Specificity of immobilized metal affinity-based IMAC/C18 tip enrichment of phosphopeptides for protein phosphorylation analysis

Analytical Chemistry

Volumn 77, Issue 16, 2005, Pages 5144-5154

  Kokubu, Makiko ^a,b   Ishihama, Yasushi ^a   Sato, Toshitaka ^a   Nagasu, Takeshi ^a   Oda, Yoshiya ^a  

^a EISAI CO LTD   (Japan)

^b UNIVERSITY OF TSUKUBA   (Japan)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

IMMOBILIZED METAL AFFINITY COLUMN (IMAC); METAL IMMOBILIZATION; PEPTIDES; PHOSPHORYLATION;

ACIDS; HYDROPHOBICITY; PHOSPHATES; REACTION KINETICS;

PROTEINS;

COMPLEMENTARY DNA; CYCLIC AMP DEPENDENT PROTEIN KINASE; OVALBUMIN; PHOSPHOPEPTIDE; PHOSPHOPROTEIN; PROTEIN; PROTEIN KINASE B; SYNTHETIC PEPTIDE; TRYPSIN;

ANIMAL TISSUE; ARTICLE; BINDING AFFINITY; FOREBRAIN; LIQUID CHROMATOGRAPHY; MASS SPECTROMETRY; MATRIX ASSISTED LASER DESORPTION IONIZATION TIME OF FLIGHT MASS SPECTROMETRY; MOUSE; NONHUMAN; POLYACRYLAMIDE GEL ELECTROPHORESIS; PROTEIN ANALYSIS; PROTEIN PHOSPHORYLATION;

AMINO ACID SEQUENCE; ANIMALS; BRAIN; CARBON; CHROMATOGRAPHY, AFFINITY; HYDROPHOBIC AND HYDROPHILIC INTERACTIONS; HYDROPHOBICITY; METALS; MICE; MICROARRAY ANALYSIS; MOLECULAR SEQUENCE DATA; PHOSPHOPEPTIDES; PHOSPHOPROTEINS; PHOSPHORYLATION; SENSITIVITY AND SPECIFICITY; SPECTROMETRY, MASS, MATRIX-ASSISTED LASER DESORPTION-IONIZATION;

EID: 23744460968     PISSN: 00032700     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/ac050404f     Document Type: Article

References (64)

1. Lin, D.; Tabb, D. L.; Yates, J. R., 3rd. Biochim. Biophys. Acta 2003, 1646, 1-10.
2. Yates, J. R., 3rd. Annu. Rev. Biophys. Biomol. Struct. 2004, 33, 297-316.
3. Aebersold, R.; Mann, M. Nature 2003, 422, 198-207.
4. Patterson, S. D.; Aebersold, R. Nat. Genet. 2003, 33 (Suppl.), 311-323.
5. de Hoog, C. L.; Mann, M. Annu. Rev. Genomics Hum. Genet. 2004, 5, 267-293.
6. Mann, M.; Jensen, O. N. Nat. Biotechnol. 2003, 21, 255-261.
7. Jensen, O. N. Curr. Opin. Chem. Biol. 2004, 8, 33-41.
8. Graves, J. D.; Krebs, E. G. Pharmacol. Ther. 1999, 82, 111-121.
9. Bollen, M.; Beullens, M. Trends. Cell. Biol. 2002, 12, 138-145.
10. Manning, G.; Plowman, G. D.; Hunter, T.; Sudarsanam, S. Trends Biochem. Sci. 2002, 27, 514-520.
11. Honkanen, R. E.; Golden, T. Curr. Med. Chem. 2002, 9, 2055-2075.
12. Cohen, P. Nat. Rev. Drug Discovery 2002, 1, 309-315.
13. Fischer, P. M. Curr. Med. Chem. 2004, 11, 1563-1583.
14. Lu, K. P. Trends Biochem. Sci. 2004, 29, 200-209.
15. Carr, S. A.; Huddleston, M. J.; Annan, R. S. Anal. Biochem. 1996, 239, 180-192.
16. McLachlin, D. T.; Chait, B. T. Curr. Opin. Chem. Biol. 2001, 5, 591-602.
17. Shou, W.; Verma, R.; Annan, R. S.; Huddleston, M. J.; Chen, S. L.; Carr, S. A.; Deshaies, R. J. Methods Enzymol. 2002, 351, 279-296.
18. Mann, M.; Ong, S. E.; Gronborg, M.; Steen, H.; Jensen, O. N.; Pandey, A. Trends Biotechnol. 2002, 20, 261-268.
19. Oda, Y.; Nagasu, T.; Chait, B. T. Nat. Biotechnol. 2001, 19, 379-382.
20. Adamczyk, M.; Gebler, J. C.; Wu, J. Rapid Commun. Mass Spectrom. 2001, 15, 1481-1488.
21. Qian, W. J.; Goshe, M. B.; Camp, D. G., 2nd.; Yu, L. R.; Tang, K.; Smith, R. D. Anal. Chem. 2003, 75, 5441-5450.
22. Knight, Z. A.; Schilling, B.; Row: R. H.; Kenski, D. M.; Gibson, B. W.; Shokat, K. M. Nat. Biotechnol. 2003, 21, 1047-1054.
23. Klemm, C.; Schroder, S.; Gluckmann, M.; Beyermann, M.; Krause, E. Rapid Commun. Mass Spectrom. 2004, 18, 2697-2705.
24. Jiang, X.; Wang, Y. Biochemistry 2004, 43, 15567-15576.
25. Vosseller, K.; Hansen, K. C.; Chalkley, R. J.; Trinidad, J. C.; Wells, L.; Hart, G. W.; Burlingame, A. L. Proteomics 2005, 5, 388-398.
26. Pandey, A.; Podtelejnikov, A. V.; Blagoev, B.; Bustelo, X. R.; Mann, M.; Lodish, H. F. Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A 2000, 97, 179-184.
27. Pandey, A.; Fernandez, M. M.; Steen, H.; Blagoev, B.; Nielsen, M. M.; Roche, S.; Mann, M.; Lodish, H. F. J. Biol. Chem. 2000, 275, 38633-3869.
28. Hinsby, A. M., Olsen, J. V., Bennett, K. L., and Mann, M. Mol. Cell. Proteomics 2003 2, 29-36.
29. Hinsby, A. M. Olsen, J. V.; Mann, M. J. Biol. Chem. 2004, 279, 46438-46447.
30. Beausoleil, S. A.; Jedrychowski, M.; Schwartz, D.; Elias, J. E.; Villen, J.; Li, J.; Cohn, M. A.; Cantley, L. C.; Gygi, S. P. Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2004, 101, 12130-12135.
31. Ballif, B. A.; Villen, J.; Beausoleil, S. A.; Schwartz, D.; Gygi, S. P. Mol. Cell. Proteomics 2004, 3, 1093-1101.
32. Andersson, L.; Porath, J. Anal. Biochem. 1986, 154, 250-254.
33. Figeys, D.; Gygi, S. P.; Zhang, Y.; Watts, J.; Gu, M.; Aebersold, R. Electrophoresis 1998, 19, 1811-1818.
34. Posewitz, M. C.; Tempst, P. Anal. Chem 1999, 71, 2883-2892.
35. Li, S.; Dass, C. Anal. Biochem. 1999, 270, 9-14.
36. Cao, P.; Stults, J. T. Rapid Commun. Mass Spectrom. 2000, 14, 1600-1606.
37. Annan, R. S.; Huddleston, M. J.; Verma, R.; Deshaies, R. J.; Carr, S. A. Anal. Chem. 2001 73, 393-404.
38. Nuhse, T. S.; Stensballe, A.; Jensen, O. N.; Peck, S. C. Mol. Cell. Proteomics 2003, 2, 1234-1243.
39. Shu, H.; Chen, S.; Bi, Q.; Mumby, M.; Brekken, D. L. Mol. Cell Proteomics 2004, 3, 279-286.
40. Hirschberg, D.; Jagerbrink, T.; Samskog, J.; Gustafsson, M.; Stahlberg, M.; Alvelius, G.; Husman, B.; Carlquist, M.; Jornvall, H.; Bergman, T. Anal. Chem. 2004, 76, 5864-5871.
41. Li, W.; Backlund, P. S.; Boykins, R. A.; Wang, G.; Chen, H. C. Anal. Biochem. 2003, 323, 94-102.
42. Thompson, A. J.; Hart, S. R.; Franz, C.; Barnouin, K.; Ridley, A.; Cramer, R. Anal. Chem. 2003, 75, 3232-3243.
43. Ahn, Y. H.; Park, E. J.; Cho, K.; Kim, J. Y.; Ha, S. H.; Ryu, S. H.; Yoo, J. S. Rapid Commun. Mass Spectrom. 2004, 18, 2495-2501.
44. Gruhler, A.; Olsen, J. V.; Mohammed, S.; Mortensen, P.; Faergeman, N. F.; Mann, M.; Jensen, O. N. Mol. Cell. Proteomics 2005, 4, 310-327.
45. Collins, M. O.; Yu, L.; Coba, M. P.; Husi, H.; Campuzano, I.; Blackstock, W. P.; Choudhary, J. S.; Grant, S. G. J. Biol. Chem. 2005, 280, 5972-5982.
46. Ficarro, S. B.; McCleland, M. L.; Stukenberg, P. T.; Burke, D. J.; Ross, M. M.; Shabanowitz, J.; Hunt, D. F.; White, F. M. Nat. Biotechnol 2002, 20, 301-306.
47. Salomon, A. R.; Ficarro, S. B.; Brill, L. M.; Brinker, A.; Phung, Q. T.; Ericson, C.; Sauer, K.; Brock, A.; Horn, D. M.; Schultz, P. G.; Peters, E. C. Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2003, 100, 443-448.
48. Brill, L. M.; Salomon, A. R.; Ficarro, S. B.; Mukherji, M.; Stettler-Gill, M.; Peters, E. C. Anal. Chem. 2004, 76, 2763-2772.
49. Rappsilber, J.; Ishihama, Y.; Mann, M. Anal. Chem. 2003, 75, 663-670.
50. Ishihama, Y.; Rappsilber, J.; Andersen, J. S.; Mann, M. J. Chromatogr., A 2002, 979, 233-239.
51. Jin, W. H.; Dai, J.; Zhou, H.; Xia, Q. C.; Zou, H. F.; Zeng, R. Rapid Commun. Mass Spectrom. 2004, 18, 2169-2176.
52. Olsen, J. V.; Mann, M. Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2004, 101, 13417-13422.
53. Katayama, H.; Tabata, T.; Ishihama, Y.; Sato, T.; Oda, Y.; Nagasu, T. Rapid Commun. Mass Spectrom. 2004, 18, 2388-2394.
54. Ishihama, Y.; Sato, T.; Tabata, T.; Miyamoto, N.; Sagane, K.; Nagasu, T.; Oda, Y. Nat. Biotechnol. 2005, 23, 617-621.
55. Wu, X.; Ranganathan, V.; Weisman, D. S.; Heine, W. F.; Ciccone, D. N.; O'Neill, T. B.; Crick, K. E.; Pierce, K. A.; Lane, W. S.; Rathbun, G.; Livingston, D. M.; Weaver, D. T. Nature 2000, 405, 477-482.
56. Haydon, C. E.; Eyers, P. A.; Aveline-Wolf, L D.; Resing, K. A.; Maller, J. L.; Ahn, N. G. Mol. Cell. Proteomics. 2003, 2, 1055-1067.
57. Brown, J. L.; Roberts, W. K. J. Biol. Chem. 1976, 251, 1009-1014.
58. Brown, J. L. J. Biol. Chem. 1979, 254, 1447-1449.
59. Tsugita, A.; Kawakami, T.; Uchida, T.; Sakai, T.; Kamo, M.; Matsui, T.; Watanabe, Y.; Morimasa, T.; Hosokawa, K.; Toda, T. Electrophoresis 2000, 21, 1853-1871.
60. Gevaert, K.; Goethals, M.; Martens, L.; Van Damme, J.; Staes, A.; Thomas, G. R.; Vandekerckhove, J. Nat. Biotechnol. 2003, 21, 566-569.
61. Oda, Y.; Huang, K.; Cross, F. R.; Cowburn, D.; Chait, B. T. Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 1999, 96, 6591-6596.
62. Bonenfant, D.; Schmelzle, T.; Jacinto, E.; Crespo, J. L.; Mini, T.; Hall, M. N.; Jenoe, P. Proc. Natl Acad. Sci. U. S. A. 2003, 100, 880-885.
63. Blagoev, B.; Ong, S. E.; Kratchmarova, I.; Mann, M. Nat. Biotechnol. 2004, 22, 1139-1145.
64. Ballif, B. A.; Roux, P. P.; Gerber, S. A.; MacKeigan, J. P.; Blenis, J.; Gygi, S. P. Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2005, 102, 667-672.