RNA crystallography

Biopolymers

Volumn 44, Issue 1, 1997, Pages 3-21

  Holbrook, Stephen R ^a   Kim, Sung Hou ^a  

^a LAWRENCE BERKELEY NATIONAL LABORATORY   (United States)

Author keywords

Catalytic RNA; Crystal structure; Internal loop; Review; Ribozyme; RNA; Transfer RNA; X ray crystallography

Indexed keywords

CRYSTAL STRUCTURE; CRYSTALLIZATION; X RAY CRYSTALLOGRAPHY;

INTERNAL LOOP; RIBOZYME;

RNA;

FUNGAL RNA; METAL; OLIGOMER; PHENYLALANINE TRANSFER RNA; RIBOZYME; RNA; TRANSFER RNA; WATER;

ARTICLE; BASE PAIRING; CRYSTAL STRUCTURE; DNA RNA HYBRIDIZATION; NONHUMAN; PROTEIN RNA BINDING; RNA BINDING; RNA PROCESSING; RNA STRUCTURE; X RAY CRYSTALLOGRAPHY;

BASE SEQUENCE; CRYSTALLOGRAPHY, X-RAY; MODELS, MOLECULAR; MOLECULAR STRUCTURE; NUCLEIC ACID CONFORMATION; RNA;

EID: 0031431078     PISSN: 00063525     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1002/(sici)1097-0282(1997)44:1<3::aid-bip2>3.0.co;2-z     Document Type: Article

References (100)

1. Kim, S.-H. & Rich, A. (1968) Science 162, 1381-1384.
2. Kim, S.-H., Quigley, G., Suddath, F. L. & Rich, A. (1971) Proc. Natl Acad. Sci. USA 68, 841-845.
3. Kim, S.-H., Suddath, F. L., Quigley, G. J., McPherson, A., Sussman, J. L., Wang, A. H., Seeman, N. C. & Rich, A. (1974) Science 185, 435-440.
4. Robertus, J. D., Ladner, J. E., Finch, J. T., Rhodes, D., Brown, R. S., Clark, B. F. & Klug, A. (1974) Nature 250, 546-551.
5. Stout, C. D., Mizuno, H., Rubin, J., Brennan, T., Rao, S. T. & Sundaralingam, M. (1976) Nucleic Acids Res. 3, 1111-1123.
6. Holbrook, S. R., Sussman, J. L., Warrant, R. W. & Kim, S.-H. (1978) J. Mol. Biol. 123, 631-660.
7. Wahl, M. C., Ramakrishnan, B., Ban, C., Chen, X. & Sundaralingam, M. (1996) Acta Cryst. D52, 668-675.
8. Wyatt, J. R., Chastain, M. & Puglisi, J. D. (1991) BioTechniques 11, 764-769.
9. Usman, N., EgIi, M. & Rich, A. (1992) Nucleic Acid Res. 20, 6695-6699.
10. Kim, R., Holbrook, E. L., Jancarik, J. & Kim, S.-H. (1995) BioTechniques 18, 992-994.
11. Milligan, J., Groebe, D. R., Witherell, G. W. & Uhlenbeck, O. C. (1987) Nucleic Acids Res. 15, 8783-8798.
12. Moroney, S. E. & Piccirilli, J. A. (1991) Biochemistry 30, 10343-10349.
13. Ferre-D'Amare, A. R. & Doudna, J. A. (1996) Nucleic Acids Res. 24, 977-978.
14. Price, S. R., Ito, N., Oubridge, C., Avis, J. M. & Nagai, K. (1995) J. Mol. Biol. 249, 398-408.
15. Anderson, A.C., Scaringe, S.A., Earp, B. E. & Frederick, C. A. (1996) RNA 2, 110-117.
16. Holbrook, S. R. & Kim, S.-H. (1985) Methods Enzymol, 114 (Part A), 167-176.
17. Wang, H.-J. & Gao, Y.-G. (1990) Methods 1, 91-99.
18. Ducruix, A. & Geige, R. (1992) in The Practical Approach Series, Rickwood, D. & Hames, B. D., Eds., IRL Press at Oxford University Press, New York.
19. Baeyens, K.J., Jancarik, J. & Holbrook, S. R. (1994) Acta Cryst. D50, 764-767.
20. Doudna, J. A., Grosshans, C., Gooding, A. & Kundrot, C. E. (1993) Proc. Natl. Acad. Sci. USA 90, 7829-7833.
21. Scott, W. G., Finch, J. T., Grenfell, R., Fogg. J., Smith, T., Gait, M. J. & Klug, A. (1995) J. Mol. Biol 250, 327-332.
22. Berger, I., Kang, C., Sinha, N., Wolters, M. & Rich, A. (1996) Acta Cryst. D52, 465-468.
23. Jancarik, J. & Kim, S.-H. (1991) J. Appl. Cryst. 24, 409-411.
24. Hope, H. (1988) Acta Cryst. B44, 22-26.
25. Rodgers, D. W. (1994) Structure 2, 1135-1140.
26. Hendrickson, W. A. (1991) Science 254, 51-58.
27. Sussman, J. L., Holbrook, S. R., Church, G. M. & Kim, S.-H. (1977) Acta Crystall. A33, 800-804.
28. Westhof, E., Dumas, P. & Moras, D. (1985) J. Mol. Biol 184, 119-145.
29. Brunger, A. T. (1992) X-PLOR (Version 3.1): A System for X-ray Crystallography and NMR, Yale University Press, New Haven, CT.
30. Parkinson, G., Vojtechovsky, J., Clowney, L., Brunger, A. T. & Berman, H. M. (1996) Acta Cryst. D52, 57-64.
31. Rosenberg, J. M., Seeman, N. C., Day, R. O. & Rich, A. (1976) J. Mol. Biol. 104, 145-167.
32. Hingerty, B., Subramanian, E., Stellman, S. D., Sato, T., Broyde, S. B. & Langridge, R. (1916) Acta Crystall. B32, 2998-3013.
33. Aggarwal, A., Islam, S. A., Kuroda, R., Sanderson, M. R., Neidle, S. & Berman, H. M. (1983) Acta Crystall. B39, 98-104.
34. Seeman, N. C., Rosenberg, J. M., Suddath, F. L., Kim, J. J. P. & Rich, A. (1976) J. Mol. Biol. 104, 109-144.
35. Nakamura, Y., Fujii, S., Urata, H., Uesugi, S., Ikehara, M. & Tomita, K. (1985) Nucl. Acids Res. Symp. Ser. 16, 29-32.
36. Dock-Bregeon, A. C., Chevrier. B., Podjarny, A., Moras, D., deBear, J. S., Gough, G. R., Gilham, P. T. & Johnson, J. E. (1988) Nature 335, 375-378.
37. Dock-Bregeon, A.C., Chevrier, B., Podjamy, A., Johnson, J., de Bear, J. S., Gough, G. R., Gilham, P. T. & Moras, D. (1989) J. Mol. Biol. 209, 459-474.
38. Wahl, M. C., Ban, C., Sekharudu, C., Ramakrishnan, B. & Sundaralingam, M. (1996) Acta Cryst. D52, 655-667.
39. Arnott, S., Hukins, D. W. L. & Dover, S. D. (1972) Biochem. Biophys. Res. Commun. 48, 1392-1399.
40. Portmann, S., Usman, N. & EgIi, M. (1995) Bio. chemistry 32, 3583-3595.
41. Haran, T. E., Shakked, Z., Wang, A. H. & Rich, A. (1987) J. Biomol. Struct. Dynam. 5, 199-217.
42. Schindelin, H., Zhang, M., Bald, R., Purste, J.-P., Erdmann, V. A. & Heinemann, U. (1995) J. Mol. Biol. 249, 595-603.
43. Betzel, C., Lorenz, S., Purste, S., Bald, J. P., Zhang, M., Schneider, T. R., Wilson, K. S. & Erdmann, V. A. (1994) FEBS Lett. 351, 159-164.
44. Nolte. A., S., K., S., L., R., B., C., B., Z., D., K., W., Furste, J. P. & Erdmann, V. A. (1995) FEBS Lett. 374, 292-294.
45. Ott. G., Dorfler, S., Sprinzl, M., Muller, U. & Heinemann, U. (1996) Acta Cryst. D52, 871-873.
46. Sussman, J. L., Seeman, N. C., Kim, S.-H. & Berman, H. (1972) J. Mol Biol 66, 403-421.
47. Suck, D., Manor, P. C. & Saenger, W. (1976) Acta Cryst. B32, 1727-1737.
48. Wahl, M. C., Sambhorao, T. R. & Sundaralingam, M. (1996) Nature Struct. Biol. 3, 24-31.
49. Olsen, H. S., Nelbrock, P., Cochrane, A. W. & Rosen, C. A. (1990) Science 247, 845-848.
50. Theil, E. C. (1994) Biochem. J. 304, l-11.
51. Holbrook, S. R., Cheong, C., Tinoco, I., Jr. & Kim, S.-H. (1991) Nature 353, 579-581.
52. Cruse, W. B. T., Saludijan, P., Biala, E., Strazewski, P., Prange, T. & Kennard, O. (1994) Proc. Natl. Acad. Sci. USA 91, 4160-4164.
53. Fujii, S., Tanaka, Y., Uesugi, S., Tanaka, T., Sakata, T. & Hiroaki, H. (1992) Nucleic Acids Symp. Ser. 27, 63-64.
54. Baeyens, K. J., DeBondt, H. L. & Holbrook, S. R. (1995) Nature Struct. Biol. 2, 56-62.
55. Lietzke, S. E., Barnes, C. L., Berglund, J. A. & Kundrot, C. E. (1996) Structure 4, 917-930.
56. Baeyens, K. J., De Bondt, H., Pardi, A. & Holbrook, S. R. (1996) Proc. Natl. Acad Sci. USA 93.
57. Leonard, G. A., McAuley-Hecht, K. E., Ebel, S., Lough, D. M., Brown, T. & Hunter, W. N. (1994) Curr. Biol. 2, 483-494.
58. Wang, A. H.-J., Fujii, S., van Boom, J. H., van der Marel, G. A., van Boeckel, S. A. A. & Rich, A. (1982) Nature 299, 601-604.
59. Egli, M., Usman, N., Zhang, S. G. & Rich, A. (1992) Proc. Natl. Acad. Sci. 89, 534-538.
60. EgIi, M., Usman, N. & Rich, A. (1993) Biochemistry 32, 3221-3237.
61. Ban, C., Ramakrishnan, B. & Sundaralingam, M. (1994) Nucleic Acids Res. 22, 5466.
62. Ban, C., Ramakrishnan, B. & Sundaralingam, M. (1994) J. Mol. Biol. 236, 275-285.
63. Chen, X., Ramakrishnan, B. & Sundaralingam, M. (1995) Nature Struct. Biol. 2, 733-735.
64. Holbrook, S. R., Martin, F. H., Tinoco, I. Jr., Young, T.-S. & Kim, S.-H. (1981) J. Mol. Biol. 153, 837-840.
65. Hingerty, B., Brown, R. S. & Jack, A. (1978) J. Mol. Biol. 124, 523-534.
66. Sussman, J. L., Holbrook, S. R., Warrant, R.W., Church, G. M. & Kim, S.-H. (1978) J. Mol. Biol. 123, 607-630.
67. Kim, S.-H., Sussman, J. L., Suddath, F. L., Quigley, G. J., McPherson, A., Wang, A. H. J., Seeman, N. C. & Rich, A. (1974) Proc. Natl Acad. Sci. USA 71, 4970-4974.
68. Giege, R., Moras, D. & Thierry, J. C. (1977) J. Mol Biol. 115, 91.
69. Westhof, E., Dumas, P. & Moras, D. (1988) Acta Cryst. A44, 112-123.
70. Woo, N. H., Roe, B. A. & Rich, A. (1980) Nature 286, 346-351.
71. Basavappa, R. & Sigler, P. B. (1991) EMBO J. 10, 3105-3111.
72. Pley, H. W., Flaherty, K. M. & McKay, D. B. (1994) Nature 372, 68-74.
73. Scott, W. G., Finch, J. T. & Klug, A. (1995) Cell 81, 991-1002.
74. Doudna, J. A. (1995) Structure 3, 747-750.
75. McKay, D. B. (1996) RNA 2, 395-403.
76. Heus, H. A. & Pardi, A. (1991) Science 253, 191-194
77. Baeyens, K. J., De Bondt, H. L., Pardi, A. & HoI-brook, S. R. (in press) Proc. Natl Acad, Sci. USA.
78. Kim, R., Holbrook, E. L., Jancarik, J., Pandit, J., Weng, X., Bohm, A. & Kim, S.-H. (1994) Acta Crystallog. D50, 290-292.
79. Gate, J. H., Gooding, A. R., Podell, E., Zhou, K., Golden, B. L., Kundrot, C. E., Cech, T. R. & Doudna, J. A. (1996) Science 273, 1678-1685.
80. Michel, F. & Westhof, E. (1990) J. Mol. Biol. 216, 585-610.
81. Cech, T. R., Damberger, S. H. & Gutell, R. R. (1994) Nature Struct. Biol. 1, 273-280.
82. Cate, J. H., Gooding, A. R., Podell, E., Zhou, K., Golden, B. L., Szewczak, A. A., Kundrot, C. E., Cech, T. L. & Doudna, J. A. (1996) Science 273, p 1696-1699.
83. Ruff, M., Krishnaswamy, S., Boeglin, M., Poterszman, A., Mitschler, A., Podjarny, A., Rees, B., Thierry, J. C. & Moras, D. (1991) Science 252, 1682.
84. Arnez, J. G. & Steitz, T. A. (1994) Biochemistry 33, 7560-7567.
85. Biou, V., Yaremchuk, A., Tukalo, M. & Cusack, S. (1994) Science 263, 1404-1410.
86. Oubridge, C., Ito, N., Evans, P. R., Teo, C.-H. & Nagal, K. (1994) Nature 372, 432-438.
87. Valegard, K., Murray, J. B., Stockley, P. G., Stonehouse, N. J. & Liljas, L. (1994) Nature 371, 623-626.
88. Sanger, W. (1984) Principles of Nucleic Acid Structure, Springer-Verlag, New York.
89. Holbrook, S. R., Sussman, J. L., Warrant, R. W., Church, G. M. & Kim, S.-H. (1977) Nucleic Acid Res, 4, 2811-2820.
90. Quigley, G. J., Teeter, M. M. & Rich, A. (1978) Proc, Natl. Acad. Sci. USA 75, 64-68.
91. Jack, A., Ladner, J. E., Rhodes, D., Brown, R. S. & Klug, A. (1977) J. Mol. Biol. 111, 315-328.
92. Stout, C. D., Mizuno, H., Rao, S. T., Swaminathan, P., Rubin, J., Brennan, T. & Sundaralingam, M. (1978) Acta Cryst. B34, 1529.
93. Rubin, J. R., Wang, J. & Sundaralingam, M. (1983) Biochim. Biophys. Acta 756, 111-118.
94. Kim, S.-H., Shin, W.-C. & Warrant, R. W. (1985) Methods Enzymol. 114, Part A. 156-167.
95. Westhof, E., Dumas, P. & Moras, D. (1988) Biochemie 70, 145-165.
96. Westhof, E. (1988) Ann. Rev. Biophys. Biophys. Chem. 17, 125-144.
97. Dickerson, R. E., Goodsell, D. S., Kopka, M. L. & Pjura, P.E. (1987) J. Biomol. Struct. Dynam. 3, 557-579,
98. Holbrook, S. R. & Kim, S.-H. (1984) J. Mol. Biol. 173, 361-388.
99. Juker, F. M. & Pardi, A. (1995) RNA 1, 219-222.
100. Holbrook, S. R. & Kim, S.-H. (1979) Int. J. Biolog. Macromol. 1, 233-240.