Hydrogen bonding in 5-bromouracil-adenine-5-bromouracil-adenine (T +at +A) tetrads

Journal of Physical Chemistry B

Volumn 108, Issue 26, 2004, Pages 9277-9286

  Gu, Jiande ^a   Wang, Jing ^b   Leszczynski, Jerzy ^b  

^a SHANGHAI INSTITUTE OF MATERIA MEDICA   (China)

^b JACKSON STATE UNIVERSITY   (United States)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

ATOMS-IN-MOLECULES (AIM) THEORY; ELECTRON-LOCALIZATION FUNCTION (ELF); QUANTUM CHEMISTRY METHODS;

DNA; ELECTRONS; ELECTROSTATICS; MOLECULAR DYNAMICS; NUCLEAR MAGNETIC RESONANCE; PROTONS; QUANTUM THEORY;

HYDROGEN BONDS;

EID: 3142780735     PISSN: 15206106     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/jp0376830     Document Type: Article

References (68)

1. Patel, D. J. Nature 2002, 417, 807-808.
2. Sasisekharan, V.; Zimmermann, S. B.; Davies, D. R. J. Mol. Biol. 1975, 92, 171-179.
3. Pinnavaia, T. J.; Miles, H. P.; Becker, E. D. J. Am. Chem. Soc. 1975, 97, 7198-7200.
4. Henderson, E.; Hardin, C. C.; Walk, S. K.; Tinoco, I., Jr.; Blackburn, E. H. Cell 1987, 51, 899-908.
5. Williamson, J. R.; Raghuraman, M. K.; Cech, T. R. Cell 1989, 59, 871-880.
6. Sen, D.; Gilbert, W. Nature (London) 1988, 334, 364-366.
7. Blackburn, E. H.; Szostak, J. W. Annu. Rev. Biochem. 1984, 53, 163-194.
8. Blackburn, E. H. Annu. Reu. Biochem. 1992, 61, 113-129.
9. Blackburn, E. H. Nature (London) 1991, 350, 569-573.
10. Henderson, E. R.; Blackburn, E. H. Mol. Cell. Biol. 1989, 9, 345-348.
11. Ross, W. S.; Hardin, C. C. J. Am. Chem. Soc. 1994, 116, 6070-6080.
12. Tohl, J.; Eimer, W. Biophys. Chem. 1997, 67, 177-186.
13. Guschlbauer. W.; Chantot, J. F.; Thiele, D. J. Biomol. Struct. Dyn. 1990, 8, 491-511.
14. Darlow, J. M.; Leach, D. R. F. J. Mol. Biol. 1998, 275, 3-16.
15. Harrington, C.; Lan, Y.; Akman, S. A. J. Biol Chem. 1997, 272, 24631-24636.
16. Laughlan, G.; Murchie, A. I. H.; Norman, D. G.; Moore, M. H.; Moody, P. C. E.; Lilley, D. M. J.; Luisi, B. Science 1994, 265, 520-524.
17. Phillips, K.; Dauter, Z.; Murchie, A. I. H.; Lilley, D. M.; Luisi, B. J. Mol. Biol. 1997, 275, 171-182.
18. Nagesh, N.; Chatterji, D. J. Biochem. Biophys. Methods 1995, 30, 1-8.
19. Rang, C.; Zhang, X.; Moyzis, R.; Rich, A. Nature (London) 1992, 356, 126-131.
20. Hud, N. V.; Schultze, P.; Sklenar, V.; Feigon, J. J. Mol. Biol. 1999, 285, 233-243.
21. Hud, N. V.; Schultze, P.; Feigon, J. J. Am. Chem. Soc. 1998, 120, 6403-6404.
22. Mariani, P.; Mazabard, D.; Garbesi, A.; Spada, G. P. J. Am. Chem. Soc. 1989, 111, 6369-6373.
23. Forman, S. L.; Fettinger, J. C.; Pieraccini, S.; Gottarelli, G.; Davis, J. T. J. Am. Chem. Soc. 2000, 122. 4060-4067.
24. Marlow, A. L.; Mezzina, E.; Spada, G. P.; Masiero, S.; Davis, J. T.; Gottarelli, G. J. Org. Chem. 1999, 64, 5116-5129.
25. Patel, P. K.; Koti, A. S. R.; Hosur, R. V. Nucleic Acids Res. 1999, 27, 3836-3843.
26. Patel, P. K.; Bhavesh, N. S.; Hosur, R. V. Biochem. Biophvs. Res. Commun. 2000, 278, 833-838.
27. Patel, P. K.; Bhavesh, N. S.; Hosur, R. V. Biochem. Biuphvs. Res. Commun. 2000, 270, 967-971.
28. Sarnam, M. H.; Luo, J.; Umemoto, K.; Yuan. R.; Sarma, R. H. J. Biomol. Struct. Dyn. 1992, 9, 1131-1153.
29. Patel, P. K.; Hosur, R. V. Nudele Acids Res. 1999, 27, 2457-2464.
30. Cheong, C.; Moore, P. B. Biochemistry 1992, 31, 8406-8414.
31. Metzger, S.; Lippert, B. J. Am. Chem. Soc. 1996, 118, 12467-12468.
32. Kettani, A.; Kumar, R. A.; Patel, D. J. J. Mol. Biol. 1995, 254, 638-656.
33. Darlow, J. M.; Leach, D. R. F. J. Mol. Biol. 1998, 275, 3-16.
34. Kettani, A.; Bouaziz, S.; Gorin, A.; Zhao, H.; Jones, R. A.; Patel, D. J. J. Mol. Biol. 1998, 252, 619-636.
35. Leonard, G. A.; Zhang, S.; Peterson, M. R.; Harrop, S. J.; Helliwell, J. R.; Cruse, W. B. T.; Langlois, d'Estaintot B.; Kennard, O.; Grown, T.; Hunter, W. N. Structure 1995, 3, 335-340.
36. Tirumala, S.; Davis, J. T. J. Am. Chem. Soc. 1997, 119, 2769-2776.
37. Parkinson, G. N.; Lee, M. P. H.; Neidle, S. Nature (London) 2002, 417, 876-880.
38. Gu, J.; Leszczynski, J. J. Phys. Chem. A 2000, 104, 1898-1904.
39. Meyer, M.; Brandi, M.; Suhnel, J. J. Phys. Chem. A 2001, 105, 8223-8225.
40. Meyer, M.; Steinke, T.; Brandi, M.; Suhnel, J. J. Comput. Chem. 2001, 22, 109-124.
41. Meyer, M.; Schneider, C.; Brandi, M.; Suhnel, J. J. Phys. Chem. A 2001, 105, 11560-11573.
42. Gu. J.; Leszczynski, J.; Bansal, M. Chem. Phys. Lett. 1999, 311, 209-214.
43. Gu. J.; Leszczynski, J. J. Phys. Chem. A 2000, 104, 6308-6313.
44. Gu. J.; Leszczynski, J. J. Phys. Chem. A 2002, 106, 529-532.
45. Gu, J.; Leszczynski, J. J. Phys. Chem. A 2000, 104, 7353-7358.
46. Gu, J.; Leszczynski, J. J. Phys. Chem. A 2001, 105, 10366-10371.
47. Gu, J.; Leszczynski, J. Chem. Phys. Lett. 2001, 355, 465-474.
48. Gu, J.; Leszczynski, J. Chem. Phys. Lett. 2002, 351, 403-409.
49. Meyer, M.; Suhnel, J. In Computational Chemistry: Reviews of Current Trends, Vol. 8; Leszczynski, J., Ed.; World Scientific: Singapore, 2003.
50. Hecke, A. D. J. Chem. Phys. 1993, 98, 5648-5652.
51. Lee, C.; Yang W.; Parr, R. G. Phys. Rev. B 1988, 37, 785-789.
52. Miehlich, B.; Savin, A.; Stoll H.; Preuss, H. Chem. Phys. Lett. 1989, 157, 200-206.
53. Hehre, W. J.; Radom, L.; Schleyer, P. R.; Pople, J. A. Ab Initio Molecular Orbital Theory; Wiley: New York, 1986.
54. Mebel, A. M.; Morokuma, K.; Lin, C. M. J. Chem. Phys. 1995, 103, 7414-7421.
55. Johnson, B. G.; Gill, P. M. W.; Pople, J. A. J. Chem. Phys. 1993, 98, 5612-5626.
56. Sponer, J.; Leszczynski, J.; Hobza, P. J. Phys. Chem. 1996, 100, 1965-1974.
57. Gu, J.; Leszczynski, J. J. Phys. Chem. A 1999, 103, 577-584.
58. Bader, R. F. W. Atoms in Molecules: A Quantum Theory; Clarendon Press: Oxford, U.K., 1990.
59. Bader, R. F. W. Chem. Rev. 1991, 91, 893-928.
60. Becke, A. D.; Edgecombe, K. E. J. Chem. Phys. 1990, 92, 5397-5403.
61. Silvi, B.; Savin, A. Nature 1994, 371, 683-686.
62. Frisch, M. J.; Trucks, G. W.; Schlegel, H. B.; Gill, P. M. W.; Johnson, B. G.; Robb, M. A.; Cheeseman, J. R.; Keith, T.; Petersson, G. A.; Montgomery, J. A.; Raghavachari, K.; Al-Laham, M. A.; Zakrzewski, V. G.; Ortiz, J. V.; Foresman, J. B.; Cioslowski, J.; Stefanov, B. B.; Nanayakkara, A.; Challacombe, M.; Peng, C. Y.; Ayala, P. Y.; Chen, W.; Wong, M. W.; Andres, J. L.; Replogle, E. S.; Gomperts, R.; Martin, R. L.; Fox, D. J.; Binkley, J. S.; Defrees, D. J.; Baker, J.; Stewart, J. P.; Head-Gordon, M.; Gonzalez, C.; Pople, J. A. Gaussian 98, Revision D.3; Gaussian, Inc.: Pittsburgh PA, 1998.
63. Noury, S.; Krokidis, X.; Fuster, F.; Silvi, B. TopMoD Package; Universite Pierre et Marie Curie: Paris, France, 1997.
64. Pauling, L. The Nature of the Chemical Bond, 3rd ed.; Cornell University Press: Ithaca, NY, 1960.
65. Louit, G.; Hoquet, A.; Ghomi, M.; Meyer, M.; Sühnel J. Phys-ChemComm 2003, 6, 1-5.
66. Louit, G.; Hoquet, A.; Ghomi, M.; Meyer, M.; Sühnel, J. Phys-ChemComm 2002, 5, 94-98.
67. Popelier, P. L. A. J. Phys. Chem. A 1998, 102, 1873-1878.
68. Vanquickenborne, L. G. Quantum Chemistry of Hydrogen Bond. In Intermolecular Forces; Huyskens, P. L., Luck, W. A. P., Zeegers-Huyskens, T., Eds.; Springer-Verlag: Berlin, Heidelberg, Germany, 1991; p 41.