Approaches to target tractability assessment-a practical perspective

MedChemComm

Volumn 9, Issue 4, 2018, Pages 606-613

  Brown, Kristin K ^a   Hann, Michael M ^b   Lakdawala, Ami S ^a   Santos, Rita ^b   Thomas, Pamela J ^b   Todd, Kieran ^b  

^a GLAXOSMITHKLINE   (United States)

^b GLAXOSMITHKLINE   (United Kingdom)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

PROTEOME;

ACCURACY; COMPUTER MODEL; DATA MINING; DRUG RESEARCH; DRUG TARGETING; GENE TARGETING; GENETIC CODE; GENOME ANALYSIS; HUMAN; HUMAN GENOME; PHENOTYPE; PREDICTION; PRIORITY JOURNAL; PROTEIN CONTENT; PROTEIN TARGETING; PROTEOMICS; REVIEW; STRUCTURE ACTIVITY RELATION; STRUCTURE ANALYSIS; SYMPTOM;

EID: 85046037741     PISSN: 20402503     EISSN: 20402511     Source Type: Journal    
DOI: 10.1039/c7md00633k     Document Type: Review

References (57)

1. O. Shalem N. E. Sanjana E. Hartenian X. Shi D. A. Scott T. Mikkelson D. Heckl B. L. Ebert D. E. Root J. G. Doench F. Zhang Science 2014 343 84 87
2. A. L. Hopkins C. R. Groom Nat. Rev. Drug Discovery 2002 1 727 730
3. H. A. Hussein C. Geneix M. Petitjean A. Borrel D. Flatters A.-C. Camproux Drug Discovery Today 2017 22 404 415
4. Informa, PharmaProjects, http://www.citeline.com/products/pharmaprojects/
5. UniProt Consortium Nucleic Acids Res. 2015 43 D204 D212
6. M. Uhlén L. Fagerberg B. M. Hallström C. Lindskog P. Oksvold A. Mardinoglu Å. Sivertsson C. Kampf E. Sjöstedt A. Asplund I. Olsson K. Edlund E. Lundberg S. Navani C. A.-K. Szigyarto J. Odeberg D. Djureinovic J. O. Takanen S. Hober T. Alm P.-H. Edqvist H. Berling H. Tegel J. Mulder J. Rockberg P. Nilsson J. M. Schwenk M. Hamsten K. von Feilitzen M. Forsberg L. Persson F. Johansson M. Zwahlen G. von Heijne J. Nielsen F. Pontén Science 2015 347 1260419
7. A. Gutmanas Y. Alhroub G. M. Battle J. M. Berrisford E. Bochet M. J. Conroy J. M. Dana M. A. Fernandez Montecelo G. van Ginkel S. P. Gore P. Haslam P. Haslam R. Hatherley P. M. S. Hendrickx M. Hirshberg I. Lagerstedt S. Mir A. Mukhopadhyay T. J. Oldfield A. Patwardhan L. Rinaldi G. Sahni E. Sanz-García E. Sanz-García S. Sen R. A. Slowley S. Velankar M. E. Wainwright G. J. Kleywegt Nucleic Acids Res. 2014 42 D285 D291
8. ChEMBL, DrugEBIlity, https://www.ebi.ac.uk/chembl/drugebility/structure
9. A. Gaulton A. Hersey M. Nowotka A. P. Bento J. Chambers D. Mendez P. Mutowo F. Atkinson L. J. Bellis E. Cibrián-Uhalte M. Davies N. Dedman A. Karlsson M. P. Magariños J. P. Overington G. Papadatos I. Smit A. R. Leach Nucleic Acids Res. 2017 45 D945 D954
10. G. Papadatos M. Davies N. Dedman J. Chambers A. Gaulton J. Siddle R. Koks S. A. Irvine J. Pettersson N. Goncharoff A. Hersey J. P. Overington Nucleic Acids Res. 2016 44 D1220 D1228
11. R. D. Finn P. Coggill R. Y. Eberhardt S. R. Eddy J. Mistry A. L. Mitchell S. C. Potter M. Punta M. Qureshi A. Sangrador-Vegas G. A. Salazar J. Tate A. Bateman Nucleic Acids Res. 2016 44 D279 D285
12. A. Mitchell H. Y. Chang L. Daugherty M. Fraser S. Hunter R. Lopez C. McAnulla C. McMenamin G. Nuka S. Pesseat A. Sangrador-Vegas M. Scheremetjew C. Rato S.-Y. Yong A. Bateman M. Punta T. K. Attwood C. J. A. Sigrist N. Redaschi C. Rivoire I. Xenarios D. Kahn D. Guyot P. Bork I. Letunic J. Gough M. Oates D. Haft H. Huang D. A. Natale C. H. Wu C. Orengo I. Sillitoe H. Mi P. D. Thomas R. D. Finn Nucleic Acids Res. 2015 43 D213 D221
13. B. H. M. Meldal O. Forner-Martinez M. C. Costanzo J. Dana J. Demeter M. Dumousseau S. S. Dwight A. Gaulton L. Licata A. N. Melidoni S. Ricard-Blum B. Roechert M. S. Skyzypek M. Tiwari S. Velankar E. D. Wong H. Hermjakob S. Orchard Nucleic Acids Res. 2015 43 D479 D484
14. D. S. Wishart C. Knox A. C. Guo S. Shrivastava M. Hassanali P. Stothard Z. Chang J. Woolsey Nucleic Acids Res. 2006 34 D668 D672
15. Gene Ontology Consortium Nucleic Acids Res. 2015 43 D1049 D1056
16. V. Chelliah N. Juty I. Ajmera R. Ali M. Dumousseau M. Glont M. Hucka G. Jalowicki S. Keating V. Knight-Schrijver A. Lloret-Villas K. N. Natarajan J.-B. Pettit N. Rodriguez M. Schubert S. M. Wimalaratne Y. Zhao H. Hermjakob N. Le Novère C. Laibe Nucleic Acids Res. 2015 43 D542 D548
17. S. J. Campbell A. Gaulton J. Marshall D. Bichko S. Martin C. Brouwer L. Harland Drug Discovery Today 2010 15 3 15
18. G. Koscielny P. An D. Carvalho-Silva J. A. Cham L. Fumis R. Gasparyan S. Hasan N. Karamanis M. Maguire E. Papa A. Pierleoni M. Pignatelli T. Platt F. Rowland P. Wankar A. P. Bento T. Burdett A. Fabregat S. Forbes A. Gaulton C. Y. Gonzalez H. Hermjakob A. Hersey S. Jupe Ş. Kafkas M. Keays C. Leroy F.-J. Lopez M. P. Magarinos J. Malone J. McEntyre A. Munoz-Pomer Fuentes C. O'Donovan I. Papatheodorou H. Parkinson B. Palka J. Paschall R. Petryszak N. Pratanwanich S. Sarntivijal G. Saunders K. Sidiropoulos T. Smith Z. Sondka O. Stegle Y. A. Tang E. Turner B. Vaughan O. Vrousgou X. Watkins M.-J. Martin P. Sanseau J. Vamathevan E. Birney J. Barrett I. Dunham Nucleic Acids Res. 2017 45 D985 D994
19. R. Santos O. Ursu A. Gaulton A. P. Bento R. S. Donadi C. G. Bologa A. Karlsson B. Al-Lazikani A. Hersey T. I. Oprea J. P. Overington Nat. Rev. Drug Discovery 2017 16 19 34
20. L. Yao A. Rzhetsky Genome Res. 2008 206 213
21. M. A. Yildirim K.-I. Goh M. E. Cusick A.-L. Barabási M. Vidal Nat. Biotechnol. 2007 25 1119 1126
22. P. R. Costa M. L. Acencio N. Lemke BMC Genomics 2010 11 Suppl 5 S9
23. D. Emig A. Ivliev O. Pustovalova L. Lancashire S. Bureeva Y. Nikolsky M. Bessarabova PLoS One 2013 8 e60618
24. G. Laenen L. Thorrez D. Börnigen Y. Moreau Mol. BioSyst. 2013 9 1676 1685
25. J. Jeon S. Nim J. Teyra A. Datti J. L. Wrana S. S. Sidhu J. Moffat P. M. Kim Genome Med. 2014 6 57
26. Z.-C. Li W.-Q. Zhong Z.-Q. Liu M.-H. Huang Y. Xie Z. Dai X.-Y. Zou Anal. Chim. Acta 2015 871 18 27
27. J. C. Somody S. S. MacKinnon A. Windemuth Drug Discovery Today 2017 22 1792 1799
28. S. R. Kimura H. P. Hu A. M. Ruvinsky W. Sherman A. D. Favia J. Chem. Inf. Model. 2017 57 1388 1401
29. J. S. Mason A. Bortolato M. Congreve F. H. Marshall Trends Pharmacol. Sci. 2012 33 249 260
30. M. S. Bodnarchuk Drug Discovery Today 2016 21 1139 1146
31. A. P. Graves I. D. Wall C. M. Edge J. M. Woolven G. Cui A. Le Gall X. Hong K. Raha E. S. Manas Curr. Top. Med. Chem. 2017 17 2599 2616
32. Sitefinder from Molecular Operating Environment (MOE), 2013.08, Chemical Computing Group ULC, 1010 Sherbooke St. West, Suite #910, Montreal, QC, Canada, H3A 2R7, 2018
33. T. Halgren Chem. Biol. Drug Des. 2007 69 146 148
34. T. A. Halgren J. Chem. Inf. Model. 2009 49 377 389
35. V. Le Guilloux P. Schmidtke P. Tuffery BMC Bioinf. 2009 10 168
36. A. Bakan N. Nevins A. S. Lakdawala I. Bahar J. Chem. Theory Comput. 2012 8 2435 2447
37. J. Oates N. J. Hassan B. K. Jakobsen Mol. Immunol. 2015 67 67 74
38. P. J. Hajduk J. R. Huth C. Tse Drug Discovery Today 2005 10 1675 1682
39. F. N. B. Edfeldt R. H. A. Folmer A. L. Breeze Drug Discovery Today 2011 16 284 287
40. I.-J. Chen R. E. Hubbard J. Comput.-Aided Mol. Des. 2009 23 603 620
41. M. M. Hann A. R. Leach G. Harper J. Chem. Inf. Comput. Sci. 2001 41 856 864
42. C. C. Arico-Muendel Med. Chem. Commun. 2016 7 1898 1909
43. T. N. O'Connell J. Ramsay S. F. Rieth M. J. Shapiro J. G. Stroh Anal. Chem. 2014 86 7413 7420
44. D. M. Dias I. Van Molle M. G. J. Baud C. Galdeano C. F. G. C. Geraldes A. Ciulli ACS Med. Chem. Lett. 2014 5 23 28
45. C. T. Gee E. J. Koleski W. C. K. Pomerantz Angew. Chem., Int. Ed. 2015 54 3735 3739
46. C. Abell and C. Dagostin, in Fragment-Based Drug Discovery, The Royal Society of Chemistry, 2015, pp. 1-18
47. A. R. Leach M. M. Hann Curr. Opin. Chem. Biol. 2011 15 489 496
48. K. M. Backus B. E. Correia K. M. Lum S. Forli B. D. Horning G. E. González-Páez S. Chatterjee B. R. Lanning J. R. Teijaro A. J. Olson D. W. Wolan B. F. Cravatt Nature 2016 534 570 574
49. C. G. Parker A. Galmozzi Y. Wang B. E. Correia K. Sasaki C. M. Joslyn A. S. Kim C. L. Cavallaro R. M. Lawrence S. R. Johnson I. Narvaiza E. Saez B. F. Cravatt Cell 2017 168 527 541
50. R. Fernandez-Leiro S. H. W. Scheres Nature 2016 537 339 346
51. I. Schlichting W. E. White M. Yabashi J. Synchrotron Radiat. 2015 22 471
52. B. Deng C. Lento D. J. Wilson Anal. Chim. Acta 2016 940 8 20
53. M. Bantscheff Methods Mol. Biol. 2012 803 3 13
54. EBI industry workshop: Target Tractability Assessment, May 3rd/5th, 2017, Access for EMBL-EBI Industry Programme members is available at: https://www.ebi.ac.uk/industry/private/industry-workshop/2017/05/target-tractability-assessment
55. D. N. Petersen J. Hawkins W. Ruangsiriluk K. A. Stevens B. A. Maguire T. N. O'Connell B. N. Rocke M. Boehm R. B. Ruggeri T. Rolph D. Hepworth P. M. Loria P. A. Carpino Cell Chem. Biol. 2016 23 1362 1371
56. A. C. Lai C. M. Crews Nat. Rev. Drug Discovery 2017 16 101 114
57. C. Fellmann B. G. Gowen P.-C. Lin J. A. Doudna J. E. Corn Nat. Rev. Drug Discovery 2016 16 89 100