Large scale sequencing and analysis of at rich eukaryote genomes

Current Genomics

Volumn 1, Issue 3, 2000, Pages 289-299

  Glöckner, Gemot ^a  

^a FRITZ LIPMANN INSTITUTE   (Germany)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

EID: 0002279169     PISSN: 13892029     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.2174/1389202003351472     Document Type: Article

References (95)

1. Fields, S.; Kohara, Y. and Lockhart, D. J. (1999) Proc Natl Acad Sei USA, 96(16), 8825-6.
2. Kasha, K. J. (1999) Genome, 42(4), 642-5.
3. Kunst, F.; Ogasawara, N.; Moszer, I.; Albertini, A. M.; Alloni, G.; Azevedo, V.; Bertero, M. G. -Bessieres, P.; Bolotin, A.; Bordiert, S.; Borriss, R. Boursier, L.; Brans, A.; Braun, M.; Brignell, S. C. Bron, S.; Brouillet, S.; Bruschi, C. V.; Caldwell, B. Capuano, V.; Carter, N. M.; Choi, S. K.; Codani, J. J.; Connerton, I. F.; Danchin, A. and et al. (1997) Nature, 390(6657), 249-56.
4. Fraser, C. M.; Gocayne, J. D.; White, O.; Adams, M. D.; Clayton, R. A.; Fleischmann, R. D.; Bult, C. L; Kerlavage, A. R.; Sutton, G.; Kelley, J. M. and et al. (1995) Science, 270(5235), 397-403.
5. Vinogradov, A. E. (1999) J Mol Evol., 49(3), 37684.
6. Botstein, D.; Chervitz, S. A. and Cherry, J. M. (1997) Science, 277(5330), 1259-60.
7. Kitano, H.; Hamahashi, S. and Luke, S. (1998) Artif Life,4(2), 141-156. :
8. Haffter, P. and Nusslein-Volhard, C. (1996) Int J Dev Biol, 40(1), 221-7.
9. Hudson, J. R.; Jr.; Dawson, E. P.; Rushing, K. L. Jackson, C. H.; Lockshon, D.; Conover, D. Lanciault, C.; Harris, J. R.; Simmons, .S. J. Rothstein, R. and Fields, S. (1997) Genome Res., 7(12), 1169-73.
10. Johnston, M. (1996) CM/T. Biol., 6(5), 500-3.
11. Pan, A.; Dutta, C. and Das, J. (1998) Gene., 215(2), 405-13.
12. Lafay, B.; Lloyd, A. T.; McLean, M. J.; Devine, K. M.; Sharp, P. M. and Wolfe, K. H. (1999) Nucleic Acids Res., 27(7), 1642-9.
13. McLean, M. J.; Wolfe, K. H. and Devine, K. M. (1998) J. Mol. Evol, 47(6), 691-6.
14. Clay, O.; Caccio, S.; Zoubak, S.; Mouchiroud, D. and Bemardi, G. (1996) Mol. Phylogenet. Evol., 5(1), 2-12.
15. Mouchiroud, D.; Fichant, G. and Bernardi, G. (1987) J. Mol. Evol., 26(3), 198-204.
16. Bernardi, G. (1993) Mol. Biol. Evol., 10(1), 186204.
17. Robinson, M.; Gautier, C. and Mouchiroud, D. (1997) Mol. Biol. Evol., 14(8), 823-8.
18. Sabeur, G.; Macaya, G.; Kadi, F. and Bemardi, G. (1993) J. Mol. Evol., 37(2), 93-108.
19. Saccone, S.; Caccio, S.; Kusuda, J.; Andreozzi, L. and Bernardi, G. (1996) Gene., 174(1), 85-94.
20. Cross, S.; Kovarik, P.; Schmidtke, J. and Bird, A. (1991) Nucleic Acids Res., 19(7), 1469-74.
21. Moreau, J.; Kejzlarova-Lepesant, J.; Brock, H.; Lepesant, J. A. and Scherrer, K. (1985) Mol. Gen. Genet., 199(3), 357-64.
22. Sueoka, N. (1993) J. Mol. Evol., 37(2) 137-53.
23. Winkler, H. H. and Wood, D. O. (1988) Biochimie, 70(8), 977-86.
24. Nakamura, Y.; Gojobori, T. and Ikemura, T. (1999) Nucleic Acids Res., 27(1), 292.
25. Karlin, S. (1998) Curr. Opin. MicrobioL, 1(5), 598610.
26. Karlin, S.; Campbell, A. M. and Mrazek, J. (1998) Anna. Rev. Genet., 32, 185-225.
27. Fraser, C. M.; Casjens, S.; Huang, W. M.; Sutton, G. G.; Clayton, R.; Lathigra, R.; White, O.; Ketchum, K. A.; Dodson, R.; Hickey, E. K.; Gwinn, M.; Dougherty, B.; Tomb, J. F.; Fleischmann, R. D.; Richardson, D.; Peterson, J.; Kerlavage, A. R.; Quackenbush, J.; Salzberg, S.; Hanson, M.; van Vugt, R.; Palmer, N.; Adams, M. D.; Gocayne, J.; Venter, J. C. and et al. (1997) Nature, 390(6660), 580-6.
28. Fraser, C. M.; Norris, S. J.; Weinstock, G. M. White, O.; Sutton, G. G.; Dodson, R.; Gwinn, M. Hickey, E. K.; Clayton, R.; Ketchum, K. A. Sodergren, E.; Hardham, J. M.; McLeod, M. P. Salzberg, S.; Peterson, J.; Khalak, H.; Richardson D.; Howell, J. K.; Chidambaram, M.; Utterback, T. McDonald, L.; Artiach, P.; Bowman, C.; Cotton, M. D.; Venter, J. C. and et al. (1998) Science, 281(5375), 375-88.
29. Merchant, S.; Hill, K.; Kim, J. H.; Thompson, J.; Zaitlin, D. and Bogorad, L. (1990) J. Biol. Chem., 265(21), 12372-9.
30. Wilson, R. K. (1999) Trends Genet., 15(2), 51-8.
31. Lang-Unnasch, N.; Reith, M. E.; Munholland, J. and Barta, J. R. (1998) Int. J. Parasitai, 28(11), 174354.
32. Blanchard, J. L. and Hicks, J. S. (1999) J. Eitkaryot. Microbiol.,46(4), 367-75.
33. Arnot, D. E. and Gull, K. (1998) Ann. Trop. Med. Parasitai., 92(4), 361-5.
34. Nussenzweig, R. S. and Long, C. A. (1994) Science, 265(5177), 1381-3.
35. Serrano, A. E.; Robinson, B. L.; Peters, W. and Trujillo-Nevarez, K. (1999) Exp. Parasitai., 91(1), 93-6.
36. Chen, N. and Cheng, Q. (1999) Int. J. Parasitai., 29(3), 445-9.
37. Carlton, J. M.; Vinkenoog, R.; Waters, A. P. and Walliker, D. (1998) Mol. Biochem. Parasitai., 93(2), 285-94.
38. Walker-Jonah, A.; Dolan, S. A.; Gwadz, R. W.; Panton, L. J. and Wellems, T. E. (1992) Mol. Biochem. Parasitai., 51(2), 313-20.
39. Feagin, J. E. (1992) Mol. Biochem. Parasitai, 52(1), 145-8.
40. Feagin, J. E.; Werner, E.; Gardner, M. J.; Williamson, D. H. and Wilson, R. J. (1992) Nucleic Acids Res., 20(4), 879-87.
41. Wilson, R. J.; Denny, P. W.; Preiser, P. R.; Rangachari, K.; Roberts, K.; Roy, A.; Whyte, A.; Strath, M.; Moore, D. L; Moore, P. W. and Williamson, D. H. (1996) J. Mol. Biol., 261(2), 155-72.
42. Baldauf, S. L. and Doolittle, W. F. (1997) Proc. N all. Acad. Sei., USA, 94(22), 12007-12.
43. Kay, R. R. (1994) Curr. Opin. Genet. Dev., 4(5), 637-41.
44. Parent, C. A. and Devreotes, P. N. (1996) Annu. Rev. Biochem., 65, 411-40.
45. Kessin, R. H.; Gundersen, G. G.; Zaydfudim, V. and Crimson, M. (1996) Proc. Natl. Acad. Sei. USA, 93(10), 4857-61.
46. Loomis, W. F. and Smith, D. W. (1995) Experientia., 51(12), 1110-5.
47. Parish, R. W.; Banz, E. and Ness, P. J. (1986) Nucleic Acids Res., 14(5), 2089-107.
48. Winckler, T. (1998) Cell. Mol. Life. Sei., 54(5), 383-93.
49. Szafranski, K.; Glöckner, G.; . Dingermann, T.; Noegel, A. A.; Eichinger, L.; Rosenthal, A. and Winckler, T. (1999) Mol. Gen. Genet., (in press).
50. Hernandez-Rivas, R. and Scherf, A. (1997) Mem Inst Oswaldo Cruz, 92(6), 815-9.
51. Cox, E. C.; Vocke, C. D.; Walter, S.; Gregg, K. Y. and Bain, E. S. (1990) Proc. Natl. Acad. Sei. USA, 87(21), 8247-51.
52. Rothman, F. G. and Alexander, E. T. (1975) Genetics, 80(4), 715-31.
53. Welker, D. L. and Williams, K. L. (1982) Genetics, 102(4), 691-710.
54. Kuspa, A. and Loomis, W. F. (1994) Genetics, 138(3), 665-74.
55. Dear, P. H. and Cook, P. R. (1993) Nucleic Acids Res., 21(1), 13-20.
56. Dame, J. B.; Arnot, D. E.; Bourke, P. F. Chakrabarti, D.; Christodoulou, Z.; Coppel, R. L. Cowman, A. F.; Craig, A. G.; Fischer, K.; Foster J.; Goodman, N.; Hinterberg, K.; Holder, A. A. Holt, D. C.; Kemp, D. J.; Lanzer, M-'. Lim, A. Newbold, C. L; Ravetch, J. V.; Reddy, G. R.; Rubio J.; Schuster, S. M.; Su, X. Z.; Thompson, J. K. Werner, E. B. and et al. (1996) Mol. Biochem. Parasitai., 79(1), 1-12.
57. Su, X. and Wellems, T. E. (1996) Genomics, 33(3), 430-44.
58. Su, X. Z. and Wellems, T. E. (1999) Exp. Parasitai., 91(4), 367-9.
59. Su, X.; Ferdig, M. T.; Huang, Y.; Huynh, C. Q.; Liu, A.; You, J.; Wootton, J. C. and Wellems, T. E. (1999) Science, 286(5443), 1351-3.
60. Triglia, T. and Kemp, D. J. (1991) Mol. Biochem. Parasitai, 44(2), 207-11.
61. Rubio, J. P.; Triglia, T.; Kemp, D. J.; de Bruin, D.; Ravetch, J. V. and Cowman, A. F. (1995) Genomics, 26(2), 192-8.
62. Kuspa, A.; Maghakian, D.; Bergesch, P. and Loomis, W. F. (1992) Genomics, 13(1), 49-61.
63. Kuspa, A. and Loomis, W. F. (1996) Proc. Natl. Acad. Sei. USA, 93(11), 5562-6.
64. Fleischmann, R. D.; Adams, M. D.; White, O.; Clayton, R. A.; Kirkness, E. F.; Kerlavage, A. R.; Bult, C. J.; Tomb, J. F.; Dougherty, B. A.; Merrick, J. M. and et al. (1995) Science, 269(5223), 496-512.
65. Klenk, H. P.; Clayton, R. A.; Tomb, J. F.; White O.; Nelson, K. E.; Ketchum, K. A.; Dodson, R. J. Gwinn, M.; Hickey, E. K.; Peterson, J. D. Richardson, D. L.; Kerlavage, A. R.; Graham, D. E. Kyrpides, N. C.; Fleischmann, R. D.; Quackenbush J.; Lee, N. H.; Sutton, G. G.; Gill, S.; Kirkness, E F.; Dougherty, B. A.; McKenney, K.; Adams, M. D. Loftus, B.; Venter, J. C. and et al. (1997) Nature, 390(6658), 364-70.
66. Little, P. (1999) Nature, 402, 468.
67. Lawson, D. (1999) Parasitology, 118 Suppl, S15-8. -
68. Bowman, S.; Lawson, D.; Basham, D.; Brown, D. Chillingworth, T.; Churcher, C. M.; Craig, A. Davies, R. M.;.Devlin, K.; Feltwell, T.; Gentles, S. Gwilliam, R.; Hamlin, N.; Harris, D.; Holroyd, S. Hornsby, T.; Horrocks, P.; Jagels, K.; Jassal, B. Kyes, S.; McLean, J.; Moule, S.; Mungall, K. Murphy, L.; Barrell, B. G. and et al. (1999) Nature, 400(6744), 532-8.
69. Camargo, A. A.; Fischer, K.; Lanzer, M. and del Portillo, H. A. (1997) Genomics, 42(3), 467-73.
70. Bandi, C.; Anderson, T. J.; Genchi, C. and Blaxter, M. L. (1998) Proc. R. Soc. Loud. B. Biol. Sei., 265(1413), 2407-13.
71. Ash, C. (1999) Trends Microbiol, 7(1), 10-2.
72. Devine, S. E. and Boeke, J. D. (1994) Nucleic Acids Res., 22(18), 3765-72.
73. Devine, S. E.; Chissoe, S. L.; Eby, Y.; Wilson, R. K. and Boeke, J. D. (1997) Genome Res., 7(5), 55163.
74. Anantharaman, T. S.; Mishra, B. and Schwanz, D. C. (1997) J. Comput. Biol., 4(2), 91-118.
75. Jing, J.; Lai, Z.; Aston, C.; Lin, J.; Carucci, D. J.; Gardner, M. J.; Mishra, B.; Anantharaman, T. S.; Tettelin, H.; Cummings, L. M.; Huffman, S. L.; Venter, J. C. and Schwanz, D. C. (1999) Genome Res., 9(2), 175-81.
76. Jing, J.; Reed, J.; Huang, J.; Hu, X.; Clarke, V.; Edington, J.; Housman, D.; Anantharaman, T. S.; Huff, E. J.; Mishra, B.; Porter, B.; Shenker, A.; Wolfson, E.; Hiort, C.; Kantor, R.; Aston, C. and Schwartz, D. C. (1998) Proc. Natl. Acad. Sei. USA, 95(14), 8046-51.
77. Lin, J.; Qi, R.; Aston, C.; Jing, J.; Anantharaman, T. S.; Mishra, B.; White, O.; Daly, M. J.; Minton, K. W.; Venter, J. C. and Schwartz, D. C. (1999) Science, 285(5433), 1558-62.
78. Triglia, T.; Peterson, M. G. and Kemp, D. J. (1988) Nucleic Acids Res., 16(16), 8186.
79. Foster, J. M.; Christodoulou, Z.; Cowan, G. M. and Newbold, C. I. (1999) Biotechniques, 27(2), 240, 244, 246.
80. Marx, K. A.; Hess, S. T. and Blake, R. D. (1994) J. Biomol. Struct. Dyn., 12(1), 235-46.
81. Wuitschick, J. D. and Karrer, K. M. (1999) J. Eiikaryot. Microbiol, 46(3), 239-47.
82. Sumiyama, K.; Washio-Watanabe, K.; Saitou, N.; Hayakawa, T. and Ueda, S. (1996) J. Mol. EvoL, 43(3), 170-8.
83. Marx, K. A.; Assil, I. Q.; Bizzaro, J. W. and Blake, R. D. (1998) J. Biomol. Struct. Dyn., 16(2), 32939.
84. Blake, R. D.; Bizzaro, J. W.; Blake, J. D.; Day, G. R.; Delcourt, S. G.; Knowles, J.; Marx, K. A. and SantaLucia, J.; Jr. (1999) Bioinformatics, 15(5), 370-5.
85. Frontali, C. and Pizzi, E. (1999) Gene, 232(1), 8795.
86. McCutchan, T. F.; Hansen, J. L.; Dame, J. B. and Mullins, J. A. (1984) Science, 225(4662), 625-8.
87. Uberbacher, E. C.; Xu, Y. and Mural, R. J. (1996) Methods Enzymol.,266, 259-81.
88. Bürge, C. and Karlin, S. (1997) J. Mol. Biol, 268(1), 78-94.
89. Adams, M. D.; Kelley, J. M.; Gocayne, J. D.; Dubnick, M.; Polymeropoulos, M. H.; Xiao, H.; Merril, C. R.; Wu, A.; Olde, B.; Moreno, R. F. and et al. (1991) Science, 252(5013), 1651-6.
90. Morio, T.; Urushihara, H.; Saito, T.; Ugawa, Y.; Mizuno, H.; Yoshida, M.; Yoshino, R.; Mitra, B. N.; Pi, M.; Sato, T.; Takemoto, K.; Yasukawa, H.; Williams, J.; Maeda, M.; Takeuchi, I.; Ochiai,-H. and Tanaka, Y. (1998) DNA Res., 5(6), 335-40.
91. Wellems, T. E.; Su, X. Z.; Ferdig, M. and Fidock, D. A. (1999) Curr. Opin. Microbiol., 2(4), 415-9.
92. Walliker, D.; Quakyi, I. A.; Wellems, T. E.; McCutchan, T. F.; Szarfman, A.; London, W. T.; Corcoran, L. M.; Burkot, T. R. and Carter, R. (1987) Science, 236(4809), 1661-6.
93. Gardner, M. L; Tettelin, H.; Carucci, D. J.; Cummings, L. M.; Aravind, L.; Koonin, E. V.; Shallom, S.; Mason, T.; Yu, K.; Fujii, C.; Pederson, J.; Shen, K.; Jing, J.; Aston, C.; Lai, Z.; Schwartz, D. C.; Pertea, M.; Salzberg, S.; Zhou, L.; Sutton, G. G.; Clayton, R.; White, O.; Smith, H. O.; Fraser, C. M.; Hoffman, S. L. and et al. (1998) Science, 282(5391), 1126-32.
94. Kellerman, K. A. and McNally, J. G. (1999) Dev Biol., 208(2), 416-29.
95. Rothstein, N.; Stoller, T. J. and Rajan, T. V. (1988) . Parasitology, 97(Pt 1), 75-9.