Profiling over 1500 lipids in induced lung sputum and the implications in studying lung diseases

Analytical Chemistry

Volumn 87, Issue 9, 2015, Pages 4957-4964

  T'Kindt, Ruben ^a   Telenga, Eef D ^b,c   Jorge, Lucie ^a   Van Oosterhout, Antoon J M ^b,c   Sandra, Pat ^a   Ten Hacken, Nick H T ^b,c   Sandra, Koen ^a  

^a Metablys   (Belgium)

^b UNIVERSITY OF GRONINGEN   (Netherlands)

^c UNIVERSITY MEDICAL CENTER GRONINGEN   (Netherlands)

Author keywords

[No Author keywords available]

Indexed keywords

BIOLOGICAL ORGANS; DEPTH PROFILING; DIAGNOSIS; LIPIDS; LIQUID CHROMATOGRAPHY; MASS SPECTROMETRY;

CHRONIC OBSTRUCTIVE PULMONARY DISEASE; GLYCEROLIPIDS; GLYCEROPHOSPHOLIPIDS; HIGH RESOLUTION; LIPID COMPOSITION; MOLECULAR PROFILING; QUADRUPOLE TIME OF FLIGHT MASS SPECTROMETRY; SPHINGOLIPIDS;

PULMONARY DISEASES;

LIPID;

CHEMISTRY; HUMAN; LIQUID CHROMATOGRAPHY; LUNG DISEASES; MASS SPECTROMETRY; METABOLISM; SPUTUM; TIME;

CHROMATOGRAPHY, LIQUID; HUMANS; LIPIDS; LUNG DISEASES; MASS SPECTROMETRY; SPUTUM; TIME FACTORS;

EID: 84928905726     PISSN: 00032700     EISSN: 15206882     Source Type: Journal    
DOI: 10.1021/acs.analchem.5b00732     Document Type: Article

References (62)

1. Watson, A. D. J. Lipid Res. 2006, 47, 2101-2111
2. Wenk, M. R. Nat. Rev. Drug Discovery 2005, 4, 594-610
3. Shevchenko, A.; Simons, K. Nat. Rev. Mol. Cell Biol. 2010, 11, 593-598
4. Sandra, K.; Sandra, P. Curr. Opin. Chem. Biol. 2013, 17, 847-853
5. Devendra, G.; Spragg, R. G. Respir. Res. 2002, 3, 19
6. Wymann, M. P.; Schneiter, R. Nat. Rev. Mol. Cell Biol. 2008, 9, 162-176
7. Sandra, K.; t'Kindt, R.; Jorge, L.; Sandra, P. In Metabolomics in Practice: Successful Strategies to Generate and Analyze Metabolic Data; Lämmerhofer, M.; Weckwerth, W., Eds.; Wiley-VCH Verlag GmbH & Co. KGaA: Weinheim, Germany, 2013; pp 137-176.
8. Wheelock, C. E.; Goss, V. M.; Balgoma, D.; Nicholas, B.; Brandsma, J.; Skipp, P. J.; Snowden, S.; Burg, D.; D'Amico, A.; Horvath, I.; Chaiboonchoe, A.; Ahmed, H.; Ballereau, S.; Rossios, C.; Chung, K. F.; Montuschi, P.; Fowler, S. J.; Adcock, I. M.; Postle, A. D.; Dahlén, S. E.; Rowe, A.; Sterk, P. J.; Auffray, C.; Djukanovic, R.; U-BIOPRED Study Group Eur. Respir. J. 2013, 42, 802-825
9. O'Neil, S. E.; Lundback, B.; Lotvall, J. J. Proteomics 2011, 75, 192-201
10. Gray, R. D.; MacGregor, G.; Noble, D.; Imrie, M.; Dewar, M.; Boyd, A. C.; Innes, J. A.; Porteus, D. J.; Greening, A. P. Am. J. Respir. Crit. Care Med. 2008, 178, 444-452
11. Djukanovic, R.; Sterk, P. J.; Fahy, J. V.; Hargreave, F. E. Eur. Respir. J. 2002, 20 (Suppl. 37) 1s-2s
12. Griese, M. Eur. Respir. J. 1999, 13, 1455-1476
13. Nicholas, B.; Djukanovic, R. Biochem. Soc. Trans. 2009, 37, 868-872
14. Gupta, V.; Singh, D. COPD 2013, 10, 107-114
15. Fireman, E. Isr. Med. Assoc. J. 2003, 5, 524-527
16. Lo Tam Loi, A. T.; Hoonhorst, S. J.; Franciosi, L.; Bischoff, R.; Hoffmann, R. F.; Heijink, I.; van Oosterhout, A. J.; Boezen, H. M.; Timens, W.; Postma, D. S.; Lammers, J. W.; Koenderman, L.; ten Hacken, N. H. BMJ Open 2013, 3, e002178 10.1136/bmjopen-2012-002178
17. Willemse, B. W.; ten Hacken, N. H.; Rutgers, B.; Lesman-Leegte, I. G.; Postma, D. S.; Timens, W. Eur. Respir. J. 2005, 26, 835-845
18. Matyash, V.; Liebisch, G.; Kurzchalia, T. V.; Shevchenko, A.; Schwudke, D. J. Lipid Res. 2008, 49, 1137-1146
19. Sandra, K.; dos Santos Pereira, A.; Vanhoenacker, G.; David, F.; Sandra, P. J. Chromatogr. A 2010, 1217, 4087-4099
20. Benjamini, Y.; Hochberg, Y. J. R. Stat. Soc.: Ser. B 1995, 57, 289-300
21. t'Kindt, R.; Jorge, L.; Dumont, E.; Couturon, P.; David, F.; Sandra, P.; Sandra, K. Anal. Chem. 2012, 84, 403-411
22. Taguchi, R.; Houjou, T.; Nakanishi, H.; Yamazaki, T.; Ishida, M.; Imagawa, M.; Shimizu, T. J. Chromatogr. B: Anal. Technol. Biomed. Life Sci. 2005, 823, 26-36
23. Han, X.; Gross, R. W. Mass Spectrom. Rev. 2005, 24, 367-412
24. Cui, Z.; Thomas, M. J. J. Chromatogr. B: Anal. Technol. Biomed. Life Sci. 2009, 877, 2709-2715
25. Ikeda, K.; Oike, Y.; Shimizu, T.; Taguchi, R. J. Chromatogr. B: Anal. Technol. Biomed. Life Sci. 2009, 877, 2639-2647
26. Hsu, F.; Turk, J. J. Am. Soc. Mass Spectrom. 2001, 12, 1036-1043
27. Hsu, F.; Turk, J. J. Chromatogr. B: Anal. Technol. Biomed. Life Sci. 2009, 877, 2673-2695
28. Pulfer, M.; Murphy, R. C. Mass Spectrom. Rev. 2003, 22, 332-364
29. Schwudke, D.; Oegema, J.; Burton, L.; Entchev, E.; Hannich, J. T.; Ejsing, C. S.; Kurzchalia, T.; Shevchenko, A. Anal. Chem. 2006, 78, 585-595
30. Murphy, R. C.; Axelsen, P. H. Mass Spectrom. Rev. 2011, 30, 579-599
31. Ding, J.; Sorensen, C. M.; Jaitly, N.; Jiang, H.; Orton, D. J.; Monroe, M. E.; Moore, R. J.; Smith, R. D.; Metz, T. O. J. Chromatogr. B: Anal. Technol. Biomed. Life Sci. 2008, 871, 243-252
32. Fahy, E.; Subramaniam, S.; Brown, H. A.; Glass, C. K.; Merrill, A. H.; Murphy, R. C.; Raet, C. R.; Russell, D. W.; Seyama, Y.; Shaw, W.; Shimizu, T.; Spener, F.; van Meer, G.; VanNieuwenhze, M. S.; White, S. H.; Witztum, J. L.; Dennis, E. A. J. Lipid Res. 2005, 46, 839-861
33. Fahy, E.; Subramaniam, S.; Murphy, R. C.; Nishijima, M.; Raetz, C. R.; Shimizu, T.; Spener, F.; van Meer, G.; Wakelam, M. J.; Dennis, E. A. J. Lipid Res. 2009, 50, S9-S14
34. Fahy, E.; Cotter, D.; Sud, M.; Subramaniam, S. Biochim. Biophys. Acta 2011, 1811, 637-647
35. Fagone, P.; Jackowski, S. J. Lipid. Res. 2009, 50, S311-S316
36. Lagace, T. A.; Ridgway, N. D. Biochem. Biophys. Acta. 2013, 1833, 2499-2510
37. Veldhuizen, R.; Nag, K.; Orgeig, S.; Possmayer, F. Biochem. Biophys. Acta 1998, 1408, 90-108
38. Creer, M. H.; Gross, R. W. Lipids 1985, 20, 922-928
39. Han, X.; Gross, R. W. J. Am. Chem. Soc. 1996, 118, 451-457
40. Quehenberger, O.; Armando, A. M.; Brown, A. H.; Milne, S. B.; Myers, D. S.; Merrill, A. H.; Bandyopadhyay, S.; Jones, K. N.; Kelly, S.; Shaner, R. L.; Sullards, C. M.; Wang, E.; Murphy, R. C.; Barkley, R. M.; Leiker, T. J.; Raetz, C. R. H.; Guan, Z.; Laird, G. M.; Six, D. A.; Russell, D. W.; McDonald, J. G.; Subramaniam, S.; Fahy, E.; Dennis, E. A. J. Lipid Res. 2010, 51, 3299-3305
41. Berry, K. A. Z.; Murphy, R. C. Am. Soc. Mass Spectrom. 2004, 15, 1499-1508
42. Wanders, R. J.; van Roermund, C. W.; Visser, W. F.; Ferdinandusse, S.; Jansen, G. A.; van den Brink, D. M.; Gloerich, J.; Waterham, H. R. Adv. Exp. Med. Biol. 2003, 544, 293-302
43. Blom, T.; Somerharju, P.; Ikonen, E. Cold Spring Harbor Perspect. Biol. 2011, 3, a004713
44. Yamashita, T. Diabetes Metab. J. 2011, 35, 309-316
45. Iwabuchi, K.; Nagaoka, I. Blood 2002, 100, 1454-1464
46. Nakayama, H.; Yoshizaki, F.; Prinetti, A.; Sonnino, S.; Mauri, L.; Takamori, K.; Ogawa, H.; Iwabuchi, K. J. Leukocyte Biol. 2008, 83, 728-741
47. Karman, J.; Tedstone, J. L.; Gumlaw, N. K.; Zhu, Y.; Yew, N.; Siegel, C.; Guo, S.; Siwkowski, A.; Ruzek, M.; Jiang, C.; Cheng, S. H. Int. Immunol. 2010, 22, 593-603
48. Gouaze-Andersson, V.; Cabot, M. C. Biochim. Biophys. Acta 2006, 1758, 2096-2103
49. Gulbins, E.; Li, P. L. Am. J. Physiol.: Regul., Integr. Comp. Physiol. 2006, 290, R11-R26
50. Kniazeva, M.; Crawford, Q. T.; Seiber, M.; Wang, C.; Han, M. PLOS Biol. 2004, 2, 1446-1459
51. Kroumova, A.; Wagner, G. J. Anal. Biochem. 1995, 225, 270-276
52. Rolin, S.; Masereel, B.; Dogné, J. M. Eur. J. Pharmacol. 2006, 533, 89-100
53. Deems, R.; Buczynski, M. W.; Bowers-Gentry, R.; Harkewicz, R.; Dennis, E. A. Meth. Enzymol. 2007, 432, 59-82
54. Rooney, S. A.; Young, S. L.; Mendelson, C. R. FASEB J. 1994, 8, 957-967
55. Tucker, S. P.; Pretty, J. R. Analyst 2005, 130, 1414-1424
56. Ruiz-Jiménez, J.; Priego-Capote, F.; Mata-Granados, J. M.; Quesada, J. M.; Luque de Castro, M. D. J. Chromatogr. A 2007, 1175, 242-248
57. DellaPenna, D.; Pogson, B. J. Annu. Rev. Plant Biol. 2006, 57, 711-738
58. Telenga, E. D.; Hoffmann, R. F.; t'Kindt, R.; Hoonhorst, S. J. M.; Willemse, B. W. M.; van Oosterhout, A. J. M.; Heijink, I.; van den Berge, M.; Jorge, L.; Sandra, P.; Postma, D. S.; Sandra, K.; ten Hacken, N. H. T. Am. J. Respir. Crit. Care Med. 2014, 190, 155-164
59. Warrack, B. M.; Hnatyshyn, S.; Ott, K. H.; Reily, M. D.; Sanders, M.; Zhang, H.; Drexler, D. M. J. Chromatogr. B: Anal. Technol. Biomed. Life Sci. 2009, 877, 547-552
60. Sangster, T.; Major, H.; Plumb, R.; Wilson, A. J.; Wilson, I. D. Analyst 2006, 131, 1075-1078
61. Spagou, K.; Wilson, I. D.; Masson, P.; Theodoridis, G.; Raikos, N.; Coen, M.; Holmes, E.; Lindon, J. C.; Plumb, R. S.; Nicholson, J. K.; Want, E. J. Anal. Chem. 2011, 83, 382-390
62. Boelaert, J.; t'Kindt, R.; Schepers, E.; Jorge, L.; Glorieux, G.; Neirynck, N.; Lynen, F.; Sandra, P.; Vanholder, R.; Sandra, K. Metabolomics 2013, 10, 425-442