Rapid High-pH Reverse Phase StageTip for Sensitive Small-Scale Membrane Proteomic Profiling

Analytical Chemistry

Volumn 87, Issue 24, 2015, Pages 12016-12023

  Dimayacyac Esleta, Baby Rorielyn T ^a,b   Tsai, Chia Feng ^b   Kitata, Reta Birhanu ^b,c,d   Lin, Pei Yi ^b   Choong, Wai Kok ^e   Lin, Tai Du ^b,f   Wang, Yi Ting ^b   Weng, Shao Hsing ^b,f   Yang, Pan Chyr ^g,h,i   Arco, Susan D ^a   Sung, Ting Yi ^e   Chen, Yu Ju ^b,c,d  

^a University of the Philippines Diliman   (Philippines)

^b INSTITUTE OF CHEMISTRY   (Taiwan)

^c NATIONAL TSING HUA UNIVERSITY   (Taiwan)

^d ACADEMIA SINICA   (Taiwan)

^e INSTITUTE OF INFORMATION SCIENCE   (Taiwan)

^f NATIONAL TAIWAN UNIVERSITY   (Taiwan)

^g NATIONAL TAIWAN UNIVERSITY HOSPITAL   (Taiwan)

^h NATIONAL TAIWAN UNIVERSITY   (Taiwan)

ⁱ INSTITUTE OF BIOMEDICAL SCIENCES   (Taiwan)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

BIOLOGICAL MEMBRANES; BIOLOGICAL ORGANS; CELL CULTURE; CELLS; DEPTH PROFILING; DISEASES; HYDROPHOBICITY; MEMBRANES; PEPTIDES;

ACCURATE QUANTIFICATIONS; FRACTIONATION METHODS; HYDROPHOBIC AND HYDROPHILIC; PROTEOMIC PROFILING; RELATIVE QUANTIFICATION; STRONG ANION EXCHANGES; STRONG CATION EXCHANGES; TRANSMEMBRANE HELICES;

PROTEINS;

MEMBRANE PROTEIN;

BIOLOGICAL MODEL; CHEMISTRY; GENETICS; HUMAN; ISOLATION AND PURIFICATION; LIMIT OF DETECTION; LUNG TUMOR; MUTATION; PATHOPHYSIOLOGY; PROCEDURES; PROTEOMICS; TIME FACTOR; TUMOR CELL LINE;

CELL LINE, TUMOR; HUMANS; LIMIT OF DETECTION; LUNG NEOPLASMS; MEMBRANE PROTEINS; MODELS, BIOLOGICAL; MUTATION; PROTEOMICS; TIME FACTORS;

EID: 84950157730     PISSN: 00032700     EISSN: 15206882     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/acs.analchem.5b03639     Document Type: Article

References (43)

1. Ahram, M.; Litou, Z. I.; Fang, R.; Al-Tawallbeh, G. In Silico Biol. 2006, 6, 379-386
2. Hopkins, A. L.; Groom, C. R. Nat. Rev. Drug Discovery 2002, 1, 727-730 10.1038/nrd892
3. Han, C. L.; Chen, J. S.; Chan, E. C.; Wu, C. P.; Yu, K. H.; Chen, K. T.; Tsou, C. C.; Tsai, C. F.; Chien, C. W.; Kuo, Y. B.; Lin, P. Y.; Yu, J. S.; Hsueh, C.; Chen, M. C.; Chan, C. C.; Chang, Y. S.; Chen, Y. J. Mol. Cell. Proteomics 2011, 10, M110.003087 10.1074/mcp.M110.003087
4. Eichacker, L. A.; Granvogl, B.; Mirus, O.; Müller, B. C.; Miess, C.; Schleiff, E. J. Biol. Chem. 2004, 279, 50915-50922 10.1074/jbc.M405875200
5. Vuckovic, D.; Dagley, L. F.; Purcell, A. W.; Emili, A. Proteomics 2013, 13, 404-423 10.1002/pmic.201200340
6. Zhang, Z.; Zhang, L.; Hua, Y.; Jia, X.; Li, J.; Hu, S.; Peng, X.; Yang, P.; Sun, M.; Ma, F.; Cai, Z. BMC Cancer 2010, 10, 206 10.1186/1471-2407-10-206
7. Han, C. L.; Chien, C. W.; Chen, W. C.; Chen, Y. R.; Wu, C. P.; Li, H.; Chen, Y. J. Mol. Cell. Proteomics 2008, 7, 1983-1997 10.1074/mcp.M800068-MCP200
8. Polisetty, R. V.; Gautam, P.; Sharma, R.; Harsha, H. C.; Nair, S. C.; Gupta, M. K.; Uppin, M. S.; Challa, S.; Puligopu, A. K.; Ankathi, P.; Purohit, A. K.; Chandak, G. R.; Pandey, A.; Sirdeshmukh, R. Mol. Cell. Proteomics 2012, 11, M111.013565 10.1074/mcp.M111.013565
9. Muraoka, S.; Kume, H.; Watanabe, S.; Adachi, J.; Kuwano, M.; Sato, M.; Kawasaki, N.; Kodera, Y.; Ishitobi, M.; Inaji, H.; Miyamoto, Y.; Kato, K.; Tomonaga, T. J. Proteome Res. 2012, 11, 4201-4210 10.1021/pr300322q
10. Manadas, B.; English, J. A.; Wynne, K. J.; Cotter, D. R.; Dunn, M. J. Proteomics 2009, 9, 5194-5198 10.1002/pmic.200900349
11. Stein, D. R.; Hu, X.; McCorrister, S. J.; Westmacott, G. R.; Plummer, F. A.; Ball, T. B.; Carpenter, M. S. Proteomics 2013, 13, 2956-2966 10.1002/pmic.201300079
12. Yang, F.; Shen, Y.; Camp, D. G.; Smith, R. D. Expert Rev. Proteomics 2012, 9, 129-134 10.1586/epr.12.15
13. Wang, Y.; Yang, F.; Gritsenko, M. A.; Wang, Y.; Clauss, T.; Liu, T.; Shen, Y.; Monroe, M. E.; Lopez-Ferrer, D.; Reno, T.; Moore, R. J.; Klemke, R. L.; Camp, D. G., 2nd; Smith, R. D. Proteomics 2011, 11, 2019-2026 10.1002/pmic.201000722
14. Wang, H.; Sun, S.; Zhang, Y.; Chen, S.; Liu, P.; Liu, B. J. Chromatogr. B: Anal. Technol. Biomed. Life Sci. 2015, 974, 90-95 10.1016/j.jchromb.2014.10.031
15. Iwasaki, M.; Sugiyama, N.; Tanaka, N.; Ishihama, Y. J. Chromatogr A 2012, 1228, 292-297 10.1016/j.chroma.2011.10.059
16. Ishihama, Y.; Rappsilber, J.; Mann, M. J. Proteome Res. 2006, 5, 988-994 10.1021/pr050385q
17. Wisniewski, J. R.; Zougman, A.; Mann, M. J. Proteome Res. 2009, 8, 5674-5678 10.1021/pr900748n
18. Gilar, M.; Olivova, P.; Daly, A. E.; Gebler, J. C. J. Sep. Sci. 2005, 28, 1694-1703 10.1002/jssc.200500116
19. Rappsilber, J.; Mann, M.; Ishihama, Y. Nat. Protoc. 2007, 2, 1896-1906 10.1038/nprot.2007.261
20. Brosch, M.; Yu, L.; Hubbard, T.; Choudhary, J. J. Proteome Res. 2009, 8, 3176-3181 10.1021/pr800982s
21. Vizcaino, J. A.; Deutsch, E. W.; Wang, R.; Csordas, A.; Reisinger, F.; Rios, D.; Dianes, J. A.; Sun, Z.; Farrah, T.; Bandeira, N.; Binz, P.-A.; Xenarios, I.; Eisenacher, M.; Mayer, G.; Gatto, L.; Campos, A.; Chalkley, R. J.; Kraus, H.-J.; Albar, J. P.; Martinez-Bartolome, S.; Apweiler, R.; Omenn, G. S.; Martens, L.; Jones, A. R.; Hermjakob, H. Nat. Biotechnol. 2014, 32, 223-226 10.1038/nbt.2839
22. Kyte, J.; Doolittle, R. F. J. Mol. Biol. 1982, 157, 105-132 10.1016/0022-2836(82)90515-0
23. Huang, D. W.; Sherman, B. T.; Lempicki, R. A. Nat. Protoc. 2009, 4, 44-57 10.1038/nprot.2008.211
24. Cox, J.; Neuhauser, N.; Michalski, A.; Scheltema, R. A.; Olsen, J. V.; Mann, M. J. Proteome Res. 2011, 10, 1794-1805 10.1021/pr101065j
25. Cox, J.; Mann, M. Nat. Biotechnol. 2008, 26, 1367-1372 10.1038/nbt.1511
26. Bernsel, A.; Viklund, H.; Falk, J.; Lindahl, E.; von Heijne, G.; Elofsson, A. Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2008, 105, 7177-7181 10.1073/pnas.0711151105
27. Kall, L.; Krogh, A.; Sonnhammer, E. L. J. Mol. Biol. 2004, 338, 1027-1036 10.1016/j.jmb.2004.03.016
28. Krogh, A.; Larsson, B.; von Heijne, G.; Sonnhammer, E. L. J. Mol. Biol. 2001, 305, 567-580 10.1006/jmbi.2000.4315
29. Lo, A.; Chiu, H. S.; Sung, T. Y.; Hsu, W. L. Comput. Syst. Bioinformatics Conf 2006, 31-42 10.1142/97818609475750011
30. Howlader, N. A. M.; Krapcho, M.; Garshell, J.; Miller, D.; Altekruse, S. F.; Kosary, C. L.; Yu, M.; Ruhl, J.; Tatalovich, Z.; Mariotto, A.; Lewis, D. R.; Chen, H. S.; Feuer, E. J.; Cronin, K. A. SEER Cancer Statistics Review, 1975-2011. http://seer.cancer.gov/csr/1975
31. Paez, J. G.; Janne, P. A.; Lee, J. C.; Tracy, S.; Greulich, H.; Gabriel, S.; Herman, P.; Kaye, F. J.; Lindeman, N.; Boggon, T. J.; Naoki, K.; Sasaki, H.; Fujii, Y.; Eck, M. J.; Sellers, W. R.; Johnson, B. E.; Meyerson, M. Science 2004, 304, 1497-1500 10.1126/science.1099314
32. Li, C.; Fang, R.; Sun, Y.; Han, X.; Li, F.; Gao, B.; Iafrate, A. J.; Liu, X. Y.; Pao, W.; Chen, H.; Ji, H. PLoS One 2011, 6, e28204 10.1371/journal.pone.0028204
33. Voon, P.-J.; Cho, B. C.; Yeo, W.-L.; Soo, R. A. J. Thorac Dis 2010, 2, 144-153 10.3978/j.issn.2072-1439.2010.02.03.6
34. Camidge, D. R.; Pao, W.; Sequist, L. V. Nat. Rev. Clin. Oncol. 2014, 11, 473-481 10.1038/nrclinonc.2014.104
35. Wong, T. W.; Yu, H. Y.; Kong, S. K.; Fung, K. P.; Kwok, T. T. Life Sci. 2000, 67, 1111-1118 10.1016/S0024-3205(00)00699-8
36. Gogvadze, V.; Zhivotovsky, B.; Orrenius, S. Mol. Aspects Med. 2010, 31, 60-74 10.1016/j.mam.2009.12.004
37. Wisniewski, J. R.; Dus, K.; Mann, M. Proteomics: Clin. Appl. 2013, 7, 225-233 10.1002/prca.201200046
38. Beck, M.; Schmidt, A.; Malmstroem, J.; Claassen, M.; Ori, A.; Szymborska, A.; Herzog, F.; Rinner, O.; Ellenberg, J.; Aebersold, R. Mol. Syst. Biol. 2011, 7, 549 10.1038/msb.2011.82
39. Nagaraj, N.; Wisniewski, J. R.; Geiger, T.; Cox, J.; Kircher, M.; Kelso, J.; Paabo, S.; Mann, M. Mol. Syst. Biol. 2011, 7, 548 10.1038/msb.2011.81
40. Chung, J.; Bachelder, R. E.; Lipscomb, E. A.; Shaw, L. M.; Mercurio, A. M. J. Cell Biol. 2002, 158, 165-174 10.1083/jcb.200112015
41. Lin, C.; Song, H.; Huang, C.; Yao, E.; Gacayan, R.; Xu, S.-M.; Chuang, P.-T. PLoS One 2012, 7, e53817 10.1371/journal.pone.0053817
42. Nallapalli, R.; Ibrahim, M.; Zhou, A.; Bandaru, S.; Sunkara, S. N.; Redfors, B.; Pazooki, D.; Zhang, Y.; Boren, J.; Cao, Y.; Bergo, M.; Akyurek, L. Mol. Cancer 2012, 11, 50 10.1186/1476-4598-11-50
43. Guzy, R. D.; Sharma, B.; Bell, E.; Chandel, N. S.; Schumacker, P. T. Mol. Cell. Biol. 2008, 28, 718-731 10.1128/MCB.01338-07