Spatiotemporal-specific lncRNAs in the brain, colon, liver and lung of macaque during development

Molecular BioSystems

Volumn 11, Issue 12, 2015, Pages 3253-3263

  Li, Feng ^a   Xiao, Yun ^a   Huang, Fei ^b   Deng, Wei ^c   Zhao, Hongying ^a   Shi, Xinrui ^a   Wang, Shuyuan ^a   Yu, Xuexin ^a   Zhang, Lianfeng ^c   Han, Zujing ^b   Luo, Longhai ^b   Zhu, Qianhua ^b   Jiang, Wei ^a   Cheng, Shujun ^a,d   Li, Xia ^a   Zhang, Kaitai ^d  

^a HARBIN MEDICAL UNIVERSITY   (China)

^b BGI ARK Biotechnology Co Ltd   (China)

^c INSTITUTE OF LABORATORY ANIMAL SCIENCE   (China)

^d CANCER HOSPITAL   (China)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

LONG UNTRANSLATED RNA; MESSENGER RNA;

ANIMAL; ANTIBODY SPECIFICITY; BRAIN; CLUSTER ANALYSIS; COLON; EMBRYOLOGY; GENE EXPRESSION PROFILING; GENE EXPRESSION REGULATION; GENETICS; LIVER; LUNG; MACACA; METABOLISM; ORGANOGENESIS; TIME FACTOR;

ANIMALS; BRAIN; CLUSTER ANALYSIS; COLON; GENE EXPRESSION PROFILING; GENE EXPRESSION REGULATION, DEVELOPMENTAL; LIVER; LUNG; MACACA; ORGAN SPECIFICITY; ORGANOGENESIS; RNA, LONG NONCODING; RNA, MESSENGER; TIME FACTORS;

EID: 84947068822     PISSN: 1742206X     EISSN: 17422051     Source Type: Journal    
DOI: 10.1039/c5mb00474h     Document Type: Article

References (59)

1. Z. Xue K. Huang C. Cai L. Cai C. Y. Jiang Y. Feng Z. Liu Q. Zeng L. Cheng Y. E. Sun J. Y. Liu S. Horvath G. Fan Nature 2013 500 593 597
2. E. H. Davidson Nature 2010 468 911 920
3. M. Iruarrizaga-Lejarreta M. Varela-Rey J. J. Lozano D. Fernandez-Ramos N. Rodriguez-Ezpeleta N. Embade S. C. Lu P. M. van der Kraan E. N. Blaney Davidson M. Gorospe R. Mirsky K. R. Jessen A. M. Aransay J. M. Mato M. L. Martinez-Chantar et al. J. Neurosci. 2012 32 4944 4958
4. P. Carninci T. Kasukawa S. Katayama J. Gough M. C. Frith N. Maeda R. Oyama T. Ravasi B. Lenhard C. Wells R. Kodzius K. Shimokawa V. B. Bajic S. E. Brenner S. Batalov et al. Science 2005 309 1559 1563
5. S. Katayama Y. Tomaru T. Kasukawa K. Waki M. Nakanishi M. Nakamura H. Nishida C. C. Yap M. Suzuki J. Kawai H. Suzuki P. Carninci Y. Hayashizaki C. Wells M. Frith et al. Science 2005 309 1564 1566
6. S. Djebali C. A. Davis A. Merkel A. Dobin T. Lassmann A. Mortazavi A. Tanzer J. Lagarde W. Lin F. Schlesinger C. Xue G. K. Marinov J. Khatun B. A. Williams C. Zaleski et al. Nature 2012 489 101 108
7. E. Birney J. A. Stamatoyannopoulos A. Dutta R. Guigo T. R. Gingeras E. H. Margulies Z. Weng M. Snyder E. T. Dermitzakis R. E. Thurman M. S. Kuehn C. M. Taylor S. Neph C. M. Koch S. Asthana et al. Nature 2007 447 799 816
8. Z. Wang M. Gerstein M. Snyder Nat. Rev. Genet. 2009 10 57 63
9. B. Zhang G. Arun Y. S. Mao Z. Lazar G. Hung G. Bhattacharjee X. Xiao C. J. Booth J. Wu C. Zhang D. L. Spector Cell Rep. 2012 2 111 123
10. M. L. Metzker Nat. Rev. Genet. 2010 11 31 46
11. M. N. Cabili C. Trapnell L. Goff M. Koziol B. Tazon-Vega A. Regev J. L. Rinn Genes Dev. 2011 25 1915 1927
12. V. Mohanty Y. Gokmen-Polar S. Badve S. C. Janga Briefings Funct. Genomics 2015 14 115 129
13. P. J. Batista H. Y. Chang Cell 2013 152 1298 1307
14. S. Bian T. Sun Mol. Neurobiol. 2011 44 359 373
15. S. He S. Liu H. Zhu BMC Evol. Biol. 2011 11 102
16. W. C. Spencer G. Zeller J. D. Watson S. R. Henz K. L. Watkins R. D. McWhirter S. Petersen V. T. Sreedharan C. Widmer J. Jo V. Reinke L. Petrella S. Strome S. E. Von Stetina M. Katz et al. Genome Res. 2011 21 325 341
17. K. C. Wang H. Y. Chang Mol. Cell 2011 43 904 914
18. S. Kumar S. B. Hedges Nature 1998 392 917 920
19. H. E. Carlsson S. J. Schapiro I. Farah J. Hau Am. J. Primatol. 2004 63 225 237
20. C. Trapnell A. Roberts L. Goff G. Pertea D. Kim D. R. Kelley H. Pimentel S. L. Salzberg J. L. Rinn L. Pachter Nat. Protoc. 2012 7 562 578
21. J. D. Storey W. Xiao J. T. Leek R. G. Tompkins R. W. Davis Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2005 102 12837 12842
22. J. T. Leek E. Monsen A. R. Dabney J. D. Storey Bioinformatics 2006 22 507 508
23. J. Vesanto E. Alhoniemi IEEE Trans. Neural Netw. 2000 11 586 600
24. O. Alter P. O. Brown D. Botstein Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2000 97 10101 10106
25. I. Yanai H. Benjamin M. Shmoish V. Chalifa-Caspi M. Shklar R. Ophir A. Bar-Even S. Horn-Saban M. Safran E. Domany D. Lancet O. Shmueli Bioinformatics 2005 21 650 659
26. M. Lu Q. Zhang M. Deng J. Miao Y. Guo W. Gao Q. Cui PLoS One 2008 3 e3420
27. A. Necsulea M. Soumillon M. Warnefors A. Liechti T. Daish U. Zeller J. C. Baker F. Grutzner H. Kaessmann Nature 2014 505 635 640
28. C. Trapnell L. Pachter S. L. Salzberg Bioinformatics 2009 25 1105 1111
29. Z. He H. Bammann D. Han G. Xie P. Khaitovich RNA 2014 20 1103 1111
30. Y. Liu D. Han Y. Han Z. Yan B. Xie J. Li N. Qiao H. Hu P. Khaitovich Y. Gao J. D. Han Nucleic Acids Res. 2011 39 1408 1418
31. T. Zhao J. Xu L. Liu J. Bai L. Wang Y. Xiao X. Li L. Zhang FEBS Lett. 2015 589 521 531
32. A. Marchler-Bauer J. B. Anderson P. F. Cherukuri C. DeWeese-Scott L. Y. Geer M. Gwadz S. He D. I. Hurwitz J. D. Jackson Z. Ke C. J. Lanczycki C. A. Liebert C. Liu F. Lu G. H. Marchler et al. Nucleic Acids Res. 2005 33 D192 D196
33. S. H. Cho R. Lei T. D. Henninger L. M. Contreras Appl. Environ. Microbiol. 2014 80 4189 4198
34. L. Xiao K. Wang Y. Teng J. Zhang FEBS Lett. 2003 538 117 124
35. T. Ravasi H. Suzuki K. C. Pang S. Katayama M. Furuno R. Okunishi S. Fukuda K. Ru M. C. Frith M. M. Gongora S. M. Grimmond D. A. Hume Y. Hayashizaki J. S. Mattick Genome Res. 2006 16 11 19
36. J. Ponjavic P. L. Oliver G. Lunter C. P. Ponting PLoS Genet. 2009 5 e1000617
37. S. Guil M. Esteller Nat. Struct. Mol. Biol. 2012 19 1068 1075
38. J. A. Wamstad J. M. Alexander R. M. Truty A. Shrikumar F. Li K. E. Eilertson H. Ding J. N. Wylie A. R. Pico J. A. Capra G. Erwin S. J. Kattman G. M. Keller D. Srivastava S. S. Levine et al. Cell 2012 151 206 220
39. M. L. Sutton-McDowall D. Feil R. L. Robker J. G. Thompson K. R. Dunning Theriogenology 2012 77 1632 1641
40. M. Weaver N. R. Dunn B. L. Hogan Development 2000 127 2695 2704
41. M. Guttman J. Donaghey B. W. Carey M. Garber J. K. Grenier G. Munson G. Young A. B. Lucas R. Ach L. Bruhn X. Yang I. Amit A. Meissner A. Regev J. L. Rinn et al. Nature 2011 477 295 300
42. S. F. Altschul T. L. Madden A. A. Schaffer J. Zhang Z. Zhang W. Miller D. J. Lipman Nucleic Acids Res. 1997 25 3389 3402
43. J. L. Rinn M. Kertesz J. K. Wang S. L. Squazzo X. Xu S. A. Brugmann L. H. Goodnough J. A. Helms P. J. Farnham E. Segal H. Y. Chang Cell 2007 129 1311 1323
44. C. Gong L. E. Maquat Nature 2011 470 284 288
45. T. R. Mercer M. E. Dinger J. S. Mattick Nat. Rev. Genet. 2009 10 155 159
46. C. P. Ponting P. L. Oliver W. Reik Cell 2009 136 629 641
47. J. H. Yang J. H. Li S. Jiang H. Zhou L. H. Qu Nucleic Acids Res. 2013 41 D177 D187
48. P. Paci T. Colombo L. Farina BMC Syst. Biol. 2014 8 83
49. Y. Xiao J. Guan Y. Ping C. Xu T. Huang H. Zhao H. Fan Y. Li Y. Lv T. Zhao Y. Dong H. Ren X. Li Nucleic Acids Res. 2012 40 7653 7665
50. T. Zhao J. Xu L. Liu J. Bai C. Xu Y. Xiao X. Li L. Zhang Mol. BioSyst. 2015 11 126 136
51. A. Pauli E. Valen M. F. Lin M. Garber N. L. Vastenhouw J. Z. Levin L. Fan A. Sandelin J. L. Rinn A. Regev A. F. Schier Genome Res. 2012 22 577 591
52. T. Derrien R. Johnson G. Bussotti A. Tanzer S. Djebali H. Tilgner G. Guernec D. Martin A. Merkel D. G. Knowles J. Lagarde L. Veeravalli X. Ruan Y. Ruan T. Lassmann et al. Genome Res. 2012 22 1775 1789
53. W. Hu J. R. Alvarez-Dominguez H. F. Lodish EMBO Rep. 2012 13 971 983
54. J. L. Rinn H. Y. Chang Annu. Rev. Biochem. 2012 81 145 166
55. T. Derrien R. Guigo R. Johnson Front. Genet. 2011 2 107
56. K. C. Wang Y. W. Yang B. Liu A. Sanyal R. Corces-Zimmerman Y. Chen B. R. Lajoie A. Protacio R. A. Flynn R. A. Gupta J. Wysocka M. Lei J. Dekker J. A. Helms H. Y. Chang Nature 2011 472 120 124
57. M. Guttman J. L. Rinn Nature 2012 482 339 346
58. Q. Liao C. Liu X. Yuan S. Kang R. Miao H. Xiao G. Zhao H. Luo D. Bu H. Zhao G. Skogerbo Z. Wu Y. Zhao Nucleic Acids Res. 2011 39 3864 3878
59. X. Guo L. Gao Q. Liao H. Xiao X. Ma X. Yang H. Luo G. Zhao D. Bu F. Jiao Q. Shao R. Chen Y. Zhao Nucleic Acids Res. 2013 41 e35