Orientation of adsorbed antibodies on charged surfaces by computer simulation based on a united-residue model

Langmuir

Volumn 19, Issue 8, 2003, Pages 3472-3478

  Zhou, Jian ^a   Chen, Shengfu ^a   Jiang, Shaoyi ^a  

^a University of Washington   (United States)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

CHARGED SURFACES;

ADSORPTION; COMPUTER SIMULATION; IONIC STRENGTH; MONTE CARLO METHODS; PROTEINS; SOLUTIONS; SURFACES;

ANTIBODIES;

EID: 0037447211     PISSN: 07437463     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/la026871z     Document Type: Article

References (67)

1. Lu, B.; Smyth, M. R.; Kennedy, R. O. Analyst 1996, 121, 29R.
2. Rao, S. V.; Anderson, K. W.; Bachas, L. G. Mikrochim. Acta 1998, 128, 127.
3. Herren, J. N.; Wang, H. K.; Janatova, V.; Durtschi, J. D.; Caldwell, K. D.; Christensen, D. A.; Chang, I. N.; Huang, S. C. In Biopolymers at Interfaces; Marcel Dekker: New York, 1998; p 221.
4. Bergkvist, M.; Carlsson, J.; Karlsson, T.; Oscarsson, S. J. Colloid Interface Sci. 1998, 206, 475.
5. Buijs, J.; White, D. D.; Norde, W. Colloids Surf., B 1997, 8, 239.
6. Buijs, J.; Lichtenbelt, J. W. T.; Norde, W.; Lyklema, J. Colloids Surf., B 1995, 5, 11.
7. Buijs, J.; van den Berg, P. A. W.; Lichtenbelt, J. W. T.; Norde, W.; Lyklema, J. J. Colloid Interface Sci. 1996, 178, 594.
8. Buijs, J.; Norde, W.; Lichtenbelt, J. W. T. Langmuir 1996, 12, 1605.
9. Vermeer, A. W. P.; Giacomelli, C. E.; Norde, W. Biochim. Biophys. Acta 2001, 1526, 61.
10. Wadu-Mesthrige, K.; Amro, N. A.; Liu, G. Y. Scanning 2000, 22, 380.
11. Perez-Amodio, S.; Holownia, P.; Davey, C. L.; Price, C. P. Anal. Chem. 2001, 73, 3417.
12. Vikholm, I.; Albers, W. M. Langmuir 1998, 14, 3865.
13. Karyakin, A. A.; Presnova, G. V.; Rubtsova, M. Y.; Egorov, A. M. Anal. Chem. 2000, 72, 3805.
14. Shriver-Lake, L. C.; Donner, B.; Edelstein, R.; Breslin, K.; Bhatia, S. K.; Ligler, F. S. Biosens. Bioelectron. 1997, 12, 1101.
15. Vijayendran, R. A.; Leckband, D. E. Anal. Chem. 2001, 73, 471.
16. Murata, M.; Arakawa, M.; Yoshida, T.; Hato, M. Colloids Surf., B 1998, 12, 35.
17. Oberholzer, M. R.; Wagner, N. J.; Lenhoff, A. M. J. Chem. Phys. 1997, 107, 9157.
18. Gray, J. J.; Bonnecaze, R. T. J. Chem. Phys. 2001, 114, 1366.
19. Ravichandran, S.; Talbot, J. Biophys. J. 2000, 78, 110.
20. Zhou, J.; Tsao, H. K.; Sheng, Y. J.; Jiang, S. Y. Biophys. J., accepted.
21. Juffer, A. H.; Argos, P.; DeVlieg, J. J. Comput. Chem. 1996, 17, 1783.
22. Tobias, D. J.; Mar, W.; Blasie, J. K.; Klein, M. L. Biophys. J. 1996, 71, 2933.
23. Ravichandran, S.; Madura, J. D.; Talbot, J. J. Phys. Chem. B 2001, 105, 3610.
24. Bujnowski, A. M.; Pitt, W. G. J Colloid Interface Sci. 1998, 203, 47.
25. Liwo, A.; Oldziej, S.; Pincus, M. R.; Wawak, R. J.; Rackovsky, S.; Scheraga, H. A. J. Comput. Chem. 1997, 18, 849.
26. Liwo, A.; Pincus, M. R.; Wawak, R. J.; Rackovsky, S.; Oldziej, S.; Scheraga, H. A. J. Comput. Chem. 1997, 18, 874.
27. Liwo, A.; Lee, J. Y.; Ripoll, D. R.; Pillardy, J.; Scheraga, H. A. Proc. Natl. Acad. Sci. 1999, 96, 5482.
28. Liwo, A.; Kamierkiewicz, R.; Czaplewski, C.; Groth, M.; Oldziej, S.; Wawak, R. J.; Rackovsky, S.; Pincus, M. R.; Scheraga, H. A. J. Comput. Chem. 1998, 19, 259.
29. Hassinen, T.; Perakyla, M. J. Comput. Chem. 2001, 19, 259.
30. Dai, Y.; Evans, J. S. J. Chem. Phys. 2000, 112, 5144.
31. Roth, C. M.; Lenhoff, A. M. Langmuir 1993, 9, 962.
32. Johnson, C. A.; Wu, P.; Lenhoff, A. M. Langmuir 1994, 10, 3705.
33. Roth, C. M.; Lenhoff, A. M. Langmuir 1995, 11, 3500.
34. Asthagiri, D.; Lenhoff, A. M. Langmuir 1997, 13, 6761.
35. Roth, C. M.; Sader, J. E.; Lenhoff, A. M. J. Colloid Interface Sci. 1998, 203, 218.
36. Satulovsky, J.; Carignano, M. A.; Szleifer, I. Proc. Natl. Acad. Sci. 2000, 97, 9037.
37. Fang, F.; Szleifer, I. Biophys. J. 2001, 80, 2568.
38. Zhdanov, V. P.; Kasemo, B. Proteins 1998, 30, 168.
39. Castells, V.; Yang, S. X.; van Tassel, P. R. Phys. Rev. E 2002, 65, 031912.
40. Kozack, R. E.; d'Mello, M. J.; Subramaniam, S. Biophys. J. 1995, 68, 807.
41. Davies, D. R.; Cohen, G. H. Proc. Natl. Acad. Sci. 1996, 93, 7.
42. Gibas, C. J.; Subramaniam, S.; McCammon, J. A.; Braden, B. C.; Poljak, R. J. Biochemistry 1997, 36, 15599.
43. Fogolari, F.; Ugolini, R.; Molinari, H.; Viglino, P.; Esposito, G. Eur. J. Biochem. 2000, 267, 4861.
44. Wuthrich, K. Science 1989, 243, 45.
45. Mrksich, M.; Whitesides, G. M. Annu. Rev. Biophys. Biomol. Struct. 1996, 25, 55.
46. Prime, K. L.; Whitesides, G. M. Science 1991, 252, 1164.
47. Ostuni, E.; Yan, L.; Whitesides, G. M. Colloids Surf., B 1999, 15, 3.
48. Ostuni, E.; Chapman, R. G.; Holmlin, R. E.; Takayama, S.; Whitesides, G. M. Langmuir 2001, 17, 5605.
49. Chaki, N.K.; Vijayamohanan, K. Biosens. Bioelectron. 2002, 17, 1.
50. MacKerell, A. D., Jr.; Bashford, D.; Bellott, R. L.; Dunbrack, R. L., Jr.; Evanseck, J. D.; Field, M. J.; Fischer, S.; Gao, J.; Guo, H.; Ha, S.; Joseph-McCarthy, D.; Kuchnir, L.; Kuczera, K.; Lau, F. T. K.; Mattos, C.; Michnick, S.; Ngo, T.; Nguyen, D. T.; Prodhom, B.; Reiher, W. E., III; Roux, B.; Schlenkrich, M.; Smith, J. C.; Stote, R.; Straub, J.; Watanabe, M.; Wiorkiewicz-Kuczera, J.; Yin, D.; Karplus, M. J. Phys. Chem. B 1998, 102, 3586.
51. Creighton, T. E. Proteins: structures and molecular properties, 2nd ed.; W. H. Freeman and Company: New York, 1993.
52. Harris, L. J.; Skaletsky, E.; McPherson, A. J. Mol Biol. 1998, 275, 861.
53. Harris, L. J.; Larson, S. B.; Hasel, K. W.; McPherson, A. Biochemistry 1997, 367, 1581.
54. Israelachvili, J. N. Intermolecular and surface forces, 2nd ed.; Academic Press: San Diego, CA, 1992.
55. Hunter, R. J. Foundations of Colloid Science; Clarendon Press: Oxford, 1992; Vol. 1.
56. Tsao, H. K. J. Colloid Interface Sci. 1998, 202, 527.
57. Roush, D. J.; Gill, D. S.; Willson, R. C. Biophys. J. 1994, 66, 1290.
58. Lu, D. R.; Park, K. J. Biomater. Sci. Polym. Ed. 1990, 1, 243.
59. Lu, D. R.; Lee, S. J.; Park, K. J. Biomater. Sci. Polym. Ed. 1991, 3, 127.
60. Noinville, V.; Vidal-Madjar, C.; Sebille, B. J. Phys. Chem. 1995, 99, 1516.
61. Chen, S.; Liu, L.; Zhou, J.; Jiang, S. Langmuir 2003, 19, 2859.
62. Wang, H.; Castner, D. G.; Ratner, B. D.; Jiang, S. Langmuir, submitted.
63. Ramsden, J. J.; Roush, D. J.; Gill, D. S.; Kurrat, R.; Willson, R. C. J. Am. Chem. Soc. 1995, 117, 8511.
64. Honig, B.; Nicholls, A. Science 1995, 268, 1144.
65. Ball, V.; Ramsden, J. J. J. Phys. Chem. B 1997, 101, 5465.
66. Ben-Tal, N.; Honig, B.; Peitzsch, R. M.; Denisov, G.; McLaughlin. Biophys. J. 1996, 71, 561.
67. San Paulo, A.; Garcia, R. Biophys. J. 2000, 78, 1599.