Comprehensive metabolite identification strategy using multiple two-dimensional NMR spectra of a complex mixture implemented in the COLMARm web server

Analytical Chemistry

Volumn 88, Issue 24, 2016, Pages 12411-12418

  Bingol, Kerem ^a   Li, Da Wei ^b   Zhang, Bo ^b   Brüschweiler, Rafael ^b  

^a PACIFIC NORTHWEST NATIONAL LABORATORY   (United States)

^b OHIO STATE UNIVERSITY   (United States)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

BIOMOLECULES; MIXTURES; NUCLEAR MAGNETIC RESONANCE; NUCLEAR MAGNETIC RESONANCE SPECTROSCOPY; QUANTUM THEORY; QUERY PROCESSING; WEB SERVICES;

DATABASE QUERIES; HETERONUCLEAR SINGLE-QUANTUM COHERENCES; ITS APPLICATIONS; METABOLITE IDENTIFICATION; SPECTRAL INFORMATION; TOTAL CORRELATION SPECTROSCOPY; TWO DIMENSIONAL (2 D); TWO-DIMENSIONAL NMR;

METABOLITES;

CARBON; HYDROGEN;

ADOLESCENT; ADULT; AGED; CHEMISTRY; HUMAN; INTERNET; METABOLISM; METABOLOME; METABOLOMICS; MIDDLE AGED; NUCLEAR MAGNETIC RESONANCE SPECTROSCOPY; PROCEDURES; SERUM; SOFTWARE; WORKFLOW; YOUNG ADULT;

ADOLESCENT; ADULT; AGED; CARBON ISOTOPES; HUMANS; HYDROGEN; INTERNET; MAGNETIC RESONANCE SPECTROSCOPY; METABOLOME; METABOLOMICS; MIDDLE AGED; SERUM; SOFTWARE; WORKFLOW; YOUNG ADULT;

EID: 85026801804     PISSN: 00032700     EISSN: 15206882     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/acs.analchem.6b03724     Document Type: Article

References (45)

1. Bingol, K.; Brüschweiler, R. Curr. Opin. Biotechnol. 2017, 43, 17-24.
2. Larive, C. K.; Barding, G. A., Jr; Dinges, M. M. Anal. Chem. 2015, 87, 133-146.
3. Fan, T. W. M.; Lane, A. N. Prog. Nucl. Magn. Reson. Spectrosc. 2016, 92-93, 18-53.
4. Markley, J. L.; Brüschweiler, R.; Edison, A. S.; Eghbalnia, H. R.; Powers, R.; Raftery, D.; Wishart, D. S. Curr. Opin. Biotechnol. 2017, 43, 34-40.
5. Bingol, K.; Brüschweiler, R. Anal. Chem. 2014, 86, 47-57.
6. Bingol, K.; Zhang, F.; Bruschweiler-Li, L.; Brüschweiler, R. Anal. Chem. 2013, 85, 6414-6420.
7. Bodenhausen, G.; Ruben, D. J. Chem. Phys. Lett. 1980, 69, 185-189.
8. Braunschweiler, L.; Ernst, R. R. J. Magn. Reson. 1983, 53, 521-528.
9. Lerner, L.; Bax, A. J. Magn. Reson. 1986, 69, 375-380.
10. Bingol, K.; Brüschweiler, R. Anal. Chem. 2011, 83, 7412-7417.
11. Bingol, K.; Zhang, F.; Bruschweiler-Li, L.; Brüschweiler, R. J. Am. Chem. Soc. 2012, 134, 9006-9011.
12. Komatsu, T.; Ohishi, R.; Shino, A.; Kikuchi, J. Angew. Chem., Int. Ed. 2016, 55, 6000-6003.
13. Ulrich, E. L.; Akutsu, H.; Doreleijers, J. F.; Harano, Y.; Ioannidis, Y. E.; Lin, J.; Livny, M.; Mading, S.; Maziuk, D.; Miller, Z.; Nakatani, E.; Schulte, C. F.; Tolmie, D. E.; Kent Wenger, R.; Yao, H.; Markley, J. L. Nucleic Acids Res. 2007, 36, D402-D408.
14. Cui, Q.; Lewis, I. A.; Hegeman, A. D.; Anderson, M. E.; Li, J.; Schulte, C. F.; Westler, W. M.; Eghbalnia, H. R.; Sussman, M. R.; Markley, J. L. Nat. Biotechnol. 2008, 26, 162-164.
15. Chikayama, E.; Sekiyama, Y.; Okamoto, M.; Nakanishi, Y.; Tsuboi, Y.; Akiyama, K.; Saito, K.; Shinozaki, K.; Kikuchi, J. Anal. Chem. 2010, 82, 1653-1658.
16. Ludwig, C.; Easton, J. M.; Lodi, A.; Tiziani, S.; Manzoor, S. E.; Southam, A. D.; Byrne, J. J.; Bishop, L. M.; He, S.; Arvanitis, T. N.; Günther, U. L.; Viant, M. R. Metabolomics 2012, 8, 8-18.
17. Wishart, D. S.; Jewison, T.; Guo, A. C.; Wilson, M.; Knox, C.; Liu, Y.; Djoumbou, Y.; Mandal, R.; Aziat, F.; Dong, E.; Bouatra, S.; Sinelnikov, I.; Arndt, D.; Xia, J.; Liu, P.; Yallou, F.; Bjorndahl, T.; Perez-Pineiro, R.; Eisner, R.; Allen, F.; Neveu, V.; Greiner, R.; Scalbert, A. Nucleic Acids Res. 2013, 41, D801-807.
18. Qiu, F.; McAlpine, J. B.; Lankin, D. C.; Burton, I.; Karakach, T.; Chen, S.-N.; Pauli, G. F. Anal. Chem. 2014, 86, 3964-3972.
19. Dubey, A.; Rangarajan, A.; Pal, D.; Atreya, H. S. Anal. Chem. 2015, 87, 7148-7155.
20. Clendinen, C. S.; Pasquel, C.; Ajredini, R.; Edison, A. S. Anal. Chem. 2015, 87, 5698-5706.
21. Kikuchi, J.; Tsuboi, Y.; Komatsu, K.; Gomi, M.; Chikayama, E.; Date, Y. Anal. Chem. 2016, 88, 659-665.
22. Bingol, K.; Bruschweiler-Li, L.; Li, D.; Zhang, B.; Xie, M.; Brüschweiler, R. Bioanalysis 2016, 8, 557-573.
23. Bingol, K.; Zhang, F.; Bruschweiler-Li, L.; Brüschweiler, R. Anal. Chem. 2012, 84, 9395-9401.
24. Bingol, K.; Bruschweiler-Li, L.; Li, D. W.; Brüschweiler, R. Anal. Chem. 2014, 86, 5494-5501.
25. Bingol, K.; Li, D. W.; Bruschweiler-Li, L.; Cabrera, O. A.; Megraw, T.; Zhang, F.; Brüschweiler, R. ACS Chem. Biol. 2015, 10, 452-459.
26. Sadykov, M. R.; Zhang, B.; Halouska, S.; Nelson, J. L.; Kreimer, L. W.; Zhu, Y.; Powers, R.; Somerville, G. A. J. Biol. Chem. 2010, 285, 36616-36624.
27. Garcia-Manteiga, J. M.; Mari, S.; Godejohann, M.; Spraul, M.; Napoli, C.; Cenci, S.; Musco, G.; Sitia, R. J. Proteome Res. 2011, 10, 4165-4176.
28. Da Silva, L.; Godejohann, M.; Martin, F. P.; Collino, S.; Burkle, A.; Moreno-Villanueva, M.; Bernhardt, J.; Toussaint, O.; Grubeck-Loebenstein, B.; Gonos, E. S.; Sikora, E.; Grune, T.; Breusing, N.; Franceschi, C.; Hervonen, A.; Spraul, M.; Moco, S. Anal. Chem. 2013, 85, 5801-5809.
29. Zhang, B.; Xie, M.; Bruschweiler-Li, L.; Brüschweiler, R. Anal. Chem. 2016, 88, 1003-1007.
30. Delaglio, F.; Grzesiek, S.; Vuister, G. W.; Zhu, G.; Pfeifer, J.; Bax, A. D. J. Biomol. NMR 1995, 6, 277-293.
31. Psychogios, N.; Hau, D. D.; Peng, J.; Guo, A. C.; Mandal, R.; Bouatra, S.; Sinelnikov, I.; Krishnamurthy, R.; Eisner, R.; Gautam, B.; et al. PLoS One 2011, 6, e16957.
32. Nagana Gowda, G. A.; Gowda, Y. N.; Raftery, D. Anal. Chem. 2015, 87, 706-715.
33. Nicholson, J. K.; Foxall, P. J. D.; Spraul, M.; Farrant, R. D.; Lindon, J. C. Anal. Chem. 1995, 67, 793-811.
34. Gowda, G. A. N.; Tayyari, F.; Ye, T.; Suryani, Y.; Wei, S.; Shanaiah, N.; Raftery, D. Anal. Chem. 2010, 82, 8983-8990.
35. Sumner, L. W.; Amberg, A.; Barrett, D.; Beale, M. H.; Beger, R.; Daykin, C. A.; Fan, T. W. M.; Fiehn, O.; Goodacre, R.; Griffin, J. L.; et al. Metabolomics 2007, 3, 211-221.
36. Lin, L.; Huang, Z.; Gao, Y.; Chen, Y.; Hang, W.; Xing, J.; Yan, X. Proteomics 2012, 12, 2238-2246.
37. Le Boucher, J.; Charret, C.; Coudray-Lucas, C.; Giboudeau, J.; Cynober, L. Clin. Chem. 1997, 43, 1421-1428.
38. Bingol, K.; Brüschweiler, R. J. Proteome Res. 2015, 14, 2642-2648.
39. Bouatra, S.; Aziat, F.; Mandal, R.; Guo, A. C.; Wilson, M. R.; Knox, C.; Bjorndahl, T. C.; Krishnamurthy, R.; Saleem, F.; Liu, P.; et al. PLoS One 2013, 8, e73076.
40. Zhang, B.; Xie, M.; Bruschweiler-Li, L.; Bingol, K.; Brüschweiler, R. Anal. Chem. 2015, 87, 7211-7217.
41. Walker, L. R.; Hoyt, D. W.; Walker, S. M., II; Ward, J. K.; Nicora, C. D.; Bingol, K. Magn. Reson. Chem. 2016, 54, 998-1003.
42. van der Hooft, J. J. J.; de Vos, R. C. H.; Ridder, L.; Vervoort, J.; Bino, R. J. Metabolomics 2013, 9, 1009-1018.
43. Sumner, L. W.; Lei, Z.; Nikolau, B. J.; Saito, K. Nat. Prod. Rep. 2015, 32, 212-229.
44. Bingol, K.; Bruschweiler-Li, L.; Yu, C.; Somogyi, A.; Zhang, F.; Brüschweiler, R. Anal. Chem. 2015, 87, 3864-3870.
45. Bingol, K.; Brüschweiler, R. Curr. Opin. Clin. Nutr. Metab. Care 2015, 18, 471-477.