Effects of strand and directional asymmetry on base-base coupling and charge transfer in double-helical DNA

Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America

Volumn 99, Issue 26, 2002, Pages 16543-16550

  O'Neill, Melanie A ^a   Barton, Jacqueline K ^a  

^a California Institute of Technology   (United States)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

2 AMINOPURINE; DOUBLE STRANDED DNA;

ARTICLE; BASE PAIRING; DNA HELIX; DNA SEQUENCE; DNA STRAND; DNA STRUCTURE; DNA TRANSFER; NUCLEOTIDE SEQUENCE; PHOTOCHEMICAL QUENCHING; PRIORITY JOURNAL;

BASE PAIRING; BASE SEQUENCE; DNA; FLUORESCENCE; NUCLEIC ACID CONFORMATION;

EID: 0037168485     PISSN: 00278424     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1073/pnas.012669599     Document Type: Article

References (64)

1. Dekker, C. & Ratner, M. A. (2001) Phys. World 14, 29-33.
2. Boon, E. M. & Barton, J. K. (2002) Curr. Opin. Struct. Biol. 12, 320-329.
3. Giese, B. (2002) Annu. Rev. Biochem. 71, 51-70.
4. Schuster, G. B. (2000) Acc. Chem. Res. 33, 253-260.
5. Lewis, F. D., Letsinger, R. L. & Wasielewski, M. R. (2001) Acc. Chem. Res. 34, 159-170.
6. Wan, C. Z., Fiebig, T., Schiemann, O., Barton, J. K. & Zewail, A. H. (2000) Proc. Natl. Acad. Sci. USA 97, 14052-14055.
7. Kelley, S. O. & Barton, J. K. (1999) Science 283, 375-381.
8. Wan, C. Z., Fiebig, T., Kelley, S. O., Treadway, C. R., Barton, J. K. & Zewail, A. H. (1999) Proc. Natl. Acad. Sci. USA 96, 6014-6019.
9. Bhattacharya, P. K. & Barton, J. K. (2001) J. Am. Chem. Soc. 123, 8649-8656.
10. Williams, T. T., Odom, D. T. & Barton, J. K. (2000) J. Am. Chem. Soc. 122, 9048-9049.
11. Hall, D. B. & Barton, J. K. (1997) J. Am. Chem. Soc. 119, 5045-5046.
12. Rajski, S. R. & Barton, J. K. (2001) Biochemistry 40, 5556-5564.
13. Lewis, F. D., Zuo, X., Liu, J., Hayes, R. T. & Wasielewski, M. R. (2002) J. Am. Chem. Soc. 124, 4568-4569.
14. Lewis, F. D., Kalgutkar, R. S., Wu, Y. S., Liu, X. Y., Liu, J. Q., Hayes, R. T., Miller, S. E. & Wasielewski, M. R. (2000) J. Am. Chem. Soc. 122, 12346-12351.
15. Lewis, F. D., Wu, T. F., Liu, X. Y., Letsinger, R. L., Greenfield, S. R., Miller, S. E. & Wasielewski, M. R. (2000) J. Am. Chem. Soc. 122, 2889-2902.
16. Shafirovich, V., Dourandin, A. & Geacintov, N. E. (2001) J. Phys. Chem. B 105, 8431-8435.
17. Shafirovich, V., Dourandin, A., Huang, W. D., Luneva, N. P. & Geacintov, N. E. (2000) Phys. Chem. Chem. Phys. 2, 4399-4408.
18. Hess, S., Gotz, M., Davis, W. B. & Michel-Beyerle, M. E. (2001) J. Am. Chem. Soc. 123, 10046-10055.
19. Davis, W. B., Naydenova, I., Haselsberger, R., Ogrodnik, A., Giese, B. & Michel-Beyerle, M. E. (2000) Angew. Chem. Int. Ed. 39, 3649-3652.
20. Meggers, E., Michel-Beyerle, M. E. & Giese, B. (1998). J. Am. Chem. Soc. 120, 12950-12955.
21. Ly, D., Sanii, L. & Schuster, G. B. (1999) J. Am. Chem. Soc. 121, 9400-9410.
22. Henderson, P. T., Jones, D., Hampikian, G., Kan, Y. Z. & Schuster, G. B. (1999) Proc. Natl. Acad. Sci. USA 96, 8353-8358.
23. Nakatani, K., Dohno, C. & Saito, I. (2000) J. Am. Chem. Soc. 122, 5893-5894.
24. Nakatani, K., Dohno, C. & Saito, I. (1999) J. Am. Chem. Soc. 121, 10854-10855.
25. Núñez, M. E., Holmquist, G. P. & Barton, J. K. (2001) Biochemistry 40, 12465-12471.
26. Núñez, M. E., Noyes, K. T. & Barton, J. K. (2002) Chem. Biol. 9, 403-415.
27. Boon, E. M., Salas, J. E. & Barton, J. K. (2002) Nat. Biotechnol. 20, 282-286.
28. Boon, E. M., Ceres, D. M., Drummond, T. G., Hill, M. G. & Barton, J. K. (2000) Nat. Biotechnol. 18, 1096-1100.
29. Rachofsky, E. L., Seibert, E., Stivers, J. T., Osman, R. & Ross, J. B. A. (2001) Biochemistry 40, 957-967.
30. Mandal, S. S., Fidalgo da Silva, E. & Reha-Krantz, L. J. (2002) Biochemistry 41, 4399-4406.
31. Hochstrasser, R. A., Carver, T. E., Sowers, L. C. & Millar, D. P. (1994) Biochemistry 33, 11971-11979.
32. Larsen, O. F. A., van Stokkum, I. H. M., Gobets, B., van Grondelle, R. & van Amerongen, H. (2001) Biophys. J. 81, 1115-1126.
33. Gray, H. B. & Winkler, J. R. (1996) Annu. Rev. Biochem. 65, 537-561.
34. Ward, D. C., Reich, E. & Stryer, L. (1969) J. Biol. Chem. 244, 1228-1237.
35. Smagowicz, J. & Wierzchowski, K. L. (1974) J. Lumin. 8, 210-232.
36. Nir, E., Kleinermanns, K., Grace, L. & de Vries, M. S. (2001) J. Phys. Chem. A 105, 5106-5110.
37. Eritja, R., Kaplan, B. E., Mhaskar, D., Sowers, L. C., Petruska, J. & Goodman, M. F. (1986) Nucleic Acids Res. 14, 5869-5885.
38. Xu, D. G., Evans, K. O. & Nordlund, T. M. (1994) Biochemistry 33, 9592-9599.
39. Nordlund, T. M., Andersson, S., Nilsson, L., Rigler, R., Gräslund, A. & McLaughlin, L. W. (1989) Biochemistry 28, 9095-9103.
40. Guest, C. R., Hochstrasser, R. A., Sowers, L. C. & Millar, D. P. (1991) Biochemistry 30, 3271-3279.
41. Xuan, J.-C. & Weber, I. T. (1992) Nucleic Acids Res. 20, 5457-5464.
42. Lipanov, A., Kopka, M. L., Kaczor-Grzeskowiak, M., Quintana, J. & Dickerson, R. E. (1993) Biochemistry 32, 1373-1389.
43. Cuberno, E., Güimil-García, R., Luque, F. J., Eritja, R. & Orozco, M. (2001) Nucleic Acids Res. 29, 2522-2534.
44. Xu, D. G. & Nordlund, T. M. (2000) Biophys. J. 78, 1042-1058.
45. Stivers, J. T. (1998) Nucleic Acids Res. 26, 3837-3844.
46. O'Neill, P., Parker, A. W., Plumb, M. A. & Siebbeles, L. D. A. (2001). J. Phys. Chem. B 105, 5283-5290.
47. Fukui, K., Tanaka, K., Fujitsuka, M., Watanabe, A. & Ito, O. (1999) J. Photochem. Photobiol. B 50, 18-27.
48. Rachofsky, E. L., Osman, R. & Ross, J. B. A. (2001) Biochemistry 40, 946-956.
49. O'Neill, M. A. & Barton J. K. (2002) J. Am. Chem. Soc. 124, 13053-13066.
50. Marcus, R. A. & Sutin, N. (1985) Biochim. Biophys. Acta 811, 265-322.
51. Voityuk, A. A., Rösch, N., Bixon, M. & Jortner, J. (2000) J. Phys. Chem. B 104, 9740-9745.
52. Brunaud, G., Castet, F., Fritsch, A., Kreisser, M. & Ducasse, L. (2001) J. Phys. Chem. B 105, 12665-12673.
53. Steenken, S. & Jovanovic, S. V. (1997) J. Am. Chem. Soc. 119, 617-618.
54. Seidel, C. A. M., Schultz, A. & Sauer, M. H. (1996) J. Phys. Chem. 100, 5541-5553.
55. Voityuk, A. A., Jortner, J., Bixon, M. & Rösch, N. (2000) Chem. Phys. Lett. 324, 430-434.
56. Voityuk, A. A., Jortner, J., Bixon, M. & Rösch, N. (2001) J. Chem. Phys. 114, 5614-5620.
57. Rak, J., Voityuk, A. A., Marquez, A. & Rösch, N. (2002) J. Phys. Chem. B 106, 7919-7926.
58. Troisi, A. & Orlandi, G. (2001) Chem. Phys. Lett. 344, 509-518.
59. Olofsson, J. & Larsson, S. (2001) J. Phys. Chem. B 105, 10398-10406.
60. Voityuk, A. A. & Rösch, N. (2002) J. Phys. Chem. B 106, 3013-3018.
61. Jortner, J., Bixon, M., Langenbacher, T. & Michel-Beyerle, M. E. (1998) Proc. Natl. Acad. Sci. USA 95, 12759-12765.
62. Bixon, M., Giese, B., Wessely, S., Langenbacher, T., Michel-Beyerle, M. E. & Jortner, J. (1999) Proc. Natl. Acad. Sci. USA 96, 11713-11716.
63. Voityuk, A. A., Siriwong, K. & Rösch, N. (2001) Phys. Chem. Chem. Phys. 3, 5421-5425.
64. Troisi, A. & Orlandi, G. (2002) J. Phys. Chem. B 106, 2093-2101.