Horizontal gene transfer: A critical view

Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America

Volumn 100, Issue 17, 2003, Pages 9658-9662

  Kurland, C G ^a   Canback, B ^a   Berg, Otto G ^a  

^a UPPSALA UNIVERSITY   (Sweden)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

AMINO ACID TRANSFER RNA LIGASE; ANTIBIOTIC AGENT; OLIGONUCLEOTIDE; RIBOSOME RNA; RNA 16S; RNA 23S;

ANTIBIOTIC RESISTANCE; BACTERIAL GENOME; ESCHERICHIA COLI; EVOLUTION; GENE MUTATION; GENE TRANSFER; HORIZONTAL GENE TRANSFER; MYCOBACTERIUM TUBERCULOSIS; NONHUMAN; PHENOTYPE; PHYLOGENY; PRIORITY JOURNAL; REVIEW;

ANIMALS; ARCHAEA; BACTERIA; EVOLUTION; GENE TRANSFER, HORIZONTAL; GENOME; HUMANS; MODELS, GENETIC; PHYLOGENY; RNA, RIBOSOMAL;

BACTERIA (MICROORGANISMS); DARWINIA; ESCHERICHIA COLI; MYCOBACTERIUM; MYCOBACTERIUM TUBERCULOSIS;

EID: 0042191905     PISSN: 00278424     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1073/pnas.1632870100     Document Type: Review

References (81)

1. Gogarten, J. P., Olendzenski, L., Hilario, E., Simon, C. & Holsinger, K. E. (1996) Science 274, 1750-1751.
2. Feng, D. F., Cho, G. & Doolittle, R. F. (1997) Proc. Natl. Acad. Sci. USA 94, 13028-13033.
3. Martin, W. & Müller, M. (1998) Nature 392, 37-41.
4. Lopez-Garcia, P. & Moreira, D. (1999) Trends Biotechnol. 24, 88-93.
5. Ochman, H., Lawrence, J. G. & Groisman, E. A. (2000) Nature 405, 299-304.
6. Lawrence, J. G. & Ochman, H. (1998) Proc. Natl. Acad. Sci. USA 95, 9413-9417.
7. Doolittle, W. F. (1999) Science 284, 2124-2129.
8. de la Cruz, F. & Davies, J. (2000) Trends Microbiol. 8, 128-133.
9. Smith, M. W., Feng, D. F. & Doolittle, R. F. (1992) Trends Biochem. Sci. 17, 489-493.
10. 10., Gogarten, J. P., Doolittle, W. F. & Lawrence, J. G. (2002) Mol. Biol. Evol. 19, 2226-2238.
11. Kurland, C. G. (2000) EMBO Rep. 1, 92-95.
12. Galtier, N. & Guoy, M. (1995) Proc. Natl. Acad. Sci. USA 92, 11317-11321.
13. Galtier, N., Tourasse, N. & Gouy, M. (1999) Science 238, 220-221.
14. Philippe, H. & Forterre, P. (1999) J. Mol. Evol. 49, 509-523.
15. Yang, Z. (1995) Genetics 139, 993-1005.
16. Felsenstein, J. (2001) J. Mol. Evol. 53, 447-455.
17. Lockhart, P. J., Steel, M. A., Hendy, M. D. & Penny, D. (1994) Mol. Biol. Evol. 11, 605-612.
18. Lopez, P., Forterre, P. & Philippe, H. (1999) J. Mol. Evol. 49, 496-508.
19. Raymond, J., Zhaxybayeva, O., Gogarten, J. P., Gerdes, S. Y. & Blankenship, R. E. (2002) Science 298, 1616-1619.
20. Fitzgibbon, S. T. & House, C. H. (1999) Nucleic Acids Res. 27, 4218-4222.
21. Tekaia, F., Lazcano, A. & Dujon, B. (1999) Genome Res. 9, 550-557.
22. Brown, J. R., Douady, C. J., Italia, M. J., Marshall, W. E. & Stanhope, M. J. (2001) Nat. Genet. 28, 281-285.
23. Korbel, J. O., Snel, B., Huynen, M. A. & Bork, P. (2002) Trends Genet. 18, 158-162.
24. Snel, B., Bork, P. & Huynen, M. (2002) Genome Res. 12, 17-25.
25. Doolittle, R. F., Feng, D. F., Tsang, S., Cho, G. & Little, E. (1996) Science 271, 470-477.
26. Rivera, M. C., Jain, R., Moore, J. E. & Lake, J. A. (1998) Proc. Natl. Acad. Sci. USA 95, 6239-6244.
27. Aravind, L., Tatusov, R. L., Wolf, Y. I., Walker, D. R. & Koonin, E. V. (1998) Trends Genet. 14, 442-444.
28. Nelson, K. E., Clayton, R. A., Gill, S. R., Gwinn, M. L., Dodson, R. J., Haft, D. H., Hickey, E. K., Peterson, J. D., Nelson, W. C., Ketchum, K. A., et al. (1999) Nature 399, 323-329.
29. Lander, E. S., Linton, L. M., Birren, B., Nusbaum, C., Zody, M. C., Baldwin, J., Devon, K., Dewar, K., Doyle, M., FitzHugh, W., et al. (2001) Nature 409, 860-921.
30. Canback, B., Andersson, S. G. E. & Kurland, C. G. (2002) Proc. Natl. Acad. Sci. USA 99, 6097-6102.
31. Woese, C. R. (1983) In Evolution from Molecules to Men, ed. Bendall, D. S. (Cambridge Univ. Press, Cambridge, U.K.), pp. 209-233.
32. Huynen, M. A., Snel, B. & Bork, P. (1999) Science 286, 1443.
33. Salzburg, S. L., White, O., Peterson, J. & Eisen, J. A. (2001) Science 292, 1903-1906.
34. Medigue, C., Rouxel, T., Vigier, P., Henaut, A. & Danchin, A. (1991) J. Mol. Biol. 222, 851-856.
35. Lawrence, J. G. & Ochman, H. (1997) J. Mol. Evol. 44, 383-397.
36. Koski, L. B. & Golding, G. B. (2001) Mol. Biol. Evol. 18, 404-412.
37. Hooper, S. D. & Berg, O. G. (2002) J. Mol. Evol. 54, 734-744.
38. Guindon, S. & Perriere, G. (2001) Mol. Biol. Evol. 18, 1838-1840.
39. Berg, O. G. & Kurland, C. G. (2002) Mol. Biol. Evol. 19, 2265-2276.
40. Mira, A., Ochman, H. & Moran, N. A. (2001) Trends Genet. 17, 589-596.
41. Andersson, D. I. & Levin, B. R. (1999) Curr. Opin. Microbiol. 2, 487-491.
42. Bergstrom, C. T., Lipsitch, M. & Levin, B. R. (2000) Genetics 155, 1505-1519.
43. Björkman, J., Nagaev, I., Berg, O. G., Hughes, D. & Andersson, D. I. (2000) Science 287, 1479-1482.
44. Borman, A. M., Paulous, S. & Clavel, F. (1996) J. Gen. Virol. 77, 419-426.
45. Cowen, L. E., Kohn, L. M. & Anderson, J. B. (2001) J. Bacteriol. 183, 2971-2978.
46. Woese, C. R. (1965) Proc. Natl. Acad. Sci. USA 54, 1546-1552.
47. Woese, C. R. & Fox, G. E. (1977) J. Mol. Evol. 10, 1-6.
48. Woese, C. R. (1998) Proc. Natl. Acad. Sci. USA 95, 6854-6859.
49. Woese, C. R. (2000) Proc. Natl. Acad. Sci. USA 97, 8392-8396.
50. Ehrenberg, M. & Kurland, C. G. (1984) Q. Rev. Biophys. 17, 45-82.
51. Kurland, C. G. (1992) Annu. Rev. Genet. 26, 29-50.
52. Dong, H., Nilsson, L. & Kurland, C. G. (1996) J. Mol. Biol. 260, 649-663.
53. Asai, T., Zaporojets, D., Squires, C. & Squires, C. L. (1999) Proc. Natl. Acad. Sci. USA 96, 1971-1976.
54. Kimura, M. (1983) The Neutral Theory of Evolution (Cambridge Univ. Press, Cambridge, U.K.).
55. Mylvaganam, S. & Dennis, P. P. (1992) Genetics 130, 399-410.
56. Yap, W. H., Zhang, Z. & Wang, Y. (1999) J. Bacteriol. 181, 5201-5209.
57. Rao, A. R. & Varshney, U. (2001) EMBO J. 20, 2977-2986.
58. Ohnishi, M., Janosi, L., Shuda, M., Matsumoto, H., Terawaki, T. & Kaji, A. (1999). J. Bacteriol. 181, 1281-1291.
59. Wright, S. (1951) Ann. Eugenics 15, 323-354.
60. Maruyama, T. & Kimura, M. (1980) Proc. Natl. Acad. Sci. USA 77, 6710-6714.
61. Whitlock, M. C. & Barton, N. H. (1997) Genetics 146, 427-441.
62. Hanski, I. (1998) Nature 396, 41-49.
63. Ochman, H. & Wilson, A. C. (1987) in Escherichia coli and Salmonella typhimurium: Cellular and Molecular Biology, ed. Neidhardt, F. C. (Am. Soc. Microbiol., Washington, DC), pp. 1649-1654.
64. Ochman, H. & Jones, I. B. (2000) EMBO J. 19, 6637-6643.
65. Lynch, M., O'Hely, M., Walsh, B. & Force, A. (2001) Genetics 159, 1789-1804.
66. Linz, B., Schenker, M., Zhu, P. & Achtman, M. (2000) Mol. Microbiol. 36, 1049-1058.
67. Falush, D., Kraft, K., Taylor, N. S., Correa, P., Fox, J. G., Achtman, M. & Suerbaum, S. (2001) Proc. Natl. Acad. Sci. USA 98, 15056-15061.
68. Maynard Smith, J. & Haigh, J. (1974) Genet. Res. 23, 23-35.
69. Dykhuizen, D. E. & Green, L. (1991) J. Bacteriol. 173, 7257-7268.
70. Berg, O. G. (1995) J. Theor. Biol. 173, 307-320.
71. Tadei, F., Radman, M., Smith, J. M., Touponce, B., Gouyon,P. H. & Godelle, B. (1997) Nature 387, 700-702.
72. Woese, C. R. (2002) Proc. Natl. Acad. Sci. USA 99, 8742-8747.
73. Olsen, G. J. & Woese, C. R. (1996) Trends Genet. 12, 377-379.
74. Karlberg, O., Canback, B., Kurland, C. G. & Andersson, S. G. E. (2000) Yeast 17, 170-187.
75. Graham, D. E., Overbeek, R., Olsen, G. J. & Woese, C. R. (2000) Proc. Natl. Acad. Sci. USA 97, 3304-3308.
76. Hartman, H. & Fedolov, A. (2001) Proc. Natl. Acad. Sci. USA 99, 1420-1425.
77. Macrotte, E. M. M., Xenarios, I, van der Bliek, A. M. & Eisenberg, D. (2000) Proc. Natl. Acad. Sci. USA 97, 12115-12120.
78. Woese, C. R., Olsen, G. J., Ibba, M. & Soell, D. (2000) Microbiol. Mol. Biol. Rev. 64, 202-236.
79. Andersson, S. G. E., Zomorodipour, A., Andersson, J. O., Sicheritz-Ponten, T., Alsmark, U. C. M., Podowski, R. M., Naslund, A. K., Eriksson, A. S., Winkler, H. H. & Kurland, C. G. (1998) Nature 396, 133-140.
80. Gray, M. W., Burger, G. & Lang, B. F. (1999) Nature 283, 1476-1481.
81. Thorsness, P. E. & Fox, T. D. (1993) Genetics 134, 21-28.