What affects the quartet - Doublet energy splitting in peroxidase enzymes?

Journal of Physical Chemistry A

Volumn 109, Issue 48, 2005, Pages 11050-11057

  De Visser, Sam P ^a  

^a UNIVERSITY OF MANCHESTER   (United Kingdom)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

ELECTRIC FIELD EFFECTS; FREE RADICALS; GROUND STATE; HYDROGEN BONDS; OPTIMIZATION; PORPHYRINS; PROBABILITY DENSITY FUNCTION; X RAY CRYSTALLOGRAPHY;

ELECTRONIC GROUND STATES; ELECTRONIC STATE; HYDROGEN-BONDED NETWORKS;

ENZYMES;

AMINO ACID; ASCORBATE OXIDASE; CYTOCHROME C OXIDASE;

ARTICLE; CHEMISTRY; CRYSTALLOGRAPHY; ELECTRON SPIN RESONANCE; HYDROGEN BOND;

AMINO ACIDS; ASCORBATE OXIDASE; CRYSTALLOGRAPHY; ELECTRON SPIN RESONANCE SPECTROSCOPY; ELECTRON TRANSPORT COMPLEX IV; HYDROGEN BONDING;

EID: 29444460328     PISSN: 10895639     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/jp053873u     Document Type: Article

References (51)

1. The Porphyrin Handbook; Kadish, K. M., Smith, K. M., Guilard, R., Eds.; Academic Press: San Diego, CA, 2000.
2. Cytochrome P450: Structure, Mechanism and Biochemistry, 3rd ed.; Ortiz de Montellano, P. R., Ed.; Kluwer Academic/Plenum Publishers: New York, 2004.
3. Finzel, B. C.; Poulos, T. L.; Kraut, J. J. Biol. Chem. 1984, 259, 13027-13036.
4. Ortiz de Montellano, P. R. Annu. Rev. Pharmacol. Toxicol. 1992, 32, 89-107.
5. Fülöp, V.; Watmough, N. J.; Ferguson, S. J. Adv. Inorg. Chem. 2001, 51, 163-204.
6. Goodin, D. B.; McRee, D. E. Biochemistry 1993, 32, 3313-3324.
7. Berglund, G. I.; Carlsson, G. H.; Smith, A. T.; Szöke, H.; Henriksen, A.; Hajdu, J. Nature 2002, 417, 463-468.
8. Green, M. T.; Dawson, J. H.; Gray, H. B. Science 2004, 304, 1653-1656.
9. Poulos, T. L. J. Bioinorg. Chem. 1996, 1, 356-359.
10. Ogliaro, F.; de Visser, S. P.; Shaik, S. J. Inorg. Biochem. 2002, 91, 554-567.
11. Shimizu, H.; Schuller, D. J.; Lanzilotta, W. N.; Sundaramoorthy, M.; Arciero, D. M.; Hooper, A. B.; Poulos, T. L. Biochemistry 2001, 40, 13483-13490.
12. Green, M. T. J. Am. Chem. Soc. 2000, 122, 9495-9499.
13. Harris, D. L. Curr. Opin. Chem. Biol. 2001, 5, 724-735.
14. Sivaraja, M.; Goodin, D. B.; Smith, M.; Hoffman, B. M. Science 1989, 245, 738-740.
15. Huyett, J. E.; Doan, P. E.; Gurbiel, R.; Houseman, A. L. P.; Sivaraja, M.; Goodin, D. B.; Hoffman, B. M. J. Am. Chem. Soc. 1995, 117, 9033-9041.
16. Sharp, K. H.; Mewies, M.; Moody, P. C. E.; Raven, E. L. Nat. Struct. Biol. 2003, 10, 303-307.
17. Raven, E. L. Nat. Prod. Rep. 2003, 20, 367-381.
18. Berman, H. M.; Westbrook, J.; Feng, Z.; Gilliland, G.; Bhat, T. N.; Weissig, H.; Shindyalov, I. N.; Bourne, P. E. Nucleic Acids Res. 2000, 28, 235-242.
19. Bhaskar, B.; Bonagura, C. A.; Li, H.; Poulos, T. L. Biochemistry 2002, 41, 2684-2693.
20. Hirst, J.; Wilcox, S. K.; Williams, P. A.; Blankenship, J.; McRee, D. E.; Goodin, D. B. Biochemistry 2001, 40, 1265-1273.
21. Hirst, J.; Wilcox, S. K.; Ai, J.; Moënne-Loccoz, P.; Loehr, T. M.; Goodin, D. B. Biochemistry 2001, 40, 1274-1283.
22. Jensen, G. M.; Bunte, S. W.; Warshel, A.; Goodin, D. B. J. Phys. Chem. B 1998, 102, 8221-8228.
23. Menyhárd, D. K.; Náray-Szabó, G. J. Phys. Chem. B 1999, 103, 227-233.
24. Wirstam, M.; Blomberg, M. R. A.; Siegbahn, P. E. M. J. Am. Chem. Soc. 1999, 121, 10178-10185.
25. de Visser, S. P.; Shaik, S.; Sharma, P. K.; Kumar, D.; Thiel, W. J. Am. Chem. Soc. 2003, 125, 15779-15788.
26. Shaik, S.; de Visser, S. P.; Ogliaro, F.; Schwarz, H.; Schröder, D. Curr. Opin. Chem. Biol. 2002, 6, 556-567.
27. (a) de Visser, S. P.; Ogliaro, F.; Harris, N.; Shaik, S. J. Am. Chem. Soc. 2001, 123, 3037-3047.
28. (b) de Visser, S. P.; Ogliaro, F.; Shaik, S. Angew. Chem., Int. Ed. 2001, 40, 2871-2874.
29. (c) de Visser, S. P.; Ogliaro, F.; Shaik, S. Chem. Commun. 2001, 2322-2323.
30. (d) de Visser, S. P.; Kumar, D.; Shaik, S. J. Inorg. Biochem. 2004, 98, 1183-1193.
31. (e) Kumar, D.; de Visser, S. P.; Shaik, S. Chem. Eur. J. 2005, 11, 2825-2835.
32. de Visser, S. P.; Ogliaro, F.; Sharma, P. K.; Shaik, S. Angew. Chem., Int. Ed. 2002, 41, 1947-1951
33. de Visser, S. P.; Ogliaro, F.; Sharma, P. K.; Shaik, S. J. Am. Chem. Soc. 2002, 124, 11809-11826.
34. (a) Kumar, D.; de Visser, S. P.; Shaik, S. J. Am. Chem. Soc. 2003, 125, 13024-13025.
35. (b) Kumar, D.; de Visser, S. P.; Sharma, P. K.; Cohen, S.; Shaik, S. J. Am. Chem. Soc. 2004, 126, 1907-1920.
36. (c) Kumar, D.; de Visser, S. P.; Shaik, S. J. Am. Chem. Soc. 2004, 126, 5072-5073.
37. (a) de Visser, S. P.; Shaik, S. J. Am. Chem. Soc. 2003, 125, 7413-7424.
38. (b) Sharma, P. K.; de Visser, S. P.; Shaik, S. J. Am. Chem. Soc. 2003, 125, 8698-8699.
39. (c) Kumar, D.; de Visser, S. P.; Sharma, P. K.; Hirao, H.; Shaik, S. Biochemistry 2005, 44, 8148-8158.
40. Jaguar 5.5; Schrödinger, Inc.: Portland, OR, 2000.
41. Becke, A. D. J. Chem. Phys. 1993, 98, 5648-5652.
42. Lee, C.; Yang, W.; Parr, R. G. Phys. Rev. B 1988, 37, 785-789.
43. Hay, J. P.; Wadt, W. R. J. Chem. Phys. 1985, 82, 270-283.
44. Gaussian 98, Revision A.7; Frisch, M. J.; Trucks, G. W.; Schlegel, H. B.; Scuseria, G. E.; Robb, M. A.; Cheeseman, J. R.; Zakrzewski, V. G.; Montgomery, J. A., Jr.; Stratmann, R. E.; Burant, J. C.; Dapprich, S.; Millam, J. M.; Daniels, A. D.; Kudin, K. N.; Strain, M. C.; Farkas, O.; Tomasi, J.; Barone, V.; Cossi, M.; Cammi, R.; Mennucci, B.; Pomelli, C.; Adamo, C.; Clifford, S.; Ochterski, J.; Petersson, G. A.; Ayala, P. Y.; Cui, Q.; Morokuma, K.; Malick, D. K.; Rabuck, A. D; Raghavachari, K.; Foresman, J. B.; Cioslowski, J.; Ortiz, J. V.; Baboul, A. G.; Stefanov, B. B.; Liu, G.; Liashenko, A.; Piskorz, P.; Komaromi, I.; Gomperts, R.; Martin, R. L.; Fox, D. J.; Keith, T.; Al-Laham, M. A.; Peng, C. Y.; Nanayakkara, A.; Gonzalez, C.; Challacombe, M.; Gill, P. M. W.; Johnson, B.; Chen, W.; Wong, M. W.; Andres, J. L.; Gonzalez, C.; Head-Gordon, M.; Replogle, E. S.; Pople, J. A. Gaussian Inc.: Pittsburgh, PA, 1998.
45. Shaik, S.; de Visser, S. P.; Kumar, D. J. Am. Chem. Soc. 2004, 126, 11746-11749.
46. Chance, M.; Powers, L.; Poulos, T. L.; Chance, B. Biochemistry 1986, 25, 1266-1270.
47. Bonagura, C. A.; Bhaskar, B.; Shimizu, H.; Li, H.; Sundaramoorthy, M.; McRee, D. E.; Goodin, D. B.; Poulos, T. L. Biochemistry 2003, 42, 5600-5608.
48. Ogliaro, F.; Cohen, S.; de Visser, S. P.; Shaik, S. J. Am. Chem. Soc. 2000, 122, 12892-12893.
49. Ogliaro, F.; de Visser, S. P.; Cohen, S.; Kaneti, J.; Shaik, S. ChemBioChem 2001, 848-851.
50. Kumar, D.; de Visser, S. P.; Sharma, P. K.; Derat, E.; Shaik, S. J. Biol. Inorg. Chem. 2005, 10, 181-189.
51. de Visser, S. P. J. Biol, Inorg. Chem., accepted for publication.