Protein identification from 2-DE gels by MALDI mass spectrometry

Mass Spectrometry Reviews

Volumn 16, Issue 3, 1997, Pages 145-162

  Jungblut, Peter ^a   Thiede, Bernd ^b  

^a MAX PLANCK INSTITUTE FOR INFECTION BIOLOGY   (Germany)

^b MAX DELBRÜCK CENTER FOR MOLECULAR MEDICINE   (Germany)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

PEPTIDE FRAGMENT;

AMINO ACID SEQUENCE; ANIMAL; CHEMISTRY; HEART MUSCLE; HUMAN; LENS; MASS SPECTROMETRY; METHODOLOGY; MOLECULAR GENETICS; MOUSE; REVIEW; TWO DIMENSIONAL GEL ELECTROPHORESIS;

AMINO ACID SEQUENCE; ANIMALS; ELECTROPHORESIS, GEL, TWO-DIMENSIONAL; HUMANS; LENS, CRYSTALLINE; MICE; MOLECULAR SEQUENCE DATA; MYOCARDIUM; PEPTIDE FRAGMENTS; SPECTROMETRY, MASS, MATRIX-ASSISTED LASER DESORPTION-IONIZATION;

EID: 0031129664     PISSN: 02777037     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1002/(SICI)1098-2787(1997)16:3<145::AID-MAS2>3.0.CO;2-H     Document Type: Article

References (149)

1. Aebersold, R. H.; Teplow, D. B.; Hood, L. E.; Kent, S. B. H. J. Biol. Chem. 1986, 261, 4229.
2. Aebersold, R. H.; Leavitt, J.; Saavedra, R. A.; Hood, L. E.; Kent, S. B. Proc. Natl. Acad. Sci. USA 1987, 84, 6970.
3. Aebersold, R.; Leavitt, J. Electrophoresis 1990, 11, 517.
4. Anderson, N. L.; Anderson, N. G. Proc. Natl. Acad. Sci. USA 1977, 74, 5421.
5. Anderson, N. G. Nature 1979, 278, 122.
6. Anderson, N. L.; Taylor, J.; Scandora, A. E.; Coulter, B. P.; Anderson, N. G. Clin. Chem. 1981, 27, 1807.
7. Anderson, L. Two-dimensional Electrophoresis: Operation of the ISO-DALT System; Large Scale Laboratory Press: Washington, D.C., 1988.
8. Anderson, N. G.; Anderson, N. L. Electrophoresis 1996, 17, 443.
9. Appel, R. D.; Hochstrasser, D. F.; Funk, M.; Vargas, R. J.; Pellegrini, C.; Muller, A. F.; Scherrer, J.-R. Electrophoresis 1991, 12, 722.
10. Appel, R. D.; Bairoch, A.; Sanchez, J.-C.; Vargas, J. R.; Golaz, O.; Pasquali, C.; Hochstrasser, D. F. Electrophoresis 1996, 17, 540.
11. Bartlet-Jones, M.; Jeffery, W. A.; Hansen, H. F.; Pappin, D. J. C. Rapid Commun. Mass Spectrom. 1994, 8, 737.
12. Bauw, G.; Van Damme, J.; Puype, M.; Vandekerckhove, J.; Gesser, B.; Ratz, G. P.; Lauridsen, J. B.; Celis, J. E. Proc. Natl. Acad Sci. USA 1989, 86, 7701.
13. Beavis, R. C.; Chait, B. T. Anal. Chem. 1990, 62, 1836.
14. Biemann, K. Meth. Enzym. 1990, 193, 455.
15. Bjellqvist, B.; Ek, K.; Righetti, P. G.; Ghianazza, E.; Görg, A.; Postel, W.; Westermeier, R. J. Biochem. Biophys. Methods 1982, 6, 317.
16. Bjellqvist, B.; Basse, B.; Olsen, E.; Celis, J. E. Electrophoresis 1994, 15, 529.
17. Blackledge, J. A.; Alexander, A. J. Anal. Chem. 1995, 67, 843.
18. Bössinger, J.; Miller, M. J.; Vo, K. P.; Geisduschek, E. P.; Xuong, N. H. J. Biol. Chem. 1979, 254, 7986.
19. Bravo, R.; Small, J. V.; Fey, S. J.; Mose Larsen, P.; Celis, J. E. J. Mol. Biol. 1982, 159, 121.
20. Brown, R. S.; Lennon, J. J. Anal. Chem. 1995, 67, 1998.
21. Butler, D. Nature 1996, 380, 660.
22. Celis, J. E.; Bravo, R. Trends Biochem. Sci. 1981, 6, 197.
23. Chait, B. T.; Wang, R.; Beavis, R. C.; Kent, S. B. H. Science 1993, 262, 89.
24. Clauser, K. R.; Hall, S. C.; Smith, D. M.; Webb, J. W.; Andrews, L. E.; Tran, H. M.; Epstein, L. B.; Burlingame, A. L. Proc. Natl. Acad. Sci. USA 1995, 92, 5072.
25. Corbett, J. M.; Wheeler, C. H.; Baker, C. S.; Yacoub, M. H.; Dunn, M. J, Electrophoresis 1994, 15, 1459.
26. Cordwell, S. J.; Wilkins, M. R.; Cerpapoljak, A.; Gooley, A. A.; Duncan, M.; Williams, K. L.; Humphery-Smith, I. Electrophoresis 1995, 16, 438.
27. Coull, J. M.; Pappin, D. J. C. J. Prot. Chem. 1990, 9, 259.
28. Damerval, C.; de Vienne, D.; Zivy, M.; Thiellement, H. Electrophoresis 1996, 7, 52.
29. Dayhoff, M. O.; McLaughlin, P. J.; Barker, W. C.; Hunt, L. T. Naturwissenschaften 1975, 62, 154.
30. Deising, H.; Jungblut, P. R.; Mendgen, K. Arch. Microbiol. 1991, 155, 191.
31. Edman, P. Acta. Chem. Scand. 1950, 4, 283.
32. Edman, P.; Begg, G. Eur. J. Biochem. 1967, 1, 80.
33. Eckerskorn, C.; Mewes, W.; Goretzki, H.; Lottspeich, F. Eur. J. Biochem. 1988a, 176, 509.
34. Eckerskorn, C.; Jungblut, P.; Mewes, W.; Klose, J.; Lottspeich, F. Electrophoresis 1988b, 9, 830.
35. Eckerskorn, C.; Lottspeich, F. Chromatographia 1989, 28, 92.
36. Eckerskorn, C.; Strupat, K.; Karas, M.; Hillenkamp, F.; Lottspeich, F. Electrophoresis 1992, 13, 664.
37. Eckerskorn, C.; Grimm, R. Electrophoresis 1996, 17, 899.
38. Eng, J.; McCormack, A. L.; Yates III, J. R. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 1994, 5, 976.
39. Fenn, J. B.; Mann, M.; Meng, C. K.; Wong, S. F.; Whitehouse, C. M. Science 1989, 246, 64.
40. Fleischmann, R. D.; Adams, M. D.; White, O.; Clayton, R. A.; Kirkness, E. F.; Kerlavage, A. R.; Bult, C. J.; Tomb, J.-F.; Dougherty, B. A.; Merrick, J. M.; McKenney, K.; Sutton, G.; Fitzhugh, W.; Fields, C.; Gocayne, J. D.; Scott, J.; Shirley, R.; Liu, L.-L.; Glodek, A.; Kelley, J. M.; Weidman, J. F.; Philips, C. A.; Spriggs, T.; Hedblom, E.; Cotton, M. D.; Utterback, T. R.; Hanna, M. C.; Nguyen, D. T.; Saudek, D. M.; Brandon, R. C.; Fine, L. D.; Fritchman, J. L.; Fuhrmann, J. L.; Geoghagen, N. S. M.; Gnehm, C. L.; McDonald, L. A.; Small, K. V.; Fraser, C. M.; Smith, H. O.; Venter, J. C. Science 1995, 269, 496.
41. Fraser, C. M.; Gocayne, J. D.; White, O.; Adams, M. D.; Clayton, R. A.; Fleischmann, R. D.; Bull, C. J.; Kerlavage, A. R.; Sutton, G.; Kelley, J. M.; Fritchman, J. L.; Weidman, J. F.; Small, K. V.; Sandusky, M.; Fuhrmann, J.; Nguyen, D.; Utterback, T. R.; Saudek, D. M.; Phillips, C. A.; Merrick, J. M.; Tomb, J. F.; Dougherty, B. A.; Bott, K. F.; Hu, P. C.; Lucier, T. S.; Peterson, S. N.; Smith, H. O.; Hutchison, C. A.; Venter, J. C. Science 1995, 270, 397.
42. Gaestel, M.; Schröder, W.; Benndorf, R.; Lippmann, C.; Buchner, K.; Hucho, F.; Erdmann, V. A.; Bielka, H. J. Biol. Chem. 1991, 266, 14721.
43. Garrels, J. I. J. Biol. Chem. 1979, 254, 7961.
44. Garrels, J. I. J. Biol. Chem. 1989, 264, 5269.
45. Gevart, K.; Verschelde, J.-L.; Puype, M.; Van Damme, J.; Goethals, M.; De Boeck, S.; Vandekerckhove, J. Electrophoresis 1996, 77, 918.
46. Görg, A.; Postel, W.; Günther, S. Electrophoresis 1988, 9, 531.
47. Görg, A.; Boguth, G.; Obermaier, C.; Posch, A.; Weiss, W. Electrophoresis 1995, 16, 1079.
48. Goffeau, A.; Barrell, B. G.; Bussey, H.; Davis, R. W.; Dujon, B.; Feldmann, H.; Galibert, F.; Hoheisal, J. D.; Jacq, L.; Johnston, M.; Louis, E. J.; Mewes, H. W.; Murakami, Y.; Philippsen, P.; Tettelin, H.; Oliver, S. B. Science 1996, 274, 546.
49. Goletz, S.; Thiede, B.; Hanisch, F.-G.; Schultz, M.; Peter-Katalinic, J.; Müller, S.; Seitz, O.; Karsten, U. Glycobiology, 1997, 7, 881.
50. Griffin, P. R.; MacCoss, M. J.; Eng, J. K.; Blevins, R. A.; Aaronson, J. S.; Yates III, J. R. Rapid Commun. Mass Spectrom. 1995, 9, 1546.
51. Haebel, S.; Jensen, C.; Andersen, S. O.; Roepstorff, P. Prot. Sci. 1995, 4, 394.
52. Hellmann, U.; Wernstedt, C.; Gonez, J.; Heldin, C.-H. Anal. Biochem. 1995, 224, 451.
53. Henzel, W. J.; Billeci, T. M.; Stults, J. T.; Wong, S. C.; Grimley, C.; Watanabe, C. Proc. Natl. Acad. Sci. USA 1993, 90, 5011.
54. Heukeshoven, J.; Dernick, R. Electrophoresis 1985, 6, 103.
55. Himmelreich, R.; Hubert, H.; Plagens, H.; Pirkl, E.; Li, B. C.; Herrmann, R. Nucl. Acids. Res. 1996, 24, 4420.
56. Houthaeve, T.; Gausepohl, H.; Mann, M.; Ashman, K. FEBS Lett. 1995, 376, 91.
57. Hughes, J.; Mack, K.; Hamparian, V. Anal. Biochem. 1988, 173, 18.
58. Hunt, D. F.; Yates III, J. R.; Shabanowitz, J.; Winston, S.; Hauer, C. R. Proc. Natl. Acad. Sci. USA 1986, 83, 6233.
59. James, P.; Quadroni, M.; Carafoli, E.; Gonnet, G. Biochem. Biophys. Res. Commun. 1993, 195, 58.
60. Jenö, P.; Mini. T.; Moes, S.; Hintermann, E.; Horsz. M. Anal. Biochem. 1995, 224, 75.
61. Jensen, O. N.; Houthaeve, T.; Shevchenko, A.; Cudmore, S.; Ashford, T.; Mann, M.; Griffiths, G.; Krijnse-Locker, J. J. Viral. 1996a, 70, 7485.
62. Jensen, O. N.; Vorm, O.; Mann, M. Electrophoresis 1996b, 17, 938.
63. Jungblut, P.; Prehm, J.; Klose, J. Biol. Chem. Hoppe-Seyler 1987, 367, 439.
64. Jungblut, P.; Seifert, R. J. Biochem. Biophys. Meth. 1990, 21, 47.
65. Jungblut, P.; Dzionara, M.; Klose, J.; Wittmann-Liebold, B. J. Prot. Chem. 1992, 11, 603.
66. Jungblut, P.; Baumeister, H.; Klose, J. Electrophoresis 1993, 14, 638.
67. Jungblut, P.; Otto, A.; Zeindl-Eberhart, E.; Pleißner, K.-P.; Knecht, M.; Regitz-Zagrosek, V.; Fleck, E.; Wittmann-Liebold, B. Electrophoresis 1994, 15, 685.
68. Jungblut, P.; Wittmann-Liebold, B. J. Biotechnol. 1995, 41, 111.
69. Jungblut, P.; Thiede, B.; Zimny-Arndt, U.; Müller, E.-C.; Scheler, C.; Wittmann-Liebold, B.; Otto, A. Electrophoresis 1996, 17, 839.
70. Karas, M.; Hillenkamp, F. Anal. Chem. 1988, 60, 2299.
71. Kaufmann, R.; Spengler, B.; Lützenkirchen, F. Rapid Commun. Mass Spectrom. 1993, 7, 902.
72. Kaufmann, R. J. Biotechnol. 1995, 41, 155.
73. Kaltschmidt, E.; Wittmann, H. G. Anal. Biochem. 1970, 36, 401.
74. Klose, J. Humangenetik 1975, 26, 211.
75. Klose, J.; Kobalz, U. Electrophoresis 1995, 16, 1034.
76. Laemmli, U. K. Nature 1970, 227, 680.
77. Lee, C.; Levin, A.; Branton, D. Anal. Biochem. 1987, 166, 308.
78. Le Maire, M.; Deschamps, S.; Moller, J. V.; Le Caer, J. P.; Rossier, J. Anal. Biochem. 1993, 214, 50.
79. Lemkin, P.; Merril, C.; Lipkin, L.; Van Keuren, M.; Oertel, W.; Shapiro, B.; Wade, M.; Schultz, M.; Smith, E. Computers and Biomedical Res. 1979, 12, 517.
80. Lewin, R. Science 1987, 237, 1570.
81. Liang, X.; Bai, J.; Liu, Y.-H.; Lubman, D. M. Anal. Chem. 1996, 68, 1012.
82. Lübbe, L.; Jungblut, P.; Naundorf, H.; Wunderlich, V. J. Experim. Clin. Cancer Res. 1995, 14, 10.
83. Machold, J.; Utkin, Y.; Kirsch, D.; Kaufmann, R.; Tsetlin, V.; Hucho, F. Proc. Natl. Acad. Sci. USA 1995, 92, 7282.
84. Mann, M.; Hojrup, P.; Roepstorff, P. Biol. Mass Spectrom. 1993, 22, 338.
85. Mann, M.; Wilm, M. Anal. Chem. 1994, 66, 4390.
86. Matsudaira, P. J. Biol. Chem. 1987, 262, 10035.
87. Merril, C. R.; Goldman, D.; Sedman, S. A.; Ebert, M. H. Science 1981, 211, 1437.
88. Moeremans, M.; Daneels, G.; DeRaeymaeker, M.; DeWever. B.; DeMey, J. Electrophoresis 1987, 8, 403.
89. Mortz, E.; Vorm, O.; Mann, M.; Roepstorff, P. Biol. Mass Spectrom. 1994, 23, 249.
90. Müller, E.-C.; Thiede, B.; Zimny-Arndt, U.; Scheler, C.; Prehm, J.; Müller-Werdan, U.; Wittmann-Liebold, B.; Otto, A.; Jungblut, P. Electrophoresis 1996, 77, 1700.
91. Müller-Werdan, U.; Schumann, H.; Fuchs, R.; Reithmann. C.; Loppnow, H.; Koch, S.; Zimny-Arndt, U.; He, C.; Darmer, D.; Jungblut, P.; Stadler, J.; Holtz, J.; Werdan, K. J. Mol. Cell. Cardiol. 1997, to appear.
92. Neuhoff, V.; Arold, N.; Taube, D.; Erhardt, W. Electrophoresis 1988, 9, 255.
93. O'Farrell, P. H. J. Biol. Chem. 1975, 250, 4007.
94. O'Farrell, P. Z.; Goodman, H. M.; O'Farrell, P. H. Cell 1977, 12, 1133.
95. Olson, A. D.; Miller, M. J. Anal. Biochem. 1988, 769, 49.
96. Ogorzalek Loo, R. R.; Stevenson, T. I.; Mitchell, C.; Loo, J. A.; Andrews, P. C. Anal. Chem. 1996, 68, 1919.
97. Ortiz, M. L.; Calero, M.; Fernandez-Patron, C.; Castellanos Serra, L.; Mendez, E. FEBS Lett. 1992, 296, 300.
98. Otto, A.; Benndorf, R.; Wittmann-Liebold, B.; Jungblut, P. J. Prot. Chem. 1994, 13, 478.
99. Otto, A.; Thiede, B.; Müller, E.-C.; Scheler, C.; Wittmann-Liebold, B.; Jungblut, P. Electrophoresis 1996, 77, 1643.
100. Pappin, D.; Hojrup, P.; Bleasby, A. J. Curr. Biol. 1993, 3, 327.
101. Patterson, S. D. Electrophoresis 1995, 16, 1104.
102. Patterson, D. H.; Tarr, G. E.; Regnier, F. E.; Martin, S. A. Anal. Chem. 1995, 67, 3971.
103. Patterson, S. D.; Aebersold, R. Electrophoresis 1995, 76, 1791.
104. Patterson, S. D.; Thomas, D.; Bradshaw, R. A. Electrophoresis 1996, 17, 877.
105. Prehm, J.; Jungblut, P.; Klose, J. Electrophoresis 1987, 8, 562-572.
106. Quadroni, M.; Staudenmann, W.; Kertesz, M.; James, P. Eur. J. Biochem. 1996, 239, 773.
107. Rilbe, H. In Electrofocusing and Isotachophoresis; Radola, B. J.; Graesslin, D., Eds.; Walter de Gruyter: Berlin, New York, 1977, 35.
108. Rasmussen, H. H.; Mortz, E.; Mann, M.; Roepstorff, P.; Celis, J. E. Electrophoresis 1994, 75, 406.
109. Römer, I.; Jungblut, P.; Reik, R.; Otto, A.; Klose, J. Electrophoresis 1995, 76, 823.
110. Roepstorff, P.; Fohlmann, J. Biomed. Mass Spectrom. 1984, 11, 601.
111. Rosenfeld, J.; Capdevielle, J.; Guillemot, J. C.; Ferrara, P. Anal. Biochem. 1992, 203, 173.
112. Sagliocco, F.; Guillemot, J. C.; Monribot, C.; Capdevielle, J.; Perrot, M.; Ferran, E.; Ferrara, P.; Boucherie, H. Yeast 1996, 12, 1519.
113. Salinovich, O.; Montelaro, R. Anal. Biochem. 1986, 156, 341.
114. Sanchez, J.-C.; Ravier, F.; Pasquali, C.; Frutiger, S.; Paquet, N.; Bjellqvist, B.; Hochstrasser, D. F.; Hughes, G. J. Electrophoresis 1992, 13, 715.
115. Sanger, F.; Tuppy, H. Biochem. J. 1953, 49, 463.
116. Schägger, H.; Jagow, G. Anal. Biochem. 1987, 166, 368.
117. Schreiner, M.; Strupat, K.; Lottspeich, F.; Eckerskorn, C. Electrophoresis 1996, 17, 954.
118. Schuette, H.; Kula, M.-R. Enzyme Microb. Technol. 1988, 10, 552.
119. Shaw, G. Proc. Natl. Acad. Sci. USA 1993, 90, 5138.
120. Shevchenko, A.; Jensen, O. N.; Podtelejnikov, A. V.; Sagliocco, F.; Wilm, M.; Vorm, O.; Mortensen, P.; Shevchenko, A.; Boucherie, H.; Mann, M. Proc. Natl. Acad. Sci. USA 1996a, 93, 14440.
121. Shevchenko, A.; Wilm, M.; Vorm, O.; Mann, M. Anal. Chem. 1996b, 68, 850.
122. Sibbald, P. R.; Sommerfeldt, H.; Argos, P. Anal. Biochem. 1991, 198, 330.
123. Spengler, B.; Kirsch, D.; Kaufmann. R. Rapid Commun. Mass Spectrom. 1991, 5, 198.
124. Spengler, B.; Kirsch, D.; Kaufmann, R. J. Phys. Chem. 1992a, 96, 9678.
125. Spengler, B.; Kirsch, D.; Kaufmann, R.; Jäger, E. Rapid Commun. Mass Spectrom. 1992b, 6, 105.
126. Spengler, B.; Kirsch, D.; Kaufmann, R.; Lemoine, J. J. Mass Spectrom. 1995, 30, 782.
127. Strupat, K.; Karas, M.; Hillenkamp, F.; Eckerskorn, C.; Lottspeich, F. Anal. Chem. 1994, 66, 464.
128. Sutton, C. W.; Pemberton, K. S.; Cottrell, J. S.; Corbett, J. M.; Wheeler, C. H.; Dunn, M. J.; Pappin, D. J. Electrophoresis 1995, 16, 308.
129. Thiede, B.; Wittmann-Liebold, B.; Bienert, M.; Krause, E. FEBS Lett. 1995, 357, 65.
130. Thiede, B.; Otto, A.; Zimny-Arndt, U.; Müller, E.-C.; Jungblut, P. Electrophoresis 1996, 17, 588-599.
131. Thiede, B.; Salnikow, J.; Wittmann-Liebold, B. Eur. J. Biochem. 1997, 244, 750.
132. Vandekerckhove, J.; Bauw, G.; Puype, M.; Van Damme, J.; Van Montagu, M. Eur. J. Biochem. 1985, 152, 9.
133. Vestal, M. L.; Juhasz, P.; Martin, S. A. Rapid Commun. Mass Spectrom. 1995, 9, 1044.
134. Vestling, M. M.; Fenselau, C. Anal. Chem. 1994, 66, 471.
135. Vesterberg, H.; Svensson, H. Acta Chem. Scand. 1966, 20, 820.
136. Vincens, P.; Paris, N.; Pujol, J. L.; Gaboriaud, C.; Rabilloud, T.; Pennetier, J. L.; Matherat, P.; Tarroux, P. Electrophoresis 1986, 7, 347.
137. Vincens, P.; Tarroux, P. Int. J. Biochem. 1988, 20, 499.
138. Vorm, O.; Roepstorff, P.; Mann, M. Anal. Chem. 1994, 66, 3281.
139. Wade, N. Science 1981, 211, 33.
140. Wasinger, V. C.; Cordwell, S. J.; Cerpa-Poljak, A.; Yan, J. X.; Gooley, A. A.; Wilkins, M. R.; Duncan, M. W.; Hars, R.; Williams, K. L.; Humphery-Smith, I. Electrophoresis 1995, 16, 1090.
141. Wheeler, C. H.; Berry, S. L.; Wilkins, M. R.; Corbett, J. M.; Ou, K.; Gooley, A. A.; Humphery-Smith, I.; Williams, K. L.; Dunn, M. J. Electrophoresis 1996, 17, 580.
142. Whittal, R. M.; Li, L. Anal. Chem. 1995, 67, 1950.
143. Wilkins, M. R.; Sanchez, J.-C.; Williams, K. L.; Hochstrasser, D. F. Electrophoresis 1996, 17, 830.
144. Wilm, M.; Shevchenko, A.; Houthaeve, T.; Breit, S.; Schweigerer, L.; Fotsis, T.; Mann, M. Nature 1996, 379, 466.
145. Woods, H. A.; Huang, A. Y. C.; Cotter, R. J.; Paternack, G. R.; Pardoll, D. M.; Jaffee, E. M. Anal. Biochem. 1995, 226, 15.
146. Yates, J. R.; Speicher, S.; Griffin, P. R.; Hunkapiller, T. Anal. Biochem. 1993, 214, 397.
147. Yates III, J. R.; Eng, J. K.; McCormack, A. L.; Schieltz, D. Anal. Chem. 1995, 67, 1426.
148. Zeindl-Eberhart, E.; Jungblut, P.; Rabes, R. Electrophoresis 1997, 18, 799.
149. Zhang, W.; Czernik, A. J.; Yungwirth, T.; Aebersold, R.; Chait, B. T. Protein Sci. 1994, 3, 677.