A general approach to the design of allosteric, transcription factor-regulated DNAzymes

Chemical Science

Volumn 6, Issue 7, 2015, Pages 3692-3696

  Adornetto, G ^a   Porchetta, A ^a,b   Palleschi, G ^a,b   Plaxco, K W ^c   Ricci, F ^a,b  

^a UNIVERSITY OF ROME TOR VERGATA   (Italy)

^b NATIONAL INSTITUTE OF BIOSTRUCTURES AND BIOSYSTEMS   (Italy)

^c UNIVERSITY OF CALIFORNIA   (United States)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

BINDING ENERGY; BINS; CATALYST ACTIVITY; CONFORMATIONS; DNA; NUCLEIC ACIDS; PROTEINS; TRANSCRIPTION FACTORS;

ACID-BINDING PROTEINS; ALLOSTERIC CONTROL; BIOLOGICAL FUNCTIONS; CONSENSUS SEQUENCE; DIAGNOSTIC APPLICATIONS; LOW-ENERGY CONFORMATIONS; TATA-BINDING PROTEINS; TRANSCRIPTION FACTOR BINDING SITES;

TRANSCRIPTION;

EID: 84935900800     PISSN: 20416520     EISSN: 20416539     Source Type: Journal    
DOI: 10.1039/c5sc00228a     Document Type: Article

References (63)

1. I. Willner B. Shlyahovsky M. Zayats B. Willner Chem. Soc. Rev. 2008 37 6 1153 1165
2. R. R. Breaker G. F. Joyce Trends Biotechnol. 1994 12 268 275
3. R. R. Breaker G. F. Joyce Chem. Biol. 1994 1 4 223 229
4. M. Illangasekare G. Sanchez T. Nickles M. Yarus Science 1995 267 5198 643 647
5. A. Jenne M. Famulok Chem. Biol. 1998 5 1 23 34
6. J. B. Murray A. A. Seyhan N. G. Walter J. M. Burke W. G. Scott Chem. Biol. 1998 5 10 587 595
7. M. Illangasekare M. A. Yarus RNA 1999 5 11 1482 1489
8. J. Tang R. R. Breaker Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2000 97 11 5784 5789
9. J. Rogers G. F. Joyce RNA 2001 7 395 404
10. J. W. Liu A. K. Brown X. L. Meng D. M. Cropek J. D. Istok D. B. Watson Y. A. Lu Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2007 104 2056 2061
11. J. Liu Y. Lu J. Am. Chem. Soc. 2007 129 9838 9839
12. R. Orbach F. Remacle R. D. Levine I. Willner Chem. Sci. 2014 5 1074 1081
13. Y. Xiao V. Pavlov T. Niazov A. Dishon M. Kotler I. Willner J. Am. Chem. Soc. 2004 126 7430 7431
14. V. Pavlov Y. Xiao R. Gill A. Dishon M. Kotler I. Willner Anal. Chem. 2004 76 2152 2156
15. T. Li E. Wang S. Dong Chem. Commun. 2008 3654 3656
16. R. Orbach F. Wang O. Lioubashevski R. D. Levine F. Remacle I. Willner Chem. Sci. 2014 5 3381 3387
17. X. Liu R. Freeman E. Golub I. Willner ACS Nano 2011 5 9 7648 7655
18. D. Balke C. Wichert B. Appel S. Müller Appl. Microbiol. Biotechnol. 2014 98 8 3389 3399
19. T. A. Lincoln G. F. Joyce Science 2009 323 1229 1232
20. B. J. Lam G. F. Joyce J. Am. Chem. Soc. 2011 133 9 3191 3197
21. G. Eckhoff V. Codrea A. D. Ellington X. Chen J. Syst. Chem. 2010 1 13
22. B. Shlyahovsky Y. Li O. Lioubashevski J. Elbaz I. Willner ACS Nano 2009 3 7 1831 1843
23. A. U. Khan Clin. Chim. Acta 2006 367 20 27
24. Y. Isaka Curr. Opin. Mol. Ther. 2007 9 132 136
25. C. R. Dass P. F. M. Choong L. M. Khanchigian Mol. Cancer Ther. 2008 7 243
26. Y. Qu L. Zhang M. Mao F. Zhao X. Huang C. Yang Y. Xiong D. Mu Cancer Gene Ther. 2008 15 517 525
27. J. L. Vinkenborg N. Karnowski M. Famulok Nat. Chem. Biol. 2011 7 8 519 527
28. M. Wieland H. S. Hartig Angew. Chem., Int. Ed. 2008 47 2604 2607
29. M. A. Aleman-Garcia R. Orbach I. Willner Chem.-Eur. J. 2014 20 5619 5624
30. B. Klauser J. Atanasov L. K. Siewert J. S. Hartig ACS Synth. Biol. 10.1021/sb500062p
31. P. Ketzer J. K. Kaufmann S. Engelhardt S. Bossow C. von Kalle J. S. Hartig G. Ungerechts D. M. Nettelbeck Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2014 111 5 E554 E562
32. S. Ausländer P. Stücheli C. Rehm D. Ausländer J. S. Hartig M. A. Fussenegger Nat. Methods 2014 11 11 1154 1160
33. J. S. Hartig S. H. Najafi-Shoushtari I. Grüne A. Yan A. D. Ellington M. Famulok Nat. Biotechnol. 2002 20 7 717 722
34. D. Y. Wang D. A. Sen J. Mol. Biol. 2001 310 723 734
35. D. Y. Wang B. H. Y. Lai A. R. Feldman D. A. Sen Nucleic Acids Res. 2002 30 1735 1742
36. D. Y. Wang B. H. Y. Lai D. A. Sen J. Mol. Biol. 2002 318 33 43
37. J. Tang R. R. Breaker Chem. Biol. 1997 4 6 453 459
38. M. Levy A. D. Ellington Chem. Biol. 2002 9 4 417 426
39. W. Chiuman Y. Li PLoS One 2007 2 11 e1224
40. B. J. Lam G. F. Joyce Nat. Biotechnol. 2009 27 288 292
41. C. Teller S. Shimron I. Willner Anal. Chem. 2009 81 9114 9119
42. M. Famulok J. S. Hartig G. Mayer Chem. Rev. 2007 107 9 3715 3743
43. P. Travascio Y. Li D. A. Sen Chem. Biol. 1998 5 9 505 517
44. P. Travascio P. K. Witting A. G. Mauk D. A. Sen J. Am. Chem. Soc. 2001 123 1337 1348
45. A. Vallée-Bélisle F. Ricci K. W. Plaxco Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2009 106 33 13802 13807
46. C. Bertolotto F. Lesueur S. Giuliano T. Strub M. de Lichy K. Bille P. Dessen B. d'Hayer H. Mohamdi et al. Nature 2011 480 7375 94 98
47. J. Vachtenheim J. Borovanský Exp. Dermatol. 2010 19 617 627
48. C. R. Goding Pigm. Cell Melanoma Res. 2014 27 7 8
49. I. Aksan C. R. Goding Mol. Cell. Biol. 1998 18 12 6930 6938
50. M. Zuker Nucleic Acids Res. 2003 31 13 3406 3415
51. A. Vallée-Bélisle A. J. Bonham N. O. Reich F. Ricci K. W. Plaxco J. Am. Chem. Soc. 2011 133 35 13836 13839
52. N. Hernandez Genes Dev. 1993 7 1291 1308
53. A. Bareket-Samish I. Cohen T. E. Haran J. Mol. Biol. 2000 299 4 965 977
54. M. Perutz, Mechanisms of Cooperativity and Allosteric Regulation in Proteins, Cambridge University Press, Cambridge, U.K., 1990
55. G. A. Soukup R. R. Breaker Curr. Opin. Struct. Biol. 2000 10 3 318 325
56. G. M. Emilsson R. R. Breaker Cell. Mol. Life Sci. 2002 59 4 596 607
57. R. R. Breaker Curr. Opin. Biotechnol. 2002 13 1 31 39
58. F. Wang R. Orbach I. Willner Chem.-Eur. J. 2012 18 16030 16036
59. M. M. Babu N. M. Luscombe L. Aravind M. Gerstein S. A. Teichmann Curr. Opin. Struct. Biol. 2004 14 283 291
60. A. A. Green P. A. Silver J. J. Collins P. Yin Cell 2014 159 4 925 939
61. A. S. Khalil T. K. Lu C. J. Bashor C. L. Ramirez N. C. Pyenson J. K. Joung J. J. Collins Cell 2012 150 3 647 658
62. A. S. Khalil J. J. Collins Nat. Rev. Genet. 2010 11 5 367 379
63. J. J. Stewart L. A. Stargell J. Biol. Chem. 2001 276 30078 30084