 25, 1605-1612.
64. D. Van Der Spoel, E. Lindahl, B. Hess, G. Groenhof, A. E. Mark, H. J. C. Berendsen, J. Comput. Chem. 2005, 26, 1701-1718.
65. M. M. Santoro, D. W. Bolen, Biochemistry 1988, 27, 8063-8068.
66. F. Glaser, T. Pupko, I. Paz, R. E. Bell, D. Bechor-Shental, E. Martz, N. Ben-Tal, Bioinformatics 2003, 19, 163-164.
67. L. Indyk, H. F. Fisher, Methods Enzymol. 1998, 295, 350-364.