Structures and properties of mixed DNA bases tetrads: Nonempirical ab inito HF and DFT studies

Journal of Physical Chemistry A

Volumn 104, Issue 9, 2000, Pages 1898-1904

  Gu, Jiande ^a   Leszczynski, Jerzy ^b  

^a SHANGHAI INSTITUTE OF MATERIA MEDICA   (China)

^b JACKSON STATE UNIVERSITY   (United States)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

EID: 0001099255     PISSN: 10895639     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/jp992944k     Document Type: Article

References (34)

1. Gaillard, D.; Strauss, F. Science 1994, 264, 433.
2. Lebrun, A.; Laverny, R. J. Biomol. Struct. Dyn. 1995, 13, 459.
3. (a) Kang, C. H.; Zhang, X.; Ratliff, R.; Moyzis, R.; Rich, A. Nature 1992, 356, 126.
4. (b) Laughlan, G.; Murchie, A. I. H.; Norman, D. G.; Moore, M. H.; Moody, P. C. E.; Lilley, D. M. J.; Luisi, B. Science 1994, 265, 520-524.
5. (c) Phillips, K.; Dauter, Z.; Murchie, A. I. H.; Lilley, D. M. J.; Luisi, B. J. Mol. Biol. 1997, 273, 171.
6. (a) Smith, F. W.; Feigon, J. Nature 1992, 356, 164.
7. (b) Smith, F. W.; Schultze, P.; Feigon, J. Structure 1995, 3, 997. Bouaziz, S.; Kettani, A.; Patel, D. J. J. Mol. Biol. 1998, 282, 637.
8. (b) Smith, F. W.; Schultze, P.; Feigon, J. Structure 1995, 3, 997. Bouaziz, S.; Kettani, A.; Patel, D. J. J. Mol. Biol. 1998, 282, 637.
9. (c) Hud, N. V.; Schultze, P.; Sklenar, V.; Feigon, J. J. Mol. Biol. 1999, 285, 233.
10. (d) Deng, H.; Braunlin, N. V. J. Mol. Biol. 1996, 255, 476.
11. (a) Hardin, C. C.; Ross, W. S. J. Am. Chem. Soc. 1994, 116, 6080.
12. (b) Strahan, G. D.; Keniry, M. A.; Shafer, R. H. Biophys. J. 1998, 75, 968.
13. (c) Spackova, N.; Berger, I.; Sponer, J. J. Am. Chem. Soc. 1999, 121, 5519.
14. (d) Bansal, M.; Ravikiran, M.; Chowdbury, S. In Theoretical and Computational Chemistry, Vol. 8, Computational Molecular Biology; Leszczynski, J., Ed.; Elsevier: New York, 1999; p 279.
15. Sarnam, M. H.; Luo, J.; Umemoto, K.; Yuan, R.; Sarma, R. H. J. Biomol. Struct. Dyn. 1992, 9, 1131.
16. Cheong, C.; Moore, P. B. Biochemistry 1992, 31, 8406.
17. Gu. J.; Leszczynski, J.; Bansal, M. Chem. Phys. Lett. 1999, 311, 209-214.
18. Metzger, S.; Lippert, B. J. Am. Chem. Soc. 1996, 118, 12467-12468.
19. Kettani, A.; Kumar, R. A.; Patel, D. J. J. Mol. Biol. 1995, 254, 638-656.
20. Darlow, J. M.; Leach, D. R. F. J. Mol. Biol. 1998, 275, 3-16.
21. Chernyi, A. A.; Lysov, Y. P.; Il'ychova, I. A.; Sibrov, A. S.; Shchyolkina, A. K.; Borisova, O. F.; Mamaeva, O. K.; Florentiev, V. L. J. Biomol. Struct. Dyn. 1990, 8, 513-527.
22. Balaguramoorthy, P.; Brahmachari, S. K. J. Biol. Chem. 1994, 269. 21858-21869.
23. Mohanty, D.; Bansal, M. Biophys. J. 1995, 69, 1046-1067.
24. Sundquist, W. I.; Klug, A. Nature (London) 1989, 342, 825.
25. Becke, A. D. J. Chem. Phys. 1993, 98, 5648.
26. Lee, C; Yang, W.; Parr, R. G. Phys. Rev. B 1988, 37, 785.
27. Miehlich, B.; Savin, A.; Stoll, H.; Preuss, H. Chem. Phys. Lett. 1989, 157, 200.
28. Hehre, W. J.; Radom, L.; Schleyer, P. R.; Pople, J. A. Ab initio Molecular Orbital Theory; Wiley: New York, 1986.
29. Mebel, A. M.; Morokuma, K.; Lin, C. M. J. Chem. Phys. 1995, 103, 7414.
30. Johnson, B. G.; Gill, P. M. W.; Pople, J. A. J. Chem. Phys. 1993, 98, 5612.
31. Gu, J.; Leszczynski, J. J. Phys. Chem. 1999, 103, 577-584.
32. Sponer, J.; Leszczynski, J.; Hobza, P. J. Phys. Chem. 1996, 100, 1965-1974.
33. Frisch, M. J.; Trucks, G. W.; Schlegel, H. B.; Gill, P. M. W.; Johnson, B. G.; Robb, M. A.; Cheeseman, J. R.; Keith, T.; Petersson, G. A.; Montgomery, J. A.; Raghavachari, K.; Al-Laham, M. A.; Zakrzewski, V. G.; Ortiz, J. V.; Foresman, J. B.; Cioslowski, J.; Stefanov, B. B.; Nanayakkara, A.; Challacombe, M.; Peng, C. Y.; Ayala, P. Y.; Chen, W.; Wong, M. W.; Andres, J. L.; Replogle, E. S.; Gomperts, R.; Martin, R. L.; Fox, D. J.; Binkley, J. S.; Defrees, D. J.; Baker, J.; Stewart, J. P.; Head-Gordon, M.; Gonzalez, C.; Pople, J. A. Gaussian 94, revision D.3; Gaussian, Inc.: Pittsburgh, PA, 1995.
34. Boys, S. F.; Bernardi, F. Mol. Phys. 1970, 19, 553.