Benchmark RI-MP2 database of nucleic acid base trimers: Performance of different density functional models for prediction of structures and binding energies

Physical Chemistry Chemical Physics

Volumn 9, Issue 36, 2007, Pages 5000-5008

  Kabeláč, Martin ^a   Valdes, Haydee ^a   Sherer, Edward C ^b   Cramer, Christopher J ^b   Hobza, Pavel ^a  

^a INSTITUTE OF ORGANIC CHEMISTRY AND BIOCHEMISTRY   (Czech Republic)

^b University of Minnesota   (United States)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

OLIGONUCLEOTIDE;

ARTICLE; CHEMISTRY; CONFORMATION; NUCLEIC ACID DATABASE; THERMODYNAMICS;

DATABASES, NUCLEIC ACID; NUCLEIC ACID CONFORMATION; OLIGONUCLEOTIDES; THERMODYNAMICS;

EID: 34548592012     PISSN: 14639076     EISSN: None     Source Type: Journal    
DOI: 10.1039/b707182e     Document Type: Article

References (57)

1. C. F. Guerra F. M. Bickelhaupt J. G. Snijders E. J. Baerends Chem.-Eur. J. 1999 5 3581
2. C. F. Guerra F. M. Bickelhaupt Angew. Chem., Int. Ed. 1999 38 2942
3. P. Jurečka P. Nachtigall P. Hobza Phys. Chem. Chem. Phys. 2001 3 4578
4. M. Feyereisen G. Fitzgerald A. Komornicki Chem. Phys. Lett. 1993 208 359
5. F. Weigend M. Haser Theor. Chem. Acc. 1997 97 331
6. M. Piacenza S. Grimme ChemPhysChem 2005 6 1554
7. P. Hobza J. Šponer T. Reschel J. Comput. Chem. 1995 16 1315
8. A. K. Rappe E. R. Bernstein J. Phys. Chem. A 2000 104 6117
9. M. J. Allen D. J. Tozer J. Chem. Phys. 2002 117 11113
10. J. Černý P. Hobza Phys. Chem. Chem. Phys. 2005 7 1624
11. T. van Mourik R. J. Gdanitz J. Chem. Phys. 2002 116 9620
12. N. E. Schultz Y. Zhao D. G. Truhlar J. Phys. Chem. A 2005 109 11127
13. Y. Zhao N. E. Schultz D. G. Truhlar J. Chem. Phys. 2005 123 1
14. Y. Zhao D. G. Truhlar J. Phys. Chem. A 2005 109 5656
15. M. P. Waller A. Robertazzi J. A. Platts D. E. Hibbs P. A. Williams J. Comput. Chem. 2006 27 491
16. M. J. Frisch, G. W. Trucks, H. B. Schlegel, G. E. Scuseria, M. A. Robb, J. R. Cheeseman, J. A. Montgomery, Jr., T. Vreven, K. N. Kudin, J. C. Burant, J. M. Millam, S. S. Iyengar, J. Tomasi, V. Barone, B. Mennucci, M. Cossi, G. Scalmani, N. Rega, G. A. Petersson, H. Nakatsuji, M. Hada, M. Ehara, K. Toyota, R. Fukuda, J. Hasegawa, M. Ishida, T. Nakajima, Y. Honda, O. Kitao, H. Nakai, M. Klene, X. Li, J. E. Knox, H. P. Hratchian, J. B. Cross, V. Bakken, C. Adamo, J. Jaramillo, R. Gomperts, R. E. Stratmann, O. Yazyev, A. J. Austin, R. Cammi, C. Pomelli, J. Ochterski, P. Y. Ayala, K. Morokuma, G. A. Voth, P. Salvador, J. J. Dannenberg, V. G. Zakrzewski, S. Dapprich, A. D. Daniels, M. C. Strain, O. Farkas, D. K. Malick, A. D. Rabuck, K. Raghavachari, J. B. Foresman, J. V. Ortiz, Q. Cui, A. G. Baboul, S. Clifford, J. Cioslowski, B. B. Stefanov, G. Liu, A. Liashenko, P. Piskorz, I. Komaromi, R. L. Martin, D. J. Fox, T. Keith, M. A. Al-Laham, C. Y. Peng, A. Nanayakkara, M. Challacombe, P. M. W. Gill, B. G. Johnson, W. Chen, M. W. Wong, C. Gonzalez and J. A. Pople, GAUSSIAN 03 (Revision C.02), Gaussian, Inc., Wallingford, CT, 2004
17. P. Jurečka J. Černý P. Hobza D. R. Salahub J. Comput. Chem. 2007 28 555
18. S. Grimme J. Comput. Chem. 2004 25 1463
19. M. Elstner P. Hobza T. Frauenheim S. Suhai E. Kaxiras J. Chem. Phys. 2001 114 5149
20. M. Elstner T. Frauenheim E. Kaxiras G. Seifert S. Suhai Phys. Status Solidi B 2000 217 357
21. M. Elstner Abstr. Pap. Am. Chem. Soc. 2006 231
22. M. Elstner Theor. Chem. Acc. 2006 116 316
23. Y. Zhao D. G. Truhlar J. Chem. Theory Comput. 2005 1 415
24. P. Jurečka J. Šponer J. Černý P. Hobza Phys. Chem. Chem. Phys. 2006 8 1985
25. J. Antony S. Grimme Phys. Chem. Chem. Phys. 2006 8 5287
26. T. van der Wijst C. F. Guerra M. Swart F. M. Bickelhaupt Chem. Phys. Lett. 2006 426 415
27. Y. Zhao D. G. Truhlar Phys. Chem. Chem. Phys. 2005 7 2701
28. Y. Zhao D. G. Truhlar J. Chem. Phys. 2006 125 194101
29. B. Yanson I. K. Teplitsky L. F. Sukhodub Biopolymers 1979 18 1149
30. E. C. Sherer D. M. York C. J. Cramer J. Comput. Chem. 2003 24 57
31. T. J. Giese E. C. Sherer C. J. Cramer D. M. York J. Chem. Theory Comput. 2005 1 1275
32. M. Kabeláč E. Sherer C. J. Cramer P. Hobza Chem.-Eur. J. 2005 13 2067 2077
33. S. S. Pundlik S. R. Gadre J. Phys. Chem. B 1997 101 9657
34. B. Pullman P. Claverie J. Caillet Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 1967 57 1663
35. J. Gu J. Wang J. Leszczynski J. Phys. Chem. B 2004 108 8017
36. M. Peters I. Rozas I. Alkorta J. Elguero J. Phys. Chem. B 2003 107 323
37. J. Robles A. Grandas E. Pedroso F. J. Luque R. Eritja M. Orozco Curr. Org. Chem. 2002 6 1333
38. J. Šponer J. V. Burda P. Mejzlík J. Leszczynski P. Hobza J. Biomol. Struct. Dyn. 1997 14 613
39. M. Kratochvíl O. Engkvist J. Šponer P. Jungwirth P. Hobza J. Phys. Chem. A 1998 102 6921
40. W. D. Cornell P. Cieplak C. I. Bayly I. R. Gould K. M. Merz D. M. Ferguson D. C. Spellmeyer T. Fox J. W. Caldwell P. A. Kollman J. Am. Chem. Soc. 1995 117 5179
41. P. Hobza M. Kabeláč J. Šponer P. Mejzlik J. Vondrášek J. Comput. Chem. 1997 18 1136
42. M. Kolář and P. Hobza, J. Phys. Chem. A, accepted
43. R. Ahlrichs M. Bar M. Haser H. Horn C. Kolmel Chem. Phys. Lett. 1989 162 165
44. S. F. Boys F. Bernardi Mol. Phys. 1970 19 553
45. Y. Zhao N. E. Schultz D. G. Truhlar J. Chem. Theory Comput. 2006 2 364
46. R. E. Easton D. J. Giesen A. Welch C. J. Cramer D. G. Truhlar Theor. Chem. Acc. 1996 93 281
47. Y. Zhao and D. G. Truhlar, MN-GFM program suite, version 3.0. University of Minnesota, 2006
48. C. T. Lee W. T. Yang R. G. Parr Phys. Rev. B 1988 37 785
49. J. M. Tao J. P. Perdew V. N. Staroverov G. E. Scuseria Phys. Rev. Lett. 2003 91 146401
50. M. Elstner D. Porezag G. Jungnickel J. Elsner M. Haugk T. Frauenheim S. Suhai G. Seifert Phys. Rev. B 1998 58 7260
51. M. Kabeláč P. Hobza J. Phys. Chem. B 2001 105 5804
52. C. Gonzalez E. C. Lim Chem. Phys. Lett. 2002 357 161
53. F. Piuzzi I. Dimicoli M. Mons P. Millic V. Brenner Q. Zhao B. Soep A. Tramer Chem. Phys. 2002 275 123
54. T. P. Tauer C. D. Sherrill J. Phys. Chem. A 2005 109 10475
55. P. Jurečka P. Hobza J. Am. Chem. Soc. 2003 125 15608
56. A. Hesselmann G. Jansen M. Schutz J. Am. Chem. Soc. 2006 128 11730
57. D. A. Case, D. A. Pearlman, J. W. Caldwell, T. E. Cheatham III, J. Wang, W. S. Ross, C. L. Simmerling, T. A. Darden, K. M. Merz, R. V. Stanton, A. L. Cheng, J. J. Vincent, M. Crowley, V. Tsui, H. Gohlke, R. J. Radmer, Y. Duan, J. Pitera, I. Massova, G. L. Seibel, U. C. Singh, P. K. Weiner and P. A. Kollman, AMBER 7, University of California, San Francisco, 2002