Mismatched Base Pairing in RNA Crystal Structures

International Journal of Quantum Chemistry

Volumn 75, Issue 3, 1999, Pages 275-287

  Pan, Baocheng ^a   Sundaralingam, Muttaiya ^a  

^a OHIO STATE UNIVERSITY   (United States)

Author keywords

Base pairings; Crystal structures; Helical geometry; Hydration; Mismatches; RNA

Indexed keywords

EID: 0000872431     PISSN: 00207608     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1002/(SICI)1097-461X(1999)75:3<275::AID-QUA17>3.0.CO;2-J     Document Type: Article

References (73)

1. Modrich, P. Ann Rev Biochem 1987, 56, 435.
2. Pearl, L. H.; Savva, R. TIBS 1995, 20, 421.
3. Varani, G.; Wimberly, B.; Tinoco, Jr., I. Biochemistry 1989, 28, 7760.
4. Wimberly, B.; Varani, G.; Tinoco, Jr., I. Biochemistry 1993, 32, 1078.
5. McMullen, D. W.; Jaskunas, S. R.; Tinoco, Jr., I. Biopolymers 1967, 5, 589.
6. Wyatt, J. R.; Tinoco, Jr., I. The RNA World; Cold Spring Harbor Laboratory: New York, 1993.
7. Gutell, R. R. Ribosomal RNA; Structure, Evolution, Processing, and Function Protein Biosynthesis; CRC Press: Boca Raton, FL, 1995.
8. Olsen, H. S.; Nelbrock, P.; Cochrane, A. W.; Rosen, C. A. Science 1990, 247, 845.
9. Theil, E. C. Biochem J 1994, 304, 1.
10. Gabriel, K.; Schneider, J.; McClain, W. H. Science 1996, 271, 195.
11. Kim, S.-H.; Suddath, F. L.; Quigley, G. J.; McPherson, A.; Sussman, J. L.; Wang, A. H.; Seeman, N. C.; Rich, A. Science 1974, 185, 435.
12. Schimmel, P. R.; Söil, D.; Abelson, J. N. Transfer RNA: Structure, Properties and Recognition; Cold Spring Harbor Laboratory: New York, 1979.
13. Pley, H. W.; Flaherty, K. M.; McKay, D. B. Nature 1994, 372, 68-74.
14. Scott, W. G.; Finch, J. T.; Klug, A. Cell 1995, 81, 991.
15. Cate, J. H.; Gooding, A. R.; Podell, E.; Zhou, K.; Golden, B. L.; Kundrot, C. E.; Cech, T. R.; Doudna, J. A. Science 1996, 273, 1678.
16. Golden, B. L.; Gooding, A. R.; Podell, E. R.; Cech, T. R. Science 1998, 282, 259.
17. Correl, C. C.; Freeborn, B.; Moore, P. B.; Steitz, T. A. Cell 1997, 91, 705.
18. Perbandt, M.; Nolte, A.; Lorenz, S.; Bald, R.; Betzel, C.; Erdmann, V. A. FEBS Lett 1998, 429, 211.
19. Biswas, R.; Mitra, S. N.; Sundaralingam, M. Acta Cryst 1998, D54, 570.
20. Wahl, M. G.; Ban, C.; Sekharudu, C.; Ramakrishnan, B.; Sundaralingam, M. Acta Cryst 1996, D52, 655.
21. Portmann, S.; Usman, N.; Egli, M. Biochemistry 1995, 34, 7569.
22. Schindelin, H.; Zhang, M.; Bald, R.; Fürste, J.-P.; Erdmann, V. A.; Heinemann, U. J Mol Biol 1995, 249, 595.
23. Dock-Bregeon, A. C.; Chevrier, B.; Podjarny, A.; Johnson, J.; De Bear, J. S.; Gough, G. R.; Gilham, P. T.; Moras, D. J Mol Biol 1989, 209, 459.
24. Wahl, M. C.; Rao, S. T.; Sundaralingam, M. Natl Struc Biol 1996, 3, 24.
25. Biswas, R.; Wahl, M. C.; Ban, C.; Sundaralingam, M. J Mol Biol 1997, 267, 1149.
26. Biswas, R.; Sundaralingam, M. J Mol Biol 1997, 270, 511-519.
27. Carter, R. J.; Baeyens, K.; SantaLucia, J.; Turner, D.; Holbrook, S. R. Nucleic Acids Res 1997, 25, 4117.
28. Jang, S. B.; Huang, L.-W.; Chi, Y.-L; Holbrook, E. L.; Carter, R. J.; Holbrook, S. R. Biochemistry 1998, 37, 11726.
29. Pan, B.; Mitra, S. N.; Sun, L.; Hart, D.; Sundaralingam, M. Nucleic Acids Res 1998, 26, 5699.
30. Cruse, W. B. T.; Saludjian, P.; Biala, E.; Strazewski, P.; Prange, T.; Kennard, O. Proc Natl Acad Sci USA 1994, 91, 4160.
31. Shi, K.; Markus, M.; Sundaralingam, M. Nucleic Acids Res 1999, 27, 2196.
32. Holbrook, S. R.; Cheong, C.; Tinoco, Jr., I.; Kim, S.-H. Nature 1991, 353, 579.
33. Betzel, C.; Lorenz, S.; Fürste, J. P.; Bald, R.; Zhang, M.; Schneider, T. R.; Wilson, K. S.; Erdmann, V. A. FEBS Lett 1994, 351, 159.
34. Leonard, G. A.; McAuley-Hecht, K. E.; Ebel, S.; Lough, D. M.; Brown, T.; Hunter, W. N. Structure 1994, 2, 483.
35. Baeyens, K. J.; De Bondt, H. L.; Holbrook, S. R. Natl Struct Biol 1995, 2, 56.
36. Lietzke, S. E.; Barnes, C. L.; Berglund, J. A.; Kundrot, C. E. Structure 1996, 4, 917.
37. Baeyens, K. J.; De Bondt, H. L.; Pardi, A.; Holbrook, S. R. Proc. Natl Acad Sci USA 1996, 93, 12851.
38. Eswaramoorthy, S.; Rao, S. T.; Sundaralingam, M. Acta Cryst D, to appear.
39. Pan, B.; Mitra, S. N.; Sundaralingam, M. J Mol Biol 1998, 283, 977.
40. Pan, B.; Mitra, S. N.; Sundaralingam, M. Biochemistry 1999, 38, 2826.
41. Sundaralingam, M. Int J Quant Chem 1977, 4, 11.
42. Holbrook, S. R.; Kim, S.-H. Biopolymers 1997, 44, 3.
43. Brown, T.; Hunter, W. N. Biopolymers 1997, 44, 91.
44. Strobel, S. A.; Doudna, J. A. TIBS 1997, 22, 262-266.
45. Conn, G. L.; Draper, D. E. Current Opinion Struct Biol 1998, 8, 278.
46. Crick, F. H. J Mol Biol 1966, 19, 548.
47. Donohue, J.; Trueblood, K. N. J Mol Biol 1960, 2, 363.
48. Saenger, W. Principles of Nucleic Acid Structure; Springer-Verlag: New York, 1984.
49. Wahl, M. C.; Sundaralingam, M. TIBS 1997, 22, 97.
50. Mizuno, H.; Sundaralingam, M. Nucl Acids Res 1978, 11, 4451.
51. Gautheret, D.; Konings, D.; Gutell, R. R. RNA 1996, 1, 807.
52. Limbach, P. A.; Crain, P. F.; McCloskey, J. A. Nucl Acids Res 1994, 22, 2183.
53. Sprinzl, M.; Steegborn, C.; Hubel, F.; Steinberg, S. Nucl Acids Res 1996, 24, 68.
54. Bass, B. L.; Weintraub, H. Cell 1988, 55, 1089.
55. Wagner, R. W.; Smith, J. E.; Cooperman, B. S.; Nishikura, K. Proc Natl Acad Sci USA 1989, 86, 2647.
56. Melcher, T.; Mass, S.; Higushi, M.; Keller, W.; Seeburg, P. H. J Biol Chem 1995, 270, 8566.
57. Yang, J.; Sklar, P.; Axel, R.; Manlatis, T. Nature 1995, 374, 77.
58. Rueter, S. M.; Burns, C. M.; Coode, S. A.; Mookherjee, P.; Emerson, R. B. Science 1995, 267, 1491.
59. Melcher, T.; Mass, S.; Herb, A.; Sprengel, R.; Seeburg, P. H.; Higuchi, M. Nature 1996, 379, 460.
60. Ecker, A.; ter Meulen, V.; Baczko, K.; Schneider-Schaulies, S. J Neurovirol 1995, 1, 92.
61. Horikami, S. M.; Moyer, S. A. Virus Res 1995, 36, 87.
62. Polson, A. G.; Bass, L.; Casey, L. C. Nature 1996, 380, 454.
63. Sharmeen, L.; Bass, B.; Sonenberg, N.; Weintraub, H.; Groudine, M. Proc Natl Acad Sci USA 1991, 88, 8096.
64. Auxilien, S.; Crain, P. F.; Trewyn, R. W.; Grosjean, H. J Mol Biol 1996, 262, 437.
65. Gautheret, D.; Konings, D.; Gutell, R. R. J Mol Biol 1994, 242, 1.
66. Lavery, R.; Sklenar, H. J Biomol Struct Dyn 1989, 4, 655-667.
67. Seeman, N. C.; Rosenberg, J. M.; Rich, A. Proc Natl Acad Sci USA 1976, 73, 804.
68. Ruff, M.; Krishnaswamy, M.; Boeglin, M.; Poterszman, A.; Mitschler, A.; Podjarny, A.; Rees, B.; Thierry, J. C.; Moras, D. Science 1991, 252, 1682.
69. Weeks, K. M.; Crothers, D. M. Cell 1991, 66, 577.
70. Weeks, K. M.; Crothers, D. M. Science 1993, 261, 1574.
71. Puglisi, J. D.; Tan, R.; Calnan, B. J.; Frankel, A. D.; Williamson, J. R. Science 1992, 257, 76.
72. Puglisi, J. D.; Chen, L.; Blanchard, S.; Frankel, A. D. Science 1995, 270, 1200.
73. Battiste, J. L.; Mao, H.; Rao, N. S.; Tan, R.; Muhandiram, D. R.; Kay, L. E.; Frankel, A. D.; Williamson, J. R. Science 1996, 273, 1547.