Quantitative X-ray Photoelectron Spectroscopy and Time-of-Flight Secondary Ion Mass Spectrometry Characterization of the Components in DNA

Analytical Chemistry

Volumn 76, Issue 4, 2004, Pages 1114-1122

  May, Collin J ^a   Canavan, Heather E ^a   Castner, David G ^a,b  

^a University of Washington   (United States)

^b University of Washington   (United States)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

IONS; OLIGOMERS; SECONDARY ION MASS SPECTROMETRY; STANDARDIZATION; SUGAR (SUCROSE); SYNTHESIS (CHEMICAL); X RAY PHOTOELECTRON SPECTROSCOPY;

MICROARRAYS; MOLECULAR IONS;

DNA;

DNA; NUCLEIC ACID BASE; NUCLEOSIDE; NUCLEOTIDE; OLIGOMER; OLIGONUCLEOTIDE;

ANALYTIC METHOD; ARTICLE; CHEMICAL COMPOSITION; DNA DETERMINATION; DNA MICROARRAY; DNA STRUCTURE; MULTIVARIATE ANALYSIS; TIME OF FLIGHT MASS SPECTROMETRY; X RAY PHOTOELECTRON SPECTROSCOPY;

BASE SEQUENCE; DNA; RNA; SPECTROMETRY, MASS, SECONDARY ION; SPECTROMETRY, X-RAY EMISSION;

EID: 1242271246     PISSN: 00032700     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/ac034874q     Document Type: Article

References (54)

1. Li, Y.; Tang, Z. Y.; Ye, S. L.; Liu, B. B.; Liu, Y. K.; Chen, J.; Xue, Q. J. Cancer Res. Clin. 2003, 129, 43-51.
2. Napoli, C.; Lerman, L. O.; Sica, V.; Lerman, A.; Tajana, G.; de Nigris, F. Heart 2003, 89, 597-604.
3. Pollack, J. R.; Sorlie, T.; Perou, C. M.; Rees, C. A.; Jeffrey, S. S.; Lonning, P. E.; Tibshirani, R.; Botstein, D.; Borresen-Dale, A. L.; Brown, P. O. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2002, 99, 12963-12968.
4. Zhu, H.; Snyder, M. Curr. Opin. Chem. Biol. 2003, 7, 55-63.
5. Chanda, S. K.; Caldwell, J. S. Drug Discovery Today 2003, 8, 168-174.
6. Zhang, W. W. Drug Discovery Today 2003, 8, 364-371.
7. Bunney, W. E.; Bunney, B. G.; Vawter, M. P.; Tomita, H.; Li, J.; Evans, S. J.; Choudary, P. V.; Myers, R. M.; Jones, E. G.; Watson, S. J.; Akil, H. Am. J. Psychiat. 2003, 160, 657-666.
8. Carr, K. M.; Bittner, M.; Trent, J. M. Oncogene 2003, 22, 3076-3080.
9. Ren, B.; Robert, F.; Wyrick, J. J.; Aparicio, O.; Jennings, E. G.; Simon, I.; Zeitlinger, J.; Schreiber, J.; Hannett, N.; Kanin, E.; Volkert, T. L.; Wilson, C. J.; Bell, S. P.; Young, R. A. Science 2000, 290, 2306-+.
10. Semizarov, D.; Frost, L.; Sarthy, A.; Kroeger, P.; Halbert, D. N.; Fesik, S. W. Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 2003, 100, 6347-6352.
11. van't Veer, L. J.; Dai, H. Y.; van de Vijver, M. J.; He, Y. D. D.; Hart, A. A. M.; Mao, M.; Peterse, H. L.; van der Kooy, K.; Marton, M. J.; Witteveen, A. T.; Schreiber, G. J.; Kerkhoven, R. M.; Roberts, C.; Linsley, P. S.; Bernards, R.; Friend, S. H. Nature 2002, 415, 530-536.
12. Ferguson, J. A.; Boles, T. C.; Adams, C. P.; Walt, D. R. Nat. Biotechnol. 1996, 14, 1681-1684.
13. Lin, H. J.; Charles, P. T.; Andreadis, J. D.; Churilla, A. M.; Stenger, D. A.; Pancrazio, J. J. Anal. Chim. Acta 2002, 457, 97-108.
14. Lin, V. S. Y.; Motesharei, K.; Dancil, K. P. S.; Sailor, M. J.; Ghadiri, M. R. Science 1997, 278, 840-843.
15. Riepl, M.; Enander, K.; Liedberg, B.; Schaferling, M.; Kruschina, M.; Ortigao, F. Langmuir 2002, 18, 7016-7023.
16. Diamandis, E. P. Clin. Chem. 2000, 46, 1523-1525.
17. Chechetkin, V. R.; Turygin, A. Y.; Proudnikov, D. Y.; Prokopenko, D. V.; Kirillov, E. V.; Mirzabekov, A. D. J. Biomol. Struct. Dyn. 2000, 18, 83-101.
18. Brenner, S.; Johnson, M.; Bridgham, J.; Golda, G.; Lloyd, D. H.; Johnson, D.; Luo, S. J.; McCurdy, S.; Foy, M.; Ewan, M.; Roth, R.; George, D.; Eletr, S.; Albrecht, G.; Vermaas, E.; Williams, S. R.; Moon, K.; Burcham, T.; Pallas, M.; DuBridge, R. B.; Kirchner, J.; Fearon, K.; Mao, J.; Corcoran, K. Nat. Biotechnol. 2000, 18, 630-634.
19. Schena, M.; Shalon, D.; Davis, R. W.; Brown, P. O. Science 1995, 270, 467-470.
20. Shalon, D.; Smith, S. J.; Brown, P. O. Genome Res. 1996, 6, 639-645.
21. Hughes, T. R.; Mao, M.; Jones, A. R.; Burchard, J.; Marton, M. J.; Shannon, K. W.; Lefkowitz, S. M.; Ziman, M.; Schelter, J. M.; Meyer, M. R.; Kobayashi, S.; Davis, C.; Dai, H. Y.; He, Y. D. D.; Stephaniants, S. B.; Cavet, G.; Walkar, W. L.; West, A.; Coffey, E.; Shoemaker, D. D.; Stoughton, R.; Blanchard, A. P.; Friend, S. H.; Linsley, P. S. Nat. Biotechnol. 2001, 19, 342-347.
22. Fodor, S. P. A.; Read, J. L.; Pirrung, M. C.; Stryer, L.; Lu, A. T.; Solas, D. Science 1991, 251, 767-773.
23. Edman, C. F.; Raymond, D. E.; Wu, D. J.; Tu, E. G.; Sosnowski, R. G.; Butler, W. F.; Nerenberg, M.; Heller, M. J. Nucleic Acids Res. 1997, 25, 4907-4914.
24. Lenigk, R.; Carles, M.; Ip, N. Y.; Sucher, N. J. Langmuir 2001, 17, 2497-2501.
25. Steel, A. B.; Levicky, R. L.; Herne, T. M.; Tarlov, M. J. Biophys. J. 2000, 79, 975-981.
26. Petrovykh, D. Y.; Kimura-Suda, H.; Whitman, L. J.; Tarlov, M. J. J. Am. Chem. Soc. 2003, 125, 5219-5226.
27. Herne, T. M.; Tarlov, M. J. J. Am. Chem. Soc. 1997, 119, 8916-8920.
28. Chrisey, L. A.; Lee, G. U.; OFerrall, C. E. Nucleic Acids Res. 1996, 24, 3031-3039.
29. Yuen, T.; Wurmbach, E.; Pfeffer, R. L.; Ebersole, B. J.; Sealfon, S. C. Nucleic Acids Res. 2002, 30, art. no.-e48.
30. Drobyshev, A. L.; Machka, C.; Horsch, M.; Seltmann, M.; Liebscher, V.; de Angelis, M. H.; Beckers, J. Nucleic Acids Res. 2003, 31, art. no.-el.
31. Charles, P. T.; Vora, G. J.; Andreadis, J. D.; Fortney, A. J.; Meador. C. E.; Dulcey, C. S.; Stenger, D. A. Langmuir 2003, 19, 1586-1591.
32. Castner, D. G.; Ratner, B. D. Surf. Sci. 2002, 500, 28-60.
33. Wagner, M. S.; McArthur, S. L.; Shen, M. C.; Horbett, T. A.; Castner, D. G. J. Biomater. Sci.-Polym. E. 2002, 13, 407-428.
34. Gregson, J. M.; McCloskey, J. A. Int. J. Mass Spectrom. 1997, 165/166, 475-485.
35. Nelson, C. C.; McCloskey, J. A. J. Am. Chem. Soc. 1992, 114, 3661-3668.
36. Nelson, C. C.; McCloskey, J. A. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 1994, 5, 339-349.
37. Rice, J. M.; Dudek, G. O. J. Am. Chem. Soc. 1967, 89, 2719-2725.
38. Rice, J. M.; Dudek, G. O.; Barber, M. J. Am. Chem. Soc. 1965, 87, 4569-4576.
39. Unger, S. E.; Schoen, A. E.; Cooks, R. G.; Ashworth, D. J.; Gomes, J. D. ; Chang, C. J. J. Org. Chem. 1981, 46, 4765-4769.
40. Butler, J. H.; Cronin, M.; Anderson, K. M.; Biddison, G. M.; Chatelain, F.; Cummer, M.; Davi, D. J.; Fisher, L.; Frauendorf, A. W.; Frueh, F. W.; Gjerstad, C.; Harper, T. F.; Kernahan, S. D.; Long, D. Q.; Pho, M.; Walker, J. A.; Brennan, T. M. J. Am. Chem. Soc. 2001, 123, 8887-8894.
41. Peeling, J.; Hruska, F. E.; McIntyre, N. S. Can. J. Chem.-Rev. Can. Chim. 1978, 56, 1555-1561.
42. Boland, T.; Ratner, B. D. Langmuir 1994, 10, 3845-3852.
43. Ii, T.; Okuda, S.; Hirano, T.; Tsujimoto, K.; Ohashi, M. Org. Mass Spectrom. 1993, 28, 127-131.
44. Beavis, R.; Ens, W.; Nemer, M. J.; Ogilvie, K. K.; Standing, K. G.; Westmore, J. B. Int. J. Mass Spectrom. 1983, 46, 475-478.
45. Feldner, J. C.; Ostrop, A.; Friedrichs, O.; Sohn, S.; Lipinsky, D.; Gunst, U.; Arlinghaus, H. F. Appl. Surf. Sci. 2003, 203, 722-725.
46. Arlinghaus, H. F.; Ostrop, M.; Friedrichs, O.; Feldner, J.; Gunst, U.; Lipinsky, D. Surf. Interface Anal. 2002, 34, 35-39.
47. Eicke, A.; Sichtermann, W.; Benninghoven, A. Org. Mass Spectrom. 1980, 15, 289-294.
48. Wagner, M. S.; Castner, D. G. Appl. Surf. Sci. 2003, 203, 698-703.
49. Wagner, M. S.; Castner, D. G. Langmuir 2001, 17, 4649-4660.
50. Sanni, O. D.; Wagner, M. S.; Briggs, D.; Castner, D. G.; Vickerman, J. C. Surf. Interface Anal. 2002, 33, 715-728.
51. Wagner, M. S.; Tyler, B. J.; Castner, D. G. Anal. Chem. 2002, 74, 1824-1835.
52. Jackson, J. E. J. Qual. Technol. 1980, 12 (74), 201-213.
53. Wold, S.; Esbensen, K.; Geladi, P. Chemom. Intell. Lab. 1987, 2, 37-52.
54. Esmans, E. L.; Broes, D.; Hoes, I.; Lemiere, F.; Vanhoutte, K. J. Chromatogr., A 1998, 794, 109-127.