Mass spectrometry based strategies in quantitative proteomics

Current Analytical Chemistry

Volumn 2, Issue 1, 2006, Pages 1-7

  Brancia, Francesco L ^a  

^a The Wharfside   (United Kingdom)

Author keywords

CAD collisionally activated dissociation; ES electrospray; MALDI matrix assisted laser desorption ionisation; RP HPLC reversed phase high performance liquid chromatography; SDS PAGE sodium dodecyl sulphate polyacrylamide electrophoresis

Indexed keywords

GENE EXPRESSION; HIGH PERFORMANCE LIQUID CHROMATOGRAPHY; ISOTOPES; MASS SPECTROMETERS; MASS SPECTROMETRY; MOLECULAR BIOLOGY; PEPTIDES; SODIUM COMPOUNDS; SULFUR COMPOUNDS;

CAD COLLISIONALLY ACTIVATED DISSOCIATION; COLLISIONALLY ACTIVATED DISSOCIATION; ELECTROSPRAYS; ES ELECTROSPRAY; HIGH-PERFORMANCE LIQUID CHROMATOGRAPHY; MALDI MATRIX; MALDI MATRIX-ASSISTED LASER DESORPTION IONIZATION; MATRIX ASSISTED LASER DESORPTION IONIZATION; MATRIXASSISTED LASER DESORPTION-IONIZATION (MALDI); REVERSED-PHASE HIGH PERFORMANCE; RP-HPLC; RP-HPLC REVERSED PHASE HIGH PERFORMANCE LIQUID CHROMATOGRAPHY; SDS PAGE SODIUM-DODECYL SULPHATE POLYACRYLAMIDE ELECTROPHORESIS; SDS-PAGE; SODIUM DODECYL SULPHATE;

ELECTROPHORESIS;

EID: 33645711358     PISSN: 15734110     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.2174/157341106775197367     Document Type: Review

References (53)

1. Hughes, T.R. and Shoemaker, D. D. Curr. Opin. Chem. Biol., 2001, 5, 21.
2. Delneri, D. Current Genomics, 2004, 5, 59.
3. Wilkins, M.R.; Pasquali, C.; Appel, R. D.; Ou, K.; Golaz, O.; Sanchez, J. C.; Yan, J. X.; Gooley, A. A.; Hughes, G.; Humphery-Smith, I.; Williams, K. L.; Hochstrasser, D. F. Biotechnology (N. Y.), 1996, 14, 61.
4. Raamsdonk, L.M.; Teusink, B.; Broadhurst, D.; Zhang, N.; Hayes, A.; Walsh, M. C.; Berden, J. A.; Brindle, K. M.; Kell, D. B.; Rowland, J. J.; Westerhoff, H. V.; van Dam, K.;Oliver, S. G. Nat. Biotechnol., 2001, 19, 45.
5. Shevchenko, A.; Jensen, O. N.; Podtelejnikov, A. V.; Sagliocco, F.; Wilm, M.; Vorm, O.; Mortensen, P.; Shevchenko, A.; Boucherie, H.;Mann, M. Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A., 1996, 93, 14440.
6. Blackstock, W.P. and Weir, M. P. Trends Biotechnol., 1999, 17, 121.
7. Gavin, A.C.; Bosche, M.; Krause, R.; Grandi, P.; Marzioch, M.; Bauer, A.; Schultz, J.; Rick, J. M.; Michon, A. M.; Cruciat, C. M.; Remor, M.; Hofert, C.; Schelder, M.; Brajenovic, M.; Ruffner, H.; Merino, A.; Klein, K.; Hudak, M.; Dickson, D.; Rudi, T.; Gnau, V.; Bauch, A.; Bastuck, S.; Huhse, B.; Leutwein, C.; Heurtier, M. A.; Copley, R. R.; Edelmann, A.; Querfurth, E.; Rybin, V.; Drewes, G.; Raida, M.; Bouwmeester, T.; Bork, P.; Seraphin, B.; Kuster, B.; Neubauer, G.; Superti-Furga, G. Nature, 2002, 415, 141.
8. Ho, Y.; Gruhler, A.; Heilbut, A.; Bader, G. D.; Moore, L.; Adams, S. L.; Millar, A.; Taylor, P.; Bennett, K.; Boutilier, K.; Yang, L.; Wolting, C.; Donaldson, I.; Schandorff, S.; Shewnarane, J.; Vo, M.; Taggart, J.; Goudreault, M.; Muskat, B.; Alfarano, C.; Dewar, D.; Lin, Z.; Michalickova, K.; Willems, A. R.; Sassi, H.; Nielsen, P. A.; Rasmussen, K. J.; Andersen, J. R.; Johansen, L. E.; Hansen, L. H.; Jespersen, H.; Podtelejnikov, A.; Nielsen, E.; Crawford, J.; Poulsen, V.; Sorensen, B. D.; Matthiesen, J.; Hendrickson, R. C.; Gleeson, F.; Pawson, T.; Moran, M. F.; Durocher, D.; Mann, M.; Hogue, C. W.; Figeys, D.; Tyers, M. Nature, 2002, 415, 180.
9. Fenn, J.B.; Mann, M.; Meng, C. K.; Wong, S. F.; Whitehouse, C. M. Science, 1989, 246, 64.
10. Tanaka, K.; Waki, H.; Ido, Y.; Akita, S.; Yoshida, Y.; Yoshida, T. Rapid Commun. Mass Spectrom., 1988, 2, 151.
11. Karas, M. and Hillenkamp, F. Anal. Chem., 1988, 60, 2299.
12. Gygi, S.P.; Rist, B.; Gerber, S. A.; Turecek, F.; Gelb, M. H.; Aebersold, R. Nat. Biotechnol., 1999, 17, 994.
13. Oda, Y.; Huang, K.; Cross, F. R.; Cowburn, D.;Chait, B. T. Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A., 1999, 96, 6591.
14. Pasa, T.L.; Jensen, P. K.; Anderson, D. J.; Lipton, M. S.; Peden, K. K.; Martinovic, S.; Tolic, N.; Bruce, J. E.; Smith, R. D. J. Am. Chem. Soc., 1999, 121, 7949.
15. Veenstra, T.D.; Martinovic, S.; Anderson, G. A.; Pasa-Tolic, L.;Smith, R. D. J. Am. Soc. Mass Spectrom., 2000, 11, 78.
16. Pratt, J.M.; Robertson, D. H.; Gaskell, S. J.; Riba-Garcia, I.; Hubbard, S. J.; Sidhu, K.; Oliver, S. G.; Butler, P.; Hayes, A.; Petty, J.;Beynon, R. J. Proteomics, 2002, 2, 157.
17. Ong, S.E.; Blagoev, B.; Kratchmarova, I.; Kristensen, D. B.; Steen, H.; Pandey, A.; Mann, M. Mol. Cell Proteomics, 2002, 1, 376.
18. Chen, X.; Smith, L. M.; Bradbury, E. M. Anal. Chem., 2000, 72, 1134.
19. Gu, S.; Pan, S.; Bradbury, E. M.; Chen, X. Anal. Chem., 2002, 74, 5774.
20. Ong, S.E.; Kratchmarova, I.; Mann, M. J. Proteome Res., 2003, 2, 173.
21. Filer, C.N. J. Lab. Comp. Radiopharm., 1999, 42, 169.
22. Zhang, R.; Sioma, C. S.; Wang, S.; Regnier, F. E. Anal. Chem., 2001, 73, 5142.
23. Pratt, J.M.; Petty, J.; Riba-Garcia, I.; Robertson, D. H.; Gaskell, S. J.; Oliver, S. G.; Beynon, R. J. Mol. Cell Proteomics, 2002, 1, 579.
24. Cargile, B.J.; Bundy, J. L.; Grunden, A. M.; Stephenson, J. L. Jr. Anal. Chem., 2004, 76, 86.
25. Hansen, K.C.; Schmitt-Ulms, G.; Chalkley, R. J.; Hirsch, J.; Baldwin, M. A.; Burlingame, A. L. Mol. Cell Proteomics, 2003, 2, 299.
26. Julka, S. and Regnier, F. J. Proteome, Res., 2004, 3, 350.
27. Tao, W.A. and Aebersold, R. Curr. Opin. Biotechnol., 2003, 14, 110.
28. Qiu, Y.; Sousa, E. A.; Hewick, R. M.; Wang, J. H. Anal. Chem., 2002, 74, 4969.
29. Zhou, H.; Ranish, J. A.; Watts, J. D.; Aebersold, R. Nat. Biotechnol., 2002, 20, 512.
30. Goshe, M.B.; Conrads, T. P.; Panisko, E. A.; Angell, N. H.; Veenstra, T. D.;Smith, R. D. Anal. Chem., 2001, 73, 2578.
31. Kuyama, H.; Watanabe, M.; Toda, C.; Ando, E.; Tanaka, K.; Nishimura, O. Rapid Commun. Mass Spectrom., 2003, 17, 1642.
32. Stewart, I.I.; Thomson, T.; Figeys, D. Rapid Commun. Mass Spectrom., 2001, 15, 2456.
33. Yao, X.; Freas, A.; Ramirez, J.; Demirev, P. A.; Fenselau, C. Anal. Chem., 2001, 73, 2836.
34. Reynolds, K.J.; Yao, X.; Fenselau, C. J. Proteome. Res., 2002, 1, 27.
35. Goodlett, D.R.; Keller, A.; Watts, J. D.; Newitt, R.; Yi, E. C.; Purvine, S.; Eng, J. K.; von Haller, P.; Aebersold, R.; Kolker, E. Rapid Commun. Mass Spectrom., 2001, 15, 1214.
36. Chakraborty, A. and Regnier, F. E. J. Chromatogr. A, 2002, 949, 173.
37. Kindy, J.M.; Taraszka, J. A.; Regnier, F. E.; Clemmer, D. E. Anal. Chem., 2002, 74, 950.
38. Ren, D.; Penner, N. A.; Slentz, B. E.; Regnier, F. E. J. Proteome Res., 2004, 3, 37.
39. Chen, X.; Anderson, V. E.; Chen, Y. H. J. Am. Soc. Mass Spectrom., 1999, 10, 448.
40. Mason, D.E. and Liebler, D. C. J. Proteome Res., 2003, 2, 265.
41. Munchbach, M.; Quadroni, M.; Miotto, G.; James, P. Anal. Chem., 2000, 72, 4047.
42. Kimmel, J.R. Meth. Enzymol., 1967 584-590.
43. Beardsley, R.L. and Reilly, J. P. Anal. Chem., 2002, 74, 1884.
44. Brancia, F.L.; Openshaw, M. E.; Kumashiro, S. Rapid Commun. Mass Spectrom., 2002, 16, 2255.
45. Brancia, F.L.; Oliver, S. G.; Gaskell, S. J. Rapid Commun. Mass Spectrom., 2000, 14, 2070.
46. Brancia, F.L.; Butt, A.; Beynon, R. J.; Hubbard, S. J.; Gaskell, S. J.;Oliver, S. G. Electrophoresis, 2001, 22, 552.
47. Sidhu, K.S.; Sangvanich, P.; Brancia, F. L.; Sullivan, A. G.; Gaskell, S. J.; Wolkenhaue, O.; Oliver, S. G.; Hubbard, S. J. Proteomics., 2001, 1, 1368.
48. Brancia, F.L.; Montgomery, H.; Tanaka, K.; Kumashiro, S. Anal. Chem., 2004, 76, 2748.
49. Cagney, G. and Emili, A. Nat. Biotechnol., 2002, 20, 163.
50. Peters, E.C.; Horn, D. M.; Tully, D. C.; Brock, A. Rapid Commun. Mass Spectrom., 2001, 15, 2387.
51. MacCoss, M.J.; Wu, C. C.; Liu, H.; Sadygov, R.; Yates, J. R., III. Anal. Chem., 2003, 75, 6912.
52. Griffin, T.J.; Lock, C. M.; Li, X. J.; Patel, A.; Chervetsova, I.; Lee, H.; Wright, M. E.; Ranish, J. A.; Chen, S. S.; Aebersold, R. Anal. Chem., 2003, 75, 867.
53. Gerber, S.A.; Rush, J.; Stemman, O.; Kirschner, M. W.; Gygi, S. P. Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A., 2003, 100, 6940.