Protein dynamics: from rattling in a cage to structural relaxation

Soft Matter

Volumn 11, Issue 25, 2015, Pages 4984-4998

  Khodadadi, Sheila ^a   Sokolov, Alexei P ^b  

^a DELFT UNIVERSITY OF TECHNOLOGY   (Netherlands)

^b UNIVERSITY OF TENNESSEE   (United States)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

DIELECTRIC RELAXATION; GLASS TRANSITION; MOLECULAR DYNAMICS; NEUTRON SCATTERING; STRUCTURAL RELAXATION;

DIELECTRIC RELAXATION SPECTROSCOPY; MOLECULAR DYNAMICS SIMULATIONS; PICOSECONDS; PROTEIN DYNAMICS; PROTEIN MOTION; SECONDARY RELAXATIONS; SOLVENT DYNAMICS; TIME-SCALES;

PROTEINS;

PROTEIN;

ANIMAL; CHEMISTRY; ELECTROCHEMICAL IMPEDANCE SPECTROSCOPY; HUMAN; MOLECULAR DYNAMICS; NEUTRON DIFFRACTION; PROTEIN CONFORMATION; TRANSITION TEMPERATURE;

ANIMALS; DIELECTRIC SPECTROSCOPY; HUMANS; MOLECULAR DYNAMICS SIMULATION; NEUTRON DIFFRACTION; PROTEIN CONFORMATION; PROTEINS; TRANSITION TEMPERATURE;

EID: 84934940544     PISSN: 1744683X     EISSN: 17446848     Source Type: Journal    
DOI: 10.1039/c5sm00636h     Document Type: Article

References (172)

1. A. J. Baldwin L. E. Kay Nature 2012 488 165 166
2. H. Frauenfelder S. G. Sligar P. G. Wolynes Science 1991 254 1598 1603
3. H. Frauenfelder G. Chen J. Berendzen P. W. Fenimore H. Jansson B. H. McMahon I. R. Stroe J. Swenson R. D. Young Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2009 106 5129 5134
4. K. Henzler-Wildman D. Kern Nature 2007 450 964 972
5. K. A. Henzler-Wildman M. Lei V. Thai S. J. Kerns M. Karplus D. Kern Nature 2007 450 913 916
6. L. Hong N. Smolin B. Lindner A. P. Sokolov J. C. Smith Phys. Rev. Lett. 2011 107 148102
7. W. Köhler J. Friedrich J. Chem. Phys. 1989 90 1270 1273
8. O. F. Lange N.-A. Lakomek C. Farès G. F. Schröder S. Becker K. F. A. Walter J. Meiler H. Grubmüller C. Griesinger B. L. De Groot Science 2008 320 1471 1475
9. D. E. Shaw P. Maragakis K. Lindorff-Larsen S. Piana R. O. Dror M. O. Eastwood J. A. Bank J. M. Jumper J. K. Salmon Y. Shan W. Wriggers Science 2010 330 341 346
10. N. Smolin R. Biehl G. R. Kneller D. Richter J. C. Smith Biophys. J. 2012 102 1108 1117
11. A. M. Stadler L. Stingaciu A. Radulescu O. Holderer M. Monkenbusch R. Biehl D. Richter J. Am. Chem. Soc. 2014 136 6987 6994
12. K. Ngai, Relaxation and Diffusion in Complex Systems, Springer, New York, 2011
13. A. Soranno B. Buchli D. Nettels R. R. Cheng S. Müller-Späth S. H. Pfeil A. Hoffmann E. A. Lipman D. E. Makarov B. Schuler Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2012 109 17800 17806
14. R. R. Cheng A. T. Hawk D. E. Makarov J. Chem. Phys. 2013 138 074112
15. O. Otto S. Sturm N. Laohakunakorn U. F. Keyser K. Kroy Nat. Commun. 2013 4 1780
16. Y. Liu L. Porcar J. Chen W.-R. Chen P. Falus A. Faraone E. Fratini K. Hong P. Baglioni J. Phys. Chem. B 2011 115 7238 7247
17. P. S. Sarangapani S. D. Hudson R. L. Jones J. F. Douglas J. A. Patha Biophys. J. 2015 108 724 737
18. M. Buck J. Boyd C. Redfield D. A. MacKenzie D. J. Jeenes D. B. Archer C. M. Dobson Biochemistry 1995 34 4041 4055
19. A. Krushelnitsky D. Reichert Prog. Nucl. Magn. Reson. Spectrosc. 2005 47 1 25
20. P. R. L. Markwick T. Malliavin M. Nilges PLoS Comput. Biol. 2008 4 e000168
21. L. E. Kay Nat. Struct. Biol. 1998 5 513 517
22. L. E. kay J. Magn. Reson. 2005 173 193 207
23. A. Mittermaier L. E. Kay Science 2006 312 224 228
24. A. G. Palmer III Curr. Opin. Struct. Biol. 1997 7 732 737
25. A. G. Palmer Chem. Rev. 2004 104 3623 3640
26. P. Maragakis K. Lindorff-Larsen M. P. Eastwood R. O. Dror J. L. Klepeis I. T. Arkin M. Ø. Jensen H. Xu N. Trbovic R. A. Friesner A. G. Palmer III D. E. Shaw J. Phys. Chem. B 2008 112 6155 6158
27. A. P. Sokolov and V. Garcia Sakai, in Dynamics of Soft Matter: Neutron Applications, ed., V. Garcia Sakai, C. Alba-Simionesco, and, S. H. Chen, Springer Science & Business Media, New York, 2012, ch. 1, pp. 1-23
28. R. Biehl B. Hoffmann M. Monkenbusch P. Falus S. Préost R. Merkel D. Richter Phys. Rev. Lett. 2008 101 138102
29. R. Biehl M. Monkenbusch D. Richter Soft Matter 2011 7 1299 1307
30. D. J. E. Callaway B. Farago Z. Bu Eur. Phys. J. E: Soft Matter Biol. Phys. 2013 36 9891 9898
31. W. Doster S. Cusack W. Petry Nature 1989 337 754 756
32. W. Doster S. Cusack W. Petry Phys. Rev. Lett. 1990 65 1080
33. W. Doster, Neutron Scattering in Biology, Springer, 2006
34. W. Doster H. Nakagawa M. S. Appavou J. Chem. Phys. 2013 139 45105
35. F. Gabel D. Bicout U. Lehnert M. Tehei M. Weik G. Zaccai Q. Rev. Biophys. 2002 35 327 367
36. F.-X. Gallat A. Laganowsky K. Wood F. Gabel L. van Eijck J. Wuttke M. Moulin M. Härtlein D. Eisenberg J.-P. Colletier G. Zaccai M. Weik Biophys. J. 2012 103 129 136
37. G. Zaccai Science 2000 288 1604 1607
38. J. D. Nickels S. Perticaroli H. O'Neill Q. Zhang G. Ehlers A. P. Sokolov Biophys. J. 2013 105 2182 2187
39. J. H. Roh J. E. Curtis S. Azzam V. N. Novikov I. Peral Z. Chowdhuri R. B. Gregory A. P. Sokolov Biophys. J. 2006 91 2573 2588
40. D. C. Glass M. Krishnan D. R. Nutt J. C. Smith J. Chem. Theory Comput. 2010 6 1390 1400
41. S. Khodadadi J. E. Curtis A. P. Sokolov J. Phys. Chem. B 2011 115 6222 6226
42. M. Krishnan V. Kurkal-Siebert J. C. Smith J. Phys. Chem. B 2008 112 5522 5533
43. J. C. Smith Q. Rev. Biophys. 1991 24 227 291
44. Broadband Dielectric Spectroscopy ed., F. Kremer, and, A. Schönhals, Springer, New York, 2003
45. A. Arbe, J. Colmenero and D. Richter, in Broadband Dielectric Spectroscopy, ed., F. Kremer, and, A. Schönhals, Springer, New York, 2003, ch. 18, pp. 685-718
46. A. Arbe A.-C. Genix S. Arrese-Igor J. Colmenero D. Richter Macromolecules 2010 43 3107 3119
47. J. Colmenero A. Arbe A. Alegría Phys. A 1993 201 447 452
48. S. Khodadadi S. Pawlus A. P. Sokolov J. Phys. Chem. B 2008 112 14273 14280
49. A. Oleinikova N. Smolin I. Brovchenko Biophys. J. 2007 93 2986 3000
50. M. Tyagi A. Alegría J. Colmenero J. Chem. Phys. 2005 244909
51. X. Michalet S. Weiss M. Jäger Chem. Rev. 2006 106 1785 1813
52. A. A. Deniz S. Mukhopadhyay E. A. Lemke J. R. Soc., Interface 2008 5 15 45
53. K. Bavishi N. S. Hatzakis Molecules 2014 19 19407 19434
54. S. Mukhopadhyay R. Krishnan E. A. Lemke S. Lindquist A. A. Deniz Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2006 104 2649 2654
55. Y. Choi I. S. Moody P. C. Sims S. R. Hunt B. L. Corso I. Perez G. A. Weiss P. G. Collins Science 2012 335 319 324
56. L. Berthier, G. Biroli, J.-P. Bouchaud, L. Cipelletti and W. van Saarloos, Dynamical heterogeneities in glasses, colloids and granular materials, Oxford University Press, Oxford, 2011
57. L. Berthier G. Biroli J.-P. Bouchaud L. Cipelletti D. El Masri D. L'Hôte F. Ladieu M. Pierno Science 2005 310 1797 1800
58. P. G. Debenedetti F. H. Stillinger Nature 2001 410 259 267
59. X. H. Qiu M. D. Ediger J. Phys. Chem. B 2003 107 459 464
60. E. V. Russell N. E. Israeloff Nature 2000 408 695 698
61. E. R. Weeks J. C. Crocker A. C. Levitt A. Schofield D. A. Weitz Science 2000 287 627 631
62. J. Jäckle, Amorphous Solids: Low-Temperature Properties, Springer, New York, 1981
63. A. Sokolov E. Rössler A. Kisliuk D. Quitmann Phys. Rev. Lett. 1993 71 2062 2065
64. U. Buchenau A. Nücker A. J. Dianoux Phys. Rev. Lett. 1986 53 2316
65. V. K. Malinovsky V. N. Novikov P. P. Parshin A. P. Sokolov M. G. Zemlyanov Europhys. Lett. 1990 11 43 47
66. W. Schirmacher G. Ruocco T. Scopigno Phys. Rev. Lett. 2007 98 025501
67. A. P. Sokolov R. Calemczuk B. Salce A. Kisliuk D. Quitmann E. Duval Phys. Rev. Lett. 1997 78 2405 2408
68. V. L. Gurevich D. A. Parshin J. Pelous H. R. Schober Phys. Rev. B: Condens. Matter Mater. Phys. 1993 48 16318 16331
69. D. A. Parshin H. R. Schober V. L. Gurevich Phys. Rev. B: Condens. Matter Mater. Phys. 2007 76 064206
70. W. Gotze L. Sjogren Rep. Prog. Phys. 1992 55 241 376
71. W. Gotze L. Sorgen J. Phys.: Condens. Matter 1989 1 4203 4222
72. N. V. Surovtsev J. Wiedersich V. N. Novikov E. Rössler A. P. Sokolov Phys. Rev. B: Condens. Matter Mater. Phys. 1998 58 14888 14891
73. J. Dudowicz K. F. Freed J. F. Douglas J. Chem. Phys. 2006 124 064901
74. S. Mirigian K. S. Schweizer J. Phys. Chem. Lett. 2013 4 3648 3653
75. C. Dalle-Ferrie C. Thibierge C. Alba-Simionesco L. Berthier G. Biroli J. P. Bouchaud F. Ladieu D. L'Hôte G. Tarjus Phys. Rev. E: Stat., Nonlinear, Soft Matter Phys. 2007 76 041510
76. L. Hong V. N. Novikov A. P. Sokolov Phys. Rev. E: Stat., Nonlinear, Soft Matter Phys. 2011 83 061508
77. M. Rubinstein and R. H. Colby, Polymer Physics, Oxford University Press, 2003
78. H. Frauenfelder B. McMahon Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 1998 95 4795 4797
79. G. Caliskan A. Kisliuk A. M. Tsai C. L. Soles A. P. Sokolov J. Chem. Phys. 2003 118 4230 4236
80. M. Kataoka H. Kamikubo J. Yunoki F. Tokunaga T. Kanaya Y. Izumi K. Shibata J. Phys. Chem. Solids 1999 60 1285 1289
81. H. Leyser W. Doster M. Diehl Phys. Rev. Lett. 1999 82 2987 2990
82. A. Paciaroni A. Orecchini E. Cornicchi M. Marconi C. Petrillo M. Haertlein M. Moulin H. Schober M. Tarek F. Sacchetti Phys. Rev. Lett. 2008 101 148104
83. S. Cusack W. Doster Biophys. J. 1990 58 243 251
84. W. Doster M. Settle Biochim. Biophys. Acta 2005 1749 173 186
85. M. Tarek D. Tobias J. Chem. Phys. 2001 115 1607 1612
86. V. C. Nibali G. D'Angelo A. Paciaroni D. J. Tobias M. Tarek J. Phys. Chem. Lett. 2014 5 1181 1186
87. S. Perticaroli J. D. Nickels G. Ehlers A. P. Sokolov Biophys. J. 2014 106 2667 2674
88. W. Doster Eur. Biophys. J. 2008 37 591 602
89. G. Caliskan D. Mechtani J. H. Roh A. Kisliuk A. P. Sokolov S. Azzam M. T. Cicerone S. Lin-Gibson I. Peral J. Chem. Phys. 2004 121 1978 1983
90. V. G. Sakai S. Khodadadi M. T. Cicerone J. E. Curtis A. P. Sokolov J. H. Roh Soft Matter 2013 9 5336 5340
91. A. Paciaroni S. Cinelli G. Onori Biophys. J. 2002 83 1157 1164
92. G. Caliskan R. M. Briber D. Thirumalai V. Garcia-Sakai S. A. Woodson A. P. Sokolov J. Am. Chem. Soc. 2006 128 32 33
93. E. Cornicchi M. Marconi G. Onori A. Paciaroni Biophys. J. 2006 91 289 297
94. J. D. Nickels J. E. Curtis H. O'Neill A. P. Sokolov J. Biol. Phys. 2012 38 497 505
95. K. Wood D. J. Tobias B. Kessler F. Gabel D. Oesterhelt F. A. A. Mulder G. Zaccai M. Weik J. Am. Chem. Soc. 2010 132 4990 4991
96. V. Kasinath K. A. Sharp A. J. Wand J. Am. Chem. Soc. 2013 135 15092 15100
97. V. S. Bajaj P. C. A. van der Wel R. G. Griffin J. Am. Chem. Soc. 2009 131 118 128
98. K. B. Wong V. Daggett Biochemistry 1998 37 11182 11192
99. A. P. Sokolov H. Grimm A. Kisliuk J. Biol. Phys. 2001 27 313 327
100. J. Fitter R. E. Lechner G. Buldt N. A. Dencher Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 1996 93 7600 7605
101. J. D. Nickels V. G. Sakai A. P. Sokolov J. Phys. Chem. B 2013 117 11548 11555
102. J. D. Nickels H. O'Neill L. Hong M. Tyagi G. Ehlers K. Weiss Q. Zhang Z. Yi E. Mamontov J. C. Smith A. P. Sokolov Biophys. J. 2012 103 1566 1575
103. S.-H. Chen L. Liu E. Fratini P. Baglioni A. Faraone E. Mamontov Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2006 103 9012 9016
104. K. Wood M. Plazanet F. Gabel B. Kessler D. Oesterhelt D. J. Tobias G. Zaccai M. Weik Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2007 104 18049 18054
105. K. Wood A. Frölich A. Paciaroni M. Moulin M. Härtlein G. Zaccai D. J. Tobias M. Weik J. Am. Chem. Soc. 2008 130 4586 4587
106. S. Khodadadi S. Pawlus J. H. Roh V. Garcia Sakai E. Mamontov A. P. Sokolov J. Chem. Phys. 2008 128 195106
107. A. M. Tsai D. A. Neumann L. N. Bell Biophys. J. 2000 79 2728 2732
108. R. M. Daniel J. L. Finney V. Réat R. Dunn M. Ferrand J. C. Smith Biophys. J. 1999 77 2184 2190
109. F. G. Parak Rep. Prog. Phys. 2003 66 103 129
110. B. F. Rasmussen A. M. Stock D. Ringe G. A. Petsko Nature 1992 357 423 424
111. A. P. Sokolov H. Grimm R. Kahn J. Chem. Phys. 1999 110 7053 7057
112. L. Hong X. Cheng D. C. Glass J. C. Smith Phys. Rev. Lett. 2012 108 238102
113. L. Hong D. C. Glass J. D. Nickels S. Perticaroli Z. Yi M. Tyagi H. O'Neill Q. Zhang A. P. Sokolov J. C. Smith Phys. Rev. Lett. 2013 110 028104
114. N. Nandi K. Bhattacharyya B. Bagchi Chem. Rev. 2000 100 2013 2045
115. N. Miura Y. Hayashi S. Mashimo Biopolymers 1996 39 183 187
116. A. Oleinikova P. Sasisanker H. Weingartner J. Phys. Chem. B 2004 108 8467 8474
117. J. Perez J.-M. Zanotti D. Durand Biophys. J. 1999 77 454 469
118. M. Tarek D. J. Tobias Phys. Rev. Lett. 2002 88 138101
119. J. H. Roh R. M. Briber A. Damjanovic D. Thirumalai S. A. Woodson A. P. Sokolov Biophys. J. 2009 96 2755 2762
120. S.-H. Chen L. Liu X. Chu Y. Zhang E. Fratini P. Baglioni A. Faraone E. Mamontov J. Chem. Phys. 2006 125 171103
121. X.-Q. Chu E. Fratini P. Baglioni A. Faraone S.-H. Chen Phys. Rev. E: Stat., Nonlinear, Soft Matter Phys. 2008 77 011908
122. S. Khodadadi J. H. Roh A. Kisliuk E. Mamontov M. Tyagi S. A. Woodson R. M. Briber A. P. Sokolov Biophys. J. 2010 98 1321 1326
123. J. Swenson H. Jansson R. Bergman Phys. Rev. Lett. 2006 96 247802
124. A. P. Sokolov and R. B. Gregory, in Neutron Scattering in Biology: Techniques and Applications, ed., J. Fitter, T. Gutberlet, and, J. Katsaras, Springer Science & Business Media, New York, 2006, ch. 21, pp. 485-502
125. R. Inoue R. Biehl T. Rosenkranz J. Fitter M. Monkenbusch A. Radulescu B. B. Farago D. Richter Biophys. J. 2010 99 2309 2317
126. F. Sterpone G. Stirnemann D. Laage J. Am. Chem. Soc. 2012 134 4116 4119
127. R. Rajeshwar J. C. Smith M. Krishnan J. Am. Chem. Soc. 2014 136 8590 8605
128. Y. Miao Z. Yi D. C. Glass L. Hong M. Tyagi J. Baudry N. Jain J. C. Smith J. Am. Chem. Soc. 2012 134 19576 19579
129. C. Cametti S. Marchetti C. M. C. Gambi G. Onori J. Phys. Chem. B 2011 115 7144 7153
130. M. Nakanishi A. P. Sokolov J. Non-Cryst. Solids 2015 407 478 485
131. A. K. A. Panagopoulou N. Shinyashiki P. Pissis J. Phys. Chem. B 2012 116 4593 4602
132. R. Pethig Annu. Rev. Phys. Chem. 1992 43 177 205
133. N. Shinyashiki W. Yamamoto A. Yokoyama T. Yoshinari S. Yagihara R. Kita K. L. Ngai S. Capaccioli J. Phys. Chem. B 2009 113 14448 14456
134. M. Wolf R. Gulich P. Lunkenheimer A. Loidl Biochim. Biophys. Acta, Proteins Proteomics 2012 1824 723 730
135. H. Jansson R. Bergman J. Swenson J. Phys. Chem. B 2005 109 24134 24141
136. J. Lal P. Fouquet M. Maccarini L. Makowski J. Mol. Biol. 2010 397 423 435
137. N. Miura N. Asaka N. Shinyashiki S. Mashimo Biopolymers 1994 34 357 364
138. J. D. Haller P. Schanda J. Biomol. NMR 2013 57 263 280
139. F. Massi M. J. Grey A. G. Palmer III Protein Sci. 2005 14 735 742
140. F. Demmel W. Doster W. Petry A. Schulte Eur. Biophys. J. 1997 26 327 335
141. T. M. Y. Miyazaki H. Suga J. Phys. Chem. B 2000 104 8044 8052
142. S. Khodadadi A. Malkovskiy A. Kisliuk A. P. Sokolov Biochim. Biophys. Acta 2010 1804 15 19
143. R. B. B. Lindorff-Larsen M. A. DePristo C. M. Dobson M. Vendruscolo Nature 2005 433 128 132
144. D. V. Y. Zhou M. Karplus J. Mol. Biol. 1999 285 1371 1375
145. T. E. Dirama G. A. Carri A. P. Sokolov J. Chem. Phys. 2005 122 244910
146. T. E. Dirama J. E. Curtis G. A. Carri A. P. Sokolov J. Chem. Phys. 2006 124 034901
147. M. T. Cicerone C. L. Soles Biophys. J. 2004 86 3836 3845
148. J. H. Roh V. N. Novikov R. B. Gregory J. E. Curtis Z. Chowdhuri A. P. Sokolov Phys. Rev. Lett. 2005 95 038101
149. J. T. King E. J. Arthur C. L. Brooks K. J. Kubarych J. Phys. Chem. B 2012 116 5604 5611
150. O. Rahaman S. Melchionna D. Laage F. Sterpone Phys. Chem. Chem. Phys. 2013 15 3570 3576
151. D. Russo G. Hura T. Head-Gordon Biophys. J. 2004 60 1852 1862
152. W. Qiu Y.-T. Kao L. Zhang Y. Yang L. Wang W. E. Stites D. Zhong A. H. Zewail Proc. Natl. Acad. Sci. U. S. A. 2006 103 13979 13984
153. K. Wood F.-X. Gallat R. Otten A. J. V. Heel M. Lethier L. v. Eijck M. Moulin M. Haertlein M. Weik F. A. A. Mulder Angew. Chem., Int. Ed. 2013 52 665 668
154. T. Becker J. A. Hayward J. L. Finney R. M. Daniel J. C. Smith Biophys. J. 2004 87 1436 1444
155. W. Doster and M. Settles, Presented in part at the hydration processes in biology: theoretical and experimental approaches, 1998
156. T. Kleinert W. Doster H. Leyser W. Petry V. Schwartz M. Settles Biochemistry 1998 37 717 733
157. H. Lichtenegger W. Doster T. Kleinert A. Birk B. Sepiol G. Vogl Biophys. J. 1999 76 414 422
158. S. Cerveny Á. Alegría J. Colmenero Phys. Rev. E: Stat., Nonlinear, Soft Matter Phys. 2008 77 031803
159. J. Swenson H. Jansson J. Hedström R. Bergman J. Phys.: Condens. Matter 2007 19 205109
160. K. L. Ngai S. Capaccioli S. Ancherbak N. Shinyashiki Philos. Mag. 2011 91 1809 1835
161. G. Parigi N. Rezaei-Ghaleh S. B. Andrea Giachetti C. Fernandez M. Blackledge C. Griesinger M. Zweckstetter C. Luchinat J. Am. Chem. Soc. 2014 136 16201 16209
162. G. Némethy M. P. Printz Macromolecules 1972 5 755 758
163. G. Scherer M. L. Kramer M. Schutkowski U. Reimer G. Fischer J. Am. Chem. Soc. 1998 120 5568 5574
164. J. F. Yan F. A. Momany R. Hoffmann H. A. Scheraga J. Phys. Chem. 1970 74 420 433
165. R. B. G. R. Lumry Biopolymers 1985 24 301 326
166. V. N. Uversky J. R. Gillespie A. L. Fink Proteins: Struct., Funct., Bioinf. 2000 41 415 427
167. V. N. Uversky Eur. J. Biochem. 2002 269 2 12
168. P. E. Wright H. J. Dyson J. Mol. Biol. 1999 293 321 331
169. A. M. Gaspar M.-S. Appavou S. Busch T. Unruh W. Doster Eur. Biophys. J. 2008 37 573 582
170. S. Perticaroli J. D. Nickels G. Ehlers E. Mamontov A. P. Sokolov J. Phys. Chem. B 2014 118 7317 7326
171. T. E. Dirama G. A. Carri A. P. Sokolov J. Chem. Phys. 2005 122 114505
172. M. Schmidt D. K. Saldin Struct. Dyn. 2014 1 024701