Molecular dynamics model of unliganded HIV-1 reverse transcriptase

Medicinal Chemistry

Volumn 2, Issue 5, 2006, Pages 491-498

  Carvalho, A T P ^a   Fernandes, P A ^a   Ramos, M J ^a  

^a UNIVERSITY OF PORTO   (Portugal)

Author keywords

HIV 1; Modeling; Molecular dynamics; Reverse transcriptase

Indexed keywords

RNA DIRECTED DNA POLYMERASE; VIRUS RNA;

ARTICLE; CONFORMATIONAL TRANSITION; CRYSTAL STRUCTURE; DNA SYNTHESIS; ENZYME CONFORMATION; HUMAN IMMUNODEFICIENCY VIRUS 1; MATHEMATICAL MODEL; MOLECULAR DYNAMICS; NONHUMAN; NUCLEOTIDE BINDING SITE; PRIORITY JOURNAL; SEQUENCE HOMOLOGY; SIMULATION; VALIDATION PROCESS;

BINDING SITES; HIV REVERSE TRANSCRIPTASE; HIV-1 REVERSE TRANSCRIPTASE; HYDROGEN BONDING; LIGANDS; MODELS, MOLECULAR; NUCLEOTIDES; PROTEIN BINDING; PROTEIN STRUCTURE, TERTIARY; PROTEIN SUBUNITS; SOLVENTS; WATER;

EID: 33748677715     PISSN: 15734064     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.2174/157340606778250270     Document Type: Article

References (49)

1. Telesnitsky, A.; Goff, S.P. In Retroviruses; Coffin, J.M.; Hughes S.H.; And Varmus, H.E., Ed., Cold Spring Harbor Laboratory Press, Cold Spring Harbor, NY, 1997.
2. Mizrahi V.; Lazarus G.M.; Miles L.M.; Meyers C.A.; Debouck C. Arch. Biochem. Biophys., 1989, 273(2), 347.
3. Kohlstaedt L.A.; Wang J.; Friedman J.M.; Rice P.A.; Steitz T.A. Science, 1992, 256(5065), 1783.
4. Le Grice S.F.; Naas T.; Wohlgensinger B.; Schatz O. EMBO J., 1991, 10(12), 3905.
5. Johnson, M.S.; McClure, M.A.; Feng, D.F.; Gray, J.; Doolitle, R.F. Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 1986, 83, 7648.
6. Larder, B.A.; Purifoy, D.J.M.; Powell, K.L.; Darby, G. Nature, 1987, 327, 716.
7. Majumdar, C.; Abbotts, J.; Broder, S.; Wilson, S. J. Biol. Chem., 1988, 263(30), 15657.
8. Wöhrl, B.M.; Krebs, R.; Goody, R.S.; Restle, T. J. Mol. Biol., 1999, 333.
9. Unge, T.; Knight, S.; Bhikhabhai, R.; Lovgren, S.; Dauter, Z.; Wilson, K.; Strandberg, B. Structure, 1994, 2, 953.
10. Rodgers, D.W.; Gamblin, S.J.; Harris, B.A.; Ray, S.; Culp, J.S.; Hellmig, B.; Woolf, D.J.; Debouck, C.; Harrison, S.C. Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 1995, 2, 1222.
11. Esnouf, R.; Ren, J.; Ross, C.; Jones, Y.; Stammers, D.; Stuart, D. Nat. Struct.Biol., 1995, 2, 303.
12. Hsiou, Y.; Ding, J.; Das, K.; Clark Jr. A.D.; Hughes, S.H.; Arnold, E. Structure. 1996, 4, 853.
13. Hsiou, Y.; Ding, J.; Das, K.; Clark Jr. A.D.; Boyer, P.L.; Lewi, P.; Janssen, P.A.; Kleim, J.P.; Rosner, M.; Hughes, S.H.; Arnold, E. J. Mol. Biol., 2001, 309, 437.
14. Sarafianos, S.G.; Das, K.; Clark Jr. A.D.; Ding, J.; Boyer, P.L.; Hughes, S.H.; Arnold, E. Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 1999, 96, 10027.
15. Ren, J; Nichols, C.; Bird, L.; Chamberlain, P.; Weaver, K.; Short, S.; Stuart, D.I.; Stammers, D.K. J. Mol. Biol. 2001, 312, 795.
16. Ding, J.; Das, K.; Hsiou, Y.; Sarafianos, S.G.; Clark, A.D. Jr.; Jacobo-Molina, A.; Tantillo, C.; Hughes, S.H.; Arnold, E.J. Mol. Biol., 1998, 284, 1095.
17. Sarafianos, S.G.; Das, K.; Tantillo, C.; Clark Jr. A.D.; Ding, J.; Whitcomb, J.M.; Boyer, P.L.; Hughes, S.H.; Arnold, E. EMBO J., 2001, 20, 1449.
18. Peletskaya, E.N.; Kogon, A.A.; Tuske, S.; Arnold, E.; Hughes, S.H. J. Virol. 2004, 78, 3387.
19. Huang, H.; Chopra, R.; Verdine, G.L.; Harrison, S.C. Science, 1998, 282, 1669.
20. Sarafianos, S.G. et al. EMBO J. 2002, 21, 6614.
21. Tuske S.; Sarafianos S.G.; Clark A.D. Jr.; Ding J.; Naeger L.K.; White K.L.; Miller M.D.; Gibbs C.S.; Boyer P.L.; Clark P.; Wang G.; Gaffney B.L.; Jones R.A.; Jerina D.M.; Hughes S.H.; Arnold E. Nat Struct Mol Biol., 2004, 11(5), 469.
22. Wang, J.; Smerdon, S.J.; Jager, J.; Kohlstaedt, L.A.; Rice, P.A.; Friedman, J.M.; Steitz, T.A. Proc. Natl. Acad. Sci. USA. 1994, 91, 7242.
23. Ding, J.; Das, K.; Tantillo, C.; Zhang, W.; Clark Jr. A.D.; Jessen, S.; Lu, X.; Hsiou, Y.; Jacobo-Molina, A.; Andries, K. et al. Structure, 1995, 3, 365.
24. Ding, J.; Das, K.; Moereels, H.; Koymans, L.; Andries, K.; Janssen, P.A.; Hughes, S.H.; Arnold, E. Nat. Struct. Biol. 1995, 2, 407.
25. Ren, J.; Esnouf, R.; Hopkins, A.; Ross, C.; Jones, Y.; Stammers, D.; Stuart, D. Structure, 1995, 3, 915.
26. Ren, J.; Esnouf, R.; Garman, E.; Somers, D.; Ross, C.; Kirby, I.; Keeling, J.; Darby, G.; Jones, Y.; Stuart, D. et al. Nat. Struct. Biol., 1995, 2, 293.
27. Ren, J.; Esnouf, R.M.; Hopkins, A.L.; Jones, E.Y.; Kirby, I.; Keeling, J.; Ross, C.K.; Larder, B.A.; Stuart, D.I.; Stammers, D.K. Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 1998, 95, 9518.
28. Ren, J.; Esnouf, R.M.; Hopkins, A.L.; Warren, J., Balzarini, J.; Stuart, D.I.; Stammers, D.K. Biochemistry, 1998, 37, 14394.
29. Ren, J.; Esnouf, R.M.; Hopkins, A.L.; Stuart, D.I.; Stammers, D.K. J. Med. Chem., 1999, 42, 3845.
30. Ren, J.; Diprose, J.; Warren, J.; Esnouf, R.M.; Bird, L.E.; Ikemizu, S.; Slater, M.; Milton, J.; Balzarini, J., Stuart, D.I.; Stammers, D.K. J. Biol. Chem., 2000, 275, 5633.
31. Ren, J.; Nichols. C.; Bird, L.E.; Fujiwara, T.; Sugimoto, H.; Stuart, D.I.; Stammers, D.K. J. Biol. Chem., 2000, 275, 14316.
32. Ren, J.; Milton, J.; Weaver, K.L.; Short, S.A.; Stuart, D.I.; Stammers, D.K. STRUCTURE FOLD. DES., 2000, 8, 1089.
33. Ren, J.; Nichols, C.E.; Chamberlain, P.P.; Weaver, K.L.; Short, S.A.; Stammers, D.K. J. Mol. Biol., 2004, 336, 869.
34. Hopkins, A.L.; Ren, J.; Esnouf, R.M.; Willcox, B.E.; Jones, E.Y.; Ross, C.; Miyasaka, T.; Walker, R.T.; Tanaka, H.; Stammers, D.K.; Stuart, D.I. J. Med. Chem., 1996, 39, 1589.
35. Hopkins, A.L.; Ren, J.; Tanaka, H.; Baba, M.; Okamato, M.; Stuart, D.I.; Stammers, D.K. J. Med. Chem. 1999, 42, 4500.
36. Das, K.; Ding, J.; Hsiou, Y.; Clark Jr., A.D.; Moereels, H.; Koymans, L.; Andries, K.; Pauwels, R.; Janssen, P.A.; Boyer, P.L.; Clark, P.; Smith Jr., R.H.; Kroeger, M.B.; Michejda, C.J.; Hughes, S.H.; Arnold, E. J. Mol. Biol., 1996, 264, 1085.
37. Das, K.; Clark Jr., A.D.; Lewi, P.; Heeres, J.; Dejonge, M.; Koymans, L.; Vinkers, H.; Daeyaert, F.; Ludovici, D.W.; Kukla, M.J.; Decorte, B.; Kavash, R.W.; Ho, C.Y.; Ye, H.; Lichtenstein, M.; Andries, K.; Pauwles, R.; Debethune, M.-P.; Boyer, P.L.; Clark, P.; Hughes, S.H.; Janssen, P.A.; Arnold, E. J. Med. Chem., 2004, 47, 2550.
38. Esnouf, R.M.; Ren, J.; Hopkins, A.L.; Ross. C.K.; Jones, E.Y.; Stammers, D.K.; Stuart, D.I. Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 1997, 94, 3984.
39. Hsiou, Y.; Das, K.; Ding, J.; Clark Jr., A.D.; Kleim, J.P.; Rosner, M.; Winkler. I.; Riess, G.; Hughes, S.H.; Arnold, E. J. Mol. Biol., 1998, 284, 313.
40. Hogberg, M.; Sahlberg, C.; Engelhardt, P.; Noreen, R.; Kangasmetsa, J.; Johansson, N.G.; Oberg, B.; Vrang, L.; Zhang, H.; Sahlberg, B.L.; Unge, T.; Lovgren, S.; Fridborg, K.; Backbro, K. J. Med. Chem., 2000, 43, 304.
41. Chan, J.H.; Hong, J.S.; Hunter 3rd., R.N.; Orr, G.F.; Cowan, J.R.; Sherman, D.B.; Sparks, S.M.; Reitter, B.E.; Andrews 3rd., C.W.; Hazen, R.J.; St Clair, M.; Boone, L.R.; Ferris, R.G.; Creech, K.L.; Roberts, G.B.; Short, S.A., Weaver, K.; Ott, R.J.: Ren, J.; Hopkins, A.; Stuart, D.I.; Stammers, D.K. J. Med. Chem., 2001, 44, 1866.
42. Lindberg, J.; Sigurdsson, S.; Lowgren, S.; Andersson, H.O.; Sahlberg, C.; Noreen, R.; Fridborg, K.; Zhang, H.; Unge, T. Eur. J. Biochem., 2002, 269, 1670.
43. Pata, J.D.; Stirtan, W.G.; Goldstein, S.W.; Steitz. T.A. Proc. Nat. Acad. Sci. USA, 2004, 101, 10548.
44. Sarafianos, S.G.; Das, K.; Tantillo, C.; Clark Jr., A.D.; Ding, J.; Whitcomb, J.M.; Boyer, P.L.; Hughes, S.H.; Arnold, E. EMBO J., 2001, 20, 1449.
45. Kensch, O.; Restle, T.; Wöhrl, B.M.; Goody, R.S,; Steinhoff, H.-J. J. Mol. Biol., 2000, 301, 1029.
46. Guex, N.; Peitsch, M.C. Electrophoresis, 1997, 18, 2174.
47. G.Vriend. J. Mol. Graph., 1990, 8, 52.
48. Case, D.A.; Darden, I.A.; Cheatham, I.E.; Simmerling, III, C.L.; Wang, J.; Duke, R.E.; Luo, R.; Merz, K.M.; Wang, B.; Pearlman, D.A.; Crowley, M.; Brozell, S.; Tsui, V.; Gohlke, H.; Mongan, J.; Hornak,V.; Cui, G.; Beroza, P.; Schafmeister C.; Caldwell, J.W.; Ross, W.S.; Kollman, P.A. AMBER 8, 2004, University of California, San Francisco.
49. Cornell, W.D.; Cieplak P.; Bayly C.I.; Gould I.R.; Merz K.M. Jr.; Ferguson D.M.; Spellmeyer D.C.; Fox T.; Caldwell J.W.; Kollman P.A. J.A. Chem. Soc., 1995. 117, 5179.