Identification of module biomarkers from the dysregulated ceRNA-ceRNA interaction network in lung adenocarcinoma

Molecular BioSystems

Volumn 11, Issue 11, 2015, Pages 3048-3058

  Shao, Tingting ^a   Wu, Aiwei ^a   Chen, Juan ^a   Chen, Hong ^a   Lu, Jianping ^a   Bai, Jing ^a   Li, Yongsheng ^a   Xu, Juan ^a   Li, Xia ^a  

^a HARBIN MEDICAL UNIVERSITY   (China)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

RNA; TUMOR MARKER;

ADENOCARCINOMA; DISEASE COURSE; GENE EXPRESSION REGULATION; GENE ONTOLOGY; GENE REGULATORY NETWORK; GENETICS; HUMAN; LUNG TUMOR; METABOLISM; OPEN READING FRAME; PATHOLOGY; PSEUDOGENE;

ADENOCARCINOMA; BIOMARKERS, TUMOR; DISEASE PROGRESSION; GENE EXPRESSION REGULATION, NEOPLASTIC; GENE ONTOLOGY; GENE REGULATORY NETWORKS; HUMANS; LUNG NEOPLASMS; OPEN READING FRAMES; PSEUDOGENES; RNA, NEOPLASM;

EID: 84944244842     PISSN: 1742206X     EISSN: 17422051     Source Type: Journal    
DOI: 10.1039/c5mb00364d     Document Type: Article

References (61)

1. J. Xu C. X. Li J. Y. Lv Y. S. Li Y. Xiao T. T. Shao X. Huo X. Li Y. Zou Q. L. Han X. Li L. H. Wang H. Ren Mol. Cancer Ther. 2011 10 1857 1866
2. D. Baek J. Villen C. Shin F. D. Camargo S. P. Gygi D. P. Bartel Nature 2008 455 64 71
3. D. P. Bartel Cell 2009 136 215 233
4. L. Salmena L. Poliseno Y. Tay L. Kats P. P. Pandolfi Cell 2011 146 353 358
5. M. S. Kumar E. Armenteros-Monterroso P. East P. Chakravorty N. Matthews M. M. Winslow J. Downward Nature 2014 505 212 217
6. L. Poliseno L. Salmena J. Zhang B. Carver W. J. Haveman P. P. Pandolfi Nature 2010 465 1033 1038
7. J. Wang X. Liu H. Wu P. Ni Z. Gu Y. Qiao N. Chen F. Sun Q. Fan Nucleic Acids Res. 2010 38 5366 5383
8. J. Tang H. Zhuo X. Zhang R. Jiang J. Ji L. Deng X. Qian F. Zhang B. Sun Cell Death Dis. 2014 5 e1549
9. M. Narayanan J. L. Huynh K. Wang X. Yang S. Yoo J. McElwee B. Zhang C. Zhang J. R. Lamb T. Xie C. Suver C. Molony S. Melquist A. D. Johnson G. Fan D. J. Stone E. E. Schadt P. Casaccia V. Emilsson J. Zhu Mol. Syst. Biol. 2014 10 743
10. P. Sumazin X. Yang H. S. Chiu W. J. Chung A. Iyer D. Llobet-Navas P. Rajbhandari M. Bansal P. Guarnieri J. Silva A. Califano Cell 2011 147 370 381
11. P. Paci T. Colombo L. Farina BMC Syst. Biol. 2014 8 83
12. L. Li D. Wang M. Xue X. Mi Y. Liang P. Wang Sci. Rep. 2014 4 5406
13. A. Jemal F. Bray M. M. Center J. Ferlay E. Ward D. Forman Ca-Cancer J. Clin. 2011 61 69 90
14. N. Cancer Genome Atlas Research Nature 2014 511 543 550
15. J. S. Seo Y. S. Ju W. C. Lee J. Y. Shin J. K. Lee T. Bleazard J. Lee Y. J. Jung J. O. Kim J. Y. Shin S. B. Yu J. Kim E. R. Lee C. H. Kang I. K. Park H. Rhee S. H. Lee J. I. Kim J. H. Kang Y. T. Kim Genome Res. 2012 22 2109 2119
16. X. Su J. Xing Z. Wang L. Chen M. Cui B. Jiang Chin. J. Cancer Res. 2013 25 235 239
17. U. Ala F. A. Karreth C. Bosia A. Pagnani R. Taulli V. Leopold Y. Tay P. Provero R. Zecchina P. P. Pandolfi Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2013 110 7154 7159
18. M. Strazisar V. Mlakar D. Glavac Lung Cancer 2009 64 257 262
19. S. V. Sharma D. W. Bell J. Settleman D. A. Haber Nat. Rev. Cancer 2007 7 169 181
20. S. Wang X. Li Z. G. Li J. Lu W. Y. Fang Y. Q. Ding K. T. Yao Int. J. Cancer 2011 128 753 762
21. S. L. Yu H. Y. Chen G. C. Chang C. Y. Chen H. W. Chen S. Singh C. L. Cheng C. J. Yu Y. C. Lee H. S. Chen T. J. Su C. C. Chiang H. N. Li Q. S. Hong H. Y. Su C. C. Chen W. J. Chen C. C. Liu W. K. Chan W. J. Chen K. C. Li J. J. Chen P. C. Yang Cancer Cell 2008 13 48 57
22. D. Hanahan R. A. Weinberg Cell 2011 144 646 674
23. C. L. Plaisier M. Pan N. S. Baliga Genome Res. 2012 22 2302 2314
24. E. Wang N. Zaman S. McGee J. S. Milanese A. Masoudi-Nejad M. O'Connor-McCourt Semin. Cancer Biol. 2015 30 4 12
25. N. Zaman L. Li M. L. Jaramillo Z. Sun C. Tibiche M. Banville C. Collins M. Trifiro M. Paliouras A. Nantel M. O'Connor-McCourt E. Wang Cell Rep. 2013 5 216 223
26. E. Segal M. Shapira A. Regev D. Pe'er D. Botstein D. Koller N. Friedman Nat. Genet. 2003 34 166 176
27. B. J. Frey D. Dueck Science 2007 315 972 976
28. F. Kottakis C. Polytarchou P. Foltopoulou I. Sanidas S. C. Kampranis P. N. Tsichlis Mol. Cell 2011 43 285 298
29. D. Y. Lu X. H. Mao Y. H. Zhou X. L. Yan W. P. Wang Y. B. Zheng J. J. Xiao P. Zhang J. G. Wang N. Ashwani W. L. Ding H. Jiang Y. Shang M. H. Wang Asian Pac. J. Cancer Prev. 2014 15 5249 5252
30. P. Ji S. Diederichs W. Wang S. Boing R. Metzger P. M. Schneider N. Tidow B. Brandt H. Buerger E. Bulk M. Thomas W. E. Berdel H. Serve C. Muller-Tidow Oncogene 2003 22 8031 8041
31. J. Li A. E. Lenferink Y. Deng C. Collins Q. Cui E. O. Purisima M. D. O'Connor-McCourt E. Wang Nat. Commun. 2010 1 34
32. A. Weber J. Marquardt D. Elzi N. Forster S. Starke A. Glaum D. Yamada P. A. Defossez J. Delrow R. N. Eisenman H. Christiansen M. Eilers EMBO J. 2008 27 1563 1574
33. A. Esquela-Kerscher P. Trang J. F. Wiggins L. Patrawala A. Cheng L. Ford J. B. Weidhaas D. Brown A. G. Bader F. J. Slack Cell Cycle 2008 7 759 764
34. M. S. Kumar S. J. Erkeland R. E. Pester C. Y. Chen M. S. Ebert P. A. Sharp T. Jacks Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2008 105 3903 3908
35. M. Rotunno N. Hu H. Su C. Wang A. M. Goldstein A. W. Bergen D. Consonni A. C. Pesatori P. A. Bertazzi S. Wacholder J. Shih N. E. Caporaso P. R. Taylor M. T. Landi Cancer Prev. Res. 2011 4 1599 1608
36. X. L. Zeng S. Y. Zhang J. F. Zheng H. Yuan Y. Wang China Med. J. 2013 126 4510 4516
37. P. P. Anglim J. S. Galler M. N. Koss J. A. Hagen S. Turla M. Campan D. J. Weisenberger P. W. Laird K. D. Siegmund I. A. Laird-Offringa Mol. Cancer 2008 7 62
38. T. Huang A. Alvarez B. Hu S. Y. Cheng Chin. J. Cancer 2013 32 582 593
39. M. F. Tsai C. C. Wang G. C. Chang C. Y. Chen H. Y. Chen C. L. Cheng Y. P. Yang C. Y. Wu F. Y. Shih C. C. Liu H. P. Lin Y. S. Jou S. C. Lin C. W. Lin W. J. Chen W. K. Chan J. J. Chen P. C. Yang J. Natl. Cancer Inst. 2006 98 825 838
40. E. C. de Bruin N. McGranahan R. Mitter M. Salm D. C. Wedge L. Yates M. Jamal-Hanjani S. Shafi N. Murugaesu A. J. Rowan E. Gronroos M. A. Muhammad S. Horswell M. Gerlinger I. Varela D. Jones J. Marshall T. Voet P. Van Loo D. M. Rassl R. C. Rintoul S. M. Janes S. M. Lee M. Forster T. Ahmad D. Lawrence M. Falzon A. Capitanio T. T. Harkins C. C. Lee W. Tom E. Teefe S. C. Chen S. Begum A. Rabinowitz B. Phillimore B. Spencer-Dene G. Stamp Z. Szallasi N. Matthews A. Stewart P. Campbell C. Swanton Science 2014 346 251 256
41. J. Zhang J. Fujimoto J. Zhang D. C. Wedge X. Song J. Zhang S. Seth C. W. Chow Y. Cao C. Gumbs K. A. Gold N. Kalhor L. Little H. Mahadeshwar C. Moran A. Protopopov H. Sun J. Tang X. Wu Y. Ye W. N. William J. J. Lee J. V. Heymach W. K. Hong S. Swisher I. I. Wistuba P. A. Futreal Science 2014 346 256 259
42. R. Califano A. Abidin N. U. Tariq P. Economopoulou G. Metro G. Mountzios Cancer Treat. Rev. 2015 41 401 411
43. J. Harrow A. Frankish J. M. Gonzalez E. Tapanari M. Diekhans F. Kokocinski B. L. Aken D. Barrell A. Zadissa S. Searle I. Barnes A. Bignell V. Boychenko T. Hunt M. Kay G. Mukherjee J. Rajan G. Despacio-Reyes G. Saunders C. Steward R. Harte M. Lin C. Howald A. Tanzer T. Derrien J. Chrast N. Walters S. Balasubramanian B. Pei M. Tress J. M. Rodriguez I. Ezkurdia J. van Baren M. Brent D. Haussler M. Kellis A. Valencia A. Reymond M. Gerstein R. Guigo T. J. Hubbard Genome Res. 2012 22 1760 1774
44. J. H. Li S. Liu H. Zhou L. H. Qu J. H. Yang Nucleic Acids Res. 2014 42 D92 D97
45. A. Kozomara S. Griffiths-Jones Nucleic Acids Res. 2014 42 D68 D73
46. C. Trapnell L. Pachter S. L. Salzberg Bioinformatics 2009 25 1105 1111
47. C. Trapnell B. A. Williams G. Pertea A. Mortazavi G. Kwan M. J. van Baren S. L. Salzberg B. J. Wold L. Pachter Nat. Biotechnol. 2010 28 511 515
48. Lung Cancer Gene Database. http://www.bioinformatics.org/lugend/
49. A. Hamosh A. F. Scott J. S. Amberger C. A. Bocchini V. A. McKusick Nucleic Acids Res. 2005 33 D514 D517
50. Y. Yang L. M. Fu Bioinformatics 2003 19 2311 2312
51. X. He S. Chang J. Zhang Q. Zhao H. Xiang K. Kusonmano L. Yang Z. S. Sun H. Yang J. Wang Nucleic Acids Res. 2008 36 D836 D841
52. G. Chen Z. Wang D. Wang C. Qiu M. Liu X. Chen Q. Zhang G. Yan Q. Cui Nucleic Acids Res. 2013 41 D983 D986
53. N. M. White C. R. Cabanski J. M. Silva-Fisher H. X. Dang R. Govindan C. A. Maher Genome Biol. 2014 15 429
54. B. Xie Q. Ding H. Han D. Wu Bioinformatics 2013 29 638 644
55. Q. Jiang Y. Wang Y. Hao L. Juan M. Teng X. Zhang M. Li G. Wang Y. Liu Nucleic Acids Res. 2009 37 D98 D104
56. M. Lu Q. Zhang M. Deng J. Miao Y. Guo W. Gao Q. Cui PLoS One 2008 3 e3420
57. D. Wang J. Gu T. Wang Z. Ding Bioinformatics 2014 30 2237 2238
58. A. J. Enright B. John U. Gaul T. Tuschl C. Sander D. S. Marks Genome Biol. 2003 5 R1
59. M. D. Robinson D. J. McCarthy G. K. Smyth Bioinformatics 2010 26 139 140
60. M. Ashburner C. A. Ball J. A. Blake D. Botstein H. Butler J. M. Cherry A. P. Davis K. Dolinski S. S. Dwight J. T. Eppig M. A. Harris D. P. Hill L. Issel-Tarver A. Kasarskis S. Lewis J. C. Matese J. E. Richardson M. Ringwald G. M. Rubin G. Sherlock Nat. Genet. 2000 25 25 29
61. T. Sing O. Sander N. Beerenwinkel T. Lengauer Bioinformatics 2005 21 3940 3941