Crowdsourcing RNA structural alignments with an online computer game

Pacific Symposium on Biocomputing

Volumn , Issue , 2015, Pages 330-341

  Waldispühl, Jérôme ^a   Kam, Arthur ^a   Gardner, Paul P ^b  

^a MCGILL UNIVERSITY   (Canada)

^b UNIVERSITY OF CANTERBURY   (New Zealand)

Author keywords

Crowd sourcing; Human computing game; RNA alignment

Indexed keywords

ALIGNMENT; NUCLEIC ACIDS; RNA;

DISEASE STATE; GENOMIC SEQUENCE; HUMAN COMPUTING; MOLECULAR MECHANISM; NON-CODING RNAS; SECONDARY STRUCTURES; STRUCTURAL ALIGNMENTS;

COMPUTER GAMES;

RNA;

BIOLOGY; CHEMISTRY; CONFORMATION; CROWDSOURCING; HUMAN; NUCLEIC ACID DATABASE; ONLINE SYSTEM; SEQUENCE ALIGNMENT; STATISTICS AND NUMERICAL DATA; VIDEO GAME;

COMPUTATIONAL BIOLOGY; CROWDSOURCING; DATABASES, NUCLEIC ACID; HUMANS; NUCLEIC ACID CONFORMATION; ONLINE SYSTEMS; RNA; SEQUENCE ALIGNMENT; VIDEO GAMES;

EID: 84962957162     PISSN: 23356928     EISSN: 23356936     Source Type: Journal    
DOI: None     Document Type: Conference Paper

References (48)

1. S. R. Eddy, Nat Rev Genet 2, 919 (Dec 2001).
2. T. R. Cech and J. A. Steitz, Cell 157, 77 (Mar 2014).
3. S. W. Burge, J. Daub, R. Eberhardt, J. Tate, L. Barquist, E. P. Nawrocki, S. R. Eddy, P. P. Gardner and A. Bateman, Nucleic Acids Res 41, D226 (Jan 2013).
4. S. Cooper, F. Khatib, A. Treuille, J. Barbero, J. Lee, M. Beenen, A. Leaver-Fay, D. Baker, Z. Popović and F. Players, Nature 466, 756 (Aug 2010).
5. A. Kawrykow, G. Roumanis, A. Kam, D. Kwak, C. Leung, C. Wu, E. Zarour, Phylo players, L. Sarmenta, M. Blanchette and J. Waldispühl, PLoS One 7, p. e31362 (2012).
6. S. Loguercio, B. M. Good and A. I. Su, PLoS One 8, p. e71171 (2013).
7. B. M. Good, S. Loguercio, O. L. Griffth, M. Nanis, C. Wu and A. I. Su, JMIR Serious Games 2, p. e7 (2014).
8. J. Lee, W. Kladwang, M. Lee, D. Cantu, M. Azizyan, H. Kim, A. Limpaecher, S. Yoon, A. Treuille, R. Das and EteRNA Participants, Proc Natl Acad Sci U S A 111, 2122 (Feb 2014).
9. D. Maclean, Elife (Cambridge) 2, p. e01294 (2013).
10. U. o. W. Center for Game Science, Nanocrafter (2014).
11. B. M. Good and A. I. Su, Bioinformatics 29, 1925 (Aug 2013).
12. M. Guttman, I. Amit, M. Garber, C. French, M. F. Lin, D. Feldser, M. Huarte, O. Zuk, B. W. Carey, J. P. Cassady, M. N. Cabili, R. Jaenisch, T. S. Mikkelsen, T. Jacks, N. Hacohen, B. E. Bernstein, M. Kellis, A. Regev, J. L. Rinn and E. S. Lander, Nature 458, 223 (Mar 2009).
13. Z. Weinberg, J. X. Wang, J. Bogue, J. Yang, K. Corbino, R. H. Moy and R. R. Breaker, Genome Biol 11, p. R31 (2010).
14. A. Bateman, S. Agrawal, E. Birney, E. A. Bruford, J. M. Bujnicki, G. Cochrane, J. R. Cole, M. E. Dinger, A. J. Enright, P. P. Gardner, D. Gautheret, S. Griffths-Jones, J. Harrow, J. Herrero, I. H. Holmes, H. D. Huang, K. A. Kelly, P. Kersey, A. Kozomara, T. M. Lowe, M. Marz, S. Moxon, K. D. Pruitt, T. Samuelsson, P. F. Stadler, A. J. Vilella, J. H. Vogel, K. P. Williams, M. W. Wright and C. Zwieb, RNA 17, 1941 (Nov 2011).
15. L. Barquist, G. C. Langridge, D. J. Turner, M. D. Phan, A. K. Turner, A. Bateman, J. Parkhill, J. Wain and P. P. Gardner, Nucleic Acids Res 41, 4549 (Apr 2013).
16. N. A. Siegfried, S. Busan, G. M. Rice, J. A. Nelson and K. M. Weeks, Nat Methods 11, 959 (Sep 2014).
17. R. Andersson, C. Gebhard, I. Miguel-Escalada, I. Hoof, J. Bornholdt, M. Boyd, Y. Chen, X. Zhao, C. Schmidl, T. Suzuki, E. Ntini, E. Arner, E. Valen, K. Li, L. Schwarzfischer, D. Glatz, J. Raithel, B. Lilje, N. Rapin, F. O. Bagger, M. Jørgensen, P. R. Andersen, N. Bertin, O. Rackham, A. M. Burroughs, J. K. Baillie, Y. Ishizu, Y. Shimizu, E. Furuhata, S. Maeda, Y. Negishi, C. J. Mungall, T. F. Meehan, T. Lassmann, M. Itoh, H. Kawaji, N. Kondo, J. Kawai, A. Lennartsson, C. O. Daub, P. Heutink, D. A. Hume, T. H. Jensen, H. Suzuki, Y. Hayashizaki, F. Müller, C. FANTOM Consortium, A. R. Forrest, P. Carninci, M. Rehli and A. Sandelin, Nature 507, 455 (Mar 2014).
18. S. Lindgreen, S. Ugur Umu, A. Sook-Wei Lai, H. Eldai, W. Liu, S. McGimpsey, N. Wheeler, P. J. Biggs, N. R. Thomson, L. Barquist, A. M. Poole and P. P. Gardner, ArXiv e-prints (June 2014).
19. W. A. Baumgartner, Jr, K. B. Cohen, L. M. Fox, G. Acquaah-Mensah and L. Hunter, Bioinformatics 23, i41 (Jul 2007).
20. Z. Wang, M. Gerstein and M. Snyder, Nat Rev Genet 10, 57 (Jan 2009).
21. L. Barquist, C. J. Boinett and A. K. Cain, RNA Biol 10, 1161 (Jul 2013).
22. C. 1000 Genomes Project Consortium, G. R. Abecasis, A. Auton, L. D. Brooks, M. A. DePristo, R. M. Durbin, R. E. Handsaker, H. M. Kang, G. T. Marth and G. A. McVean, Nature 491, 56 (Nov 2012).
23. W. Nasser, S. B. Beres, R. J. Olsen, M. A. Dean, K. A. Rice, S. W. Long, K. G. Kristinsson, M. Gottfredsson, J. Vuopio, K. Raisanen, D. A. Caugant, M. Steinbakk, D. E. Low, A. McGeer, J. Darenberg, B. Henriques-Normark, C. A. Van Beneden, S. Hoffmann and J. M. Musser, Proc Natl Acad Sci U S A 111, E1768 (Apr 2014).
24. P. P. Gardner and A. G. Bateman, RNA Biology 6, 2 (2009).
25. P. P. Gardner, RNA Biology (2012).
26. M. P. Hoeppner, P. P. Gardner and A. M. Poole, PLoS Comput Biol 8, p. e1002752 (2012).
27. I. Tinoco and C. Bustamante, J Mol Biol 293, 271 (Oct 1999).
28. L. Wang and T. Jiang, J Comput Biol 1, 337 (1994).
29. P. P. Gardner, A. Wilm and S. Washietl, Nucleic Acids Res 33, 2433 (2005).
30. R. R. Gutell, RNA Biol 11, 254 (Mar 2014).
31. E. P. Nawrocki and S. R. Eddy, Bioinformatics 29, 2933 (Nov 2013).
32. R. R. Gutell, J. C. Lee and J. J. Cannone, Curr Opin Struct Biol 12, 301 (Jun 2002).
33. R. W. Holley, J. Apgar, G. A. Everett, J. T. Madison, M. Marquisee, S. H. Merrill, J. R. Penswick and A. Zamir, Science 147, 1462 (Mar 1965).
34. J. T. Madison, G. A. Everett and H. Kung, Science 153, 531 (Jul 1966).
35. M. O. Dayhoff and B. C. Orcutt, Proc Natl Acad Sci U S A 76, 2170 (May 1979).
36. E. K. Freyhult, J. P. Bollback and P. P. Gardner, Genome Res 17, 117 (Jan 2007).
37. A. Löytynoja and N. Goldman, Science 320, 1632 (Jun 2008).
38. A. Löytynoja and N. Goldman, Proc Natl Acad Sci U S A 102, 10557 (Jul 2005).
39. E. Freyhult, V. Moulton and P. Gardner, Appl Bioinformatics 4, 53 (2005).
40. S. Lindgreen, P. P. Gardner and A. Krogh, Bioinformatics 22, 2988 (Dec 2006).
41. V. Ramakrishnan, Cell 108, 557 (Feb 2002).
42. J. Harms, F. Schluenzen, R. Zarivach, A. Bashan, S. Gat, I. Agmon, H. Bartels, F. Franceschi and A. Yonath, Cell 107, 679 (Nov 2001).
43. N. Ban, P. Nissen, J. Hansen, P. B. Moore and T. A. Steitz, Science 289, 905 (Aug 2000).
44. R. Lorenz, S. H. Bernhart, C. Höner Zu Siederdissen, H. Tafer, C. Flamm, P. F. Stadler and I. L. Hofacker, Algorithms Mol Biol 6, p. 26 (2011).
45. I. Hofacker, W. Fontana, P. F. Stadler, S. Bonhoeffer, M. Tacker and P. Schuster, Monatshefte f. Chemie 125, 167 (1994).
46. K. Darty, A. Denise and Y. Ponty, Bioinformatics 25, 1974 (Aug 2009).
47. P. P. Gardner and R. Giegerich, BMC Bioinformatics 5, p. 140 (Sep 2004).
48. D. Kwak, A. Kam, D. Becerra, Q. Zhou, A. Hops, E. Zarour, A. Kam, L. Sarmenta, M. Blanchette and J. Waldispühl, Genome Biol 14, p. R116 (2013).