Evolution of Rate-Promoting Oscillations in a Model Enzyme

Journal of Physical Chemistry B

Volumn 107, Issue 45, 2003, Pages 12527-12533

  Williams, G S Blair ^a   Hossain, Aftab M ^a   Kranbuehl, David E ^a   Bagdassarian, Carey K ^a  

^a The College of William and Mary   (United States)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

CATALYSIS; CHEMICAL BONDS; COMPUTER SIMULATION; CONFORMATIONS; CRYSTALLOGRAPHY; GENETIC ALGORITHMS; MOLECULAR DYNAMICS; OSCILLATIONS;

MUTATIONS;

ENZYMES;

EID: 0344494522     PISSN: 15206106     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/jp0306794     Document Type: Article

References (30)

1. Careri, G. In Quantum Statistical Mechanics in the Natural Sciences; Korsunoglu, B., Mintz, S. L., Widmayer, S. M., Eds.; Plenum: New York, 1974; p 15.
2. Fraunfelder, H.; Wolynes, P. G.; Austin, R. H. Rev. Mod. Phys. 1999, 71, S419.
3. Fraunfelder, H.; Sligar, S. G.; Wolynes, P. G. Science 1991, 254, 1598.
4. Parak, F. G. Rep. Prog. Phys. 2003, 66, 103.
5. Gammaitoni, L.; Hänggi, P.; Jung, P.; Marchesoni, F. Rev. Mod. Phys. 1998, 70, 223.
6. Karplus, M.; McCammon, J. Annu. Rev. Biochem. 1983, 52, 263.
7. Farnum, M. F.; Magde, D.; Howell, E. E.; Hirai, J. T.; Warren, M. S.; Grimsley, J. K.; Kraut, J. Biochemistry 1991, 30, 11567.
8. Rajagopalan, P. T. R.; Lutz, S.; Benkovic, S. J. Biochemistry 2002, 41, 12618.
9. Agarwal, P. K.; Billeter, S. R.; Rajagopalan, P. T. R.; Benkovic, S. J.; Hammes-Schiffer, S. Proc. natl. Acad. Sci. U.S.A. 2002, 99, 2794.
10. Radkiewicz, J. L.; Brooks, C. L., III. J. Am. Chem. Soc. 2000, 122, 225.
11. Kohen, A.; Cannio, R.; Bartolucci, S.; Klinman, J. P. Nature 1999, 399,496.
12. Sutcliffe, M. J.; Scrutton, N. S. Eur. J. Biochem. 2002, 269, 3096.
13. Antoniou, D.; Schwartz, S. D. J. Phys. Chem. B 2001, 105, 5553.
14. Caratzoulas, S.; Mincer, J. S.; Schwartz, S. D. J. Am. Chem. Soc. 2002, 124, 3270.
15. Mincer, J. S.; Schwartz, S. D. J. Phys. Chem. B 2003, 107, 366.
16. Billeter, S. R.; Webb, S. P.; Agarwal, P. K.; Iordanov, T.; Hammes-Schiffer, S. J. Am. Chem. Soc. 2001, 123, 11262.
17. Alhambra, C.; Corchado, J.; Sánchez, M. L.; Garcia-Viloca, M.; Gao, J.; Truhlar, D. G. J. Phys. Chem. B 2001, 105, 11326.
18. Lozinsky, E.; Febbraio, F.; Shames, A. I.; Likhtenshtein, G. I.; Bismuto, E.; Nucci, R. Protein Sci. 2002, 11, 2535.
19. Bruice, T. C.; Benkovic, S. J. Biochemistry 2000, 39, 6267.
20. Har, S.; Bruice, T. C. J. Am. Chem. Soc. 2003, 125, 1472.
21. Alper, K. O.; Singla, M.; Stone, J. L.; Bagdassarian, C. K. Protein Sci. 2001, 10, 1319.
22. Noonan, R. C.; Carter, C. W., Jr.; Bagdassarian, C. K. Protein Sci. 2002, 11, 1424.
23. Bahar, I.; Jernignan, R. L. Biochemistry 1999, 38, 3478.
24. Ota, N.; Agard, D. A. Protein Sci. 2001, 10, 1403.
25. Roche, P.; Mouawad, L.; Perahia, D.; Samama, J. P.; Kahn, D. Protein Sci. 2002, 11, 2622.
26. Peters, G. H.; Frimurer, T. M.; Andersen, J. N.; Olsen, O. H. Biophys. J. 2000, 78, 2191.
27. Idiyatullin, D.; Krushelnitsky, A.; Nesmelova, I.; Blanco, F.; Daragan, V. A.; Serrano, L.; Mayo, K. H. Protein Sci. 2000, 9, 2118.
28. Williams, G. S. B.; Hossain, A. M.; Shang, S.; Kranbuehl, D. E.; Bagdassarian, C. K. J. Theor. Comput. Chem. in press.
29. Karplus, M.; Petsko, G. A. Nature 1990, 347, 631.
30. Leach, A. R. Molecular Modelling: Principles and Applications; Prentice Hall: New York, 2001.