The effects of various alcohols on the stability of melittin: A molecular dynamics study

Journal of the Chinese Chemical Society

Volumn 50, Issue 6, 2003, Pages 1235-1240

  Liu, Hsuan Liang ^a   Hsu, Chia Ming ^a  

^a NATIONAL TAIPEI UNIVERSITY OF TECHNOLOGY   (Taiwan)

Author keywords

Alcohol; Aliphatic; Di electric constant; Helicity; Hydrogen bond; Melittin; Molecular dynamics; Helix propensity

Indexed keywords

EID: 33344454916     PISSN: 00094536     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1002/jccs.200300177     Document Type: Article

References (68)

1. Habermann, E. Science 1972, 177, 314.
2. Dempsey, C. E. Biochim. Biophys. Acta 1990, 1031, 143.
3. Sessa, G.; Freer, J. H.; Colacicco, G.; Weissmann, G. J. Biol. Chem. 1969, 244, 3575.
4. Williams, J. C.; Bell, R. M. Biochim. Biophys. Acta 1972, 288, 255.
5. Esser, A. F.; Bartholomew, R. M.; Jensen, F. C.; Müller-Eberhard, H. J. Proc. Natl. Acad. Sci. USA 1979, 76, 5843.
6. Mufson, R. A.; Laskin, J. D.; Fisher, P. B.; Weinstein, I. B. Nature 1979, 280, 72.
7. Terwilliger, T. C.; Eisenberg, D. J. Biol. Chem. 1982, 257, 6010.
8. Bello, J.; Bello, H. R.; Granados, E. Biochemistry 1982, 21, 461.
9. Quay, S. C.; Condie, C. C. Biochemistry 1983, 22, 695.
10. Goto, Y.; Hagihara, Y. Biochemistry 1992, 31, 732.
11. John, E.; Jähnig, F. Biophys. J. 1991, 60, 319.
12. Frey, S.; Tamm, L. K. Biophys. J. 1991, 60, 922.
13. Dempsey, C. E.; Butler, G. S. Biochemistry 1992, 31, 11973.
14. Okada, A. K.; Wakamatsu, K.; Miyazawa, T.; Higashijima, T. Biochemistry 1994, 33, 9438.
15. White, S. H.; Wimley, W. C.; Ladokhin, A. S.; Hristova, K. Methods Enzymol. 1998, 295, 62.
16. Ladokhin, A. S.; White, S. H. J. Mol. Biol. 1999, 285, 1363.
17. Lin, J.-H.; Baumgaertner, A. Comput. Theor. Polym. Sci. 2000, 10, 97.
18. Milik, M.; Skolnick, J. Proteins: Struct. Funct. Genet. 1993, 15, 10.
19. Milik, M.; Skolnick, J. Biophys. J. 1995, 69, 1382.
20. Baumgaertner, A. Biophys. J. 1996, 71, 1248.
21. Lavialle, F.; Adams, R. G.; Levin, I. W. Biochemistry 1982, 21, 2305.
22. Bazzo, B.; Tappin, M. J.; Pastore, A.; Harvey, T. S.; Carver, J. A.; Campbell, I. D. Eur. J. Biochem. 1988, 173, 139.
23. Hirota, N.; Mizuno, K.; Goto, Y. J. Mol. Biol. 1998, 275, 365.
24. Tanford Advan, C. Protein Chem. 1968, 25, 121.
25. Thomas, P. D.; Dill, K. A. Protein Sci. 1993, 2, 2050.
26. Buck, M.; Radford, S. E.; Dobson, C. M. Biochemistry 1993, 32, 669.
27. Shiraki, K.; Nishikawa, K.; Goto, Y. J. Mol. Biol. 1995, 235, 180.
28. Dyson, H. J.; Wright, P. E. Curr. Opin. Struct. Biol. 1993, 3, 60.
29. Smith, L. J.; Alexandrescu, A. T.; Pitkeathly, M.; Dobson, C. M. Structure 1994, 2, 703.
30. Pittz, E. F.; Timasheff, S. N. Biochemistry 1978, 17, 615.
31. Soennichsen, F. D.; Van Eyk, J. E.; Hodges, R. S.; Sykes, B. D. Biochemistry 1992, 3l, 8790.
32. Yang, J. J.; Buck, M.; Pitkeathly, M.; Kotik, M.; Haynie, D. T.; Dobson, C. M.; Radford, S. E. J. Mol. Biol. 1995, 252, 483.
33. Kuroda, Y.; Hamada, D.; Tanaka, T.; Goto, Y. Fold Des. 1996, 1, 255.
34. Hamada, D.; Segawa, S.; Goto, Y. Nature Struct. Biol. 1996, 3, 868.
35. Jayaraman, G.; Kumar, T. K. S.; Arunkumar, A. I.; Yu, C. Biochem. Ciophys. Res. Commun. 1996, 222, 33.
36. Nozaki, Y.; Tanford, C. J. Biol. Chem. 1971, 246, 2211.
37. Liu, Y.; Bolen, D. W. Biochemistry 1995, 34, 12884.
38. Kovacs, H.; Mark, A. E.; Johansson, J.; van Gunsteren, W. F. J. Mol. Biol. 1995, 247, 808.
39. Constantine, K. L.; Friedrichs, M. S.; Stouch, T. R. Biopolymers 1996, 39, 591.
40. Manunza, B.; Deiana, S.; Pintore, M.; Cessa, C. J. Mol. Struct. 1997, 419, 133.
41. Daura, X.; Jaun, B.; Seebach, D.; van Gunsteren, W. F.; Mark, A. E. J. Mol. Biol. 1998, 280, 925.
42. Tieleman, D. P.; Berendsen, H. J. C.; Sansom, M. S. P. Biophys. J. 1999, 76, 3186.
43. Liu, H.-L.; Wang, W.-C. Chem. Phys. Lett. 2002, 366, 284.
44. Liu, H. L.; Wang, W.-C.; Hsu, C.-M. J. Biomol. Struct. Dyn. 2003, 20, 567.
45. Lesk, A. M. Proteins 1998, 33, 320.
46. Levitt, M.; Gerstein, M. Proc. Natl. Acad. Sci. USA 1998, 95, 5913.
47. Mizuguchi, K.; Go, N. Curr. Opin. Struct. Biol. 1995, 5, 377.
48. Luo, Y.; Baldwin, R. L. Biochemistry 1997, 36, 8413.
49. Satoh, M.; Fujii, Y.; Kato, F.; Komiyama, J. Biopolymers 1991, 31, 1.
50. Bianchi, E.; Rampone, R.; Tealdi, A.; Ciferri, A. J. Biol. Chem. 1970, 245, 3341.
51. Bello, J. Biopolymers 1993, 33, 491.
52. Cammers-Googwin, A.; Allen, T. J.; Oslick, S. L.; McClure, K. F.; Lee, J. H.; Kemp, D. S. J. Am. Chem. Soc. 1996, 118, 3082.
53. Hong, D. P.; Hoshino, M.; Kuboi, R.; Goto, Y. J. Am. Chem. Soc. 1999, 121, 8427.
54. Dong, A.; Matsuura, J.; Manning, M. C.; Carpenter, J. F. Arch. Biochem. Biophys. 1998, 355, 275.
55. Roccatano, D.; Colombo, G.; Fioroni, M.; Mark, A. E. Proc. Natl. Acad. Sci. USA 2002, 99, 12179.
56. Vila, J. A.; Ripoll, D. R.; Scheraga, H. A. Proc. Natl. Acad. Sci. USA 2000, 97, 13075.
57. Hirota-Nakaoka, N.; Goto, Y. Biomed. Chem. 1999, 7, 67.
58. Kabsch, W.; Sander, C. Biopolymers 1983, 22, 2577.
59. Garcia, A. E.; Sanbonmatsu, K. Y. Proc. Natl. Acad. Sci. USA 2002, 99, 2782.
60. Williams, L.; Kather, K.; Kemp, D. S. J. Am. Chem. Soc. 1998, 120, 11033.
61. Andrew, C. D.; Penel, S.; Jones, G. R.; Doig, A. J. Proteins 2001, 45, 449.
62. Butterfield, S. M.; Patel, P. R.; Waters, M. L. J. Am. Chem. Soc. 2002, 124, 9751.
63. Bhattacharyya, R.; Samanta, U.; Chakrabarti, P. Protein Eng. 2002, 15, 91.
64. Shi, Z.; Olson, C. A.; Kallenbach, N. R. J. Am. Chem. Soc. 2002, 124, 3824.
65. Dauber-Osguthorpe, P.; Roberts, V. A.; Osguthorpe, D. J.; Wolff, J.; Genest, M.; Hagler, A. T. Proteins: Struct. Funct. Genet. 1988, 4, 31.
66. Terwilliger, T. C.; Eisenberg, D. J. Biol. Chem. 1982, 257, 6016.
67. Sessions, R. B.; Gibbs, N.; Dempsey, C. E. Biophys. J. 1998, 74, 138.
68. Berendsen, H. J. C.; Postma, J. P. M.; van Gunsteren, W. F.; DiNola, A.; Haak, J. R. J. Comp. Phys. 1984, 81, 3684.