The excited states of Π-stacked 9-methyladenine oligomers: A TD-DFT study in aqueous solution

Physical Chemistry Chemical Physics

Volumn 10, Issue 19, 2008, Pages 2656-2664

  Improta, Roberto ^a  

^a UNIVERSITY OF NAPLES FEDERICO II   (Italy)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

EID: 84961978276     PISSN: 14639076     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1039/b718562f     Document Type: Article

References (80)

1. P. Hobza, H. L. Selzle, E. W. Schlag Chem. Rev., 1994, 94, 1767.
2. E. A. Meyer, R. K. Castellano, F. Diederich Angew. Chem., Int. Ed., 2003, 42, 1210.
3. G. B. McGaughey, M. Gagne, A. K. Rappe J. Biol. Chem., 1998, 273, 15458.
4. K. Muller-Dethlefs, P. Hobza Chem. Rev., 2000, 100, 143.
5. K. S. Kim, P. Tarakeshwar, J. Y. Lee Chem. Rev., 2000, 100, 4145.
6. S. K. Burley, G. A. Pesko Science, 1985, 229, 23.
7. L. Bendova, P. Jurecka, P. Hobza, J. Vondrasek J. Phys. Chem. B, 2007, 111, 9975.
8. J. Vondrasek, L. Bendova, V. Klusak, P. Hobza J. Am. Chem. Soc., 2005, 127, 2615.
9. P. Hobza, J. Sponer Chem. Rev., 1999, 99, 3247.
10. M. Kabelac, H. Valdes, E. C. Sherer, C. J. Cramer, P. Hobza Phys. Chem. Chem. Phys., 2007, 9, 5000.
11. J. Sponer, P. Jurecka, I. Marchan, F. J. Luque, M. Orozco, P. Hobza Chem.-Eur. J., 2006, 12, 2854.
12. J. Rezac, P. Hobza Chem.-Eur. J., 2007, 13, 2983.
13. M. Kabelac, E. C. Sherer, C. J. Cramer, P. Hobza Chem.-Eur. J., 2007, 13, 2067.
14. L. Zendlova, P. Hobza, M. Kabelac J. Phys. Chem. B, 2007, 111, 2591.
15. J. Antony, S. Grimme Phys. Chem. Chem. Phys., 2006, 8, 5287.
16. K. M. Langner, W. A. Sokalski, J. Leszczynski J. Chem. Phys., 2007, 127, 111102.
17. J. Cerný, P. Hobza Phys. Chem. Chem. Phys., 2007, 9, 5291.
18. M. Kabelac, P. Hobza Phys. Chem. Chem. Phys., 2007, 9, 903.
19. P. Yakovchuk, E. Protozanova, M. D. Frank-Kamenetskii Nucleic Acids Res., 2006, 34, 564.
20. R. Luo, H. S. Gilson, M. J. Potter, M. K. Gilson Biophys. J., 2001, 80, 140.
21. J-Aggregates, ed. T. Kobayashi, World Scientific, Singapore, 1996
22. C. E. Crespo-Herniández, B. Cohen, P. M. Hare, B. Kohler Chem. Rev., 2004, 104, 1977.
23. C. E. Crespo-Hernández, B. Cohen, B. Kohler Nature, 2005, 436, 1141.
24. C. E. Crespo-Hernández, B. Cohen, B. Kohler Nature, 2006, 441, E8.
25. C. E. Crespo-Hernández, B. Kohler J. Phys. Chem. B, 2004, 108, 11182.
26. W.-M. Kwok, C. Ma, D. L. Phillips J. Am. Chem. Soc., 2006, 128, 11894.
27. B. Cohen, P. M. Hare, B. Kohler J. Am. Chem. Soc., 2003, 125, 13594.
28. D. Markovitsi, F. Talbot, T. Gustavsson, D. Onidas, E. Lazzarotto, S. Marguet Nature, 2006, 441, E7.
29. D. Markovitsi, T. Gustavsson, F. Talbot Photochem. Photobiol. Sci., 2007, 6, 717.
30. D. Onidas, T. Gustavsson, E. Lazzarotto, D. Markovitsi J. Phys. Chem. B, 2007, 111, 9644.
31. J. Eisinger, M. Guéron, R. G. Shulman, T. Yamane Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A., 1966, 55, 1015.
32. R. Plessow, A. Brockhinke, W. Eimer, K. Kohse-Hoinghaus J. Phys. Chem. B, 2000, 104, 3695.
33. I. Buchvarov, Q. Wang, M. Raytchev, A. Trifonov, T. Fiebig Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A., 2007, 104, 4794.
34. W. J. Schreier, T. E. Schrader, F. O. Koller, P. Gilch, C. E. Crespo-Hernández, N. Swaminathan, T. Carell, W. Zinth, B. Kohler Science, 2007, 315, 625.
35. T. Rocha-Rinza, L. De Vico, V. Veryazov, B. O. Roos Chem. Phys. Lett., 2006, 426, 268.
36. J. M. Jean, K. B. Hall Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A., 2001, 98, 37.
37. H. H. Ritze, P. Hobza, D. Nachtigallova Phys. Chem. Chem. Phys., 2007, 9, 1672.
38. D. Varsano, R. Di Felice, M. A. L. Marques, A. Rubio J. Phys. Chem. B, 2006, 110, 7129.
39. G. Olaso-Gonzalez, D. Roca-Sanjuan, L. Serrano-Andrés, M. Merchán J. Chem. Phys., 2006, 125, 231102.
40. F. Santoro, V. Barone, R. Improta J. Comput. Chem., 2007, 10.1002/jcc.20853
41. F. Santoro, V. Barone, R. Improta Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A., 2007, 104, 9931.
42. Recent Advances in Density Functional Methods, ed. M. E. Casida and D.P. Chong, World Scientific, Singapore, 1995, vol. 1
43. S. Miertus, E. Scrocco, J. Tomasi Chem. Phys., 1981, 55, 117.
44. J. Tomasi, B. Mennucci, R. Cammi Chem. Rev., 2005, 105, 2999.
45. M. Cossi, V. Barone J. Chem. Phys., 2001, 115, 4708.
46. A. Dreuw, M. Head-Gordon Chem. Rev., 2005, 105, 4009.
47. M. Wanko, M. Garavelli, F. Bernardi, T. A. Niehaus, T. Frauenheim, M. Elstner J. Chem. Phys., 2004, 120, 1674.
48. A. Dreuw, J. L. Weisman, M. Head-Gordon J. Chem. Phys., 2003, 119, 2943.
49. A. Dreuw, M. Head-Gordon J. Am. Chem. Soc., 2004, 126, 4007.
50. D. J. Tozer, R. D. Amos, N. C. Handy, B. O. Roos, L. Serrano-Andres Mol. Phys., 1999, 97, 859.
51. C. Adamo, V. Barone J. Chem. Phys., 1999, 110, 6158.
52. M. Enzerhof, G. E. Scuseria J. Chem. Phys., 1999, 110, 5029.
53. Z. L. Cai, M. J. Crossley, J. R. Reimers, R. Kobayashi, R. D. Amos J. Phys. Chem. B, 2006, 110, 15624.
54. R. Kobayashi, R. D. Amos Chem. Phys. Lett., 2006, 420, 106.
55. M. J. G. Peach, T. Helgaker, P. Salek, T. W. Keal, O. B. Lutnaes, D. J. Tozer, N. C. Handy Phys. Chem. Chem. Phys., 2006, 8, 558.
56. Y. Zhao, N. E. Schultz, D. G. Truhlar J. Chem. Theory Comput., 2006, 2, 364.
57. J. J. Zheng, Y. Zhao, D. G. Truhlar J. Phys. Chem. A, 2007, 111, 4632.
58. T. Yanai, D. B. Tew, N. C. Handy Chem. Phys. Lett., 2004, 393, 51.
59. Y. Tawada, T. Tsuneda, S. Yanagisawa, T. Yanai, K. Hirao J. Chem. Phys., 2004, 120, 8425.
60. O. A. Vydrov, G. E. Scuseria J. Chem. Phys., 2006, 125, 234109.
61. Y. Zhao, N. E. Schultz, D. G. Truhlar J. Chem. Theory Comput., 2006, 2, 364.
62. J. P. Perdew, K. Burke, M. Ernzerhof Phys. Rev. Lett., 1996, 77, 3865.
63. R. Cammi, S. Corni, B. Mennucci, J. Tomasi J. Chem. Phys., 2005, 122, 104513.
64. R. Improta, V. Barone, G. Scalmani, M. J. Frisch J. Chem. Phys., 2006, 125, 54103.
65. R. Improta, M. J. Frisch, G. Scalmani, V. Barone J. Chem. Phys., 2007, 127, 74504.
66. C. Adamo, G. E. Scuseria, V. Barone J. Chem. Phys., 2000, 111, 2889.
67. R. Improta, V. Barone, F. Santoro Angew. Chem., Int. Ed., 2007, 46, 405.
68. F. Santoro, R. Improta, A. Lami, J. Bloino, V. Barone J. Chem. Phys., 2007, 126, 084509.
69. F. Santoro, R. Improta, A. Lami, J. Bloino, V. Barone J. Chem. Phys., 2007, 126, 169903.
70. (Erratum) F. Santoro, A. Lami, R. Improta, V. Barone J. Chem. Phys., 2007, 126, 184102.
71. F. Santoro, V. Barone, T. Gustavsson, R. Improta J. Am. Chem. Soc., 2006, 128, 16312.
72. T. Gustavsson, A. Banyasz, E. Lazzarotto, D. Markovitsi, G. Scalmani, M. J. Frisch, V. Barone, R. Improta J. Am. Chem. Soc., 2006, 128, 607.
73. R. Improta, V. Barone J. Am. Chem. Soc., 2004, 126, 14320.
74. M. Cossi, V. Barone J. Phys. Chem. A, 2000, 104, 10614.
75. M. J. Frisch, G. W. Trucks, H. B. Schlegel, G. E. Scuseria, M. A. Robb, J. R. Cheeseman, J. A. Montgomery, Jr., T. Vreven, K. N. Kudin, J. C. Burant, J. M. Millam, S. S. Iyengar, J. Tomasi, V. Barone, B. Mennucci, M. Cossi, G. Scalmani, N. Rega, G. A. Petersson, H. Nakatsuji, M. Hada, M. Ehara, K. Toyota, R. Fukuda, J. Hasegawa, M. Ishida, T. Nakajima, Y. Honda, O. Kitao, H. Nakai, M. Klene, X. Li, J. E. Knox, H. P. Hratchian, J. B. Cross, V. Bakken, C. Adamo, J. Jaramillo, R. Gomperts, R. E. Stratmann, O. Yazyev, A. J. Austin, R. Cammi, C. Pomelli, J. Ochterski, P. Y. Ayala, K. Morokuma, G. A. Voth, P. Salvador, J. J. Dannenberg, V. G. Zakrzewski, S. Dapprich, A. D. Daniels, M. C. Strain, O. Farkas, D. K. Malick, A. D. Rabuck, K. Raghavachari, J. B. Foresman, J. V. Ortiz, Q. Cui, A. G. Baboul, S. Clifford, J. Cioslowski, B. B. Stefanov, G. Liu, A. Liashenko, P. Piskorz, I. Komaromi, R. L. Martin, D. J. Fox, T. Keith, M. A. Al-Laham, C. Y. Peng, A. Nanayakkara, M. Challacombe, P. M. W. Gill, B. G. Johnson, W. Chen, M. W. Wong, C. Gonzalez, and J. A. Pople, GAUSSIAN 03 (Revision F.06), Gaussian, Inc., Wallingford, CT, 2006
76. R. Improta, V. Barone Theor. Chem. Acc. 10.1007/s00214-007-0404-5
77. L. Blancafort J. Am. Chem. Soc., 2006, 128, 210.
78. L. Serrano-Andres, M. Merchan, A. C. Borin Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A., 2006, 103, 8691.
79. L. Serrano-Andres, M. Merchan, A. C. Borin Chem.-Eur. J., 2006, 12, 6559.
80. D. Onidas, D. Markovitsi, S. Marguet, A. Sharonov, T. Gustavsson J. Phys. Chem. B, 2002, 106, 11367.