Cyclic adenine-, cytosine-, thymine-, and mixed guanine - Cytosine-base tetrads in nucleic acids viewed from a quantum-chemical and force field perspective

Journal of Physical Chemistry A

Volumn 105, Issue 51, 2001, Pages 11560-11573

  Meyer, Michael ^a   Schneider, Christoph ^b   Brandl, Maria ^c   Sühnel, Jürgen ^c  

^a Revotar Biopharmaceuticals AG   (Germany)

^b ACCELRYS INC   (United States)

^c FRITZ LIPMANN INSTITUTE   (Germany)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

INTERACTION ENERGIES;

CONFORMATIONS; DEFORMATION; HYDROGEN BONDS; PROBABILITY DENSITY FUNCTION; QUANTUM THEORY;

NUCLEIC ACIDS;

EID: 0035961090     PISSN: 10895639     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/jp012546t     Document Type: Review

References (55)

1. Saenger. W. Principles of Nucleic Acid Structure; Springer-Verlag: New York, 1984.
2. Williamson, J. R. Annu. Rev. Biophys. Biomol. Struct. 1994, 23, 703-730.
3. Gilbert, D. E.; Feigon, J. Curr. Opin. Struct. Biol. 1999, 9, 305-314.
4. Han, H.; Hurley, L. H. Trends Pharmacol. Sci. 2000, 21, 136-142.
5. Zahler, A. M.; Wiliamson, J. R.; Cech, T. R.; Prescott, D. M. Nature 1991, 350, 718-720.
6. Simonsson, T.; Pecinka, P.; Kubista, M. Nucleic Acids Res. 1998, 26, 1167-1172.
7. Gallego, J.; Chou, S.-H.; Reid, B. R. J. Mol. Biol. 1997, 273, 840-856.
8. Kang, Z.; Zhang, X.; Ratcliff, R.; Moyzis, R.; Rich, A. Nature 1992, 356, 126-131.
9. Smith, F. W.; Feigon, J. Nature 1992, 356, 164-168.
10. Špačkovà, N.; Berger, I.; Šponer, J. J. Am. Chem. Soc. 1999, 121, 5519-5534.
11. Chowdhury, S.; Bansal, M. J. Biomol. Struct. Dyn. 2000, 18, 11-28.
12. Štefl, R.; Špačkovà, N.; Berger, I.; Šponer, J. Biophys. J. 2001, 80, 455-468.
13. Gu, J.; Leszczynski, J.; Bansal, M. Chem. Phys. Lett. 1999, 311, 209-214.
14. Gu, J.; Leszczynski, J. J. Phys. Chem. A 2000, 104, 6308-6313.
15. Meyer, M.; Steinke, T.; Brandl, M.; Sühnel, J. J. Comput. Chem. 2001, 22, 109-124.
16. Meyer, M.; Brandl, J.; Sühnel, J. J. Phys. Chem. A 2001, 105, 8223-8225.
17. Gu, J.; Leszczynski, J.; Bansal, M. Chem. Phys. Lett. 2001, 335, 465-474.
18. Patel, P. K.; Koti, A. S. R.; Hosur, R. V. Nucleic Acids Res. 1999, 27, 3836-3843.
19. Patel, P. K.; Bhavesh, N. S.; Hosur, R. V. Biochem. Biophys. Res. Commun. 2000, 270, 967-971.
20. Patel, P. K.; Hosur, R. V. Nucleic Acids Res. 1999, 27, 2457-2464.
21. Kettani, A.; Bouaziz, S.; Gorin, A.; Zhao, H.; Jones, R. A.; Patel, D. J. J. Mol. Biol. 1998, 282, 619-636.
22. Escaja, J.; Pedroso, E.; Rico, M.; González, C. J. Am. Chem. Soc. 2000, 122, 12723-12742.
23. Bouaziz, S.; Kettani, A.; Patel, D. J. J. Mol. Biol. 1998, 282, 637-652.
24. Šponer, J.; Leszcynski, J.; Hobza, P. J. Biomol. Struct. Dyn. 1996, 14, 117-135.
25. Hobza, P.; Šponer, J. Chem. Rev. 1999, 99, 3247-3276.
26. Schuster, P.; Wolschann, P. Chem. Mon. 1999, 947-960.
27. Gu, J.; Leszczynski, J. J. Phys. Chem. A 2000, 104, 1898-1904.
28. Gu, J.; Lesczynski, J. J. Phys. Chem. A 2000, 104, 7353-7358.
29. Špackova, N.; Berger, I.; Šponer, J. J. Am. Chem. Soc. 2001, 123, 3295-3307.
30. Guerra, C. F.; Bickelhaupt, F. M.; Snijders, J. G.; Baerends, E. J. J. Am. Chem. Soc. 2000, 122, 4117-4128.
31. Brandl, M.; Meyer, M.; Sühnel, J. J. Phys. Chem. A 2000, 104, 11177-11187.
32. Brandl, M.; Meyer, M.; Sühnel, J. J. Am. Chem. Soc. 1999, 121, 2605-2606.
33. Meyer, M.; Sühnel, J. J. Biomol. Struct. Dyn. 1997, 15, 619-624.
34. Sponer, J.; Burda, J. V.; Leszczynski, J.; Hobza, P. J. Biomol. Struct. Dyn. 1999, 17, 61-77.
35. Meyer, M. THEOCHEM 1997, 417, 163-168.
36. Meyer, M. Int. J. Quantum Chem. 2000, 76, 724-732.
37. Cornell, W. D.; Cieplak, P.; Bayly, C. I.; Gould, I. R.; Merz, K. M., Jr.; Ferguson, D. M.; Spellmeyer, D. C.; Fox, T.; Caldwell, J. W.; Kollman, P. A. J. Am. Chem. Soc. 1995, 117, 5179-5197.
38. Halgren, T. A. J. Comput. Chem. 1995, 17, 490-519.
39. UNICHEM, Oxford Molecular Group, 1999.
40. Becke, A. D. J. Chem. Phys. 1993, 98, 5648-5652.
41. Lee, C.; Yang, G.; Parr, R. G. Phys. Rev. B 1988, 37, 785-789.
42. Godbout, N.; Salahub, D. R.; Andzelm, J.; Wimmer, E. Can. J. Chem. 1992, 70, 560-571.
43. EMSL Basis set library.
44. Boys, S. F.; Bernardi, F. Mol. Phys. 1970, 19, 553-577.
45. Frisch, M. J.; Trucks, G. W.; Schlegel, H. B.; Scuseria, G. E.; Robb, M. A.; Cheeseman, J. R.; Zakrzewski, V. G.; Montgomery, J. A., Jr.; Stratmann, R. E.; Burant, J. C.; Dapprich, S.; Millam, J. M.; Daniels, A. D.; Kudin, K. N.; Strain, M. C.; Farkas, O.; Tomasi, J.; Barone, V.; Cossi, M.; Cammi, R.; Mennucci, B.; Pomelli, C.; Adamo, C.; Clifford, S.; Ochterski, J.; Petersson, G. A.; Ayala, P. Y.; Cui, Q.; Morokuma, K.; Malick, D. K.; Rabuck, A. D.; Raghavachari, K.; Foresman, J. B.; Cioslowski, J.; Ortiz, J. V.; Stefanov, B. B.; Liu, G.; Liashenko, A.; Piskorz, P.; Komaromi, I.; Gomperts, R.; Martin, R. L.; Fox, D. J.; Keith, T.; Al-Laham, M. A.; Peng, C. Y.; Nanayakkara, A.; Gonzalez, C.; Challacombe, M.; Gill, P. M. W.; Johnson, B. G.; Chen, W.; Wong, M. W.; Andres, J. L.; Head-Gordon, M.; Replogle, E. S.; Pople, J. A. Gaussian 98, revision A5; Gaussian, Inc.: Pittsburgh, PA, 1998.
46. Sybyl 6.6, Tripos Associates, St. Louis.
47. Case, D. A.; Pearlman, D. A.; Caldwell, J. W.; Cheatham, T. E., III.; Ross, W. S.; Simmerling, C. L.; Darden, T. A.; Merz, K. M.; Stanton, R. V.; Cheng, A. L.; Vincent, J. J.; Crowley, M.; Ferguson, D. M.; Radmer, R. J.; Seibel, G. L.; Singh, U. C.; Weiner, P. K.; Kollman, P. A. AMBER 5. University of California: San Francisco, 1997.
48. InsightII, Accelrys Inc., San Diego.
49. Halgren, T. A. J. Comput. Chem. 1999, 20, 730-748.
50. Karpfen, A.; Choi, C. H.; Kertesz, M. J. Phys. Chem. A 1997, 101, 7426-7433.
51. Kratochvil, M.; Šponer, J.; Hobza, P. J. Am. Chem. Soc. 2000, 122, 3495-3499.
52. Burda, J. V.; Šponer, J.; Leszczynski, J.; Hobza, P. J. Phys. Chem. B 1997, 101, 9670-9677.
53. Chin, K.; Sharp, K. A.; Honig, B. Nat. Struct. Biol. 1999, 6, 1055-1061.
54. Šponer, J.; Burda, J. V.; Meijzlík, P.; Leszczynski, J.; Hobza, P. J. Biomol. Struct. Dyn. 1997, 14, 613-628.
55. Hobza, P.; Kabeláč, M.; Šponer, J.; Meijzlík, P.; Vondrásek, J. J. Comput. Chem. 1197, 18, 1136-1150.