DNA microarrays as a tool in toxicogenomics

Combinatorial Chemistry and High Throughput Screening

Volumn 7, Issue 3, 2004, Pages 207-211

  De Longueville, F ^a   Bertholet, V ^a   Remacle, J ^b  

^a Eppendorf Array Technologies   (Belgium)

^b UNIVERSITY OF NAMUR   (Belgium)

Author keywords

Drug metabolism; Low density microarray; Mechanistic Toxicogenomics; Predictive Toxicogenomics; Quantitative assay; Rat liver.m

Indexed keywords

DNA MICROARRAY; GENE EXPRESSION PROFILING; GENETIC ANALYSIS; GENETIC TRANSCRIPTION; GENOMICS; NORTHERN BLOTTING; PRIORITY JOURNAL; QUANTITATIVE ASSAY; REAL TIME POLYMERASE CHAIN REACTION; REVIEW; SERIAL ANALYSIS OF GENE EXPRESSION;

EID: 2942616402     PISSN: 13862073     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.2174/1386207043328841     Document Type: Review

References (44)

1. Waring, J. F.; Halbert, D. N. Curr. Opin. Mol. Ther., 2002, 4, 229-35.
2. Gelbke, H. P.; Hilderbrand, B.; Kerfoot, E. J. In Toxicology, F. Welsch, ed.; Academic Press: New York, 1999, pp. 1115.
3. Scheel, J.; von Brevern, M. C.; Storck, T. In An introduction to toxicogenomics, M. E. Burczynski, ed.; CRC Press, 2003, pp. 183-209.
4. Drews, J. Science, 2000, 287, 1960-4.
5. Davila, J. C.; Rodriguez, R. J.; Melchert, R. B.; Acosta, D. Jr. Annu. Rev. Pharmacol. Toxicol., 1998, 38, 63-96.
6. Durham, S. K.; Pearl, G. M. Curr. Opin. Drug Discov. Devel., 2001, 4, 110-5.
7. Cronin, M. T. Farmaco, 2001, 56, 149-51.
8. Scheel, J.; von Brevern, M.; Storck, T. In An introduction to toxicogenomics, M. E. Burczynski, ed.; CRC Press, 2003, pp. 81-98.
9. Johnson, D. E.; Wolfgang, G. H. Drug Discov. Today, 2000, 5, 445-454.
10. Storck, T.; von Brevern, M. C.; Behrens, C. K.; Scheel, J.; Bach, A. Curr. Opin. Drug Discov. Devel, 2002, 5, 90-7.
11. Nuwaysir, E. F.; Bittner, M.; Trent, J.; Barrett, J. C.; Afshari, C. A. Mol. Carcinog. 1999, 24, 153-9.
12. de Longueville, F.; Atienzar, F. A.; Marcq, L.; Dufrane, S.; Evrard, S.; Wouters, L.; Leroux, F.; Bertholet, V.; Gerin, B.; Whomsley, R.; Arnould, T.; Remacle, J.; Canning, M. Toxicol. Sci., 2003, 75, 378-92.
13. Fielden, M. R.; Zacharewski, T. R. Toxicol. Sci., 2001, 60, 6-10.
14. Bartosiewicz, M.; Trounstine, M.; Barker, D.; Johnston, R.; Buckpitt, A. Arch. Biochem. Biophys, 2000, 376, 66-73.
15. Bulera, S. J.; Eddy, S. M.; Ferguson, E.; Jatkoe, T. A.; Reindel, J. F.; Bleavins, M. R.; De La Iglesia, F. A. Hepatology, 2001, 33, 1239-58.
16. Gerhold, D.; Lu, M.; Xu, J.; Austin, C.; Caskey, C. T.; Rushmore, T. Physiol. Genomics, 2001, 5, 161-70.
17. Waring, J. F.; Ciurlionis, R.; Jolly, R. A.; Heindel, M.; Ulrich, R. G. Toxicol. Lett., 2001, 120, 359-68.
18. Waring, J. F.; Jolly, R. A.; Ciurlionis, R.; Lum, P. Y.; Praestgaard, J. T.; Morfitt, D. C.; Buratto, B.; Roberts, C.; Schadt, E.; Ulrich, R. G. Toxicol. Appl. Pharmacol., 2001, 175, 28-42.
19. Liang, P.; Pardee, A. B. Science, 1992, 257, 967-71.
20. Velculescu, V. E.; Zhang, L.; Vogelstein, B.; Kinzler, K. W. Science, 1995, 270, 484-7.
21. Schena, M.; Shalon, D.; Davis, R. W.; Brown, P. O. Science, 1995, 270, 467-70.
22. Schena, M.; Shalon, D.; Heller, R.; Chai, A.; Brown, P. O.; Davis, R. W. Proc. Natl. Acad. Sci. USA, 1996, 93, 10614-9.
23. Liang, P.; Averboukh, L.; Pardee, A. B. Nucleic Acids Res., 1993, 21, 3269-75.
24. Brenner, S.; Johnson, M.; Bridgham, J.; Golda, G.; Lloyd, D. H.; Johnson, D.; Luo, S.; McCurdy, S.; Foy, M.; Ewan, M.; Roth, R.; George, D.; Eletr, S.; Albrecht, G.; Vermaas, E.; Williams, S. R.; Moon, K.; Burcham, T.; Pallas, M.; DuBridge, R. B.; Kirchner, J.; Fearon, K.; Mao, J.; Corcoran, K. Nat. Biotechnol., 2000, 18, 630-4.
25. Diatchenko, L.; Lau, Y. F.; Campbell, A. P.; Chenchik, A.; Moqadam, F.; Huang, B.; Lukyanov, S.; Lukyanov, K.; Gurskaya, N.; Sverdlov, E. D.; Siebert, P. D. Pro.c Natl. Acad. Sci. USA, 1996, 93, 6025-30.
26. Yamamoto, M.; Wakatsuki, T.; Hada, A.; Ryo, A. J. Immunol. Methods, 2001, 250, 45-66.
27. Rockett, J. C.; Dix, D. J.; Xenobiotica, 2000, 30, 155-77.
28. Gerhold, D.; Rushmore, T.; Caskey, C. T. Trends Biochem. Sci., 1999, 24, 168-73.
29. de Longueville, F.; Surry, D.; Meneses-Lorente, G.; Bertholet, V.; Talbot, V.; Evrard, S.; Chandelier, N.; Pike, A.; Worboys, P.; Rasson, J. P.; Le Bourdelles, B.; Remacle, J. Biochem. Pharmacol., 2002, 64, 137-49.
30. Meneses-Lorente, G.; de Longueville, F.; Dos Santos-Mendes, S.; Bonnert, T. P.; Jack, A.; Evrard, S.; Bertholet, V.; Pike, A.; Scott-Stevens, P.; Remacle, J.; Sohal, B. Chem. Res. Toxicol., 2003, 16, 1070-7.
31. Rodi, C. P.; Bunch, R. T.; Curtiss, S. W.; Kier, L. D.; Cabonce, M. A.; Davila, J. C.; Mitchell, M. D.; Alden, C. L.; Morris, D. L. Toxicol. Palhol., 1999, 27, 107-10.
32. Kegelmeyer, A. E.; Sprankle, C. S.; Horesovsky, G. J.; Butterworth, B. E. Mol. Carcinog., 1997, 20, 288-97.
33. Bhattacharjee, A.; Lappi, V. R.; Rutherford, M. S.; Schook, L. B. Toxicol. Appl. Pharmacol., 1998, 150, 186-95.
34. Pennie, W. D. Toxicol. Lett., 2000, 112-113, 473-7.
35. Holden, P. R.; James, N. H.; Brooks, A. N.; Roberts, R. A.; Kimber, I.; Pennie, W. D. J. Biochem. Mol. Toxicol., 2000, 14, 283-90.
36. Harries, H. M.; Fletcher, S. T.; Duggan, C. M.; Baker, V. A. Toxicol. In Vitro, 2001, 15, 399-405.
37. Hamadeh, H. K.; Bushel, P. R.; Jayadev, S.; DiSorbo, O.; Bennett, L.; Li, L.; Tennant, R.; Stoll, R.; Barrett, J. C.; Paules, R. S.; Blanchard, K.; Afshari, C. A. Toxicol. Sci., 2002, 67, 232-40.
38. Liu, J.; Chen, H.; Miller, D. S.; Saavedra, J. E.; Keefer, L. K.; Johnson, D. R.; Klaassen, C. D.; Waalkes, M. P. Mol. Pharmacol., 2001, 60, 302-9.
39. Bartosiewicz, M.; Penn, S.; Buckpitt, A. Environ. Health Perspect., 2001, 109, 71-4.
40. Burczynski, M. E.; McMillian, M.; Ciervo, J.; Li, L.; Parker, J. B.; Dunn, R. T., 2nd; Hicken, S.; Farr, S.; Johnson, M. D. Toxicol. Sci., 2000, 58, 399-415.
41. Thomas, R. S.; Rank, D. R.; Penn, S. G.; Zastrow, G. M.; Hayes, K. R.; Hu, T.; Pande, K.; Lewis, M.; Jovanovich, S. B.; Bradfield, C. A. Environ. Health Perspect., 2002, 110, 919-23.
42. Baker, T. K.; Higgins, M. A.; Carfagna, M. A.; Ryan, T. P. CRC Press Burczynski ME, Boca Raton, Florida, US, ed., 2003.
43. Baker, T. K.; Carfagna, M. A.; Gao, H.; Dow, E. R.; Li, Q.; Searfoss, G. H.; Ryan, T. P. Chem. Res. Toxicol., 2001, 14, 1218-31.
44. Benes, V.; Muckenthaler, M. Trends Biochem. Sci., 2003, 28, 244-9.