Molecular modeling the reaction mechanism of serine-carboxyl peptidases

Journal of Chemical Theory and Computation

Volumn 2, Issue 4, 2006, Pages 1168-1175

  Bravaya, Ksenia ^a   Bochenkova, Anastasia ^a   Grigorenko, Bella ^a   Topol, Igor ^b   Burt, Stanley ^b   Nemukhin, Alexander ^a,c  

^a MOSCOW STATE UNIVERSITY   (Russian Federation)

^b NATIONAL CANCER INSTITUTE   (United States)

^c EMANUEL INSTITUTE OF BIOCHEMICAL PHYSICS   (Russian Federation)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

EID: 33846218619     PISSN: 15499618     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/ct6000686     Document Type: Article

References (47)

1. Oda, K.; Sugitani, M.; Fukuhara, K.; Murao, S. Biochim. Biophys. Acta 1987, 923, 463-469.
2. Wlodawer, A.; Li, M.; Dauter, Z.; Gustchina, A.; Uchida, K.; Oyama, H.; Dunn, B. M.; Oda, K. Nature Struct. Biol. 2001, 8, 442-446.
3. Wlodawer, A.; Li, M.; Gustchina, A.; Oyama H., Dunn, B. M.; Oda, K. Acta Biochim. Pol. 2003, 50, 81-102.
4. Wlodawer, A. Structure 2004, 12, 1117-1119.
5. Comellas-Bigler, M.; Maskos, K.; Huber, R.; Oyama, H.; Oda, K.; Bode, W. Structure 2004, 12, 1313-1323.
6. Wlodawer, A.; Li, M.; Gustchina, A.; Tsuroaka, N.; Ashida, M.; Minakata, H.; Oyama, H.; Oda, K.; Nishino, T.; Nakayama, T. J. Biol. Chem. 2004, 279, 21500-21510.
7. Wlodawer, A.; Li, M.; Gustchina, A.; Dauter, Z.; Uchida, K.; Oyama, H.; Goldfarb, N.; Dunn, B. M.; Oda, K. Biochemistry 2001, 40, 15602-15611.
8. Wlodawer, A.; Li, M.; Gustchina, A.; Oyama, H.; Oda, K.; Beyer, B. B.; Celmente, J.; Dunn, B. M. Biochem. Biophys. Res. Comm. 2004, 314, 638-645.
9. Oda, K.; Nakatani, H.; Dunn, B. M. Biochem. Biophys. Acta 1992, 1120, 208-214.
10. Hedstrom, L. Chem. Rev. 2002, 102, 4501-4523.
11. Guo, H.; Wlodawer, A.; Guo, H. J. Am. Chem. Soc. 2005, 127, 15662-15663.
12. Warshel, A.; Levitt, M. J. Mol. Biol. 1976, 103, 227-249.
13. Field, M. J.; Bash, P. A.; Karplus, M. A. J. Comput. Chem. 1990, 11, 700-733.
14. Gao, J. L.; Xia, X. F. Science 1992, 258, 631.
15. Stanton, R. V.; Hartsough, D. S.; Merz, K. M. J. Comput.Chem. 1995, 16, 113.
16. Bakovvies, D.; Thiel, W. J. Phys. Chem. 1996, 100, 10580-10594.
17. Zhang, Y.; Lee, T.-S.; Yang W. J. Chem. Phys. 1999, 110, 46.
18. Murphy, R. B.; Philipp, D. M.; Friesner, R. A. J. Comput. Chem. 2000, 21, 1442-1457.
19. Cui, Q.; Elstner, M.; Kaxiras, E.; Frauenheim, T.; Karplus, M. J. Phys. Chem. B 2001, 105, 569-585.
20. Alhambra, C.; Corchado, J. C.; Sanchez, M. L.; Gao, J.; Truhlar, D. G. J. Am. Chem. Soc. 2000, 122, 8197-8203.
21. Cui, Q.; Karplus, M. J. Am. Chem. Soc. 2002, 124, 3093.
22. Cisneros, G. A.; Liu, H.; Zhang, Y.; Yang, W. J. Am. Chem. Soc. 2003, 125, 10384-10393.
23. Guallar, V.; Baik, M.-H.; Lippard, S. J.; Friesner, R. A. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2003, 100, 6998-7002.
24. Shurki, A.; Warshel, A. Adv. Protein. Chem. 2003, 66, 249-379.
25. Li, G.; Cui, Q. J. Phys. Chem. B 2004, 108, 3342-3357.
26. Klähn, M.; Braun-Sand S.; Rosta, E.; Warshel, A. J. Phys. Chem. B 2005, 109, 15645-15650.
27. Wong, K. F.; Selzer, T.; Benkovic, S. J.; Hammes-Shiffer, S. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2005, 102, 6807-6812.
28. Shaik, S.; Kumar, D.; de Visser, S. P.; Altun, A.; Thiel, W. Chem. Rev. 2005, 105, 2279-2328.
29. Bentzien, J.; Muller, R. P.; Florián, J.; Warshel, A. J. Phys. Chem. B 1998, 102, 2293.
30. Torf, M.; Varnai, P.; Richards, W. G. J. Am. Chem. Soc. 2002, 124, 14780-14788.
31. Zhang, Y.; Kua, J.; McCammon, J. A. J. Am. Chem. Soc. 2002, 124, 10572-10577.
32. Molina, P. A.; Jensen, J. H. J. Phys. Chem. B 2003, 107, 6226-6233.
33. Nemukhin, A. V.; Grigorenko, B. L.; Rogov, A. V.; Topol, I. A.; Burt, S. K. Theor. Chem. Acc. 2004, 111, 36-48.
34. Morris, G. M.; Goodsell, D. S.; Halliday, R. S.; Huey, R.; Hart, W. E.; Belew, R. K.; Olson, A. J. J. Comput. Chem. 1998, 19, 1639-1662.
35. Kal, L.; Skeel, R.; Bhandarkar, M.; Brunner, R.; Gursoy, A.; Krawetz, N.; Phillips, J.; Shinozaki, A.; Varadarajan, K.; Schulten, K. J. Comput. Phys. 1999, 151, 283-312.
36. Schmidt, M. W.; Baldridge, K. K.; Boatz, J. A.; Elbert, S. T.; Gordon, M. S.; Jensen, J. H.; Koseki, S.; Matsunaga, N.; Nguyen, K. A.; Su, S. J.; Windus, T. L.; Dupuis, M.; Montgomery, J. A. J. Comput. Chem. 1993, 14, 1347.
37. Morris, G. M.; Goodsell, D. S.; Huey, R.; Olson, A. J. J. Comput.-Aided. Mol. Des. 1996, 10, 293-304.
38. Goodsell, D. S.; Olson, A. J. Proteins: Struct., Funct., Genet. 1990, 8, 195-202.
39. Heteny, C.; Spoel, V. D. Prot. Sci. 2002, 11, 1729-1737.
40. Dunn, B. M. Chem. Rev. 2002, 102, 4431-4458.
41. Lin, L.; Sohar, I.; Lackland, H.; Lobel, P. J. Biol. Chem. 2001, 276, 2249-2255.
42. Walus, M.; Kida, E.; Wisniewski, K. E.; Golabek, A. A. FEBS Lett. 2005, 579, 1383-1388.
43. Comellas-Bigler, M.; Fuentes-Prior, P.; Maskos, K.; Huber, R.; Oyama, H.; Uchida, K.; Dunn, B. M.; Oda, K.; Bode, W. Structure 2002, 10, 865-876.
44. Lee, B. R.; Furukawa, M.; Yamashita, K.; Kanasugi, Y.; Kawabata, C.; Hirano, K.; Ando, K.; Ichishima, E. Biochem. J. 2003, 371, 541-548.
45. Oyama, H.; Abe, S.-I.; Ushiyama, S.; Takahashi, S.; Oda, K. J. Biol. Chem. 1999, 274, 27815-27822.
46. Florián, J.; Warshel, A. J. Phys. Chem. B 1998, 102, 719-734.
47. Kötting, C.; Gerwert, K. Chem. Phys. 2004, 307, 227-232.