Homology models and molecular dynamics simulations of main proteinase from coronavirus associated with Severe Acute Respiratory Syndrome (SARS)

Journal of the Chinese Chemical Society

Volumn 51, Issue 5 A, 2004, Pages 889-900

  Liu, Hsuan Liang ^a   Lin, Jin Chung ^a   Ho, Yih ^b   Hsieh, Wei Chan ^a   Chen, Chin Wen ^a   Su, Yuan Chen ^a  

^a NATIONAL TAIPEI UNIVERSITY OF TECHNOLOGY   (Taiwan)

^b TAIPEI MEDICAL UNIVERSITY   (Taiwan)

Author keywords

Coronavirus; Functional domain; Inhibitor; Main proteinase; Molecular dynamics simulations; Severe acute respiratory syndrome (SARS); Structural model

Indexed keywords

EID: 20444505146     PISSN: 00094536     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1002/jccs.200400134     Document Type: Article

References (57)

1. Drosten, C.; Günther, S.; Preiser, W.; van der Werf, S.; Brodt, H.-R.; Becker, S.; Rabenau, H.; Panning, M.; Kolesnikova, L.; Fouchier, R. A. M.; Berger, A.; Burguière, A.-M.; Cinatl, J.; Eickmann, M.; Escriou, N.; Grywna, K.; Kramme, S.; Manuguerra, J.-C.; Müller, S.; Rickerts, V.; Stürmer, M.; Vieth, S.; Klenk, H.-D.; Osterhaus, A. D. M. E.; Schmitz, H. M. D.; Doer, H. W. N. Engl. J. Med. 2003, 348, 1967.
2. Ksiazek, T. G.; Erdman, D.; Goldsmith, C. S.; Zaki, S. R.; Peret, T.; Emery, S.; Tong, S.; Urbani, C.; Comer, J. A.; Lim, W.; Rollin, P. E.; Dowell, S. F.; Ling, A.-E.; Humphrey, C. D.; Shieh, W.-J.; Guarner, J.; Paddock, C. D.; Rota, P.; Fields, B.; DeRisi, J.; Yang, J.-Y.; Cox, N.; Hughes, J. M.; LeDuc, J. W.; Bellini, W. J.; Anderson, L. J. N. Engl. J. Med. 2003, 346, 1953.
3. Lee, N.; Hui, D.; Wu, A.; Chan, P.; Cameron, P.; Joynt, G. M.; Ahuja, A.; Yung, M. Y.; Leung, C. B.; To, K. F.; Lui, S. F.; Szeto, C. C.; Chung, S.; Sung, J. J. Y. N. Engl. J. Med. 2003, 348, 1986.
4. Marra, M. A.; Jones, S. J. M.; Astell, C. R.; Holt, R. A.; Brooks-Wilson, A.; Butterfield, Y. S. N.; Khattra, J.; Asano, J. K.; Barber, S. A.; Chan, S. Y.; Cloutier, A.; Coughlin, S. M.; Freeman, D.; Girn, N.; Griffith, O. L.; Leach, S. R.; Mayo, M.; McDonald, H.; Montgomery, S. B.; Pandoh, P. K.; Petrescu, A. S.; Robertson, A. G.; Schein, J. E.; Siddiqui, A.; Smailus, D. E.; Stott, J. M.; Yang, G. S. Science 2003, 300, 1399.
5. Rota, P. A.; Oberste, M. S.; Monroe, S. S.; Nix, W. A.; Compagnoli, R.; Icenogle, J. P.; Peñaranda, S.; Bankamp, B.; Maher, K.; Chen, M.-H.; Tong, S.; Tamin, A.; Lowe, L.; Frace, M.; DeRisi, J. L.; Chen, Q.; Wang, D.; Erdman, D. D.; Peret, T. C. T.; Burns, C.; Ksiazek, T. G.; Rollin, P. E.; Sanchez, A.; Liffick, S.; Holloway, B.; Limor, J.; McCaustland, K.; Olsen-Rassmussen, M.; Fouchier, R.; Günther, S.; Osterhaus, A. D. M. E.; Drosten, C.; Pallansch, M. P.; Anderson, L. J.; Bellini, W. J. Science 2003, 300, 1394.
6. Enjuanes, L. et al.; van Regenmortal, M. H. V.; Fauqet, C. M.; Bishop, D. H. L.; Carstens, E. B.; Rstes, M. K.; Lemon, S. M.; Mayo, M. A.; McGeoch, D. J.; Pringle, C. R. In Virus Taxonomy; Wickner, R. B., Ed.; Academic Press: New York, 2000; pp 835-849.
7. Holm, L.; Sander, C. J. Mol. Biol. 1993, 233, 123.
8. Lai, M. M. C.; Holmes, K. V. In Fields Virology; Knipe, D. M.; Howley, P. M., Ed.; Lippincott Williams and Wilkins: New York, 2001; Chapter 35.
9. Myint, S. H. In The Coronavirdae; Siddell, S. G., Ed.; Plenum Press: New York, 1995; p 389.
10. Cavanagh, D. Arch. Virol. 1997, 142, 629.
11. Den Boon, J. A.; Snijder, E. J.; Chirnside, E. D.; de Vries, A. A.; Horzinek, M. C.; Spaan, W. J. J. Virol. 1991, 65, 2910.
12. Herold, J.; Raabe, T.; Schelle-Prinz, B.; Siddell, S. G. Virology 1993, 195, 680.
13. Thiel, V.; Herold, J.; Schelle, B.; Siddell, S. G. J. Virol. 2001, 75, 6676.
14. Ziebuhr, J.; Herold, J.; Siddell, S. G. J. Virol. 1995, 69, 4331.
15. Gornalenya, A. E.; Donchenko, A. P.; Blinov, V. M.; Koonin, E. V. FEBS Lett. 1989, 243, 103.
16. Gornalenya, A. E.; Koonin, E. V.; Donchenko, A. P.; Blinov, V. M. Nucleic Acids Res. 1989, 17, 4847.
17. Ziebuhr, J.; Heusipp, G.; Siddell, S. G. J. Virol. 1997, 71, 3992.
18. Hegyi, A.; Friebe, A.; Gorbalenya, A. E.; Ziebuhr, J. J. Gen. Virol. 2002, 83, 581.
19. Liu, D. X.; Brown, T. D. Virology 1995, 209, 420.
20. Lu, Y.; Denison, M. R. Virology 1997, 230, 335.
21. Ziebuhr, J.; Snijder, E. J.; Gorbalenya, A. E. J. Gen. Virol. 2000, 81, 853.
22. Hegyi, A.; Ziebuhr, J. J. Gen. Virol. 2002, 83, 595.
23. Anand, K.; Ziebuhr, J.; Wadhwani, P.; Mesters, J. R.; Hilgenfeld, R. Science 2003, 300, 1763.
24. Ponder, J. W.; Richards, F. M. J. Mol. Biol. 1987, 193, 775.
25. Xiong, B.; Gui, C.-S.; Xu, X.-Y.; Luo, C.; Chen, J.; Luo, H.-B.; Chen, L.-L.; Li, G.-W.; Sun, T.; Yu, C.-Y.; Yue, L.-D.; Duan, W.-H.; Shen, J.-K.; Qin, L.; Shi, T.-L.; Li, Y.-X.; Chen, K.-X.; Luo, X.-M.; Shen, X.; Shen, J.-H.; Jiang, H.-L. Acta Pharmacol. Sin. 2003, 24, 497.
26. Anand, K.; Palm, G. J.; Mesters, J. R.; Siddell, S. G.; Ziebuhr, J.; Hilgenfeld, R. EMBO J. 2002, 21, 3213.
27. Liu, H.-L.; Wang, W.-C. Chem. Phys. Lett. 2002, 366, 284.
28. Liu, H.-L.; Wang, W.-C. Protein Eng. 2003, 16, 19.
29. Liu, H.-L.; Wang, W.-C. J. Biomol. Struct. Dyn. 2003, 20, 615.
30. Liu, H.-L.; Lin, Y.-M. J. Chin. Chem. Soc. 2003, 50, 799.
31. Liu, H.-L.; Hsu, C.-M. J. Chin. Chem. Soc. 2003, 50, 1235.
32. Liu, H.-L.; Lin, J.-C. Chem. Phys. Lett. 2003, 381, 592.
33. Liu, H.-L.; Lin, J.-C. J. Biomol. Struct. Dyn. 2004, 21, 639.
34. Hwang, M.-J.; Ni, X.; Waldman, M.; Ewig, C. S.; Hagler, A. T. Biopolymers 1998, 45, 435.
35. Maple, J. R.; Hwang, M.-J.; Jalkanen, K. J.; Stockfisch, T. P.; Hagler, A. T. J. Comp. Chem. 1998, 19, 430.
36. Peng, Z.; Ewig, C. S.; Hwang, M.-J.; Waldman, M.; Hagler, A. T. J. Phys. Chem. A 1997, 101, 7243.
37. Greer, J. Proteins 1990, 7, 317.
38. Schuler, G. D.; Altschul, S. F.; Lipman, D. J. Proteins: Struct. Funct. Genet. 1991, 9, 180.
39. Shenkin, P. S.; Yarmush, D. L.; Fine, R. M.; Wang, H.; Levinthal, C. Biopolymers 1987, 26, 2053.
40. Kabsch, W.; Sander, C. Biopolymers 1983, 22, 2577.
41. Berendsen, H. J. C.; Postma, J. P. M.; van Gunsteren, W. F.; DiNola, A.; Haak, J. R. J. Comp. Phys. 1984, 81, 3684.
42. Lesk, A. M. Proteins 1998, 33, 320.
43. Levitt, M.; Gerstein, M. Proc. Natl. Acad. Sci. USA 1998, 95, 5913.
44. Mizuguchi, K.; Go, N. Curr. Opin. Struct. Biol. 1995, 5, 377.
45. Koehi, P. Curr. Opin. Struct. Biol. 2001, 11, 348.
46. Kabsch, W. Acta Cryst. A 1976, 32, 922.
47. Siddell, S. G. In The Coronavirdae; Siddell, S. G., Ed.; Plenum Press: New York, 1995; p 1.
48. Allaire, M.; Chernaia, M. M.; Malcolm, B. A.; James, M. N. Nature 1994, 369, 72.
49. Bergmann, E. M.; Mosimann, S. C.; Chernaia, M. M.; Malcolm, B. A.; James, M. N. J. Virol. 1997, 72, 2436.
50. Tsukada, H.; Blow, D. M. J. Mol. Biol. 1985, 184, 703.
51. Gilbert, D.; Westhead, D.; Nagano, N.; Thornton, J. Bioinformatics 1999, 15, 317.
52. Mosimann, S. C.; Cherney, M. M.; Sia, S.; Plotch, S.; James, M. N. J. Mol. Biol. 1997, 273, 1032.
53. Kamphuis, I. G.; Kalk, K. H.; Swarte, M. B.; Drenth, J. J. Mol. Biol. 1984, 179, 233.
54. Polgár, L. FEBS Lett. 1974, 47, 15.
55. Malcolm, B. A. Protein Sci. 1995, 4, 1439.
56. Matthews, D. A. et al. Cell 1994, 77, 761.
57. Petersen, J. F.; Cherney, M. M.; Liebig, H. D.; Skern, T.; Kuechler, E.; James, M. N. EMBO J. 1999, 18, 5463.